View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8901_low_32 (Length: 631)

Name: NF8901_low_32
Description: NF8901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8901_low_32
NF8901_low_32
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (23-615)||(94508-95099)
[»] scaffold0611 (1 HSPs)
scaffold0611 (23-612)||(6200-6786)
[»] scaffold0873 (1 HSPs)
scaffold0873 (23-609)||(116-702)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (30-609)||(17986517-17987096)
chr4 (68-609)||(17159135-17159675)
chr4 (448-609)||(6700643-6700804)
chr4 (229-381)||(6700406-6700552)
chr4 (24-57)||(17159079-17159112)
[»] scaffold0343 (1 HSPs)
scaffold0343 (23-609)||(17655-18244)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-609)||(21456364-21456953)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (30-357)||(10918-11245)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (179-609)||(21459095-21459513)
chr8 (188-381)||(21989892-21990079)
chr8 (23-119)||(21990139-21990235)
chr8 (448-609)||(21989640-21989801)
chr8 (448-609)||(9326880-9327041)
chr8 (448-609)||(21204726-21204887)
chr8 (448-609)||(21332212-21332373)
chr8 (229-381)||(21204978-21205124)
chr8 (229-381)||(21331975-21332121)
chr8 (69-119)||(21458988-21459038)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (179-609)||(45022807-45023225)
chr2 (424-609)||(9505507-9505692)
chr2 (202-381)||(18659339-18659512)
chr2 (424-609)||(18659579-18659764)
chr2 (229-381)||(9505759-9505905)
chr2 (69-119)||(45022700-45022750)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (23-462)||(19383642-19384093)
chr5 (22-353)||(19380734-19381077)
chr5 (188-381)||(26194109-26194296)
chr5 (23-119)||(18387969-18388065)
chr5 (23-119)||(26194356-26194452)
chr5 (188-381)||(18388125-18388312)
chr5 (528-624)||(19383480-19383576)
chr5 (202-381)||(33947477-33947650)
chr5 (459-609)||(18388342-18388492)
chr5 (448-609)||(26193857-26194018)
chr5 (448-609)||(33947741-33947902)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (177-609)||(24923622-24924036)
chr6 (23-381)||(16906149-16906498)
chr6 (188-381)||(31365178-31365365)
chr6 (23-119)||(18167449-18167545)
chr6 (23-119)||(31365022-31365118)
chr6 (23-119)||(24924118-24924214)
chr6 (188-381)||(18167605-18167792)
chr6 (455-609)||(18199558-18199712)
chr6 (459-609)||(18167822-18167972)
chr6 (448-609)||(31365456-31365617)
chr6 (448-609)||(16906589-16906750)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (177-609)||(6430782-6431196)
chr3 (188-381)||(8981299-8981486)
chr3 (188-381)||(16409216-16409403)
chr3 (23-119)||(8981143-8981239)
chr3 (23-119)||(16409060-16409156)
chr3 (23-145)||(6430604-6430726)
chr3 (424-609)||(9545558-9545743)
chr3 (424-609)||(16409470-16409655)
chr3 (202-381)||(9545318-9545491)
chr3 (448-609)||(8981577-8981738)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (188-381)||(32106815-32107002)
chr7 (188-381)||(46505502-46505689)
chr7 (23-119)||(16134194-16134290)
chr7 (23-119)||(32106659-32106755)
chr7 (23-119)||(46505346-46505442)
chr7 (188-381)||(16133947-16134134)
chr7 (424-609)||(5383633-5383818)
chr7 (424-609)||(8509426-8509611)
chr7 (424-609)||(16133695-16133880)
chr7 (424-609)||(26350017-26350202)
chr7 (424-609)||(46505747-46505932)
chr7 (202-381)||(8509186-8509359)
chr7 (202-363)||(44905516-44905671)
chr7 (202-381)||(5383885-5384058)
chr7 (179-298)||(9537097-9537217)
chr7 (202-381)||(26350269-26350442)
chr7 (448-609)||(6542901-6543062)
chr7 (424-609)||(44905756-44905941)
chr7 (468-548)||(32107113-32107193)
chr7 (229-363)||(6542664-6542792)
chr7 (473-601)||(9536894-9537021)
chr7 (169-215)||(2993902-2993948)
chr7 (68-106)||(2994025-2994063)
chr7 (69-119)||(9537274-9537324)
[»] scaffold0277 (3 HSPs)
scaffold0277 (424-579)||(21048-21203)
scaffold0277 (177-381)||(21270-21468)
scaffold0277 (33-105)||(21564-21636)
[»] scaffold0005 (3 HSPs)
scaffold0005 (426-609)||(311672-311855)
scaffold0005 (177-300)||(311999-312122)
scaffold0005 (69-119)||(312177-312227)
[»] scaffold0254 (2 HSPs)
scaffold0254 (448-609)||(9733-9894)
scaffold0254 (229-381)||(9985-10131)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (314-378)||(20634-20698)


Alignment Details
Target: scaffold0043 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 95099 - 94508
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  95099 gagatttttcaagaaggaagctctcagttcaaagctctgcttggagaagaa-atgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 95001  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 222  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||  | ||||    
T  95000 ctaagcaggccattgaggttcatgaagtgatacctcaagctgctaaagaaaactctgttgatcagaataagagacttgaagaaaatactgagtatgatac 94901  T
Q  223 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 322  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  94900 tcagaatgttaatgatgacactcaagaggtggctgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaaca 94801  T
Q  323 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcag 422  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  94800 gggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtctcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatttgcag 94701  T
Q  423 ctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagct 522  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  94700 ctcagaatgttgaaaccactgctgctcataacgttgaagtgtctaaagctcagaatgttgaagatgttcaaatcatggctaatcaagatgatcaagagct 94601  T
Q  523 tgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattga 615  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94600 tgatgatcaacacgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattga 94508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0611 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0611
Description:

Target: scaffold0611; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 612
Target Start/End: Original strand, 6200 - 6786
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6200 gagattgttcaagaaggaagctttcagtacaaagccctgcttcgagaagatgatgctcaaaaggttgatgatgcatctagtcaagaagaagctgagattg 6299  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 222  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |    
T  6300 ctaaggaggccactaaggttcatgaagtgaaacctcaagctgctaaagaaaactcttttgatcaggataagagagttgaagaaaatactgagtttgatgc 6399  T
Q  223 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 322  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6400 tcagaatgttgatgatgacactcaagagatggctgaattcttggtttcaaatatgagtattgaagaagcagttcaagaagaacaaatggatttctcaaca 6499  T
Q  323 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcag 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     
T  6500 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgactt---caatgaagtgtttctagaagacaaagaaacagctcaaattgttcaggaaacatctgcaa 6596  T
Q  423 ctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagct 522  Q
    | |||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6597 cacagaatgttgaagccaatggagctcaggacgttgaaatgtctgcagcccagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagataatcaagagct 6696  T
Q  523 tgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaat 612  Q
    | |||||||| | ||||||||||||||| | |||| ||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6697 taatgatcaacacgcttcaaatgaacccttccaagatgaacaactgtcagcagatccaccgcctctggcctcaggatctttgccctcaat 6786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0873 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0873
Description:

Target: scaffold0873; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 702 - 116
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  702 gagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagtcctgcttggagaagatgatgctcagaaggacaatgatgcatctcttcaagaagaagctgagaatg 603  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||    
T  602 ctaagcaggccactgaggttcatgaaggtatacctcaagctgcaaatgaaaactcttttgatcaggatcaaagagttgaagaaaatactgagtttcacac 503  T
Q  223 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 322  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  502 tcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttggcttcaaacatgaatattgaagaagatgttcaagatgaacaaatggatttctcaact 403  T
Q  323 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcag 422  Q
     || |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||  ||||||  ||||| ||| ||    
T  402 gggattgatctgaatgttgaagattccaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagatggtcaagaaacagctcagtatgttcataaaacaactgaag 303  T
Q  423 ctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagct 522  Q
    |||||||||||||||   || |  ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   |    
T  302 ctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctaaagctcagaatgttgaagatgttcaagttatggctaatcaagatggtcaagcatt 203  T
Q  523 tgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202 tgatgatcaacatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggccagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 30 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 17987096 - 17986517
Alignment:
Q  30 ttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagca 129  Q
    |||| ||||| || ||||||| ||| || ||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |    
T  17987096 ttcatgaaggcagttctcagtacaaggctctgcttggagaagttagtgctcagaaggttgatgaggcacctattccaaaagaagctgagattgccaagaa 17986997  T
Q  130 ggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaat 229  Q
    | ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | |    
T  17986996 gaccactgaggatcataaagtgatacctcaagatgctaaggaaaactctcttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagatt 17986897  T
Q  230 gttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttg 329  Q
    |||||||| |  ||||||||||| | |||| |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||| || |||    
T  17986896 gttgatgatgcaactcaagaggtagctgaattactggcctcaaacatgagtattgaagaagaagttcaagttgagcacatggatttctcaactgggattg 17986797  T
Q  330 atctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaa 429  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  17986796 atctgaatgttgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagatggccaagaaacagctcagtatgttcagaaaacaactgaagctcagaa 17986697  T
Q  430 tgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgat 529  Q
    ||||||||   || |  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  17986696 tgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagaagttcaagttatggctaatcaagatgatcaagcatttgatgat 17986597  T
Q  530 caaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17986596 cagcatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 17986517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 68 - 609
Target Start/End: Original strand, 17159135 - 17159675
Alignment:
Q  68 gaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcga 167  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||| | |  |||||| || ||||||| ||||||||  |||||||||| ||       
T  17159135 gaagatgatgctcagaaggttaatgatgcatctcttcaagggaaagctgacaatattaagcaagctactgaggctcatgaaggtatacctcaagttgttg 17159234  T
Q  168 aagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggc 267  Q
    | ||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||| ||    
T  17159235 atgaaaactttgttgataaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatactcagaatgttgatgaagatacccaggaagtggctgagctcttagc 17159334  T
Q  268 ttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaat 367  Q
    |||||| |||  |||||| ||||| |||||||   |||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  17159335 ttcaaacatgtttattgatgaagatgttcaagttaaacatatggagttctcaactgggattgatctcaatattgaagatattaacactgactttaacaat 17159434  T
Q  368 gaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctg 467  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||   || ||||||||||||||| ||  ||||    
T  17159435 gaagtgtttcaagatggtcaagaaacag-tcagtatgttcaggaaacaacttaagcacagaatgtggaagtttctcctgctcagaacgttgcagcttctg 17159533  T
Q  468 aagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagct 567  Q
      ||||| |||||||||||| ||   | |||| | |||||  ||| ||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  17159534 ctgctcaaaatgttgaagatattttgggcatgaccaatcagaatggtcaagtgtttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaaggtggccagtt 17159633  T
Q  568 gtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
     ||| ||||||||  | || |||| |||||||||||||||||    
T  17159634 atcaacagatccaatgtctttggcttcaggatctttgccctc 17159675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 6700643 - 6700804
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6700643 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 6700742  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6700743 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 6700804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 381
Target Start/End: Original strand, 6700406 - 6700552
Alignment:
Q  229 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 328  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  6700406 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 6700499  T
Q  329 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  6700500 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 6700552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 57
Target Start/End: Original strand, 17159079 - 17159112
Alignment:
Q  24 agattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagc 57  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17159079 agattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagc 17159112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0343 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: scaffold0343
Description:

Target: scaffold0343; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 23 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 18244 - 17655
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  18244 gagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagtcctgcttggagaagatgatgctcagaaggacaatgatgcatctcttcaagaagaagctgagaatg 18145  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 222  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  18144 ctaagcaggccactgaagttcatgaaagtatacctcaagatgctaaggaaaactcccttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgc 18045  T
Q  223 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtat---tgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctca 319  Q
    ||| | |||||||||    ||||||||||| | |||| |  | || ||||| ||||||||   |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  18044 tcagattgttgatgatacaactcaagaggtagctgaattactagcctcaaacatgagtattgatgaagaagaagttcaagttgaacacatggatttctca 17945  T
Q  320 actaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctg 419  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||| ||||| |||    
T  17944 actgggattgatctaaatgttgaagatatcaacactgacttcaacaattaagtgtttcaagatggccaagaaacatctcagtatgttcagaaaacaactg 17845  T
Q  420 cagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaaga 519  Q
     |||||||||||||||||   || |  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  17844 aagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagttatggctaatcaagatgttcaagc 17745  T
Q  520 gcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17744 atttgatgatcatcatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggtcagctgtcagcagatctagcgcctctggccttaggatctttgccctc 17655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 23 - 609
Target Start/End: Original strand, 21456364 - 21456953
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  21456364 gagattgttaaagaaggaagttctcaattcaaagtcctgcttggagaagatgatgctcagaaggacaatgatacatctcttcaagaagaagctgagaatg 21456463  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  21456464 ctaagcaggccactgaggttcatgaaggtatacctcaagatgctaaggaaaactcctttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgc 21456563  T
Q  223 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtat---tgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctca 319  Q
    ||| | |||||||||    ||||||||||| | |||| |  | || ||||| ||||||||   |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  21456564 tcagattgttgatgatacaactcaagaggtagctgaattactagcctcaaacatgagtattgatgaagaagaagttcaagttgaacacatggatttctca 21456663  T
Q  320 actaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctg 419  Q
    ||| || | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||| ||||| |||    
T  21456664 actgggatggatctaaatgttgaagatatcaacactgacttcaacaatcaagtgtttcaagatggccaagaaacaactcagtatgttcagaaaacaactg 21456763  T
Q  420 cagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaaga 519  Q
     |||||||||||||||||   || |  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  21456764 aagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagaagttcaagttatggctaatcaagatgatcaagc 21456863  T
Q  520 gcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21456864 atttgatgatcagcatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggtcagctatcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 21456953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 357
Target Start/End: Original strand, 10918 - 11245
Alignment:
Q  30 ttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagca 129  Q
    |||| ||||| || ||||||| ||| || ||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |    
T  10918 ttcatgaaggcagttctcagtacaaggctctgcttggagaagttagtgctcagaaggttgatgaggcacctattccaaaagaagctgagattgccaagaa 11017  T
Q  130 ggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaat 229  Q
    | ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | |    
T  11018 gaccactgaggatcataaagtgatacctcaagatgctaaggaaaactctcttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagatt 11117  T
Q  230 gttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttg 329  Q
    |||||||| |  ||||||||||| | |||| |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||| || |||    
T  11118 gttgatgatgcaactcaagaggtagctgaattactggcctcaaacatgagtattgaagaagaagttcaagttgagcacatggatttctcaactgggattg 11217  T
Q  330 atctgaatgttgaagacatcaacactga 357  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  11218 atctgaatgttgaagatatcaacactga 11245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 179 - 609
Target Start/End: Original strand, 21459095 - 21459513
Alignment:
Q  179 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatga 278  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  21459095 gttgatcaatatcaaagagttgaagaaaatactgagaagaatactcagaattttgatgaagatactcaggaagtgactgagctcttggcttcaaacatga 21459194  T
Q  279 gtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 378  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21459195 atattgaagaagatgttcaagatgaacatatggaattctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtatttca 21459294  T
Q  379 agaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaat 478  Q
    ||| |   ||||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||    | |||||||||| |||  |||  |||  |||||||||    
T  21459295 agatggacaagaaacagc---------tcaggaaacaactacagctcagaatgttgaag---gttctgctcagaatgttacagttcctgctgctcagaat 21459382  T
Q  479 gttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatc 578  Q
    ||||||||| |||  |||||| |||||||  ||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||  ||||    
T  21459383 gttgaagatattcctgtcatgtctaatcagaatgttcaagaatttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttccagatgtccagctgtcagttgatc 21459482  T
Q  579 cagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21459483 caatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21459513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 21990079 - 21989892
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  21990079 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 21989980  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  21989979 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 21989892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 21990235 - 21990139
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  21990235 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 21990139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 21989801 - 21989640
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21989801 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21989702  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21989701 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21989640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 9327041 - 9326880
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  9327041 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 9326942  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9326941 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9326880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 21204887 - 21204726
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21204887 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21204788  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21204787 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21204726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 21332212 - 21332373
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21332212 tcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21332311  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||    ||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21332312 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatccctttggcatcaggatctctgccctc 21332373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 21205124 - 21204978
Alignment:
Q  229 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 328  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  21205124 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggtttt 21205031  T
Q  329 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  21205030 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 21204978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 381
Target Start/End: Original strand, 21331975 - 21332121
Alignment:
Q  229 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 328  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  21331975 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 21332068  T
Q  329 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  21332069 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 21332121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 119
Target Start/End: Original strand, 21458988 - 21459038
Alignment:
Q  69 aagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21458988 aagaggatgctcaaaagattgatgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 21459038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 179 - 609
Target Start/End: Original strand, 45022807 - 45023225
Alignment:
Q  179 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatga 278  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  45022807 gttgatcaaaatcaaagagttgaagaaaatactgagaagaatactcagaattttgatgaagatactcaggaagtgactgagctcttggcttcaaacatga 45022906  T
Q  279 gtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 378  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45022907 atattgaagaagatgttcaagatgaacatatggaattctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtatttca 45023006  T
Q  379 agaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaat 478  Q
    ||| |   ||||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||    | |||||||||| |||  |||  |||  |||||||||    
T  45023007 agatggacaagaaacagc---------tcaggaaacaactacagctcagaatgttgaag---gttctgctcagaatgttacagttcctgctgctcagaat 45023094  T
Q  479 gttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatc 578  Q
    ||| ||||| |||  |||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||  ||||    
T  45023095 gttaaagatattcctgtcatgtctaatcaaaatgttcaagaatttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttccagatgaccagctgtcagttgatc 45023194  T
Q  579 cagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45023195 caatgcctttggcatcaggatctctgccctc 45023225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 9505692 - 9505507
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  9505692 tcagaatgttgaaacttctgctggtcagaatgttacagtgtctgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagctt 9505593  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9505592 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9505507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 202 - 381
Target Start/End: Original strand, 18659339 - 18659512
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  18659339 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 18659438  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||    
T  18659439 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaacagtgagttgtttcaaga 18659512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Original strand, 18659579 - 18659764
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  18659579 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 18659678  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18659679 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18659764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 9505905 - 9505759
Alignment:
Q  229 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 328  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  9505905 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 9505812  T
Q  329 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  9505811 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9505759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 119
Target Start/End: Original strand, 45022700 - 45022750
Alignment:
Q  69 aagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  45022700 aagaggatgctcaaaagattgatgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 45022750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 19384093 - 19383642
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa------------gatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaag 110  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||            ||||||||| ||||||   || |||||||| ||||||  |    
T  19384093 gagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagctttgattggagaatcactaactaaagatgatgctgagaaggaaaataatgcatctcttcaagggg 19383994  T
Q  111 aagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatac 210  Q
    ||||||||| || |||||| || ||||||| ||| ||||  ||||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  19383993 aagctgagaatgttaagcaagctactgaggctcacgaaggtatacctcaagctgctgatgaaaactctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatac 19383894  T
Q  211 tgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatg 310  Q
    |||||   ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||||| |||    
T  19383893 tgagaaggatactcagaatgttgatgaagatactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatgttgattgaagaagatgttcaagttgaacatatg 19383794  T
Q  311 gatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcagg 410  Q
    |  ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |   |||||||| || |   ||||||||    
T  19383793 gggttctcaactgggtttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaattaaatgtttcaagatggtcaagaaacatcttaatatgttcagg 19383694  T
Q  411 aaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagt 462  Q
    |||||  |  |||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  19383693 aaacaaataaagctcagattgttgaagtttctgctgctcagaatgttgaagt 19383642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 22 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 19381077 - 19380734
Alignment:
Q  22 agagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa------------gatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaa 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||            |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||     
T  19381077 agagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagctttgattggagaatcactaactgaagatgatgctcagaatgttaatgatgcatctcttcaagag 19380978  T
Q  110 gaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaata 209  Q
    |||||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||  ||||||||||||||  |  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  19380977 gaagctgagaatgttaagcaagctactgaggctcatgaaggtatacctcaagctgctgataaaaactctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaata 19380878  T
Q  210 ctgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaat 309  Q
    ||||||   ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||||| ||    
T  19380877 ctgagaaggatactcagaatgttgatgaagatactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatgttgattgaagaagatgttcaagttgaacatat 19380778  T
Q  310 ggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaaca 353  Q
    ||| ||||||||| || ||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  19380777 ggagttctcaactgggattgatctcaatattgaagatatcaaca 19380734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 26194296 - 26194109
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  26194296 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 26194197  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26194196 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 26194109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 18387969 - 18388065
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18387969 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 18388065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 26194452 - 26194356
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26194452 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 26194356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 18388125 - 18388312
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  18388125 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggaaaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 18388224  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  18388225 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 18388312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 528 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 19383576 - 19383480
Alignment:
Q  528 atcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattgatgtccatct 624  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||    
T  19383576 atcagaatgcatcaaatgaacctcttcaaggtggccagctgtcagcagatccagtgcctttggcctcatgatctttgccctcagttgaggtacatct 19383480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 202 - 381
Target Start/End: Original strand, 33947477 - 33947650
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  33947477 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 33947576  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  33947577 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 33947650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 459 - 609
Target Start/End: Original strand, 18388342 - 18388492
Alignment:
Q  459 aagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaagg 558  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  | || ||     
T  18388342 aagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccaga 18388441  T
Q  559 tggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18388442 tggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18388492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 26194018 - 26193857
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  26194018 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 26193919  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  26193918 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 26193857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 33947741 - 33947902
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  33947741 tcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 33947840  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  33947841 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 33947902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 177 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 24924036 - 24923622
Alignment:
Q  177 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 276  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  24924036 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcaggatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcttcaaatat 24923937  T
Q  277 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 376  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24923936 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 24923843  T
Q  377 caagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcaga 476  Q
    ||||| |   |||||||||||||||         || || ||  ||||||||||||||||||   | |||||||||| |||| |||  |||  |||||||    
T  24923842 caagatggacaagaaacagctcagg---------aagcaactaaagctcagaatgttgaagc---ttctgctcagaatgttgcagttcctgctgctcaga 24923755  T
Q  477 atgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcaga 576  Q
    |||||||| || |||  ||  || |||||||  ||| |||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  24923754 atgttgaaaatattcctgttttgtctaatcagaatgttcaagaacttgttgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaagatggccagctgtcagcaga 24923655  T
Q  577 tccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  24923654 tccaatgcctttggcttcaggatctttgccctc 24923622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 381
Target Start/End: Original strand, 16906149 - 16906498
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |    
T  16906149 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgagaaag 16906248  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 222  Q
      || || |   ||||||    |||||  || ||||||| ||        ||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||| || ||||    
T  16906249 tcaatcaag---ctgaggaaagtgaagaaatccctcaagatgttgttcccaactctgttgatcaaaatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatac 16906345  T
Q  223 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 322  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| |||||||||    
T  16906346 tcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaact 16906439  T
Q  323 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
     | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  16906440 ggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 16906498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 31365178 - 31365365
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  31365178 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 31365277  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31365278 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 31365365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 18167449 - 18167545
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18167449 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 18167545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 31365022 - 31365118
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  31365022 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 31365118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 24924214 - 24924118
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  24924214 gagattgttgaagaaggaagctctcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgcttagaaggttgatgatgcatctcttcaaagagaaactgaga 24924118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 18167605 - 18167792
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  18167605 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggaaaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 18167704  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  18167705 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 18167792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 455 - 609
Target Start/End: Original strand, 18199558 - 18199712
Alignment:
Q  455 gttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttc 554  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||  ||| | |||   |||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  18199558 gttgaagtttctgctgctcagaatgttgaagatattcctgtcatgactaatcagaatgttaaagtatttgatgatcagaatgcatctaatgaacctcttc 18199657  T
Q  555 aaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |  | || |||| |||||||||||||||||    
T  18199658 aaggtggccagctgtcagcagatctaatggctttggcttcaggatctttgccctc 18199712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 459 - 609
Target Start/End: Original strand, 18167822 - 18167972
Alignment:
Q  459 aagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaagg 558  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  | || ||     
T  18167822 aagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccaga 18167921  T
Q  559 tggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18167922 tggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18167972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 31365456 - 31365617
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  31365456 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 31365555  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  31365556 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 31365617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 16906589 - 16906750
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  16906589 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 16906688  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  16906689 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 16906750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 177 - 609
Target Start/End: Original strand, 6430782 - 6431196
Alignment:
Q  177 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 276  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  6430782 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcaggatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcttcaaatat 6430881  T
Q  277 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 376  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6430882 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacagtgaagtgttt 6430975  T
Q  377 caagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcaga 476  Q
    ||||| |   ||||||||||||| |         || || ||  ||||||||||||||||||   | |||||||||| |||| |||  |||  |||||||    
T  6430976 caagatggacaagaaacagctcaag---------aagcaactaaagctcagaatgttgaagc---ttctgctcagaatgttgcagttcctgctgctcaga 6431063  T
Q  477 atgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcaga 576  Q
    |||||||| || |||  ||| || |||||||  ||| ||||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |    
T  6431064 atgttgaaaatattcctgtcttgtctaatcagaatgttcaagaatttgttgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaagatggccagctgtcagcata 6431163  T
Q  577 tccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  6431164 tccaatgcctttggcttcaggatctttgccctc 6431196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 8981299 - 8981486
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  8981299 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 8981398  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8981399 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 8981486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 16409216 - 16409403
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||| ||||| |||||||  |||||||    
T  16409216 gatcatagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatgaagaaacccaggaagtggctgagctcttagcttctaatatgaacattgaag 16409315  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  16409316 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagaaatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 16409403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 8981143 - 8981239
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  8981143 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 8981239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 16409060 - 16409156
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  16409060 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaatgttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 16409156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 145
Target Start/End: Original strand, 6430604 - 6430726
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattg 122  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||       
T  6430604 gagattgttgcagaaggaagctctcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaagagaaactgagaaga 6430703  T
Q  123 ctaagcaggccactgaggttcat 145  Q
     |||||| | |||||||||||||    
T  6430704 ttaagcaagtcactgaggttcat 6430726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Original strand, 9545558 - 9545743
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  9545558 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 9545657  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9545658 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9545743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Original strand, 16409470 - 16409655
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||| | || |||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  16409470 tcagaatgttgaaacttctgctggtcagaatgctgcagtgtctgaagcccataatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagctt 16409569  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| || | ||||||||| |||||||    
T  16409570 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttgacatcaggatctctgccctc 16409655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 202 - 381
Target Start/End: Original strand, 9545318 - 9545491
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  9545318 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 9545417  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  9545418 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9545491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 8981577 - 8981738
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  8981577 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 8981676  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  8981677 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 8981738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 32106815 - 32107002
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  32106815 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 32106914  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  32106915 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 32107002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Original strand, 46505502 - 46505689
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  46505502 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 46505601  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  46505602 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactagatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 46505689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 16134290 - 16134194
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  16134290 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 16134194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 32106659 - 32106755
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  32106659 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaacccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 32106755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 46505346 - 46505442
Alignment:
Q  23 gagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  46505346 gagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctcttcaaaaagaagctgaga 46505442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 188 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 16134134 - 16133947
Alignment:
Q  188 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  16134134 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 16134035  T
Q  288 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  16134034 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 16133947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 5383818 - 5383633
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  5383818 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 5383719  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  5383718 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 5383633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Original strand, 8509426 - 8509611
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  8509426 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 8509525  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  8509526 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 8509611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 16133880 - 16133695
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  16133880 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 16133781  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  16133780 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 16133695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 26350202 - 26350017
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  26350202 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 26350103  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  26350102 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 26350017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Original strand, 46505747 - 46505932
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  46505747 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 46505846  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  46505847 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 46505932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 202 - 381
Target Start/End: Original strand, 8509186 - 8509359
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  8509186 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 8509285  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  8509286 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 8509359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 202 - 363
Target Start/End: Original strand, 44905516 - 44905671
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  44905516 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 44905615  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaa 363  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  44905616 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaa 44905671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 202 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5384058 - 5383885
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  5384058 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 5383959  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |      |||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  5383958 g------tggagttctcaactggattcgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 5383885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 9537217 - 9537097
Alignment:
Q  179 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaa-tactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatg 277  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||    
T  9537217 gttgatcaagatcaaagagttgaagaaaaatattgagtttgatactcataatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatg 9537118  T
Q  278 agtattgaagaagaagttcaa 298  Q
    || | ||||||||||| ||||    
T  9537117 agcactgaagaagaagctcaa 9537097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 202 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 26350442 - 26350269
Alignment:
Q  202 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 301  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  26350442 agaaaatactgagtttggtactcagaatattgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 26350343  T
Q  302 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  26350342 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 26350269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Original strand, 6542901 - 6543062
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6542901 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 6543000  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6543001 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 6543062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 424 - 609
Target Start/End: Original strand, 44905756 - 44905941
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||| || ||| |||  |||||||||||    
T  44905756 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatgactgatcgagacaatcaagagctt 44905855  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |||| |||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  44905856 gatgctcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 44905941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 468 - 548
Target Start/End: Original strand, 32107113 - 32107193
Alignment:
Q  468 aagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaac 548  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  32107113 aagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaac 32107193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 363
Target Start/End: Original strand, 6542664 - 6542792
Alignment:
Q  229 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 328  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  6542664 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggtttt 6542757  T
Q  329 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaa 363  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  6542758 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaa 6542792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 473 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 9537021 - 9536894
Alignment:
Q  473 cagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcag 572  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| || || |  ||| ||||||| ||    
T  9537021 cagaatgatgaagatgttcat-tcatggctgatcaagacaatctagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaactccctccaaatggccagctgttag 9536923  T
Q  573 cagatccagcgcctctggcctcaggatct 601  Q
      ||||||  |||| |||| |||||||||    
T  9536922 ttgatccaatgcctttggcatcaggatct 9536894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2993948 - 2993902
Alignment:
Q  169 agaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgaga 215  Q
    ||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2993948 agaaaactctcttgttcaagatcagagagttgaagaaaatactgaga 2993902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 68 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 2994063 - 2994025
Alignment:
Q  68 gaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaa 106  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  2994063 gaagatgatgttcagaaggttgatgatgcatctcttcaa 2994025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 9537324 - 9537274
Alignment:
Q  69 aagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9537324 aagaggatgctcaaaagattgatgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 9537274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 3)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 424 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 21203 - 21048
Alignment:
Q  424 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 523  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||  | |||||||||    
T  21203 tcagaatgttgaaacctctgctgctcagaatgttgctgtgtctgaagcccagaatgatgaagatgttcatgccatggctgatcaagacaaccaagagctt 21104  T
Q  524 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatcc 579  Q
    || |||||  |||| |||||||||| || || || ||| ||||||||||| |||||    
T  21103 gacgatcagcatgcctcaaatgaactccctctagatggccagctgtcagctgatcc 21048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 177 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 21468 - 21270
Alignment:
Q  177 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 276  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| || ||||||||    
T  21468 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatattcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcctcaaatat 21369  T
Q  277 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 376  Q
    ||  ||||||||||||  |||||| |      |||  ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  21368 gaacattgaagaagaaactcaagacg------tggtgttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattaacttcaacagtgaagtgttt 21275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 21636 - 21564
Alignment:
Q  33 aagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattca 105  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21636 aagaaggaagctctcagttcaaaaccttgattggggaagatgatgctcagaaggttgatgaggcatctcttca 21564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 3)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 426 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 311855 - 311672
Alignment:
Q  426 agaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttga 525  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  311855 agaatgttgaaacttctgctgctcagaatgttgcagtgactgaagcccagaatgatgaagatgttcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttga 311756  T
Q  526 tgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    ||||||  |||| |||||||||| || || || ||| || |||||||  |||||   |||| |||| ||| ||||| |||||||    
T  311755 tgatcagcatgcctcaaatgaactccctccagatggccaactgtcagttgatcccatgcctttggcatcatgatctctgccctc 311672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 177 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 312122 - 311999
Alignment:
Q  177 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 276  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||  |||| || |||| ||| ||||| |||||||| ||    
T  312122 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatgaagaagctcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacat 312023  T
Q  277 gagtattgaagaagaagttcaaga 300  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||    
T  312022 gagcattgaagaagaagctcaaga 311999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 312227 - 312177
Alignment:
Q  69 aagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 119  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  312227 aagaggatgctcaaaagattgatgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 312177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 448 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 9894 - 9733
Alignment:
Q  448 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 547  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  9894 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 9795  T
Q  548 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 609  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9794 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 10131 - 9985
Alignment:
Q  229 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 328  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  10131 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 10038  T
Q  329 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 381  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  10037 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 378
Target Start/End: Original strand, 20634 - 20698
Alignment:
Q  314 ttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 378  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20634 ttctcaactgggtttgatctcaacattgaagatctcaacactgacttcaaaaatgaagtgtttca 20698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University