View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8902A_low_73 (Length: 360)

Name: NF8902A_low_73
Description: NF8902A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8902A_low_73
NF8902A_low_73
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-354)||(21792016-21792369)
chr7 (1-340)||(21788234-21788573)
chr7 (1-340)||(21681655-21681994)
chr7 (1-337)||(15713628-15713964)
chr7 (69-337)||(21623266-21623534)
chr7 (1-340)||(21646748-21647091)
chr7 (1-339)||(21807970-21808308)
chr7 (1-340)||(21689418-21689757)
chr7 (1-340)||(21785411-21785750)
chr7 (1-340)||(21652074-21652413)
chr7 (1-340)||(21628130-21628469)
chr7 (1-340)||(21992178-21992526)
chr7 (1-337)||(21704648-21704984)
chr7 (1-337)||(21664103-21664442)
chr7 (22-339)||(21714209-21714526)
chr7 (1-340)||(21725901-21726240)
chr7 (69-340)||(21764135-21764406)
chr7 (1-340)||(21771966-21772305)
chr7 (1-337)||(21745537-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (211-341)||(25588-25718)
scaffold0182 (69-158)||(25383-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (260-334)||(18192049-18192123)
chr1 (31-144)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 21792016 - 21792369
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21792016 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaga 21792115  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792116 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 21792215  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    ||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21792216 attgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatat 21792315  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 354  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792316 tgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21788234 - 21788573
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  |||||    
T  21788234 tacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaaa 21788333  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788334 tttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataac 21788433  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  21788434 attgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgt 21788533  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788534 tgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21681655 - 21681994
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  21681655 tacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacaga 21681754  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  21681755 tctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataac 21681854  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  21681855 attgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgt 21681954  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681955 tgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 15713628 - 15713964
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| || ||||||    
T  15713628 tacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatacaaa 15713727  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| ||||||    
T  15713728 tctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgataac 15713827  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15713828 attgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgt 15713927  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 337  Q
    || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713928 tgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 69 - 337
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  69 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 168  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  169 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 268  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  269 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 337  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21646748 - 21647091
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | ||||    
T  21646748 tacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatccaaa 21646847  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
     ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  ||||||    
T  21646848 gctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataac 21646947  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| |    
T  21646948 attgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatat 21647047  T
Q  301 tgctcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || ||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647048 tgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 21808308 - 21807970
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| | || |||    
T  21808308 tacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaatataaa 21808209  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  21808208 tctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgataac 21808109  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    || ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21808108 atcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatggatgt 21808009  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 339  Q
    || ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808008 tgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21689418 - 21689757
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||| || |      
T  21689418 tacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataaatc 21689517  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  ||||||    
T  21689518 tctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataac 21689617  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||    
T  21689618 attgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgt 21689717  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || | ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689718 tgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21785411 - 21785750
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | ||||    
T  21785411 tacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaatccaaa 21785510  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| |||||||||||||||||||||    
T  21785511 tctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgccgataac 21785610  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21785611 attaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgt 21785710  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785711 tgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21652074 - 21652413
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  21652074 tacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaatacaaa 21652173  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    | || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  ||||||||||||||||||||     
T  21652174 tatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgccgataaa 21652273  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  21652274 attaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgt 21652373  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652374 tgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21628130 - 21628469
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21628130 tacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcagtacaaa 21628229  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||    
T  21628230 tctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgataac 21628329  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||    
T  21628330 attgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgt 21628429  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628430 tgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21992178 - 21992526
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa- 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||| |||||     
T  21992178 tacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacaag 21992277  T
Q  100 --------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagatt 191  Q
            ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| ||||||||||||    
T  21992278 caatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaagatt 21992377  T
Q  192 gccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgt 291  Q
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21992378 atcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgt 21992477  T
Q  292 catggatgttgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992478 catggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 21704648 - 21704984
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| || | |||     
T  21704648 tacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaatccaac 21704747  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||    
T  21704748 tctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagataac 21704847  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||| |    
T  21704848 attgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatat 21704947  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 337  Q
    || || ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704948 tgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 21664103 - 21664442
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    ||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  21664103 tacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaatacaga 21664202  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   ||||||    
T  21664203 tctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgataac 21664302  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 297  Q
    || ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  21664303 atcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21664402  T
Q  298 tgttgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 337  Q
    | ||| ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664403 tattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 339
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714526
Alignment:
Q  22 tcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagta 121  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || | |||||||| ||  ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  122 caagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcat 221  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcat 21714408  T
Q  222 tttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgctcgtggatggatgttctt 321  Q
    |||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21714409 tttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctt 21714508  T
Q  322 tgttgcatatcttggaga 339  Q
    || | |||||||||||||    
T  21714509 tgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21725901 - 21726240
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  |||||    
T  21725901 tacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacacaaa 21726000  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    ||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  21726001 tctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataac 21726100  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21726101 attgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgt 21726200  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726201 tgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 340
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  69 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 168  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  169 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 268  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  269 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21771966 - 21772305
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  |||||    
T  21771966 tacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataacacaaa 21772065  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    ||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  21772066 tctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataac 21772165  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  21772166 attgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgt 21772265  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 340  Q
    || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772266 tgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 21745537 - 21745873
Alignment:
Q  1 tacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaa 100  Q
    |||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || | ||||    
T  21745537 tacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaa 21745636  T
Q  101 tctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 200  Q
    |||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  ||||||    
T  21745637 tctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttgataac 21745736  T
Q  201 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 300  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||    
T  21745737 attgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgt 21745836  T
Q  301 tgctcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 337  Q
    |  |||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745837 tattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 211 - 341
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  211 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgctcgtgga 310  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  311 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 341  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 69 - 158
Target Start/End: Original strand, 25383 - 25472
Alignment:
Q  69 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 158  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25383 tcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  260 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgctcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 334  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  31 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 130  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  131 gtgggcagcagaat 144  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University