View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8902A_low_1 (Length: 710)

Name: NF8902A_low_1
Description: NF8902A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8902A_low_1
NF8902A_low_1
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (8-706)||(3302670-3303368)
chr3 (7-704)||(3320962-3321656)
chr3 (7-704)||(3309360-3310057)
chr3 (7-701)||(3356096-3356790)
chr3 (7-701)||(3201646-3202340)
chr3 (32-706)||(3220196-3220870)
chr3 (7-539)||(3722247-3722778)
chr3 (20-706)||(3197093-3197779)
chr3 (49-181)||(2808023-2808155)
chr3 (34-179)||(2837852-2837997)
chr3 (85-181)||(2798153-2798249)
chr3 (35-177)||(2769811-2769953)
chr3 (49-179)||(2855062-2855192)
chr3 (618-701)||(3722789-3722872)
[»] scaffold0691 (2 HSPs)
scaffold0691 (49-181)||(5402-5534)
scaffold0691 (269-330)||(5253-5314)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 3303368 - 3302670
Alignment:
Q  8 tggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3303368 tggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctgataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctatattt 3303269  T
Q  108 tggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattggag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||    
T  3303268 tggtatatatcctgaggactactccatcaaacggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaagaaggaggggacaaaactattggag 3303169  T
Q  208 gaagttgctgaagagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3303168 gaagttgctgaagagtacctgacagagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgaagttgtcaagtccatg 3303069  T
Q  308 atgtgttgcgtgaagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagacg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3303068 atgtgttgcgtgaagtgatcattaaaaaaatgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcaccgttggaataactagacg 3302969  T
Q  408 cttttctatagcagctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaacag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3302968 cttttctatagcagctatctccaacaacgaattgagaaacactagcaactcaggaattcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaattgcctaaacag 3302869  T
Q  508 ttcatggatgtattgtctgtcaagtttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttcc 607  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3302868 ttcatggatgtattatctgtcaagtttaagcttttaaaagtacttgattttgagaagtcttcattgaattttattcctgataatttgggaaatcttttcc 3302769  T
Q  608 acctaaggtacttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggcaaactc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3302768 acctaaggtacttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaagacaaactc 3302670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 3321656 - 3320962
Alignment:
Q  7 atggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctatt 106  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3321656 atggagttagagcacaatgtgcacttgaatagtctaacaaagattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctatatt 3321557  T
Q  107 ttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  3321556 ttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaagaatgaggagataagaccattgga 3321457  T
Q  207 ggaagttgctgaagagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccat 306  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||   | | ||||||||||||||  ||  |   | |||||| |||    
T  3321456 ggaagttgcagaagagtacctgacagagttgatacaaagaagtttggttaatgtttccagagtcggctttgatgggaagatcaaaaaatttcaagttcat 3321357  T
Q  307 gatgtgttgcgtgaagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagac 406  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||       ||||||||  |||||||||| || |||||||| |||||||   ||| ||  ||||||||||||||||||    
T  3321356 gatttgttgcgtgaagtgatccttagaaaaatgaaagatttaagtttctgttatctaatgcataaagatga---acaggttgctgttggaataactagac 3321260  T
Q  407 gcttttctatagcagctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaaca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3321259 gcttttctatagcagctatctccaacaatgacttgagaaacaatagcaactcaggaattcgtgctatatttgtcttcgacaaaggtgaatttcctaaaca 3321160  T
Q  507 gttcatggatgtattgtctgtcaagtttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttc 606  Q
    |||||| |||| ||| ||||  ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  3321159 gttcattgatggattatctgctaagttcaagcttttgaaagtacttgattttgagaattctttgttgaattgtattcctgataacttgggaaatctttac 3321060  T
Q  607 cacctaaggtacttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggcaaac 704  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3321059 ctcctaaggtacttgaacctgagtcatacaaaagttacggtacttccgagatccattggtaatctagtcaacttagaaaccttggatctaaggcaaac 3320962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 7 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 3310057 - 3309360
Alignment:
Q  7 atggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctatt 106  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||    
T  3310057 atggagttagagcacaacgtgcatttgactagtctaacaaagattttatctcttagttatgatgatttgcctcaccacttgaaatcttgcatgctgtatt 3309958  T
Q  107 ttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| | | |||||||    
T  3309957 ttggtatatatcctgaggactacaccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggctgaagggtttgttatgaatgaggagactaaatcattgga 3309858  T
Q  207 ggaagttgctgaagagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccat 306  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||| | | |||   | |||| |||||||||||||||  | ||||||||||| ||    
T  3309857 ggaagttgctgaagagtacctgacagagttggtacagagaagtttggttcaggtttccagagttggttttgatgggaaagtcaaaagttgtcaagtcaat 3309758  T
Q  307 gatgtgttgcgtgaagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagac 406  Q
    ||| ||||||   | |||||||||       ||||||||  ||| || || |||||||||||  || |||||||||||  ||  ||||  |||||||| |    
T  3309757 gatttgttgcaccaggtgatcattagaaaaatgaaagatttaagcttttgccatttaatgcacaaatatgatgaacaacacatggttgtgataactaggc 3309658  T
Q  407 gcttttctatagcagctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaaca 506  Q
    || ||||||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |||||||  | ||||| ||||||| || |||||||||||| ||    
T  3309657 gcatttctatagcatccatccccaacaatgacttgcgaaacactagcaactctggcattcgtgctatttttgtttttgacagagatgaatttcctaagca 3309558  T
Q  507 gttcatggatgtattgtctgtcaagtttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttc 606  Q
    |||||| |||| ||| |||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3309557 gttcatagatggattatctgccaagttcaagcttttgaaagtacttgattttcagaattctttgttgaattatattcctgataacttgggaaatcttttc 3309458  T
Q  607 cacctaaggtacttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggcaaac 704  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3309457 ctcctaaggtacttgaacctgagtcatacaaaagttacggtacttccgaaatccattggtaatctagtcaacttagaaacattggatctaaggcaaac 3309360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 7 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 3356790 - 3356096
Alignment:
Q  7 atggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || |    
T  3356790 atggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtataataaggattttaagtcttagttatgatgatttgccttaccatctgaaatcctgcatgttatact 3356691  T
Q  107 ttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattgga 206  Q
    |||| || ||||| |||||||||  ||| || || || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||    
T  3356690 ttggcatgtatccagaggactacatcattaaacgaaaaagacttactaggcaatggatggctgaagggtttgttaagaatgagcacacaagaccattcga 3356591  T
Q  207 ggaagttgctgaagagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccat 306  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||  | || |||||||||||| | | |||   |||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||    
T  3356590 ggaagttgctgaagagtacttgatagagttggtacagagaagtttggttcaggtttccaaacttggctttgatgggaaagttaaaagatgtcaagtccat 3356491  T
Q  307 gatgtgttgcgtgaagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagac 406  Q
    ||| |||||||||||||| |||||       ||||||||  |||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  3356490 gatttgttgcgtgaagtggtcattaaaaaaatgaaagatttaagtttttgtcattcagtgcatggaggtgatgaacaagtcacggttggaataactaggc 3356391  T
Q  407 gcttttctatagcagctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaaca 506  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||||| |  ||||||| |||| | ||||||||| ||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  3356390 gcttctctatagtagccatctccaacaatgtattgagaagcactggtaactcaggaattcgtgctgtattagttttcgacaaaggtgaattgcctaaaca 3356291  T
Q  507 gttcatggatgtattgtctgtcaagtttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttc 606  Q
     |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| || | ||| ||||| |||||||  ||    ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  3356290 tttcatggatgaattatctgtcaagttcaagcttttgagagtacttgactttgagagttcagttttgaattatattcctgataacttggggagtcttttc 3356191  T
Q  607 cacctaaggtacttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggca 701  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||| ||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  3356190 cacctaaggtacttgaacctgagtcgtacaaaagtcacagttattccaagttctattggtaacctaatcaatttagaaaccttggatctaaggca 3356096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 701
Target Start/End: Original strand, 3201646 - 3202340
Alignment:
Q  7 atggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3201646 atggagttagagcgcaatgtgcatttgacaagtctaataaagattttatctctaagttacgatgatttgcctagccatttgaaatcatgcatgctgtatt 3201745  T
Q  107 ttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattgga 206  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||  | |||      |||    
T  3201746 ttggtatatatcccgaggactacaccatcactacgaagagacttactcggcaatggatggctgaagggtttgttaggtgtgaggaaagaaggaatccgga 3201845  T
Q  207 ggaagttgctgaagagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccat 306  Q
    | | ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||| || ||| |||   | |||| |||||||||||| ||    ||||||||||||||    
T  3201846 gaacgttgctgaagagtacttgacagagttgatacaaagaagtttgattcatgtttccaaagttggttttgatgggaaaatcaagagttgtcaagtccat 3201945  T
Q  307 gatgtgttgcgtgaagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagac 406  Q
     || ||||||||||||||||| ||       || |||||  ||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  3201946 aatttgttgcgtgaagtgatccttagaaaaatgcaagatttaagcttttgccatttaatgcatgaaggtgatgaacaagtcacagttggaataactaggc 3202045  T
Q  407 gcttttctatagcagctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaaca 506  Q
    | |||||||||||| |||| ||||| || |  ||||||| ||| |||||||||||| |||||||  | ||||| || ||||||| ||||||  ||||| |    
T  3202046 gtttttctatagcatctatttccaaaaatgtgttgagaagcacaagcaactcaggaattcgtgctatttttgttttcgacaaagatgaattatctaaaga 3202145  T
Q  507 gttcatggatgtattgtctgtcaagtttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttc 606  Q
     |||||||||| ||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||    ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  3202146 tttcatggatggattgtctgcaaagttcaagcttttgaaagtgcttgatttcgagaactccctgttgaattttgttcctgataacttggggaatcttttc 3202245  T
Q  607 cacctaaggtacttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggca 701  Q
    || || | ||||||||||||||| |  || ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  3202246 catctgaagtacttgaacttgagccgcacaaaagtcacagttcttcctagatcaattggtaatctagtcaacttagaaagcttggatctaaggca 3202340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 32 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 3220870 - 3220196
Alignment:
Q  32 tgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactc 131  Q
    ||||| ||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||      
T  3220870 tgactggtctaatgaggatattatcccttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgtatgttatattttggtatatatcctgaggactacgt 3220771  T
Q  132 catcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattggaggaagttgctgaagagtacctgacg 231  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  3220770 catcaaacggaaaagaattactcggcaatggatggctgaagggtttgttaagaatgagcacacaagaccattggaggaagttgcggaagagtacatgaca 3220671  T
Q  232 gagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccatgatgtgttgcgtgaagtgatcattn 331  Q
     |||| ||  | |||||||||||| | | |||   |  ||| ||||||||||||||   | ||||||| || |||||| || |||| |||||||||||      
T  3220670 aagttgataaatagaagtttggttcaagtttccaaagatggttttgatgggaaagtgaaaagttgtcatgttcatgatttgatgcgcgaagtgatcatca 3220571  T
Q  332 nnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagacgcttttctatagcagctatctccaa 431  Q
          ||||||||  ||| || || ||||| |||||||||| | ||||||||  ||  |  |||| |  ||| ||||| ||||||||||||| | | ||    
T  3220570 gaaaagtgaaagattcaagcttttgccatttgatgcatgaaggtcatgaacaaaccatggacggaacagttaggcgcttctctatagcagctaacccaaa 3220471  T
Q  432 caacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaacagttcatggatgtattgtctgtcaag 531  Q
    ||| |  ||||  |  ||| | ||||||||| |||| || |||||||| || |||||||| ||| |   | |||| |||||||||| |||   |  ||||    
T  3220470 caatgtgttgaccagtactggtaactcaggaattcgcgctgtatttgttttcgacaaaggagaactggatgaacatttcatggatggattagtttccaag 3220371  T
Q  532 tttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttccacctaaggtacttgaacttgagtc 631  Q
    || ||||| || ||||| |||||||||||||| |||   ||||||| | ||||||||||||| || || ||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  3220370 ttcaagcttttgaaagtacttgattttgagaaatctcggttgaattatgttcctgataacttagggaaccttttccacctaacgtacctgaacctgagtc 3220271  T
Q  632 ataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggcaaactc 706  Q
    |||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3220270 atacgaaagttaaggttattcctagatccattggtaagctactgaacttagaaaccttggatttaaggcaaactc 3220196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 539
Target Start/End: Original strand, 3722247 - 3722778
Alignment:
Q  7 atggagttagagcgcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |    
T  3722247 atggagttagagcgcaatgtgcatttgactagtataataaggattttatgtcttagttatgatgatttgccttaccatctgaaatcatgcatgttatact 3722346  T
Q  107 ttggtatatatcctga-ggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattgg 205  Q
    |||| || |||||||| |||||||  |||||| || || ||| ||||| ||||||    ||| ||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |    
T  3722347 ttggcatgtatcctgagggactacatcatcaaacgaaaaagaattactaggcaat--ccggctgaagggtttgttaagaatgagcacacaagaccattcg 3722444  T
Q  206 aggaagttgctgaagagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtcca 305  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||  | || |||||||||||| | | |||   |||||||||||||||||||||   | | |||||||||||    
T  3722445 aggaagttgctgaagagtacttgatagagttggtacagagaagtttggttcaggtttccaaacttggctttgatgggaaagttaaaagatgtcaagtcca 3722544  T
Q  306 tgatgtgttgcgtgaagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactaga 405  Q
    |||| ||||| ||||| || | |||       ||||||||   ||||| || |||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||     
T  3722545 tgatttgttgtgtgaaatggttattaaaaaaatgaaagattttagtttttgccattcagtgcatgaaggtgatgaactagtcactgttggaataactagg 3722644  T
Q  406 cgcttttctatagcagctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaac 505  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||    ||| |||  | | | ||||||||| |||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  3722645 cgcttgtctatagtagccatctccaacaatatgttgcgaagaaatggtaactcaggaattcgcgctgtattagttttcgacaaaggtgaatttcctaaac 3722744  T
Q  506 agttcatggatgtattgtctgtcaagtttaagct 539  Q
     ||||||||||| ||| |||  |||||| |||||    
T  3722745 ggttcatggatggattatcttccaagttcaagct 3722778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 3197779 - 3197093
Alignment:
Q  20 gcaatgtgcacttgactagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcc 119  Q
    |||||||||| || ||| |||||| ||  ||||||||||  |||||||| ||| | ||||  ||||| |||  ||||||| | ||||||||||| |||||    
T  3197779 gcaatgtgcatttcactcgtctaacaatgattttatctcggagttatgaggatcttccttgtcatttaaaactatgcatgttgtattttggtatctatcc 3197680  T
Q  120 tgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgttaggaatgaggtgacaagaccattggaggaagttgctgaa 219  Q
     ||| || || |||||||| | |||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||| |  ||  | |  || | | ||||||||||||||||||    
T  3197679 ggagaaccacaccatcaattgtaagagacttactaggcaatggatagccgaaggatttgttatgtgtgttgagggaaaaactttggaggaagttgctgaa 3197580  T
Q  220 gagtacctgacggagttaattcaaagaagtttggttaatgcttctgtacttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccatgatgtgttgcgtg 319  Q
    |||||| |||  ||| | ||  | | |||||||||| | | ||||    ||||||||||||| ||||||  | |||||| |||||||||| |||||| |     
T  3197579 gagtacttgaaagagctgatatatacaagtttggttcaagtttctagtgttggctttgatggaaaagtcaaaagttgtcgagtccatgatttgttgcatc 3197480  T
Q  320 aagtgatcattnnnnnnntgaaagatcaaagtttctgtcatttaatgcatgaagatgatgaacaagtcactgttggaataactagacgcttttctatagc 419  Q
    |  | ||| ||       |||||||| ||||||| || ||| ||||| |||| ||| | ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  3197479 atataatccttagaaaaatgaaagatgaaagtttttgccatataatgtatgaggatcaagaacaagtcacagttggaattaccagacgcttttctatagc 3197380  T
Q  420 agctatctccaacaacgacttgagaaacactagcaactcaggagttcgtgccgtatttgtctttgacaaaggtgaatttcctaaacagttcatggatgta 519  Q
    | || |||| || || |  || ||||||| ||| ||||||||| |||||||  | ||||| |||||||   | ||| |  ||||| | ||||| |||       
T  3197379 aactttctcaaataatgtgttaagaaacaatagtaactcaggaattcgtgctatctttgtttttgacagtagagaaatgtctaaatatttcattgatagt 3197280  T
Q  520 ttgtctgtcaagtttaagctgttaaaagtgcttgattttgagaagtcttcattgaattctattcctgataacttgggaaatcttttccacctaaggtact 619  Q
    || ||||||||||| ||| |  ||||||| ||||| |||| | | ||||  ||||||| | ||||||| ||||||||||||||  || | |||| |||||    
T  3197279 ttatctgtcaagttcaagtttgtaaaagttcttgactttgggcattctttgttgaattatgttcctgagaacttgggaaatctactcaatctaaagtact 3197180  T
Q  620 tgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggcaaactc 706  Q
    ||||| | |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3197179 tgaacctaagtcatacaaaagttatggttcttcctagatctatcggtaacctaccgaacttagaaacattggatctaaggcaaactc 3197093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 49 - 181
Target Start/End: Original strand, 2808023 - 2808155
Alignment:
Q  49 attttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagac 148  Q
    |||||||| || ||||| ||||  ||||| ||| | |||||| | |||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  ||||||     
T  2808023 attttatcactgagttacgatggcttgccctactacttgaaaccctgcattttgtattttggtatatatccagaggactactctattaatcataagagat 2808122  T
Q  149 ttactcggcaatggatggcagaagggtttgtta 181  Q
    | ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  2808123 taactcgacaatggatagctgaagggtttgtta 2808155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 2837997 - 2837852
Alignment:
Q  34 actagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactcca 133  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||     |||| ||| |||| ||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  2837997 actagtctaacaaagattttatctctcagttatgacagcctgccgtactatttaaaaccatgcattttgtattttggtatatatccagaggattactcca 2837898  T
Q  134 tcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgt 179  Q
    | ||||  | |||||| ||| |||||||||| || || ||||||||    
T  2837897 ttaatcataggagactaactaggcaatggatagctgaggggtttgt 2837852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 181
Target Start/End: Original strand, 2798153 - 2798249
Alignment:
Q  85 ttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggtttgtta 181  Q
    |||||| |||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||  |||||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  2798153 ttgaaaccatgcattttgtattttgctatatatcctcaggactattctatcaatcataagagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgtta 2798249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 177
Target Start/End: Original strand, 2769811 - 2769953
Alignment:
Q  35 ctagtctaataagaattttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactccat 134  Q
    ||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||   | |||||| | |||||| |||||||  | |||||||||||||||||| | ||||| || ||    
T  2769811 ctagtctaacaaagattttgtctcttagttatgatggccttccttactacttgaaaccatgcattttgtattttggtatatatcctcaagactattctat 2769910  T
Q  135 caatcggaagagacttactcggcaatggatggcagaagggttt 177  Q
     |||   |||||| | || ||||||||||| || |||||||||    
T  2769911 taataataagagattaacacggcaatggatagctgaagggttt 2769953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 2855192 - 2855062
Alignment:
Q  49 attttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagac 148  Q
    ||||||||||| ||||||||     |||| ||| |||| ||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  | |||||    
T  2855192 attttatctctcagttatgacagcctgccgtactatttaaaaccatgcattttgtattttggtatatatccagaggattactccattaatcataggagac 2855093  T
Q  149 ttactcggcaatggatggcagaagggtttgt 179  Q
    | ||| |||||||||| || || ||||||||    
T  2855092 taactaggcaatggatagctgaggggtttgt 2855062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 618 - 701
Target Start/End: Original strand, 3722789 - 3722872
Alignment:
Q  618 cttgaacttgagtcataccaaagttacggttcttccaagatccatcggtaatctaattaacttagaaaccttggatctaaggca 701  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||| || ||| ||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  3722789 cttgaacctgagtcgtacaaaagtcacagttattccaagttctattggtaacctaatcaatttagaaaccttggatctatggca 3722872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 5534 - 5402
Alignment:
Q  49 attttatctcttagttatgatgatttgccttaccatttgaaatcatgcatgctctattttggtatatatcctgaggactactccatcaatcggaagagac 148  Q
    ||||| || |||||||||||||   |||||||| | |||||| |||||||  | ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||  ||||||     
T  5534 attttgtcacttagttatgatggcctgccttactacttgaaaccatgcattttgtattttggtatatatccagaggactattctattaatcataagagat 5435  T
Q  149 ttactcggcaatggatggcagaagggtttgtta 181  Q
    | ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  5434 taactcgtcaatggatagctgaagggtttgtta 5402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 5314 - 5253
Alignment:
Q  269 ttggctttgatgggaaagtccgacgttgtcaagtccatgatgtgttgcgtgaagtgatcatt 330  Q
    |||||||||| |||||||| | |   ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  5314 ttggctttgaggggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattgcgtgaagtgatcatt 5253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University