View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8899_low_8 (Length: 777)

Name: NF8899_low_8
Description: NF8899
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8899_low_8
NF8899_low_8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-755)||(45974900-45975671)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 45975671 - 45974900
Alignment:
Q  1 ccacagatacggattcatccccagtatgttgtaaaatccatcacttatcttatccgtatacgacaagcacccactcacctgataaccaaaaatggcatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975671 ccacagatacggattcatccccagtatgttgtaaaatccatcacttatcttatccgtatatgacaagcacccactcacctgataaccaaaaatggcatat 45975572  T
Q  101 ttaatcacacaaatattattgaacgctagttgcaatatggttttaagttgttatctgaagctgcttcaactgcaatataaaagattttgagatctctgca 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975571 ttaatcacacaaatattaatgaacgctagttgcaatatggttttaagttgttatctgcagctgcttcaactgcaatataaaagattttgagatctctgca 45975472  T
Q  201 accacatggcatttgtaaatttgattgcatcagcaatgttttgccgcaacataaagttcaatagttttaaaatgcagcgaaataatgcagtcaatatcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975471 accacatggcatttgtaaatttgattgcatcaacaatgttttgccgcaacataaagttcaatagttttaaaatgcagcgaaataatgcagtcaatatcac 45975372  T
Q  301 aaatcacaatcgccatgtcgttgcagattttgaagtctatgcatagtttaaccgcg-----------------atttaaaaccattggtgcgatggtgag 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||    
T  45975371 aaatcacaatcgccatgtcgttgcagattttgaagtctatgcatagtttaaccgcgtaagagccacaaccgcgatttaaaaccattggtgcgatggtgag 45975272  T
Q  384 acgtagttaaaaaatgaaatggttgtgcaatcttgtttagttttgtacccatagacgataagaaacagactcagcatcccaattttcagtgccaggagtg 483  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975271 atgtagttaaaaaatgaaatggttgtgcaatcttgtttagttttgtacccatagacgataagaaacagactcagcatcccaattttcagtgccaggagtg 45975172  T
Q  484 agaacaggctccgacacaagacttgccaaagaagcaagcctcttcgctaacgtaagctgcaggatatagctttcttcacacttcttcaccaacccgtctt 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975171 agaacaggctccgacacaagacttgccaaagaagcaagcctcttcgctaacgtaagctgcaggatatagctttcttcacacttcttcaccaacccgtctt 45975072  T
Q  584 tgttttcttcatcttccttctgcctcctcgcagtggttgctggaatggtggaaacttgagacgactgcgtttcctctttaatgtcactggaaaacaaact 683  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975071 tgttttcatcatcttccttctgcctcctcgcagtggttgctggaatggtggaaacttgagacgactgcgtttcctctttaatgtcactggaaaacaaact 45974972  T
Q  684 ccctgcatagctactgtcgctggatagcctcggaagtgaaacttgacggtcgaaattccggtcgattgcggt 755  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45974971 ccctgcatagctactgtcgctcgatagcctcggaagtgaaacttgacggtcgaaattccggtcaattgcggt 45974900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University