View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8901_low_19 (Length: 705)

Name: NF8901_low_19
Description: NF8901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8901_low_19
NF8901_low_19
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-696)||(29563196-29563876)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 696
Target Start/End: Original strand, 29563196 - 29563876
Alignment:
Q  16 acatcacttctaaaattttaaaatttccacaggtttcttatatttcccaaaactggcctgttcaatatgtggcagctagtcaggatggaatgtacttagc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29563196 acatcacttctaaaattttaaaatttccacaggtttcttatatttcccaaaactggcctgttcaatatgtggcagctagtcaggatggaatgtacttggc 29563295  T
Q  116 ggttgctggtcttcatggtttgatattgtatgatatacgaatgaaaagatggagagtctttggagatgttacccaggaacaaaagattcagtgtaagggc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29563296 ggttgctggtcttcatggtttgatattgtatgatatacgaatgaaaagatggagagtctttggagatgttacccaggaacaaaagattcagtgtaagggc 29563395  T
Q  216 ttgctatggctgggaaagattgtcgttgtctgcaactatattgattcttccaacacgtgagatacttttatttgcttacgtatttcatgtggttggttct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29563396 ttgctatggctgggaaagattgtcgttgtctgcaactatattgattcttccaacacgtgagatacttttatttgcttacgtatttcatgtggttggttct 29563495  T
Q  316 tgcaaattatattgtttgtcaaaaataannnnnnnagctgattgttgtttaacaatgtacatgcctggaaaagcctgatttaaaggatgttcagtttttt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29563496 tgcaaattatattgtttgtcaaaaataatttttttagctgattgttgtttaacaatgtacatgcctggaaaagcctgatttaaaggatgttcagtttttt 29563595  T
Q  416 acccacttattttgcttttcaaagtctaggtcagattgaacttaaaactataatttttgcaacattaactgtatcattctgcaacatacgaaacatttta 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29563596 acccacttaatttgcttttcaaagtctaggtctgattgaacttaaaactataatttttgcaacattaactgtatcattctgcaacatacgaaacatttta 29563695  T
Q  516 ttctacattcaatggtctcttacgtctccttatttatctcaggtatgaattgctcttttacccaagatatcaccttgatcaaagctcattgctctgtcga 615  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29563696 ttctacattcaatggtctcttatgtctccttatttatctcaggtatgaattgctcttttacccaagatatcaccttgatcaaagctcattgctctgtcga 29563795  T
Q  616 aaaccattgtttgcgaaaccaattgtgatggatgtgtaccaagattatatacttgttacgtatagaccatttgatgtccat 696  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29563796 aaaccattgtttgcgaaaccaattgtgatggatgtgtaccaagattatatacttgttacgtatagaccatttgatgtccat 29563876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University