View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8906_low_2 (Length: 947)
Name: NF8906_low_2
Description: NF8906
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8906_low_2 |
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| [»] scaffold1051 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold1051 (Bit Score: 862; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1051
Description:
Target: scaffold1051; HSP #1
Raw Score: 862; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 933
Target Start/End: Original strand, 2205 - 3124
Alignment:
| Q |
10 |
gatggacatcaacaggatttcattaatcacttcttgaggaagatgttcgctcttcttcgccattttgtggaggcacttatgcgtttgagttggactatct |
109 |
Q |
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| T |
2205 |
gatggacctcaacaggatttcattaatcacttcttgaggaagatgttcgctcttcttcgccattttgcggaggcacttatgcgtttgagttggactatct |
2304 |
T |
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| Q |
110 |
cacactttatttatacacaaaaaatctgttaagttgccttgctcacttgattattccttatttgctactatatgatgaactctttcccaatgcactttgt |
209 |
Q |
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| T |
2305 |
cacactttatttatacacaaaaaatctgttaagttgccttgctcacttgattattccttatttgctactatatgatgaactctttcccaatgcactttgt |
2404 |
T |
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| Q |
210 |
aaaatgcattactccactcaaacaaagattgtgcaaaaagaatacttatacaagaataacataaaactaaccatgaccagaatacaagaattgcataaaa |
309 |
Q |
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| T |
2405 |
aaaatgcattactccactcaaacaaagattgtgcaaaaagaatacttatacaagaataacataaaactaaccatgaccagaatacaagaattgcataaaa |
2504 |
T |
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| Q |
310 |
caagaatagcacaaccagaatcaaacaatgattgggcctcaaactaaccttcaatttcttgtttccttttcccctttttgtttaagtacaaaatttaaca |
409 |
Q |
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| T |
2505 |
caagaatagcacaaccagaatcaaacaatgattgggccacaaactaaccttcaatttcttgtttccttttcccctttttgtttaagtacaaaatttaaca |
2604 |
T |
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| Q |
410 |
ctaactccattttactcactcatgacatcttcatacttctaaactctcattaattatctataggaatatcaaagagaactctcataatatggtgtcaaag |
509 |
Q |
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| T |
2605 |
ctaactccattttactcactcatgacatcttcatacttctaaactctc----attatctataggaatatcaaagaaaactctcataatatggtgtcaaag |
2700 |
T |
|
| Q |
510 |
aaatattgagaacgagtcaataaagaagaaaacttacacctagctaacacnnnnnnnaaggaaatatcattatatttattttcttatttatagcatctat |
609 |
Q |
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| T |
2701 |
aaatattgagaacgagtcaataaagaagaaaacttacacctagctaacactttttttaaggaaatatcattatatttattttcttatttatagcatctat |
2800 |
T |
|
| Q |
610 |
tcttaccaattatgcaaactaataatacctattaagcaaacgatgaaaagggggtgacacatcatgcttctgttaggttgaattcaaataaaggcataca |
709 |
Q |
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| T |
2801 |
tcttaccaattatgcaaactaataatacctattaagcaaacgatgaaaagggggtgacacatcatgcttctgttaggttgaattcaaataaaggcatacg |
2900 |
T |
|
| Q |
710 |
tcaacttaaaacattaactgacggactgtgtttctgttatgtgactcataaattagggcataactcaattccaaacaaccaaaagcaattgataaatttc |
809 |
Q |
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| T |
2901 |
tcaacttaaaaaattaactgacggactgtgtttctgttatgtgactcataaattagggcataactcaattccaaacaaccaaaagcaattgataaatttc |
3000 |
T |
|
| Q |
810 |
acatcttagtataggaaagtgctatagttgattttgttgtaattagtttattagtttataatatctcaaacctttatattataagctctgctgatgtaaa |
909 |
Q |
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| T |
3001 |
acatcttagtataggaaagtgctatagttgattttgttgtaattagtttattagtttataatatctcaaacctttatattataagctctgctgatgtaaa |
3100 |
T |
|
| Q |
910 |
tgctgatgcccgtgaagtgatgtc |
933 |
Q |
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| T |
3101 |
tgctgatgcccgtgaagtgatgtc |
3124 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 819 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 13261373 - 13261268
Alignment:
| Q |
819 |
tataggaaagtgctatagttgattttgttgtaattagtttattagtttataatatctcaaacctttatattataagctctgctgatgtaaatgctgatgc |
918 |
Q |
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| T |
13261373 |
tataggcaagtgctatagtttattttgttgcaattagttta-----tattgatatctcaaacctttatactttaggcactgtttctggaaatgctgatgc |
13261279 |
T |
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| Q |
919 |
ccgtgaagtga |
929 |
Q |
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|| |||||||| |
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| T |
13261278 |
ccatgaagtga |
13261268 |
T |
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