View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8902A_low_115 (Length: 312)

Name: NF8902A_low_115
Description: NF8902A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8902A_low_115
NF8902A_low_115
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (5-297)||(13244625-13244917)
chr1 (96-297)||(12963979-12964180)
chr1 (88-297)||(30368212-30368421)
chr1 (97-287)||(13271474-13271664)
chr1 (20-297)||(13100812-13101088)
chr1 (13-297)||(13080969-13081253)
chr1 (88-297)||(13094278-13094487)
chr1 (13-283)||(13085911-13086181)
chr1 (88-297)||(13070280-13070489)
chr1 (18-297)||(13007009-13007288)
chr1 (88-297)||(13129707-13129916)
chr1 (18-297)||(13204268-13204547)
chr1 (88-297)||(13161400-13161609)
chr1 (96-297)||(19279272-19279473)
chr1 (14-297)||(13065317-13065600)
chr1 (97-156)||(13010661-13010720)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (142-297)||(12164206-12164361)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (213-297)||(377574-377658)
chr6 (213-296)||(341859-341942)
chr6 (128-219)||(31380253-31380344)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 5 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 13244917 - 13244625
Alignment:
Q  5 caactttgttatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13244917 caactttgttatatcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttc 13244818  T
Q  105 caccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244817 caccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattg 13244718  T
Q  205 aaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13244717 aaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccat 13244625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 96 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 12964180 - 12963979
Alignment:
Q  96 gtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 195  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12964180 gtgaccttccaccacttctatgtgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 12964081  T
Q  196 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccc 295  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |||  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12964080 cctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccc 12963981  T
Q  296 at 297  Q
    ||    
T  12963980 at 12963979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 88 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30368421 - 30368212
Alignment:
Q  88 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 187  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| || |||||||    
T  30368421 gttacagggtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaac 30368322  T
Q  188 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 287  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  30368321 ttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatc 30368222  T
Q  288 ttctccccat 297  Q
    ||||||||||    
T  30368221 ttctccccat 30368212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 97 - 287
Target Start/End: Original strand, 13271474 - 13271664
Alignment:
Q  97 tgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggac 196  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13271474 tgaccttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggac 13271573  T
Q  197 ctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 287  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||   |||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13271574 ctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatc 13271664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 297
Target Start/End: Original strand, 13100812 - 13101088
Alignment:
Q  20 aaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatgcg 119  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| ||||    || | |||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  13100812 aaatgcatcttttagtgactttgaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgaccttccaccacctgtatgtg 13100911  T
Q  120 aaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttg 219  Q
    |||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  13100912 aaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttg 13101010  T
Q  220 taagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    ||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13101011 taagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13101088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 13081253 - 13080969
Alignment:
Q  13 ttatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 112  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||| |||| ||||||||||  |||||||   ||  |  |||  | |||||||||||||||||    
T  13081253 ttatatcaaatgcatcttttacgaattttgaccttaaagccatgttccatgcgaaggagaatagaaaccctaggaattattgagtgaccttccaccacct 13081154  T
Q  113 gtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctat 212  Q
    | ||| |||||||  |||| |  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  13081153 gaatgtgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctat 13081054  T
Q  213 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    |||||| |||||||| || |||| |||   ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  13081053 gaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccat 13080969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 88 - 297
Target Start/End: Original strand, 13094278 - 13094487
Alignment:
Q  88 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||| || ||||||     
T  13094278 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaa 13094377  T
Q  188 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 287  Q
    |||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13094378 ttctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13094477  T
Q  288 ttctccccat 297  Q
    ||||||||||    
T  13094478 ttctccccat 13094487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 283
Target Start/End: Original strand, 13085911 - 13086181
Alignment:
Q  13 ttatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | || ||| || || || |||| |||||| ||  ||||||||  |||  | |||||||  ||||||||||| || |    
T  13085911 ttatatcaaattcatcttttactaactttgactttgaatccatgttccatgcggagaacaatagaaactcttggagttacagaatgaccttccacaactt 13086010  T
Q  113 gtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctat 212  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||    
T  13086011 gtatgtgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctat 13086110  T
Q  213 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagc 283  Q
    ||||||| |||| || ||||| | |||   |||| || | ||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  13086111 gaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagc 13086181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 88 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 13070489 - 13070280
Alignment:
Q  88 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || | |||||    
T  13070489 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaac 13070390  T
Q  188 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 287  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13070389 ttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13070290  T
Q  288 ttctccccat 297  Q
    ||||||||||    
T  13070289 ttctccccat 13070280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 297
Target Start/End: Original strand, 13007009 - 13007288
Alignment:
Q  18 tcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| ||  ||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| ||||    || | |||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  13007009 tcaaatgcatcttttagtgactttaaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgacctgccaccacctttatg 13007108  T
Q  118 cgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaact 217  Q
     |||||||   ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13007109 tgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13007208  T
Q  218 tgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    ||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13007209 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13007288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 88 - 297
Target Start/End: Original strand, 13129707 - 13129916
Alignment:
Q  88 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || ||||||     
T  13129707 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13129806  T
Q  188 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 287  Q
    |||| || ||||  |||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13129807 ttctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13129906  T
Q  288 ttctccccat 297  Q
    ||||||||||    
T  13129907 ttctccccat 13129916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 297
Target Start/End: Original strand, 13204268 - 13204547
Alignment:
Q  18 tcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| ||  |||||||| || | ||||||| ||||  ||| |||| |  |  | |||||||||||||||||||| | || ||||    
T  13204268 tcaaatgcatcttttagtgactttaacctttaaaccatatttcatgtgaagaacaaaagaaatctttggggttacagggtgaccttccactatctttatg 13204367  T
Q  118 cgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaact 217  Q
     |||| |||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13204368 tgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13204467  T
Q  218 tgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    ||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13204468 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13204547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 88 - 297
Target Start/End: Original strand, 13161400 - 13161609
Alignment:
Q  88 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 187  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || ||||||     
T  13161400 gttacaaggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13161499  T
Q  188 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 287  Q
    |||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13161500 ttctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13161599  T
Q  288 ttctccccat 297  Q
    ||| ||||||    
T  13161600 ttccccccat 13161609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 96 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 19279473 - 19279272
Alignment:
Q  96 gtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 195  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| || | ||| ||||| |||    
T  19279473 gtgaccttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 19279374  T
Q  196 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccc 295  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| | |||||| || ||||    
T  19279373 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcacccc 19279274  T
Q  296 at 297  Q
    ||    
T  19279273 at 19279272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 13065600 - 13065317
Alignment:
Q  14 tatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctg 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||| |||||||| |  |||| |||||||   ||  | |||||||| ||||| ||||| |  ||    
T  13065600 tatatcaaatgcatcttttagtgactatgaccttcaagccatgtttcattccgagggtaatagaaagccttggagttacaggatgaccatccactaaatg 13065501  T
Q  114 tatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatg 213  Q
    ||||| |||||||||||  | ||  || ||| |||| ||||||| ||| ||| | |||||||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  13065500 tatgcaaaacttccatagtatagccgcggcagccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatg 13065401  T
Q  214 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||   ||| ||    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13065400 aacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13065317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 156
Target Start/End: Original strand, 13010661 - 13010720
Alignment:
Q  97 tgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatt 156  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||    
T  13010661 tgaccttccaccacttgtatgcgaaatttccataacaaatcagctgcgaccatcttcatt 13010720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 142 - 297
Target Start/End: Original strand, 12164206 - 12164361
Alignment:
Q  142 gcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgc 241  Q
    |||||||||||||| | ||  ||||| ||||| || || | |||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||  || || |    
T  12164206 gcaaccattttcatctcaatgaagcttatatccttacccaaacaactccttggtccagcattaaaagcaatgaacttgtaagaaggaacataaactatcc 12164305  T
Q  242 ctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    ||||| |    || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12164306 ctcctttttgagaaatccacctctctggcttaaattccaagcaatcttctccccat 12164361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 377658 - 377574
Alignment:
Q  213 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 297  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||  | ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  377658 gaacttataagacggttcatgaacaatgctacctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccat 377574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 213 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 341942 - 341859
Alignment:
Q  213 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccca 296  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  | || ||||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  341942 gaacttgtaagacggcgcataaacaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttaaactccaagcaatcttttcccca 341859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 31380344 - 31380253
Alignment:
Q  128 ataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttg 219  Q
    ||||||||||||| |||  ||| || |||||||  || |||| |||||| |||||||||||||  || |||| |||||||| ||||||||||    
T  31380344 ataacaaagaagccgcagacatcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University