View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8904_high_1 (Length: 632)
Name: NF8904_high_1
Description: NF8904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8904_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 617
Target Start/End: Original strand, 624951 - 625559
Alignment:
| Q |
13 |
cagagaaggaagagaatgtggtcgaccaaccacaatgaagttttggattagctatttagggttcctagctctttgagaagatgaagtcccgatttcgctc |
112 |
Q |
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| T |
624951 |
cagagaaggaatagaatgtggtcgaccaaccacaatgaagttttggattagctgtttagggttcctagctctttgagaagatgaagtcccgatttcactc |
625050 |
T |
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| Q |
113 |
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgattacatttcttaaaaatatgtattataataacatgtgaacggactagaacttgttcatcaaactgatttagtcatt |
212 |
Q |
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| T |
625051 |
tttttattttttaattttttatgattacatttcttaaaaatatgtattataataacatgtgaacggactagaacttgttcatcaaactgatttagtcatt |
625150 |
T |
|
| Q |
213 |
aggtctcattggttgttatcgattcaaatgcatgattgatctattaagctactcaccctattcatacccccagtgaaataacaaacaaaatttaccactt |
312 |
Q |
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| T |
625151 |
aggtctcattggttcttatcgattcaaatgcatgattgatctattaagctactcaccctagtcatacccccagtgaaataacaaacaaaatttaccactt |
625250 |
T |
|
| Q |
313 |
atatttatttatgtaacatcaaccccgtcaaaaatgatgatatataattttattgtttttggaagaaagaaaatttagtaaattttttgttccactcact |
412 |
Q |
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| T |
625251 |
atatttatttatgtaacatcaaccccgtcaaaaatgatgatatataattttattgtttttggaagaaagaaaatttagtaaattttttgttccactcact |
625350 |
T |
|
| Q |
413 |
ttttctattaacaac----attgttattcaattctttttgtcaagtaatttagttgtcagaattttactccttaagacaaataagtgagaaatacggatt |
508 |
Q |
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| T |
625351 |
ttttctattaacaacataaattgttattcaattctttttgtcaagtaatttagttgtcagaattttactccttaagataaataagtgagaaatacggatt |
625450 |
T |
|
| Q |
509 |
gtaactccaactcctacatattgcaatatttctaccaactaagttatgcttacataaacagtgttattcaattctatacaatgctagtgtgcatggaatg |
608 |
Q |
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| T |
625451 |
gtaactccaactcctacatattacaatatttctaccaactaagttatgcttacatgaacaatgttattcaattctatacaatgctagtgtgcatggaatg |
625550 |
T |
|
| Q |
609 |
ataatttgt |
617 |
Q |
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| T |
625551 |
ataatttgt |
625559 |
T |
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