View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8908_low_10 (Length: 677)

Name: NF8908_low_10
Description: NF8908
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8908_low_10
NF8908_low_10
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-656)||(47678005-47678654)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 47678654 - 47678005
Alignment:
Q  5 ttgcaatgtgaagaccataatacatagccttttttagcatttgttagtttgcaagttacagcagaggtgagtgagtccacatacacatatgtctgagtct 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  47678654 ttgcaatgtgaagaccataatacatagccttttttagcatttgttagtttgcaagttacagcagaggtgagtgagtccacataca--tatgtctgagtct 47678557  T
Q  105 gagaccacaacagttctttgccttgccttaaatgactttgcaataatgtgcggtactatagttttttggctcacttctgtgttttaccatgtgacctggt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678556 gagaccacaacagttctttgccttgccttaaatgactttgcaataatgtgcggtactatagttttttggctcacttctgtgttttaccatgtgacctggt 47678457  T
Q  205 gggggaaatgccccccaaatttttgacactttctgccaaaacaaaattccaatgctcgagaatctatcaattatatgcatcactcaaaccttgctactgt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678456 gggggaaatgccccccaaatttttgacactttctgccaaaacaaaattccaatgctcgagaatctatcaattatatgcatcactcaaaccttgctactgt 47678357  T
Q  305 aagtaatacatttacaaggaattcataagacactttaagcaaattatcacaagttaaatacaactctttcaccatggagaatccactttgtgtgtttaac 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678356 aagtaatacatttacaaggaattcataagacactttaagcaaattatcacaagttaaatacaactctttcaccatggagaatccactttgtgtgtttaac 47678257  T
Q  405 aaattattaggagtttgataggactcttgtattttactatagagaatcgactttgcatgtttaatgaacttatcgatggagattagttatcgttaaatat 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678256 aaattattaggagtttgataggactcttgtattttactatagagaatcgactttgcatgtttaatgaatttatcgatggagattagttatcgttaaatat 47678157  T
Q  505 aaaacaatacttattggaaagttaattatataatggacttttaacgtctaagaagatatccaacaccataattttataaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnn 604  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
T  47678156 aaaccaatacttattgaaaagttaataatataatggacttttaacgtctaagaagatatccaacaccataattttataaggtttttgttttcattttttt 47678057  T
Q  605 ctccaatctaacgaaccactttcgagagagcaacacctttggtattacgtaa 656  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47678056 ctccaatctaacgaaccactttcgaaagagcaacacctttggtattacgtaa 47678005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University