View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8905A_low_26 (Length: 399)

Name: NF8905A_low_26
Description: NF8905A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8905A_low_26
NF8905A_low_26
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-399)||(2906006-2906392)
chr8 (13-399)||(2853978-2854364)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 2906392 - 2906006
Alignment:
Q  13 gatggacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906392 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2906293  T
Q  113 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcgtcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggggatgaatttggtggcggcagcga 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2906292 aatccccttctcattcccctgttggtggcggcggtggagagcgtcgtgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 2906193  T
Q  213 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2906192 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2906093  T
Q  313 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906092 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtg 2906006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 2854364 - 2853978
Alignment:
Q  13 gatggacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854364 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2854265  T
Q  113 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcgtcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggggatgaatttggtggcggcagcga 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2854264 aatccccttctcattcccctgttggtggtggcggtgaggagtgtcgggttcaatttggcacagttgtggagatgggagatgaatttggtggcggcagcga 2854165  T
Q  213 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2854164 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2854065  T
Q  313 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854064 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtg 2853978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University