View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8906_low_25 (Length: 373)

Name: NF8906_low_25
Description: NF8906
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8906_low_25
NF8906_low_25
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (19-359)||(13244473-13244813)
chr1 (19-349)||(12963827-12964157)
chr1 (19-330)||(13080817-13081128)
chr1 (25-349)||(13271496-13271820)
chr1 (74-359)||(30368115-30368400)
chr1 (19-349)||(13086017-13086347)
chr1 (19-359)||(13094299-13094639)
chr1 (19-359)||(19279120-19279460)
chr1 (19-359)||(13129728-13130068)
chr1 (19-359)||(13070128-13070468)
chr1 (73-339)||(13007120-13007386)
chr1 (73-339)||(13204379-13204645)
chr1 (19-359)||(13100901-13101240)
chr1 (19-359)||(13161421-13161761)
chr1 (19-322)||(13065165-13065468)
chr1 (149-210)||(13895938-13895999)
chr1 (149-210)||(13888705-13888766)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (138-255)||(341825-341942)
chr6 (138-255)||(377541-377658)
chr6 (249-340)||(31380253-31380344)
chr6 (169-254)||(346845-346930)
chr6 (169-254)||(355504-355589)
chr6 (138-233)||(337787-337882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (167-326)||(12164206-12164365)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (149-197)||(36668187-36668235)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (157-197)||(29669296-29669336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Original strand, 13244473 - 13244813
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  13244473 ggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtc 13244572  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  13244573 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagc 13244672  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
    ||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  13244673 tagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaa 13244772  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13244773 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggt 13244813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 12963827 - 12964157
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| || |||||| | |||||||| | ||||||| |  ||||| | ||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  12963827 ggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatattacctagtggagaccatgttagtc 12963926  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  12963927 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaa 12964026  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
    ||||||||  ||| |||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12964027 tagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 12964126  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttc 349  Q
    |||||||| |||  | |||| ||||||||||    
T  12964127 atggttgctgctaatgtgttgtggaagtttc 12964157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Original strand, 13080817 - 13081128
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||| |||    
T  13080817 ggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtc 13080916  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |     
T  13080917 caaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcaga 13081016  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
    |||||||   ||| |||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  13081017 tagaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaa 13081116  T
Q  319 atggttgcagct 330  Q
    ||||||||||||    
T  13081117 atggttgcagct 13081128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 25 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 13271820 - 13271496
Alignment:
Q  25 atatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaata 124  Q
    |||||||||||||| || || | ||||||| |  ||||| | |||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13271820 atatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaaca 13271721  T
Q  125 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagagg 224  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || |||    
T  13271720 caaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaagg 13271621  T
Q  225 aggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggtt 324  Q
    |   ||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13271620 acaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggtt 13271521  T
Q  325 gcagcttctttgttatggaagtttc 349  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  13271520 gcagcttctgtattatggaagtttc 13271496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 74 - 359
Target Start/End: Original strand, 30368115 - 30368400
Alignment:
Q  74 gtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatg 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  30368115 gtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatg 30368214  T
Q  174 gggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggt 273  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  30368215 gggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacagga 30368314  T
Q  274 cctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||    
T  30368315 cctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggt 30368400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 13086347 - 13086017
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| ||||||||| | || ||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||   |    
T  13086347 ggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgttaaac 13086248  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| |     
T  13086247 caaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcaga 13086148  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
    || ||||   ||| | ||||| || |||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13086147 taaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaa 13086048  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttc 349  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  13086047 atggttgcagctgctatgttatggaagtttc 13086017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13094639 - 13094299
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |  | ||| |||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  13094639 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttactc 13094540  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    |||||||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  13094539 caaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13094440  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
     || ||||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||  ||||||||||     
T  13094439 gaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaag 13094340  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||| || ||||||    
T  13094339 atggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggt 13094299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Original strand, 19279120 - 19279460
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| | ||| ||| |  ||||| | |||||||||||  | || || |||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19279120 ggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtc 19279219  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||  |||||| |||||||||||||     
T  19279220 taaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcgga 19279319  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
    |||||||   ||| ||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||||  ||  |||||||||||    
T  19279320 tagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaa 19279419  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||    
T  19279420 atggttgcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggt 19279460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13130068 - 13129728
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |  | ||| |||| |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  13130068 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtc 13129969  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    |||||||||  ||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  13129968 caaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13129869  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
     || ||||  ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||  ||||||||||     
T  13129868 gaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13129769  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  13129768 atggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggt 13129728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Original strand, 13070128 - 13070468
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||| || || | ||||||| |  | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | |||| |||    
T  13070128 ggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtc 13070227  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    ||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |     
T  13070228 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 13070327  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
     | ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || |||||| |||| ||  ||||||||||     
T  13070328 gacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13070427  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  13070428 atggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggt 13070468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 73 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13007386 - 13007120
Alignment:
Q  73 tgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatat 172  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13007386 tgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatat 13007287  T
Q  173 ggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagg 272  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | || |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13007286 ggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacagg 13007187  T
Q  273 tcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtta 339  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  13007186 tcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagcagctttgtta 13007120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 73 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13204645 - 13204379
Alignment:
Q  73 tgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatat 172  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13204645 tgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatat 13204546  T
Q  173 ggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagg 272  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13204545 ggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacagg 13204446  T
Q  273 tcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtta 339  Q
    ||||||||||||| | || |||||| |||| ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  13204445 tcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtta 13204379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13101240 - 13100901
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| |  | ||| |||| |  ||| | |||||||| |||||||| ||||||||| | | | || |||    
T  13101240 ggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatacttcctagtggagagcgttttagtc 13101141  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    ||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | || |     
T  13101140 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcaga 13101041  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
     ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||     
T  13101040 gagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaag 13100942  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  13100941 atggtcgcagctgctttgttaccgaagtttcacatacaggt 13100901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13161761 - 13161421
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| |  | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | | || |||    
T  13161761 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagaacgtattagtc 13161662  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    |||||||||  || || || ||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  13161661 caaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13161562  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
     || ||||  ||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||  ||||||||||     
T  13161561 gaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13161462  T
Q  319 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 359  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||| || ||||||    
T  13161461 atggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggt 13161421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 322
Target Start/End: Original strand, 13065165 - 13065468
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||| |  |  |  |||| |||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||  ||||||  |||    
T  13065165 ggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtccatgtaagtc 13065264  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggt 218  Q
    ||||||||| | |  |||| | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||       
T  13065265 caaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaa 13065364  T
Q  219 tagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 318  Q
     || |||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||| | ||| ||| |||||||     
T  13065365 aagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatgaag 13065464  T
Q  319 atgg 322  Q
    ||||    
T  13065465 atgg 13065468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 149 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 13895999 - 13895938
Alignment:
Q  149 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 210  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  13895999 caatgggaagaatggaaaacatatggggaaaagattgcttggagttcaagccagaaagatgg 13895938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 210
Target Start/End: Original strand, 13888705 - 13888766
Alignment:
Q  149 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 210  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  13888705 caatgggaagaatggaaagcatatggggaaaagattgcttggagttcaagccagaaagatgg 13888766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 138 - 255
Target Start/End: Original strand, 341825 - 341942
Alignment:
Q  138 ttctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||| | || |||||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||  ||    
T  341825 ttctttgtatgcaatgggaagggatgaaaatatttggggaaaagattgcttggagtttaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgtttat 341924  T
Q  238 gtcccgtcttacaagttc 255  Q
    |  |||||||||||||||    
T  341925 gcgccgtcttacaagttc 341942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 255
Target Start/End: Original strand, 377541 - 377658
Alignment:
Q  138 ttctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacat 237  Q
    |||||||||| ||||||| ||  | ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||  ||||||| |||    
T  377541 ttctttgtattcaatggggagatttgaagagatatggggagaagattgcttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggtagcattgttcat 377640  T
Q  238 gtcccgtcttacaagttc 255  Q
    |  |||||||| ||||||    
T  377641 gaaccgtcttataagttc 377658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 249 - 340
Target Start/End: Original strand, 31380253 - 31380344
Alignment:
Q  249 caagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttat 340  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||  ||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||| || |||  ||| |||||||||||||    
T  31380253 caagttcatatctttcaatacaggacccggaagttgtattggtaaagatcttagtttcattcaaattaagatgtctgcggcttctttgttat 31380344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 346930 - 346845
Alignment:
Q  169 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 254  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  346930 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 346845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 355589 - 355504
Alignment:
Q  169 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 254  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  355589 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 355504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 138 - 233
Target Start/End: Original strand, 337787 - 337882
Alignment:
Q  138 ttctttgtatgcaatgggaagg-atggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgt 233  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| || | || |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||    
T  337787 ttctttgtattcaatgggaagggatgcaa-atatttggggagaagattgcttggagttcaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgt 337882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 12164365 - 12164206
Alignment:
Q  167 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaa 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    | |||||| || ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||    
T  12164365 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagaggtggatttctcaaaaaggagggatagtttatgttccttcttacaagttcattgcttttaa 12164266  T
Q  267 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgc 326  Q
    ||| || || || |||||| | || || ||||| |||||  || | ||||||||||||||    
T  12164265 tgctggaccaaggagttgtttgggtaaggatataagcttcattgagatgaaaatggttgc 12164206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 36668235 - 36668187
Alignment:
Q  149 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 197  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36668235 caattggaagggtggaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 36668187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 197
Target Start/End: Original strand, 29669296 - 29669336
Alignment:
Q  157 aggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 197  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29669296 aggatggagaaaatatggggggaagattgcttggaatttaa 29669336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University