View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8901_low_9 (Length: 781)
Name: NF8901_low_9
Description: NF8901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8901_low_9 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 32854181 - 32853424
Alignment:
| Q |
13 |
tggacatcaaattaaaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
112 |
Q |
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| T |
32854181 |
tggaaatcaaattaaaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
32854082 |
T |
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| Q |
113 |
gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatatgaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
212 |
Q |
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| T |
32854081 |
gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatatgaactgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
32853982 |
T |
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| Q |
213 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcggcaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagagg |
312 |
Q |
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| T |
32853981 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcgacaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagagg |
32853882 |
T |
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| Q |
313 |
tcatggaaggcattatggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttattt-gcaaaaaatctggacatgaatc |
411 |
Q |
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| T |
32853881 |
tcatggaaggcattatggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttattttgcaaaaaatctggacatgaatc |
32853782 |
T |
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| Q |
412 |
aaaagattgtcgctttagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaagatgatgaaagaataaaggga |
511 |
Q |
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| T |
32853781 |
aaaagattgtcgctttagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaagatgatgaaagaataaaggga |
32853682 |
T |
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| Q |
512 |
attaatttttctgcagaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgatcaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggctgcagca |
611 |
Q |
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| T |
32853681 |
attaatttttctgcagaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgatcaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggctgcagca |
32853582 |
T |
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| Q |
612 |
atcatgtaacagggaatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaa |
711 |
Q |
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| T |
32853581 |
atcatgtaacagggaatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaa |
32853482 |
T |
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| Q |
712 |
gggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
769 |
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32853481 |
gggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
32853424 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 717; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 37177316 - 37176560
Alignment:
| Q |
13 |
tggacatcaaattaaaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
112 |
Q |
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37177316 |
tggaaatcaaattaaaagttgtggagaacaagttccagaaaagaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
37177217 |
T |
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| Q |
113 |
gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatatgaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
212 |
Q |
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| T |
37177216 |
gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatataaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
37177117 |
T |
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| Q |
213 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcggcaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagagg |
312 |
Q |
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| T |
37177116 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcgacaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacatagg |
37177017 |
T |
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| Q |
313 |
tcatggaaggcattatggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttatttgcaaaaaatctggacatgaatca |
412 |
Q |
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| T |
37177016 |
tcatggaaggcattatggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttatttgcaaaaaatctggacatgaatca |
37176917 |
T |
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| Q |
413 |
aaagattgtcgctttagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaagatgatgaaagaataaagggaa |
512 |
Q |
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aaagattgtcgctttagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaaaatgatgaaagaataaagggaa |
37176817 |
T |
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| Q |
513 |
ttaatttttctgcagaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgatcaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggctgcagcaa |
612 |
Q |
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ttaatttttctgcaaaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgataaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggttgtagcaa |
37176717 |
T |
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613 |
tcatgtaacagggaatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaag |
712 |
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| T |
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tcatgtaacagggaatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaag |
37176617 |
T |
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| Q |
713 |
ggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
769 |
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| T |
37176616 |
ggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
37176560 |
T |
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