View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8908_low_130 (Length: 254)

Name: NF8908_low_130
Description: NF8908
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8908_low_130
NF8908_low_130
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-236)||(2749502-2749737)
chr3 (1-237)||(2837995-2838231)
chr3 (1-236)||(2855206-2855441)
chr3 (1-236)||(5413393-5413628)
chr3 (2-236)||(2819065-2819299)
chr3 (2-236)||(2759722-2759956)
chr3 (2-236)||(2807775-2808009)
chr3 (1-234)||(2769576-2769809)
chr3 (4-234)||(2790830-2791060)
chr3 (4-237)||(2797871-2798104)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (1-236)||(5548-5783)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 2749502 - 2749737
Alignment:
Q  1 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749502 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 2749601  T
Q  101 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749602 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagctattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 2749701  T
Q  201 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749702 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 2749737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 2838231 - 2837995
Alignment:
Q  1 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  2838231 cctccaaacaaagcatgggaactcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagagcttaaggctgtgtcaaaagaaattg 2838132  T
Q  101 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 200  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2838131 ttcaaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaa 2838032  T
Q  201 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaact 237  Q
    | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2838031 tatgagactggaattgggacgtaatgcccatttaact 2837995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2855441 - 2855206
Alignment:
Q  1 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2855441 cctccaaacaaagcatgggaactcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagagcttgaggctgtgtcaaaagaaattg 2855342  T
Q  101 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 200  Q
    ||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2855341 ttctaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaa 2855242  T
Q  201 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
    | ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2855241 tatgagattggaattgggacgtaatgcccatttaac 2855206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 5413393 - 5413628
Alignment:
Q  1 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||| ||| ||| ||||||||  |||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||||||    
T  5413393 cctccaaacaaagcatgggaactttactgcaagaaggtgtttggatttgaacttggtgggaattgtccatcggagcttcaggatgtatcgaaagaaattg 5413492  T
Q  101 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 200  Q
    ||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  5413493 ttcgaaaatgcaagcagcttcctctagaaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaattattgaatggcaaaaggtgagtcaaaa 5413592  T
Q  201 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413593 tctgagcctggaattaggacgtaatgcccatttaac 5413628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 236
Target Start/End: Original strand, 2819065 - 2819299
Alignment:
Q  2 ctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgt 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||| | ||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  2819065 ctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttaggtctgagcttggtggtcgttgtccaccggaacttgaggttgtggcaaaagaaattgt 2819164  T
Q  102 tcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaat 201  Q
    |||||| | || |||  ||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  2819165 tcaaaaattcaagcaattacctttggcaatcgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaaccatgatcgaatggcaaaaggtgagtcaaaat 2819264  T
Q  202 ctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
     |||| ||||| || | ||||||||||||||||||    
T  2819265 ttgagcctggagttggaacgtaatgcccatttaac 2819299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 236
Target Start/End: Original strand, 2759722 - 2759956
Alignment:
Q  2 ctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgt 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | ||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||    
T  2759722 ctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatatgatcttggagggcgttgtccaccggagcttgaggctgtggcaaaagaaattgt 2759821  T
Q  102 tcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaat 201  Q
     ||||||| || ||| |||||||| |||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2759822 gcaaaagttcaagcaactacctcttgcaattgtggccgttgctggtctactttcaacaaaatctaaaaccatgattgaatggcaaaaggtgagtcaaaat 2759921  T
Q  202 ctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
     |||| ||||| || ||  ||||| ||||||||||    
T  2759922 ttgagcctggagttggggtgtaatacccatttaac 2759956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 236
Target Start/End: Original strand, 2807775 - 2808009
Alignment:
Q  2 ctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgt 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  || |||| ||| || |||||| | || ||||||||| |||||| ||| |||||    
T  2807775 ctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagattcgatcttgatgggcactgtccaccggagcttgaggctatgtcaatagatattgt 2807874  T
Q  102 tcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaat 201  Q
    || ||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||    
T  2807875 tcgaaaatgcaagcagctacctttggcaattgtagctattggcggtctactttcaacaaaatataaaacaataatggaatgggaaaaggtgagtcaaaat 2807974  T
Q  202 ctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
    |||||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  2807975 ctgagcttggagttgggacgtaatgcccatttaac 2808009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 2769576 - 2769809
Alignment:
Q  1 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||| ||| |||| ||| || |||||| |||| ||| || |  |||| ||||||||||    
T  2769576 cctcctaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaacttgatgggcaatgtccaccagagcttcagtccatgtctaaagaaattg 2769675  T
Q  101 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 200  Q
    ||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||    
T  2769676 ttcgaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctattttcaacaaaatctaaaacaagaactgaatggcaaaaggtgagtcaaaa 2769775  T
Q  201 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccattta 234  Q
     || |  ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2769776 gctaaacctggagttgggacgtaatgcccattta 2769809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 234
Target Start/End: Original strand, 2790830 - 2791060
Alignment:
Q  4 ccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttc 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||    ||||||||||||||||||    
T  2790830 ccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgagcttggtgggcattgtccaccagagcttaagttcatgtcaaaagaaattgttc 2790929  T
Q  104 aaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatct 203  Q
     ||| |||| ||||||||| || |||||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| ||| ||||||| |||| ||    
T  2790930 gaaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccgtcagtggtctactttcaacaaaagctaaaaccgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaacct 2791029  T
Q  204 gagtctggaattaggacgtaatgcccattta 234  Q
    ||  ||||| || ||||||||||||||||||    
T  2791030 gaacctggagttgggacgtaatgcccattta 2791060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 237
Target Start/End: Original strand, 2797871 - 2798104
Alignment:
Q  4 ccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttc 103  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||| |||| |||| ||||||| ||||||||| |||| ||| |  |  |||||| |||||| ||||    
T  2797871 ccaaacaaatcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgtccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttc 2797970  T
Q  104 aaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatct 203  Q
     ||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||  ||| ||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  2797971 gaaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaactgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaatct 2798070  T
Q  204 gagtctggaattaggacgtaatgcccatttaact 237  Q
    ||  ||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  2798071 gaacctggagttgggacgcaatgcccatttaact 2798104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 5783 - 5548
Alignment:
Q  1 cctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||   || ||||||||||| |||||||||||||    
T  5783 cctccaaacaaagtatgggaactcttctgcaaaaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccacttgagcttgaggctgtatcaaaagaaattg 5684  T
Q  101 ttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaa 200  Q
    || |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  5683 ttaaaaaatgcaagcagctacctcttgcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatggttgaatggcaaaaggtgagtcaaaa 5584  T
Q  201 tctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaac 236  Q
    | |||| || || || | ||||||||||||||||||    
T  5583 tttgagcctagagttggaacgtaatgcccatttaac 5548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University