View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8910_high_19 (Length: 364)

Name: NF8910_high_19
Description: NF8910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8910_high_19
NF8910_high_19
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (9-364)||(1983386-1983741)
chr1 (9-364)||(1976020-1976375)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-364)||(27161253-27161608)
chr2 (9-364)||(22910103-22910467)
chr2 (9-364)||(23720334-23720697)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-364)||(20956580-20956935)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (9-364)||(4122-4494)
scaffold0313 (9-364)||(18279-18651)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (9-364)||(2116-2490)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (9-292)||(41920-42209)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-52)||(9326551-9326591)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Original strand, 1983386 - 1983741
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1983386 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 1983485  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    | |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
1983486 aagcttcaactttttccttagaatgaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 1983585  T
209 tgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtggaaaaattcagattatga 308  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||    
1983586 tgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcaaaggagaaacaaaaaattttccaacttctgattccatggtagaagcggagaaattcagattttga 1983685  T
309 gtttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
     |||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
1983686 ttttgtggggtttgttgagccataaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 1983741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Original strand, 1976020 - 1976375
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
1976020 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagctttggataatttgaaagagggagcaggagcag 1976119  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    | | |||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
1976120 aagattcaacattatccttagaaagaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 1976219  T
209 tgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtggaaaaattcagattatga 308  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
1976220 tgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcaaaggagaaacaaaaaattttccaacttctgattccatggtagaagtggagaaattcagattttga 1976319  T
309 gtttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
     |||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
1976320 ttttgtggggtttgttgagccataaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 1976375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Original strand, 27161253 - 27161608
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||    
27161253 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagctttggatattttggtggagggagcaggagcag 27161352  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
27161353 atgtttcaaccttgtccttagaaggaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 27161452  T
209 tgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtggaaaaattcagattatga 308  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
27161453 tgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcagaggagaaacaaagaattttccaacttctgattccatggtagaagtggagaaattcagattttga 27161552  T
309 gtttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
27161553 ttttgaggggtttgttgagccatgaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 27161608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Original strand, 22910103 - 22910467
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| |||| ||||||||||   |||||||||||||||||    
22910103 gctagcacgcatgcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagccatgacatccattttcttagctatggatggtttaggagagggagcaggagcag 22910202  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||  ||| |||||||    
22910203 atgcttcaaccttttccttagaaggaccatatttggtaacaaaagtatccagagattcaaagaggtcaggaatgttaggcaacttgcctgtgtttttgtt 22910302  T
209 tgtgat------tggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtggaaaaattcaga 302  Q
    ||||||      |||||||||||| |||||||||||  ||| |||||| |  || ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| || || |||    
22910303 tgtgattggtggtggagaaggtagcacacttggagtaggcagaggagacatcaaaaattttccaacttctgattccatggtggaaatggagaagtttaga 22910402  T
303 ttatgagt----ttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
    || || ||    ||||||||| |  ||||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||||||||    
22910403 tt-tgggttttgttgaggagtctagtgagccatgagctgaacttcagcagagggcagagatcctga 22910467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 23720697 - 23720334
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||| | ||||||||   ||||||||||||||||     
23720697 gctagcacgcaggcaatcttatgagtcttggtgaagactctaagagccatggcagccatttcctcagctctagatggtttaggagagggagcaggagcaa 23720598  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||  ||| |||||||    
23720597 atgcttcaaccttttccttagaaggaccatatttggtaacaaaagtatacagagattcaaagaggtcaggaatgttaggcaatttgcctgtgtttttgtt 23720498  T
209 tgtgat------tggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtggaaaaattcaga 302  Q
    ||||||      ||||||||| |  ||| ||||| || ||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  || |||    
23720497 tgtgattggtggtggagaaggcaacacatttggaatgggcagagga-acacaaagaattttccaacttctgattccatggtggaagtggagaggtttaga 23720399  T
303 ttatgagt----ttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
    || || ||    ||||||||| | |||||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||||||||    
23720398 tt-tgggttttgttgaggagtctattgagccatgagctgaacttcagcagagggcagagatcctga 23720334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20956935 - 20956580
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  ||||   ||||||||||||||||    
20956935 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagttttggatattttggtggagggagcaggagcag 20956836  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    ||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
20956835 atgtttcaaccttgttcttagaaggaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 20956736  T
209 tgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtggaaaaattcagattatga 308  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
20956735 tgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcagaggagaaacaaagaattttccaacttctgattccatggtagaagtggagaaattcagattttga 20956636  T
309 gtttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
20956635 ttttgaggggtttgttgagccatgaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 20956580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 4494 - 4122
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||    
4494 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagctttggatattttggtggagggagcaggagcag 4395  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgcta----------- 197  Q
    ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||               
4394 atgtttcaaccttgtccttagaaggaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctatgttaggcagc 4295  T
198 ------gtggttttgtttgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtgg 291  Q
          |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
4294 ttgctagtggttttgtttgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcagaggagaaacaaagaattttccaacttctgattccatggtagaagtgg 4195  T
292 aaaaattcagattatgagtttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
    | ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
4194 agaaattcagattttgattttgaggggtttgttgagccatgaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 4122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 18651 - 18279
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||    
18651 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagctttggatattttggtggagggagcaggagcag 18552  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgcta----------- 197  Q
    ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||               
18551 atgtttcaaccttgtccttagaaggaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctatgttaggcagc 18452  T
198 ------gtggttttgtttgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtgg 291  Q
          |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
18451 ttgctagtggttttgtttgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcagaggagaaacaaagaattttccaacttctgattccatggtagaagtgg 18352  T
292 aaaaattcagattatgagtttgaggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
    | ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
18351 agaaattcagattttgattttgaggggtttgttgagccatgaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 18279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Original strand, 2116 - 2490
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||    
2116 gctagcacgcaggcaatcttatgagttttggtggagaccctaagtgccctggcagccattttctcagctttggatattttggtggagggagcaggagcag 2215  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgt-----------------taggcagc 191  Q
    ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||                 ||||||||    
2216 atgtttcaaccttgtccttagaaggaccatctttggtaacaaacgtatccagagattcaaaaaggtcaggaatgttaggcagcttgctatgttaggcagc 2315  T
192 ttgctagtggttttgtttgtgattggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtgg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
2316 ttgctagtggttttgtttgtgattggagaaggcaatacacttggagtgagcagaggagaaacaaagaattttccaacttctgattccatggtagaagtgg 2415  T
292 aaaaattcagattatg-agtttg-aggagtttgttgagccatgaggtgagcttcatcagagggaagtgatcctga 364  Q
    | ||||||||||| || | |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
2416 agaaattcagattttgtattttgtaggggtttgttgagccatgaggtgaacttcatcagagggaagtgatcctga 2490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 9 - 292
Target Start/End: Original strand, 41920 - 42209
Alignment:
9 gctagcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaagagctctggcagccattttctcagctttggatggtttgacagagggagcaggagcag 108  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||    
41920 gctaacacacatgcattcttatgggtcttagtggaaaccctaagagccctgacaaccattttctcagctctggatggttttgcagagggagcatgagcag 42019  T
109 atgcttcagccttttccttagaaggaccatctttggtaacaaaggtatccaaagattcaaaaaggtcaagaatgttaggcagcttgctagtggttttgtt 208  Q
    |  ||||| ||||||| || |||| | | |||||||||||||| || || | ||| ||||| |||| | | ||||||||||||||||| ||  |||||||    
42020 agacttcaaccttttctttggaagtagcttctttggtaacaaaagtgtcaagagagtcaaagaggtaagggatgttaggcagcttgcttgtatttttgtt 42119  T
209 tgtga------ttggagaaggtagtacacttggagtgagcaaaggagaaacaaagaattttccaacttctgagtccatggtagaagtgga 292  Q
     ||||       |||||||||||| ||| |||||||| |||  ||| ||||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||||||    
42120 ggtgaatggtggtggagaaggtagaacagttggagtgggcagtggataaacaaaaaactttccaacttcagattccattgtggaagtgga 42209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 52
Target Start/End: Original strand, 9326551 - 9326591
Alignment:
12 agcacacaggcaatcttatgagtcttggtggagactctaag 52  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
9326551 agcacacaagcaattttgtgagtcttggtggagactctaag 9326591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University