View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8905A_low_160 (Length: 255)

Name: NF8905A_low_160
Description: NF8905A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8905A_low_160
NF8905A_low_160
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (19-255)||(18867859-18868095)
chr8 (19-255)||(10686453-10686689)
chr8 (12-255)||(26299035-26299278)
chr8 (19-255)||(35743051-35743287)
chr8 (19-187)||(28892997-28893165)
chr8 (37-187)||(25682563-25682713)
chr8 (37-201)||(15946914-15947078)
chr8 (37-187)||(16755040-16755190)
chr8 (19-187)||(28330128-28330296)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (19-255)||(14739761-14739997)
chr6 (19-255)||(33333265-33333501)
chr6 (27-255)||(24433517-24433745)
chr6 (19-187)||(35203843-35204011)
chr6 (37-187)||(13880990-13881140)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (19-255)||(9226590-9226826)
chr4 (19-255)||(18858238-18858474)
chr4 (19-255)||(16626182-16626418)
chr4 (19-255)||(5145570-5145806)
chr4 (37-187)||(4567590-4567740)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (19-255)||(16498-16734)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (19-255)||(24263512-24263748)
chr7 (19-255)||(16882589-16882825)
chr7 (19-255)||(18411319-18411555)
chr7 (19-255)||(21986582-21986818)
chr7 (19-255)||(9187334-9187570)
chr7 (111-255)||(24272181-24272325)
chr7 (19-160)||(21643794-21643935)
chr7 (155-255)||(21642349-21642449)
chr7 (19-187)||(3322568-3322736)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (19-255)||(43594783-43595019)
chr5 (19-255)||(43627577-43627813)
chr5 (19-255)||(27447485-27447721)
chr5 (19-255)||(31399181-31399417)
chr5 (19-255)||(33789018-33789254)
chr5 (19-255)||(37558791-37559027)
chr5 (19-255)||(24557773-24558009)
chr5 (19-255)||(24598805-24599041)
chr5 (19-255)||(28835964-28836199)
chr5 (178-255)||(28805070-28805147)
chr5 (34-205)||(29103928-29104098)
chr5 (34-69)||(29267743-29267778)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (19-255)||(1308533-1308769)
chr3 (19-255)||(8514756-8514992)
chr3 (19-255)||(32478002-32478238)
chr3 (19-255)||(3325727-3325963)
chr3 (20-255)||(2674410-2674645)
chr3 (51-255)||(22170529-22170733)
chr3 (154-255)||(18144958-18145059)
chr3 (19-187)||(6305544-6305712)
chr3 (37-187)||(10096586-10096736)
chr3 (37-187)||(10203472-10203622)
chr3 (19-187)||(16459697-16459865)
chr3 (87-187)||(22623759-22623859)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (19-255)||(19346940-19347176)
chr2 (19-255)||(25393548-25393784)
chr2 (77-240)||(39485468-39485631)
chr2 (175-255)||(31058620-31058700)
chr2 (85-216)||(31133832-31133963)
chr2 (186-255)||(39485399-39485468)
chr2 (37-187)||(45569641-45569791)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (19-255)||(170-406)
scaffold0006 (19-255)||(8326-8562)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-255)||(41395913-41396137)
chr1 (146-255)||(19369001-19369110)
chr1 (19-187)||(9523961-9524129)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (19-222)||(34705-34908)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 18867859 - 18868095
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  18867859 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaatgttttcggagctttggcatatgcgca 18867958  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867959 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18868058  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868059 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacct 18868095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 10686453 - 10686689
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10686453 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 10686552  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686553 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 10686652  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10686653 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 10686689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26299278 - 26299035
Alignment:
Q  12 agatggacatcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcat 111  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  26299278 agatggccatcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcat 26299179  T
Q  112 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299178 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgga 26299079  T
Q  212 atctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26299078 atctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 26299035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 35743287 - 35743051
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35743287 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 35743188  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  35743187 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 35743088  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35743087 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 35743051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 28892997 - 28893165
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||  || |||||    ||||| ||||||| |||||| || | ||| ||    
T  28892997 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 28893096  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  28893097 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 28893165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 25682563 - 25682713
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  25682563 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 25682662  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  25682663 tgatgctaaagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 25682713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 201
Target Start/End: Original strand, 15946914 - 15947078
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||| |||| | || |||||    ||||| ||||||| |||||| |||| ||| | | |||| || ||||| ||    
T  15946914 tcaagacacctatggatgtttggagtgggagactgccagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgcacgtgtcaaacatgacaaact 15947013  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgt 201  Q
    |||  ||| || | |||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||    
T  15947014 tgatgctagagttgtgaagtgtgtttttattggttatcttgaaggtgtgaaaggttacaagttgt 15947078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 16755190 - 16755040
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| | || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  16755190 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 16755091  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  16755090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 16755040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 28330128 - 28330296
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| || ||||| | || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||    
T  28330128 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 28330227  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  28330228 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctaaaggtgtgaa 28330296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 14739761 - 14739997
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14739761 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 14739860  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739861 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 14739960  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739961 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacct 14739997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 33333265 - 33333501
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33333265 catcaacgggaatagacttcaagatacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33333364  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33333365 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcaggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 33333464  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33333465 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 33333501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 27 - 255
Target Start/End: Original strand, 24433517 - 24433745
Alignment:
Q  27 ggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagc 126  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||   ||| || |||||||  ||   |||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |    
T  24433517 ggaatagacttcaagacgcctattgaaaaatggagcgggaaaccagcaatttactcatctttgaaggttttcggagttttgacatatgcgcatatcaatc 24433616  T
Q  127 aagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatt 226  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||     
T  24433617 aatacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaagggttacaagttgtgtaaatttgaatctagtggaggatc 24433716  T
Q  227 aagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  24433717 aaaagtcttgattagtagggatgttacct 24433745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 35204011 - 35203843
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||    
T  35204011 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 35203912  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  35203911 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 35203843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 13880990 - 13881140
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  13880990 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 13881089  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  13881090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 13881140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 9226590 - 9226826
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9226590 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 9226689  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226690 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 9226789  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9226790 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 9226826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18858474 - 18858238
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18858474 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 18858375  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858374 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18858275  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18858274 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 18858238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 16626182 - 16626418
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  16626182 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttctgagctttgacatatgcgca 16626281  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  16626282 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtatcttcattggttatccggaaggtctgaagggttacgagttgtggaaattggaatctagt 16626381  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  16626382 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 16626418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 5145806 - 5145570
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5145806 catcaacgacaatagacttcaagacacctatggaagtatggaatgggaaaccggcagactactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 5145707  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5145706 tatcaagaaagacaagcttgagactagagctttgaaatgtgtctttattcgttatccagaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 5145607  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5145606 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatattacct 5145570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 4567590 - 4567740
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |  ||| || |||||   |||||| ||||||| |||||| |||| ||| ||| |||  || ||||| ||    
T  4567590 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcagacaggacaaact 4567689  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| || | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  4567690 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 4567740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 16498 - 16734
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16498 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16597  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16598 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 16697  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16698 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 16734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 24263512 - 24263748
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24263512 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 24263611  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263612 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 24263711  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24263712 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 24263748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 16882825 - 16882589
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16882825 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16882726  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16882725 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 16882626  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16882625 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 16882589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18411555 - 18411319
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  18411555 catcaactgggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggtttttggagctttgacatatgcgca 18411456  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411455 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcatttgttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18411356  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  18411355 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 18411319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 21986818 - 21986582
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21986818 catcaacggcaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaatcggcagactactcatctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcaca 21986719  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986718 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 21986619  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21986618 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 21986582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 9187334 - 9187570
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  | ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  9187334 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcaaactactcatctttgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 9187433  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187434 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagctgtggaaattggaatctagt 9187533  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  9187534 ggaggatcaaaagtcttgattagtatggatgttacct 9187570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 111 - 255
Target Start/End: Original strand, 24272181 - 24272325
Alignment:
Q  111 tatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24272181 tatgcgcatatcaagcaagacaagattgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattgg 24272280  T
Q  211 aatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24272281 aatctagttgaggattaaaagtcttgattagtagggatgttacct 24272325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 21643935 - 21643794
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21643935 catcaacgggtatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggctgattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 21643836  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgt 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21643835 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 21643794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 155 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 21642449 - 21642349
Alignment:
Q  155 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  21642449 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctattggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacc 21642350  T
Q  255 t 255  Q
    |    
T  21642349 t 21642349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 3322736 - 3322568
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||    
T  3322736 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 3322637  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    ||||| ||||||||| |||||  ||| |||  |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  3322636 tatcaggcaagacaaacttgatgctagagcggtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 3322568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43595019 - 43594783
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43595019 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43594920  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594919 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43594820  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43594819 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 43594783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43627813 - 43627577
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43627813 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43627714  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627713 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43627614  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43627613 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 43627577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 27447721 - 27447485
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27447721 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 27447622  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447621 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 27447522  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  27447521 ggaggatcaagagccttgataagtagggatgttacct 27447485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 31399181 - 31399417
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31399181 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcgaattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 31399280  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31399281 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 31399380  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31399381 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 31399417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 33789254 - 33789018
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33789254 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33789155  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33789154 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 33789055  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33789054 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 33789018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 37558791 - 37559027
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37558791 catcaacggggatagacttcaagacacttatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 37558890  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558891 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 37558990  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  37558991 ggaggatcaagagtcgtgataagtagggatgttacct 37559027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 24557773 - 24558009
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24557773 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24557872  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24557873 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24557972  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||    
T  24557973 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacct 24558009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 24598805 - 24599041
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24598805 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24598904  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24598905 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24599004  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||    
T  24599005 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacct 24599041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 28836199 - 28835964
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |    
T  28836199 catcaacatgaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggtagattactcatctttgatggttttcggagctttg-catatgcgta 28836101  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28836100 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgagaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 28836001  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  28836000 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 28835964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 255
Target Start/End: Original strand, 28805070 - 28805147
Alignment:
Q  178 aaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28805070 aaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgaaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 28805147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 205
Target Start/End: Original strand, 29103928 - 29104098
Alignment:
Q  34 acttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaa 133  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    |||| ||   ||| ||||||||| ||||||||| || | | ||||||||| ||| |||    
T  29103928 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccgattaattattctaatttaaaggttttcaaagctttggaat-ttcacatatcaagaaaggcaa 29104026  T
Q  134 gcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaa 205  Q
    ||||||   ||||  | |||||||| ||| |||| |||||  ||| ||||||||||| ||||  ||||||||    
T  29104027 gcttgatgttaaacatatgaaatgtttctccattagttatttggagggtgtgaagggttacatattgtggaa 29104098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 29267778 - 29267743
Alignment:
Q  34 acttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaac 69  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29267778 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaac 29267743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 1308769 - 1308533
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1308769 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 1308670  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308669 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 1308570  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  1308569 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 1308533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 8514992 - 8514756
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8514992 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8514893  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8514892 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 8514793  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8514792 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 8514756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 32478238 - 32478002
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32478238 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 32478139  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32478138 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 32478039  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32478038 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 32478002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 3325727 - 3325963
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3325727 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaactagaagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 3325826  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  3325827 tatcaagcaagacatgcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtgaaaattggaatctagt 3325926  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3325927 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 3325963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 255
Target Start/End: Original strand, 2674410 - 2674645
Alignment:
Q  20 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcat 119  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2674410 atcaacgagaataaacttctagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 2674509  T
Q  120 atcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2674510 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggataagagttgtggaaattggaatctagtg 2674609  T
Q  220 gaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2674610 gaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 2674645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 51 - 255
Target Start/End: Original strand, 22170529 - 22170733
Alignment:
Q  51 gaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctt 150  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22170529 gaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 22170628  T
Q  151 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  22170629 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgt 22170728  T
Q  251 tacct 255  Q
    |||||    
T  22170729 tacct 22170733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 154 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18145059 - 18144958
Alignment:
Q  154 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttac 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||||    
T  18145059 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggtggaggatcaaatgtcttgataagtagggacgttac 18144960  T
Q  254 ct 255  Q
    ||    
T  18144959 ct 18144958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 6305544 - 6305712
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||    
T  6305544 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 6305643  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  6305644 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 6305712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10096736 - 10096586
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10096736 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10096637  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10096636 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10096586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10203622 - 10203472
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10203622 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10203523  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10203522 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10203472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 16459697 - 16459865
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| || ||||||| || ||  || |||||    ||||| ||||||| |||||| || | ||||||    
T  16459697 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgcgca 16459796  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  16459797 tgtcatgcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 16459865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 87 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 22623859 - 22623759
Alignment:
Q  87 ttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtga 186  Q
    ||||| ||||||| |||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  22623859 ttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcatgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctatgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtga 22623760  T
Q  187 a 187  Q
    |    
T  22623759 a 22623759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 19347176 - 19346940
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19347176 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 19347077  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  19347076 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtgaaaattggaatctagt 19346977  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19346976 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacct 19346940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 25393784 - 25393548
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||    
T  25393784 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcatctttgaaggtttacggagctttggcatatgcaca 25393685  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393684 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 25393585  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393584 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacct 25393548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 77 - 240
Target Start/End: Original strand, 39485468 - 39485631
Alignment:
Q  77 ttactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 176  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485468 ttactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 39485567  T
Q  177 gaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgatta 240  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  39485568 gaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgatta 39485631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 175 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 31058700 - 31058620
Alignment:
Q  175 cggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||    
T  31058700 cggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggagggtcaaaagtcttgattagtaggtatgttacct 31058620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 85 - 216
Target Start/End: Original strand, 31133832 - 31133963
Alignment:
Q  85 ctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgt 184  Q
    |||||||| ||||||| ||||| || |||  |||||||||| |||||||||||||  ||  || | |||||||| |||||||||||||||| ||  ||||    
T  31133832 ctttgaagattttcgaggctttagcgtatctgcatatcaagtaagacaagcttgatgctggagttgtgaaatgtttcttcattggttatccagagcgtgt 31133931  T
Q  185 gaaggggtacaagttgtggaaattggaatcta 216  Q
    | |  | |||||||||||||||||||||||||    
T  31133932 gcacagttacaagttgtggaaattggaatcta 31133963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 39485468 - 39485399
Alignment:
Q  186 aaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||| ||||||||||    
T  39485468 aagggttacaagttgtggaaattggaatctagtgaaggatcaaaaatcttgattagtagagatgttacct 39485399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 45569641 - 45569791
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| | || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||||||| ||||||||| ||    
T  45569641 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatatcaggcaagacaaact 45569740  T
Q  137 tgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  45569741 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 45569791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 406 - 170
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  406 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 307  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  306 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 207  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  206 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacct 170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 8562 - 8326
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8562 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8463  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8462 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 8363  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  8362 ggaggatcaaaagtcttaattagtagggatgttacct 8326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 41396137 - 41395913
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41396137 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaacccgcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 41396038  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||             | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396037 tatcaagcaagacaagct------------gtggaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 41395950  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacct 255  Q
     |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41395949 tgaggatcaagagtcttagttagtagggatgttacct 41395913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 146 - 255
Target Start/End: Original strand, 19369001 - 19369110
Alignment:
Q  146 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagg 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  19369001 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattagaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagg 19369100  T
Q  246 gatgttacct 255  Q
    ||||||||||    
T  19369101 gatgttacct 19369110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 9523961 - 9524129
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| || ||| || |||||    ||||| || |||| |||||| || | ||| ||    
T  9523961 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 9524060  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  9524061 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 9524129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34908 - 34705
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatgaagtgggaaactggcggattactcctctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||   |   ||||| ||| |||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  34908 catcaacgggaataaacttcaggatacctatggaagtatggagtgggaaactaatgttctactcatctatgaaggttctctaagatttggcatatgcgca 34809  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctaaagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  34808 tatcaagcaagacaagcttaaggctagagctgtgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggt 34709  T
Q  219 ggag 222  Q
    ||||    
T  34708 ggag 34705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University