View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8910_low_18 (Length: 550)

Name: NF8910_low_18
Description: NF8910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8910_low_18
NF8910_low_18
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (17-532)||(16881693-16882208)
chr7 (17-532)||(24264129-24264644)
chr7 (17-526)||(21641456-21641965)
chr7 (17-532)||(18410423-18410938)
chr7 (17-532)||(21985685-21986200)
chr7 (17-532)||(9187951-9188466)
chr7 (17-532)||(24272706-24273226)
chr7 (108-430)||(12404827-12405149)
chr7 (24-439)||(7072985-7073400)
chr7 (24-439)||(3321620-3322035)
chr7 (24-439)||(25403591-25404006)
chr7 (24-439)||(25408348-25408763)
chr7 (17-115)||(12398521-12398619)
chr7 (104-361)||(5071509-5071756)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (17-532)||(18857342-18857857)
chr4 (17-532)||(3790939-3791454)
chr4 (17-532)||(16626798-16627313)
chr4 (17-532)||(5144676-5145189)
chr4 (187-532)||(9227207-9227552)
chr4 (24-439)||(4568277-4568692)
chr4 (24-439)||(15315251-15315666)
chr4 (17-128)||(9227542-9227653)
chr4 (49-439)||(16637095-16637485)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (17-532)||(32477106-32477621)
chr3 (17-532)||(8513860-8514375)
chr3 (17-532)||(2675026-2675541)
chr3 (17-532)||(22171114-22171629)
chr3 (17-532)||(1307637-1308152)
chr3 (17-532)||(16256835-16257350)
chr3 (125-526)||(3326338-3326739)
chr3 (24-502)||(54191379-54191857)
chr3 (24-439)||(10095638-10096053)
chr3 (24-439)||(10202524-10202939)
chr3 (24-439)||(10899943-10900358)
chr3 (24-439)||(10609605-10610020)
chr3 (24-439)||(47879721-47880136)
chr3 (24-437)||(16460400-16460813)
chr3 (24-292)||(22622957-22623225)
chr3 (17-92)||(3326735-3326810)
chr3 (42-111)||(9149586-9149655)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (17-532)||(17115-17630)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (17-532)||(10687070-10687585)
chr8 (17-532)||(35742155-35742670)
chr8 (17-532)||(18868476-18868991)
chr8 (17-532)||(33035739-33036254)
chr8 (17-532)||(26298148-26298663)
chr8 (17-532)||(26311405-26311920)
chr8 (17-532)||(26401156-26401671)
chr8 (24-439)||(4814058-4814473)
chr8 (24-502)||(28330766-28331244)
chr8 (24-439)||(16754092-16754507)
chr8 (42-439)||(28893698-28894095)
chr8 (24-439)||(25682841-25683256)
chr8 (129-439)||(15947596-15947906)
chr8 (118-226)||(40827427-40827535)
chr8 (328-439)||(21040364-21040475)
chr8 (209-399)||(40827235-40827425)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (17-532)||(33769805-33770320)
chr5 (17-532)||(31399798-31400313)
chr5 (17-532)||(28805528-28806043)
chr5 (17-532)||(37559399-37559914)
chr5 (17-532)||(27446589-27447104)
chr5 (17-532)||(43593887-43594402)
chr5 (17-532)||(43626681-43627196)
chr5 (77-532)||(24558390-24558845)
chr5 (77-532)||(24599422-24599877)
chr5 (17-367)||(28833825-28834175)
chr5 (42-439)||(25450691-25451088)
chr5 (143-502)||(31301224-31301584)
chr5 (364-532)||(28835415-28835583)
chr5 (282-502)||(31333674-31333896)
chr5 (163-311)||(30102726-30102874)
chr5 (176-311)||(28664136-28664275)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (17-532)||(191-706)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (17-532)||(14740378-14740892)
chr6 (17-532)||(33333882-33334397)
chr6 (191-526)||(24434126-24434460)
chr6 (24-502)||(35202895-35203373)
chr6 (48-502)||(13881610-13882064)
chr6 (17-194)||(24714559-24714730)
chr6 (129-436)||(17691789-17692096)
chr6 (131-439)||(25944603-25944911)
chr6 (136-439)||(22347917-22348222)
chr6 (24-113)||(22345832-22345921)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (17-532)||(19346044-19346559)
chr2 (18-526)||(39484524-39485032)
chr2 (17-532)||(39486017-39486532)
chr2 (17-532)||(31057725-31058239)
chr2 (41-420)||(31134502-31134880)
chr2 (24-502)||(39685118-39685596)
chr2 (24-439)||(20051594-20052008)
chr2 (24-437)||(22714066-22714479)
chr2 (24-439)||(2739139-2739554)
chr2 (276-439)||(17935018-17935181)
chr2 (24-190)||(17942004-17942170)
chr2 (219-295)||(27568379-27568455)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (102-532)||(41395102-41395532)
chr1 (17-532)||(47701843-47702357)
chr1 (17-332)||(47101013-47101328)
chr1 (270-532)||(13599886-13600148)
chr1 (24-439)||(9524662-9525077)
chr1 (42-439)||(2396105-2396502)
chr1 (17-106)||(41392218-41392307)
chr1 (18-208)||(34689683-34689874)
chr1 (18-208)||(34694211-34694402)
chr1 (78-259)||(7155149-7155329)
chr1 (324-357)||(13599848-13599881)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (17-529)||(33806-34317)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (270-532)||(7683-7945)
scaffold0006 (324-357)||(7645-7678)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (210-439)||(161-390)
[»] scaffold0559 (1 HSPs)
scaffold0559 (209-399)||(4811-5001)
[»] scaffold1764 (1 HSPs)
scaffold1764 (24-89)||(3-68)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 16881693 - 16882208
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16881693 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatacccgcttctcacaaaaccg 16881792  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881793 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 16881892  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881893 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 16881992  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881993 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 16882092  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16882093 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtggttaggtagct 16882192  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  16882193 tcacaagtttccaagt 16882208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 24264644 - 24264129
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264644 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 24264545  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264544 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 24264445  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264444 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 24264345  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264344 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 24264245  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264244 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 24264145  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  24264144 tcacaagtttccaagt 24264129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 526
Target Start/End: Original strand, 21641456 - 21641965
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641456 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 21641555  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641556 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 21641655  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641656 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 21641755  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||    
T  21641756 attcacgatagtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttaaatgaaacccttagcc 21641855  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641856 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacactcggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 21641955  T
Q  517 tcacaagttt 526  Q
    ||||||||||    
T  21641956 tcacaagttt 21641965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 18410423 - 18410938
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18410423 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcattcttctttaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaagccg 18410522  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  18410523 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcgt 18410622  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410623 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcaatcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 18410722  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18410723 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 18410822  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18410823 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 18410922  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  18410923 tcacaagtttccaagt 18410938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 21985685 - 21986200
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21985685 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatacccgcttctcacaaaaccg 21985784  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |    
T  21985785 gtcttcaaaagaaattcatgaaaccgacgatagcattgcctagggctttgcttcaaccgatacaaagatttctttaaaaaacataccttagacttgtctt 21985884  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
     || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21985885 tcaaaaaaccttctggtttctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 21985984  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21985985 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 21986084  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21986085 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacactcagaataccttcctttttcttgaagatccacctgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 21986184  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  21986185 tcacaagtttccaagt 21986200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 9188466 - 9187951
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9188466 catcaagatatcatcaacatataaaagaaggtagaaaataactttctcactcctcttcaacatgtacacacaagaatcatatctgcttctcacaaaaccg 9188367  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
     ||||||||||||| |||||||||  || |||| |||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  9188366 atcttcaaaagaaattcatcaaacttacaatacaattgcctatgactttgtttcaatccatacaaagatttctttaaaagacataccttagacttgtcct 9188267  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9188266 ccacaaaaccttccgtttgctccatgtagattgtctcttcaagatcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 9188167  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9188166 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcactaccagtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 9188067  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  9188066 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttgatgtttaggtagct 9187967  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    |||   ||||||||||    
T  9187966 tcaatggtttccaagt 9187951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 24273226 - 24272706
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaa-tgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaacc 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  24273226 catcaagatatcatcaacatataaaagaagataaaaaaatgaatttctcattcctcttcaacatgtacacacaataatcatatccgcttctcataaaacc 24273127  T
Q  116 ggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcc 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  24273126 ggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctaagactttacttcaacccatacaaagatttcttcaatagatataccttagacttgtcc 24273027  T
Q  216 tccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaac----tcaagattg 311  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||    
T  24273026 tccacaaaatcttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaagtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcgatcaagattg 24272927  T
Q  312 aattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccct 411  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  24272926 aattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccatttgagtgacaccct 24272827  T
Q  412 ttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattagg 511  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  24272826 tagccacaagtcttgctttgtaccttgaaccttcaacacccggaataccttcttttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaag 24272727  T
Q  512 tagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  24272726 tagcttcacaagtttccaagt 24272706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 108 - 430
Target Start/End: Original strand, 12404827 - 12405149
Alignment:
Q  108 acaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404827 acaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggcttttcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttag 12404926  T
Q  208 acttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaag 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404927 acttgtcctccataaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaag 12405026  T
Q  308 attgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaa 407  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12405027 attgaattgattcacaatagccataactatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtctatcccctccacttgagtgaaa 12405126  T
Q  408 ccctttgccacaagtcttgcttt 430  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12405127 ccctttgccacaagtcttgcttt 12405149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 7073400 - 7072985
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  7073400 atatcatctacataaagaagatgatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 7073301  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  7073300 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaatccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 7073201  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||     
T  7073200 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 7073101  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  7073100 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 7073001  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  7073000 ttgccttataccttgg 7072985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 3321620 - 3322035
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| |||||||||| |||| ||||| |  ||| |||||| ||||||   |||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  3321620 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgattttcccattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 3321719  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||| || |||||    
T  3321720 ctaggaactcatcaaaccgacgataccattgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaa 3321819  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  3321820 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 3321919  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  3321920 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 3322019  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  3322020 ttgccttataccttgg 3322035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 25404006 - 25403591
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  25404006 atatcatctacataaaggagaagatagataatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25403907  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| || |  ||||| || || ||    
T  25403906 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacatggatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacgaa 25403807  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |      
T  25403806 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaata 25403707  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||    
T  25403706 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaatcctttgctacaagtc 25403607  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  25403606 ttgccttataccttgg 25403591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 25408763 - 25408348
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  25408763 atatcatctacataaaggagaagatagataatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25408664  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| || |  ||||| || || ||    
T  25408663 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgcctaggactttgcttcaacccatacatggatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacgaa 25408564  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |      
T  25408563 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaata 25408464  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  25408463 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccgatgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 25408364  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  25408363 ttgccttataccttgg 25408348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 115
Target Start/End: Original strand, 12398521 - 12398619
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaacc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12398521 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaacc 12398619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 104 - 361
Target Start/End: Original strand, 5071509 - 5071756
Alignment:
Q  104 tctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacacc 203  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||| |   ||||  || |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  5071509 tctcacaaaaccagtcatcgaaagaaacttatcaaactgacaacgtcattttcttgggctttgtttcaaccaatacaaatatttcttcaaaagacacatc 5071608  T
Q  204 ttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaact 303  Q
    ||||||||||| ||      ||| || |||||| ||||   || | |||||| ||| |  |||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||    
T  5071609 ttagacttgtcttc------accctctggttgcaccat---gagtctctcttaaagctttccatgtaagaacatgatcttcacgtccatttgttccaact 5071699  T
Q  304 caagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccac 361  Q
    |  ||||  || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5071700 c-ggattatatcgattcacaatcgctataagtatccttatggaacaatgtttcaccac 5071756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 18857342 - 18857857
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857342 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 18857441  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857442 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 18857541  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857542 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 18857641  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857642 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 18857741  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857742 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 18857841  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  18857842 tcacaagtttccaagt 18857857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 3791454 - 3790939
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3791454 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccg 3791355  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3791354 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttacttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 3791255  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3791254 ccaaaaaaccttccggttgctccatgtagattttctcttcaaggtcaccatgtaacaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 3791155  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  3791154 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtactcgatcccctccacttgagtgaaacccttgacc 3791055  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  3791054 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccatccttttacaaaaagatccacttgcatccaactaccctttggtatttaagtagct 3790955  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  3790954 tcacaagtttccaagt 3790939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 16627313 - 16626798
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  16627313 catcaagatatcatcaacatataaaagaagatagagaatgactctctcacccctctgcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcaaaaaatcg 16627214  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16627213 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgccttgggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 16627114  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16627113 ctacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtcttttcaaggtcaccatgtaagaaaacggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 16627014  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16627013 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccatcggtgagaagatctcattgtagtccatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 16626914  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16626913 acaagtcttgctttgtacctaaaaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 16626814  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    |||||||||| |||||    
T  16626813 tcacaagttttcaagt 16626798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 5144676 - 5145189
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5144676 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccttcttcaacatgtacacacaagaatcttatccgcttctcacaaaaccg 5144775  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    | |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  5144776 ggcttcaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcccagggatttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacataccttagacttgtctt 5144875  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
     |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5144876 tcacaaaaccttccggttgctccatgta--ttgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcagtcttcacatccatttgttcaaactcaagattgaattg 5144973  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5144974 attcacaataaccataagtatcgttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 5145073  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5145074 ataagtattgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatacctttctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 5145173  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  5145174 tcacaagtttccaagt 5145189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 187 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 9227552 - 9227207
Alignment:
Q  187 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227552 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttctagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 9227453  T
Q  287 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcg 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9227452 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccactggtgaaaagatctcgttgtagtcg 9227353  T
Q  387 atcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgc 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9227352 atcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgc 9227253  T
Q  487 atccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227252 atccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 9227207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 4568692 - 4568277
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| |  || |    
T  4568692 atatcatcaacataaaggagaaaatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagcattta 4568593  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| || |  || || || || ||    
T  4568592 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaa 4568493  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| |||||  | ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||     
T  4568492 accttctggttgttgcatatagatattttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 4568393  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  4568392 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttatcaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 4568293  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  4568292 ttgccttataccttgg 4568277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 15315666 - 15315251
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||| ||| ||  ||||||   ||||||||||||||  | ||| |    
T  15315666 atatcatctacataaaggagaaggtagagaataactttctcattccttctcatcatgtaaacataactatcatagttgcttctcacaaaactagccttta 15315567  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    || || || || ||    
T  15315566 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttctattatcttctacgaa 15315467  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||     
T  15315466 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 15315367  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  15315366 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtagtcaatcccttcaacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 15315267  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  15315266 ttgccttataccttgg 15315251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 9227653 - 9227542
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227653 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttttccaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 9227554  T
Q  117 gtcttcaaaaga 128  Q
    ||||||||||||    
T  9227553 gtcttcaaaaga 9227542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 16637485 - 16637095
Alignment:
Q  49 agagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgata 148  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| | ||| |||||||||||| |||||||    
T  16637485 agagaatgactttctcattccttctcatcatgtacacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagcctttacaaggaactcatcaaacagacgata 16637386  T
Q  149 ccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagatt 248  Q
    ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| |  ||    || || || || |||||||  ||||| | ||| |||||     
T  16637385 ccactgccttggactttgattcaatccatacaaagatttcttcaacaaacataattttatattatcttctacgaaaccttttggttgttacatatagata 16637286  T
Q  249 gtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaac 348  Q
    ||  |||| |  || |||||||  || | |||||||||||| || ||||  ||||||||||   |    || || || |||||||||| |||||| ||||    
T  16637285 gttacttccaaatctccatgtagaaatgtggtcttcacatctatctgttttaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttattgaac 16637186  T
Q  349 aatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttgg 439  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  16637185 aatgttttaccaccgctgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacatgagtaaaaccctttgctacaagccttgccttataccttgg 16637095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 32477106 - 32477621
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477106 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 32477205  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477206 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 32477305  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477306 ctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 32477405  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477406 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 32477505  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477506 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 32477605  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  32477606 tcacaagtttccaagt 32477621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 8513860 - 8514375
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513860 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcgttcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 8513959  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513960 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagtgctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 8514059  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514060 ctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 8514159  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514160 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 8514259  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514260 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 8514359  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  8514360 tcacaagtttccaagt 8514375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 2675541 - 2675026
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2675541 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacgcaagagtcatatccgcttctcacaaaaccg 2675442  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675441 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgaccataccattgcctaaggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 2675342  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2675341 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagatcgaattg 2675242  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675241 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 2675142  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675141 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 2675042  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  2675041 tcacaagtttccaagt 2675026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 22171629 - 22171114
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171629 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaataaatttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 22171530  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171529 gtctttaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 22171430  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171429 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 22171330  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171329 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaaaatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 22171230  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171229 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 22171130  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  22171129 tcacaagtttccaagt 22171114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 1307637 - 1308152
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307637 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgaatttctcactcttcttcaacatgtacacataagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 1307736  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1307737 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 1307836  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307837 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttgaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 1307936  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  1307937 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttaagtgaaacccttggcc 1308036  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1308037 acaagtcttgttttgtaccttggaccttcaacacccagaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 1308136  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  1308137 tcacaagtttccaagt 1308152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 16256835 - 16257350
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16256835 catcaagatatcatcaacatataaaacaaggtagagaatgactttctcactcctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 16256934  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16256935 gtctttaaaagaaattcatcaaatcgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 16257034  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257035 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 16257134  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16257135 attcacaatagtcataagtatccttatggtacaatgtttcaccaccggtgaaaatatcttattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 16257234  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16257235 acaagtcttgctttgtaccttggaccattaacacccggaatacgttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 16257334  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    | ||||||||||||||    
T  16257335 ttacaagtttccaagt 16257350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 125 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 3326739 - 3326338
Alignment:
Q  125 aagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaa 224  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||    
T  3326739 aagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacattccttagatttgtcttctacaaaa 3326640  T
Q  225 ccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacta 324  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3326639 ccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaa 3326540  T
Q  325 tagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtct 424  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  3326539 tagcgatatgtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtaagaagatctcattgtagtcgatcccctccatttgagtgaaacccttggccacaagtct 3326440  T
Q  425 tgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagt 524  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3326439 tgctttgtaccttggaccttcaacaccctgaataccttcttttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagcttcacaagt 3326340  T
Q  525 tt 526  Q
    ||    
T  3326339 tt 3326338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 24 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 54191857 - 54191379
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  54191857 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 54191758  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||| || |||||    
T  54191757 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaa 54191658  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||     
T  54191657 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 54191558  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  54191557 atcgccataagtacccttatagaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 54191458  T
Q  424 ttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    |||| |||||||||||  |||| || ||||| ||  | || ||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||    
T  54191457 ttgccttataccttggtgcttcgacccccggtataccttcttttttcttgaacacccacttgcttcccactaccctttg 54191379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 10095638 - 10096053
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  10095638 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10095737  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  10095738 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaagatttcttgaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 10095837  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  10095838 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10095937  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  10095938 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 10096037  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  10096038 ttgccttataccttgg 10096053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 10202524 - 10202939
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  10202524 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10202623  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| || | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  10202624 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaatatttcttgaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 10202723  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  10202724 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10202823  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  10202824 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 10202923  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  10202924 ttgccttataccttgg 10202939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 10900358 - 10899943
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||| ||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  10900358 atatcatctacataaagaagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacataactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10900259  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| |  || ||    
T  10900258 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttatacgaa 10900159  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||     
T  10900158 accttctggttgctgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10900059  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||    
T  10900058 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctgcaagtc 10899959  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  10899958 ttgccttataccttgg 10899943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 10609605 - 10610020
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  10609605 atatcatccacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattctttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10609704  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |  ||||| || || ||    
T  10609705 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactaccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaaaacaaacttttgtattgtcttctacgaa 10609804  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||   |    || ||     
T  10609805 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccattcgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10609904  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    ||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||    
T  10609905 attaccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaatcctttgctacaagtc 10610004  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  10610005 ttgccttataccttgg 10610020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 47879721 - 47880136
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  47879721 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 47879820  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || || ||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  47879821 ctaggaattcatcaatccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 47879920  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |   ||| ||     
T  47879921 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcatacatattaaca 47880020  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || ||||  ||||| ||||| |||||| |||| |||||||    
T  47880021 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccatcggtgaaaagatttcattgtaatcaatccattccacctgagtaaaacccattgctacaagtc 47880120  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  47880121 ttgccttataccttgg 47880136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 24 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 16460813 - 16460400
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||| ||||||   |||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  16460813 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatcactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 16460714  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  16460713 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 16460614  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  16460613 accttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 16460514  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  16460513 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcacttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 16460414  T
Q  424 ttgctttatacctt 437  Q
    |||| |||||||||    
T  16460413 ttgccttatacctt 16460400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 292
Target Start/End: Original strand, 22622957 - 22623225
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  22622957 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 22623056  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||| || |||||    
T  22623057 ctaggaactcatcaaaccgacgataccattgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaa 22623156  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccat 292  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || |||||||||||||||||    
T  22623157 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccat 22623225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 3326810 - 3326735
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaa 92  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  3326810 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccatcttcaacatgtacacacaagaa 3326735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 9149655 - 9149586
Alignment:
Q  42 agaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  9149655 agaaggtagagaatgactttctcctctttctttaacatgtacgcacaaaaatcatacccgcttctcacaa 9149586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 17630 - 17115
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17630 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 17531  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17530 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 17431  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17430 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 17331  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17330 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 17231  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17230 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 17131  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  17130 tcacaagtttccaagt 17115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 10687585 - 10687070
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687585 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 10687486  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687485 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 10687386  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687385 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 10687286  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687285 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 10687186  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687185 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 10687086  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  10687085 tcacaagtttccaagt 10687070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 35742155 - 35742670
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35742155 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaataactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 35742254  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742255 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 35742354  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742355 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 35742454  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742455 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 35742554  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742555 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccagaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 35742654  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  35742655 tcacaagtttccaagt 35742670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 18868991 - 18868476
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18868991 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccccttctcacaaaaccg 18868892  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18868891 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacctatacaaagatttcttcaaaagacacaccttggacttgtcct 18868792  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868791 ccacagaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 18868692  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18868691 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 18868592  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868591 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 18868492  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  18868491 tcacaagtttccaagt 18868476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 33036254 - 33035739
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036254 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 33036155  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33036154 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttggacttgtcct 33036055  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036054 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 33035955  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33035954 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 33035855  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  33035854 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtaact 33035755  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  33035754 tcacaagtttccaagt 33035739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 26298148 - 26298663
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26298148 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 26298247  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26298248 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 26298347  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298348 ccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 26298447  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26298448 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 26298547  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  26298548 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatcaaactaccctttggtgtttaggtagct 26298647  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  26298648 tcacaagtttccaagt 26298663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 26311405 - 26311920
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26311405 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 26311504  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26311505 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 26311604  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311605 ccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 26311704  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26311705 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 26311804  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  26311805 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatcaaactaccctttggtgtttaggtagct 26311904  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  26311905 tcacaagtttccaagt 26311920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 26401671 - 26401156
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26401671 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatatacacgcaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 26401572  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26401571 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaactcatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 26401472  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401471 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccttgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 26401372  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  26401371 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtcgatctcctccacttgagtgaaacccttggcc 26401272  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  26401271 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaactcccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttgatgtttaggtagct 26401172  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||| ||||||||||    
T  26401171 tcacacgtttccaagt 26401156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 4814058 - 4814473
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  4814058 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 4814157  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  4814158 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 4814257  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  4814258 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 4814357  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  4814358 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 4814457  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  4814458 ttgccttataccttgg 4814473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 28331244 - 28330766
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  28331244 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 28331145  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  28331144 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 28331045  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    ||||||  |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    || ||     
T  28331044 accttctagttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattatacatgttaaca 28330945  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||    
T  28330944 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttcgctacaagtc 28330845  T
Q  424 ttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    |||| |||||||||||  |||| || || || ||  | || || |||||||| | |||||||| ||| |||||||||||    
T  28330844 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaacacccacttgcttcccactaccctttg 28330766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 16754092 - 16754507
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||   |||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  16754092 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 16754191  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  16754192 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 16754291  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  16754292 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 16754391  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  16754392 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaagccctttgctacaagtc 16754491  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  16754492 ttgccttataccttgg 16754507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 28894095 - 28893698
Alignment:
Q  42 agaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaacc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | |||    || |||||||||||||    
T  28894095 agaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttttctaggaactcatcaaacc 28893996  T
Q  142 gacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccat 241  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || | ||||||||| ||||| | |||    
T  28893995 gacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctataaaaccttctggttgttgcat 28893896  T
Q  242 gtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatcctt 341  Q
     ||||| || ||||| |  || |||||||  || || |||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || || || |||||||||| ||||    
T  28893895 atagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcagtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtaccctt 28893796  T
Q  342 atggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttgg 439  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  28893795 atagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagttttgctttatacattgg 28893698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 25683256 - 25682841
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  25683256 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25683157  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  25683156 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 25683057  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    ||||||  |||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||   |    || ||     
T  25683056 accttctagttattgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctagctcaagatcatacatgttaaca 25682957  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| | |||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  25682956 atcgccataagtacctttatagaacaatgctttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 25682857  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  25682856 ttgccttataccttgg 25682841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 129 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 15947906 - 15947596
Alignment:
Q  129 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 228  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| ||||| || || || || |  |||||||    
T  15947906 aactcatcaaaccgaagaaaccactgccttggactttgcttcaacctatagaaagatttcttcaacatacatacctttgaattatcttctatgaaacctt 15947807  T
Q  229 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagc 328  Q
    | ||||| |||||  | ||  | ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||| | ||  |||| |||||   |    || || |  ||    
T  15947806 ctggttgttccatacatatattttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatctattttaacttaagatcatacatgttaacaaacgc 15947707  T
Q  329 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgct 428  Q
    |||||||||||||||  || ||||||| |||| |||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  15947706 cataagtatccttatacaagaatgttttaccatcggtgaaaagattttgttgtaatcgatcccttccacctgagtaaaacccttagccacaagtcttgcc 15947607  T
Q  429 ttataccttgg 439  Q
    |||||||||||    
T  15947606 ttataccttgg 15947596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 40827535 - 40827427
Alignment:
Q  118 tcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctc 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  40827535 tcttcaaaataaactcatcaaactaacaataccatttcctagggctttgcttcaacctatagaaagatatcttcaaaatatgcaacttagacttgtcctc 40827436  T
Q  218 cacaaaacc 226  Q
    |||||||||    
T  40827435 cacaaaacc 40827427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 328 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 21040475 - 21040364
Alignment:
Q  328 ccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgc 427  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  21040475 ccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccaactgagtaaaaccctttgctacaagtcttgc 21040376  T
Q  428 tttataccttgg 439  Q
     | |||||||||    
T  21040375 ctgataccttgg 21040364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 209 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 40827425 - 40827235
Alignment:
Q  209 cttgtcctccacaaaacc--ttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaa 306  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  40827425 cttgtcctccacaaaacccattcc--ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaa 40827328  T
Q  307 gattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccactt 399  Q
    ||||| ||| ||| | ||||  |||||||| ||||||  |||||||||| | ||| ||||| || |||| |||||| || || ||||| ||||    
T  40827327 gattgtattcattgaatataaacataagtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatcttgttgtactcaattccctcaactt 40827235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 33769805 - 33770320
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769805 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 33769904  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769905 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 33770004  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770005 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 33770104  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770105 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgaccccctccacttgagtgaaaccctttgcc 33770204  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770205 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 33770304  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  33770305 tcacaagtttccaagt 33770320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 31400313 - 31399798
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400313 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 31400214  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400213 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 31400114  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31400113 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagatcgaattg 31400014  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31400013 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctacacttgagtgaaaccctttgcc 31399914  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31399913 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagtt 31399814  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  31399813 tcacaagtttccaagt 31399798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 28806043 - 28805528
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28806043 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagagtcatatccgcttctcacaaaaccg 28805944  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28805943 gtcttcaaaagaaactcgtcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacgcaccttagacttgtcct 28805844  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805843 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtattcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 28805744  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805743 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 28805644  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805643 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 28805544  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  28805543 tcacaagtttccaagt 28805528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 37559914 - 37559399
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559914 catcaagatgtcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 37559815  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37559814 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacgccttagacttgtcct 37559715  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37559714 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaatta 37559615  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559614 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 37559515  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559514 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 37559415  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  37559414 tcacaagtttccaagt 37559399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 27446589 - 27447104
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446589 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 27446688  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27446689 gtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 27446788  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446789 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 27446888  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446889 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 27446988  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446989 acaagtcttgctttgtaccttagaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 27447088  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  27447089 tcacaagtttccaagt 27447104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 43593887 - 43594402
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43593887 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcacttttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 43593986  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43593987 gtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcgtagggctttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 43594086  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594087 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 43594186  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594187 attcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 43594286  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594287 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 43594386  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  43594387 tcacaagtttccaagt 43594402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 43626681 - 43627196
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626681 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcacttttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 43626780  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43626781 gtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcgtagggctttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 43626880  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626881 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 43626980  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626981 attcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 43627080  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627081 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 43627180  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  43627181 tcacaagtttccaagt 43627196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 24558845 - 24558390
Alignment:
Q  77 catgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaaccca 176  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24558845 catgtacacacatgaatcatatccgcttctcacaaaatcgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaaccca 24558746  T
Q  177 tacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaag 276  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  24558745 tataaagatttattcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgtgtaagaaag 24558646  T
Q  277 cggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24558645 cggtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 24558546  T
Q  377 gttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaag 476  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  24558545 attgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaactcccggaataccttcctttttcttgaag 24558446  T
Q  477 atccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  24558445 atccacttgcatccaactaccctttggtgtataggtagcttcacaagtttcaaagt 24558390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 24599877 - 24599422
Alignment:
Q  77 catgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaaccca 176  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24599877 catgtacacacatgaatcatatccgcttctcacaaaatcgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaaccca 24599778  T
Q  177 tacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaag 276  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  24599777 tataaagatttattcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgtgtaagaaag 24599678  T
Q  277 cggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24599677 cggtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 24599578  T
Q  377 gttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaag 476  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||    
T  24599577 attgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaactcccggaataccttcctttttcttgaag 24599478  T
Q  477 atccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  24599477 atccacttgcatccaactaccctttggtgtataggtagcttcacaagtttcaaagt 24599422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Original strand, 28833825 - 28834175
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28833825 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaatcg 28833924  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |    
T  28833925 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgatatcattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagatataccttagacttgtcat 28834024  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  28834025 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatctatttgttccaaattaagattgaattg 28834124  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 367  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28834125 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 28834175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 25451088 - 25450691
Alignment:
Q  42 agaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaacc 141  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |  || |||| ||||||||    
T  25451088 agaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagcctttactaggaactaatcaaacc 25450989  T
Q  142 gacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccat 241  Q
    |||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||  | |||    
T  25450988 gacgataccactaccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttattgcat 25450889  T
Q  242 gtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatcctt 341  Q
     ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || || || |||||||||| ||||    
T  25450888 atagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtaccctt 25450789  T
Q  342 atggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttgg 439  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  25450788 atagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcgttgtaatcaatcccttccacctaagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 25450691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 143 - 502
Target Start/End: Original strand, 31301224 - 31301584
Alignment:
Q  143 acgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatg 242  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| |||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||  ||||   ||    
T  31301224 acgatatcattgccttggattttgtttcaattcttacaatgatttcttcaaaagacacaccttagatttgtcttccataaaacctttcgaatgctttgtg 31301323  T
Q  243 tagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatcctta 342  Q
    |||||||||| || ||||   ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  || |||| | | |||||| |||    
T  31301324 tagattgtctttttaaggggtccatgtaagaatgcggcattcacatccatttgttccaactcaatattgtattgataaacgatagtcgtgagtatcttta 31301423  T
Q  343 tggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcca-caagtcttgctttataccttggac 441  Q
    |||||||||||||  | |||||||| |||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||  || |||  ||  |||||||||||||||||||    
T  31301424 tggaacaatgtttttctaccggtgagaagatctcattttagttgatcccctcaacttgagtgaaacctgtttccataaaaccttgctttataccttggac 31301523  T
Q  442 cttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    ||| ||| ||||||||| |  ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  31301524 ctttaactcccggaatgcctgccttttttttgaagttccaattgcatccaactaccctttg 31301584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 364 - 532
Target Start/End: Original strand, 28835415 - 28835583
Alignment:
Q  364 gtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatc 463  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  | ||    
T  28835415 gtgagaagatctcattgtagtcgattcccttcacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccgaaataccttc 28835514  T
Q  464 ctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28835515 ctttttcttgaagatccacttgcatcaaactaccctttggtgtttaggtagcttcacaagtttccaagt 28835583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 282 - 502
Target Start/End: Original strand, 31333674 - 31333896
Alignment:
Q  282 ttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgt 381  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || | ||||||| || |||| | | |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |    
T  31333674 ttcacatcaatttgttccaactcaatatcgtattgattaacgatagtcgtgagtatctttatggaacaatgtttttccaccggtgaaaagatctcatttt 31333773  T
Q  382 agtcgatcccctccacttgagtgaaacc-ctttgcca-caagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatc 479  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| |||  ||  |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |  ||||||| |||||| ||    
T  31333774 agttgatcccctcaacttgagtgaaacctgttttccataaaaccttgctttataccttggacctttaactcctagaatgcctgccttttttttgaagttc 31333873  T
Q  480 cacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  31333874 caattgcatccaactaccctttg 31333896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 163 - 311
Target Start/End: Original strand, 30102726 - 30102874
Alignment:
Q  163 tttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtc 262  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||| || ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  30102726 tttgtttcaactcatacaaatatttcttcaaaagacccaccgtagatttatcctctacaaaaccttttggttgctctatgtaaattgtctcttcaaggtc 30102825  T
Q  263 accatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 311  Q
     |||||||||||| | || | |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  30102826 tccatgtaagaaaaccgtttacgtatccatttgttccaactcaaaattg 30102874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 311
Target Start/End: Original strand, 28664136 - 28664275
Alignment:
Q  176 atacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaa---aacct-tccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaa 271  Q
    |||||| ||||| |||||| || | ||||||||||| ||||| ||||   || || || |||||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||      
T  28664136 atacaatgatttattcaaatgaaataccttagacttttcctctacaattaaatctctctggttgctccatgtagattttttcttcaaggtaaagatgttg 28664235  T
Q  272 gaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 311  Q
    |||  || ||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  28664236 gaacacgctcttcacatccatgtgtttcaacttaagattg 28664275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 706 - 191
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  706 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 607  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  606 gtcttcaaaagaaactcgtcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtctt 507  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  506 ccacaaaaccttcaggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 407  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  406 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctctttgtagtcgatcccctccacttgggtgaaaccctttgcc 307  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  306 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 207  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  206 tcacaagtttccaagt 191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 14740892 - 14740378
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14740892 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgtctttctcactcttcttcaacatgtacacaca-gaatcatatccgcttctcacaaaactg 14740794  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740793 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 14740694  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740693 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 14740594  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740593 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 14740494  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740493 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 14740394  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  14740393 tcacaagtttccaagt 14740378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 33334397 - 33333882
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334397 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 33334298  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334297 gtcttcaaaagaaactcatcaaactgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccgtacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 33334198  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33334197 ccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatctgttccaactcaagattgaattg 33334098  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33334097 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttttcc 33333998  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  33333997 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactacccttttgtgattaggtaact 33333898  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  33333897 tcacaagtttccaagt 33333882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 191 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 24434460 - 24434126
Alignment:
Q  191 caaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatcc 290  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  24434460 caaaagacataccttagacttgtccaacacaaa-ccttcaggtttctccatatagattttcttttcaagatcaccgagtaagaaagcggtctttacatgc 24434362  T
Q  291 atttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcc 390  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||    
T  24434361 atttgttccaactcaaggttgaattgattcacaataaccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtaaatcc 24434262  T
Q  391 cctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatcc 490  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |  |||| ||||| ||||| |  |||||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24434261 cctccacttgagtgaaacccttggccataagtcttgttgttcacctaggaccctcaactcttggaatactttcctttttcttgaagatccacttgcatcc 24434162  T
Q  491 aactaccctttggtgattaggtagcttcacaagttt 526  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  24434161 aactaccctttagtgtttaggtagcttcacaagttt 24434126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 24 - 502
Target Start/End: Original strand, 35202895 - 35203373
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  35202895 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 35202994  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  35202995 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 35203094  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  35203095 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 35203194  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  35203195 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 35203294  T
Q  424 ttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    |||| |||||||||||  |||| || || || ||  | || || |||||||| | |||||||| ||| |||||||||||    
T  35203295 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaacacccacttgcttcccactaccctttg 35203373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 48 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 13882064 - 13881610
Alignment:
Q  48 tagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgat 147  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |  || |||||||||||||||||||    
T  13882064 tagagaatgactttctcattccttctcatcatgtatacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgat 13881965  T
Q  148 accattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagat 247  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| |||||    
T  13881964 accactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagat 13881865  T
Q  248 tgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaa 347  Q
     || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || || || |||||||||| |||||| |||    
T  13881864 agtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaa 13881765  T
Q  348 caatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaa 447  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |    
T  13881764 caatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttggtgcttcga 13881665  T
Q  448 cacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    | || || ||  | || || |||||||| | |||||||| ||| |||||||||||    
T  13881664 cccctggtataccttctttcttcttgaacacccacttgcttcccactaccctttg 13881610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 24714559 - 24714730
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24714559 catcaagatatcatacacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccttcttcaacatgtacatacaagaatcatagccgcttctcacaaaaccg 24714658  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaa 194  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24714659 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacga------tgcctagggctttgcttcaatccatacaaagatttcttcaaa 24714730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 129 - 436
Target Start/End: Original strand, 17691789 - 17692096
Alignment:
Q  129 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||    
T  17691789 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaataaacacacttttgtattatcttctacgaaacctt 17691888  T
Q  229 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagc 328  Q
    | ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || || || ||    
T  17691889 ctggttgttgcatatagatggtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgc 17691988  T
Q  329 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgct 428  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  17691989 cataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgcc 17692088  T
Q  429 ttatacct 436  Q
    ||||||||    
T  17692089 ttatacct 17692096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 131 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 25944911 - 25944603
Alignment:
Q  131 ctcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttcc 230  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| || | |||||| || |  ||||| || |||||||||||     
T  25944911 ctcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaaaatttcttaaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttct 25944812  T
Q  231 ggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg-aattgattcactatagcc 329  Q
    ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   || || || || || |||    
T  25944811 ggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcataaatg-ttaacaatcgcc 25944713  T
Q  330 ataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctt 429  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |    
T  25944712 ataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacttgagtaaaaccctttgctagaagtcttgcct 25944613  T
Q  430 tataccttgg 439  Q
    ||||||||||    
T  25944612 tataccttgg 25944603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 136 - 439
Target Start/End: Original strand, 22347917 - 22348222
Alignment:
Q  136 caaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttg 235  Q
    |||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| |||||    
T  22347917 caaaccgacgatacctctgccttggactttgcttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttg 22348016  T
Q  236 ctccatgta--gattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataa 333  Q
     | ||| ||  ||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || || || | |||||    
T  22348017 ttgcatatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgtcataa 22348116  T
Q  334 gtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttata 433  Q
    ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||| | | ||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  22348117 gtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcacttacacctaagtaaaaccctttgctacaagtcatgccttata 22348216  T
Q  434 ccttgg 439  Q
    ||||||    
T  22348217 ccttgg 22348222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Original strand, 22345832 - 22345921
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaa 113  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   |||||||||||||    
T  22345832 atatcatctacatataggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaa 22345921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 19346044 - 19346559
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346044 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 19346143  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346144 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagattttttcaaaagacacaccttagacttgtcct 19346243  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346244 ccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatataagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 19346343  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19346344 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgaccccctccacttgagtgaaaccctttacc 19346443  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346444 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 19346543  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  19346544 tcacaagtttccaagt 19346559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 526
Target Start/End: Original strand, 39484524 - 39485032
Alignment:
Q  18 atcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccgg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39484524 atcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccatctccaacatgtacacacaagaatcatatctgcttctcacaaaaccgg 39484623  T
Q  118 tcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctc 217  Q
    ||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484624 tcttcaaaagaaattcataaaaacaacgataccattgcctaaggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctc 39484723  T
Q  218 cacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattga 317  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39484724 tacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggttaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattgaattga 39484823  T
Q  318 ttcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcca 417  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39484824 ttcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcca 39484923  T
Q  418 caagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagctt 517  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39484924 caagtcttgctttgtacctttgaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagctt 39485023  T
Q  518 cacaagttt 526  Q
    |||||||||    
T  39485024 cacaagttt 39485032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 39486532 - 39486017
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39486532 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttcacaaacatcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaacca 39486433  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  39486432 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgatatcattgtctagggctttgcttcaacccatacaaagatatcttcaaaagacatatcttagacttgtcct 39486333  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39486332 ccacaaaaccttctggttactccatgtagattgtctcttcaaggtcaacatgtaagaaagcggtcttcacatccatttcttccaactcaagattgaattg 39486233  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39486232 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 39486133  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39486132 acaagtcttgctttgtacctagtactttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatcgacttgcatccaactaccctttggtgtttaggtagct 39486033  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  39486032 tcacaagtttccaagt 39486017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Original strand, 31057725 - 31058239
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31057725 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttc-cacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 31057823  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31057824 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccatttcctagggttttgcttcaactcatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 31057923  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31057924 ccacaaaaccttccaattgctccatgtagattgtctcttcatggtcagcatgtaagaaatcagtcttcacatccatttgttccaacttaagattgaattg 31058023  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31058024 attcacaatggtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccgatgagaagatctgattgtagtggatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 31058123  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31058124 acaagtcttgctttctacctacgaccttcaacacccgaaataccttcctttttcttgaagatccacttgaatccaactaccctttggtgtttaggtagct 31058223  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  31058224 tcacaagtttccaagt 31058239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 31134880 - 31134502
Alignment:
Q  41 aagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaac 140  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||| || ||||||| |  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31134880 aagaaggtagagaatgactttttcatccttctttaatatgtacacataaaaatcatacctacttcttacaacaccggtcttcaaaagaaactcatcaaac 31134781  T
Q  141 cgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctcca 240  Q
     || || || |||| || || ||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  31134780 tgatga-actattgtcttggactttgtttcaacacatacaacaatttcttcaaaagacacatcttggacttgtcctccataaaaccttccagtttctcca 31134682  T
Q  241 tgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatcct 340  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||||  | ||||||||||||| | |||||||   |||| ||||||| |||    
T  31134681 tatagatcgtctcttcaatgtcaccatataagaaggcggtcttcatatacattttcttcaactcaagattgtaatgattcatggtagctataagtaacct 31134582  T
Q  341 tatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaa 420  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||||||    
T  31134581 tatggaacaatgcttcaccacatgtgaaaagatctcatagtagtcaatcccttcaactagagtgaaaccctttcccacaa 31134502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 39685596 - 39685118
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  39685596 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 39685497  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  39685496 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgctttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 39685397  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    || ||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    || ||     
T  39685396 acgttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattatacatgttaaca 39685297  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||    
T  39685296 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttcgctacaagtc 39685197  T
Q  424 ttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttg 502  Q
    |||| |||||||||||  |||| || || || ||  | || || |||||||| | |||||||| ||| |||||||||||    
T  39685196 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaacacccacttgcttcccactaccctttg 39685118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Original strand, 20051594 - 20052008
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  20051594 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtagacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 20051693  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||| || |  || || || || ||    
T  20051694 ctaggaactcatcaaaccgacgata-cactgccttggactttgcttcaaccgatacaaagttttcttcaacaaacacactttggtattatcttctacgaa 20051792  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  20051793 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 20051892  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20051893 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattataatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 20051992  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  20051993 ttgccttataccttgg 20052008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 24 - 437
Target Start/End: Original strand, 22714066 - 22714479
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||| ||||||   |||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  22714066 atatcatctacataaaggagaaggtagagaataactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 22714165  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  22714166 ctaggaactcatcaaaccgacgataccaatgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 22714265  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  22714266 accttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 22714365  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  22714366 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcacttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 22714465  T
Q  424 ttgctttatacctt 437  Q
    |||| |||||||||    
T  22714466 ttgccttatacctt 22714479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 2739554 - 2739139
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  2739554 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 2739455  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   | | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  2739454 ctaggaactcatcataccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttctattacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 2739355  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  2739354 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgtggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 2739255  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||    
T  2739254 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccagcggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttagctacaagtc 2739155  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  2739154 ttgccttataccttgg 2739139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 276 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 17935181 - 17935018
Alignment:
Q  276 gcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatct 375  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || || || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  17935181 gcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagattt 17935082  T
Q  376 cgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttgg 439  Q
    | |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  17935081 cattgtagtcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 17935018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 24 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 17942170 - 17942004
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   |||||||||||||||   ||| |    
T  17942170 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccaaccttta 17942071  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttctt 190  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17942070 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttctt 17942004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 295
Target Start/End: Original strand, 27568379 - 27568455
Alignment:
Q  219 acaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttg 295  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||    
T  27568379 acaaaaccttcaggttgttccatatagattacttcttcaagttcaccatttaaaaaagttgttttcacatccatttg 27568455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 532
Target Start/End: Original strand, 41395102 - 41395532
Alignment:
Q  102 cttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacaca 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395102 cttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacaca 41395201  T
Q  202 ccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395202 ccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtgaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 41395301  T
Q  302 ctcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttga 401  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395302 ctcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagttctcgttgtagtcgatcccctccacttga 41395401  T
Q  402 gtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactacccttt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395402 gtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactacccttt 41395501  T
Q  502 ggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41395502 ggtgattaggtaacttcacaagtttccaagt 41395532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 47702357 - 47701843
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47702357 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccg 47702259  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
    || | ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  47702258 gtttccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 47702159  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702158 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtattcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 47702059  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  47702058 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 47701959  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  47701958 acaagtctttctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaaccaccctttgatgtttaggtagtt 47701859  T
Q  517 tcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||    
T  47701858 tcacaagtttccaagt 47701843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 47101328 - 47101013
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47101328 catcaacatatcatccacatataaaagaagttagagaatgactttctcaccccttttcaacatgtatacacaagaatcatatccgcttctcacaaatccg 47101229  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47101228 atcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgtctatggctttgcttcaacctatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 47101129  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47101128 ccacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattcaattg 47101029  T
Q  317 attcactatagccata 332  Q
    |||||| |||||||||    
T  47101028 attcacaatagccata 47101013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 270 - 532
Target Start/End: Original strand, 13599886 - 13600148
Alignment:
Q  270 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaa 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  13599886 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 13599985  T
Q  370 agatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatccttttt 469  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  13599986 agatctcattgtagtcgatcccctccacttgattgaaacccttggccacaagtcttgctttgtatcttggaccttcaacacccggaataccttccttttt 13600085  T
Q  470 cttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13600086 cttgaagatccacttgcatccgactatcctatggtgtttaggtagcttcacaagtttccaagt 13600148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 9525077 - 9524662
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttca 123  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||| | ||| |    
T  9525077 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 9524978  T
Q  124 aaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaa 223  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||    
T  9524977 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 9524878  T
Q  224 accttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcact 323  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||     
T  9524877 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 9524778  T
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtc 423  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  9524777 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 9524678  T
Q  424 ttgctttataccttgg 439  Q
    |||| |||||||||||    
T  9524677 ttgccttataccttgg 9524662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 42 - 439
Target Start/End: Original strand, 2396105 - 2396502
Alignment:
Q  42 agaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaacc 141  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||  | ||| |  || |||||||||||||    
T  2396105 agaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaactagcctttactaggaactcatcaaacc 2396204  T
Q  142 gacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccat 241  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| ||||| | |||    
T  2396205 gacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcat 2396304  T
Q  242 gtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatcctt 341  Q
     ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || || || |||||||||| ||||    
T  2396305 atagatagtttcttccaaatctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtaccctt 2396404  T
Q  342 atggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttgg 439  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  2396405 atagaacaatgttttaccaccggtgagaagatttcattgtaataaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 2396502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 106
Target Start/End: Original strand, 41392218 - 41392307
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41392218 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttct 41392307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34689874 - 34689683
Alignment:
Q  18 atcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattc-ttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| ||  ||||||||| |||||||| | || || || ||||| ||| || ||||||| ||  ||||||||||||      
T  34689874 atcaatatatcatccatatattgaagtaggaagagaatgattttctcatcccttttttaatatgtaaacataataatcataaccttttctcacaaaacat 34689775  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttaga 208  Q
    || |||||||||||||||||||||| | || |||||| |||  |||| || |||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  34689774 gtgttcaaaagaaactcatcaaacccatgacaccatttccttaggctatgtttcaacacatacaaaggtttgttctaaagacacaccttaga 34689683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34694402 - 34694211
Alignment:
Q  18 atcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattc-ttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| ||  ||||||||| |||||||| | || || || ||||| ||| || ||||||| ||  ||||||||||||      
T  34694402 atcaatatatcatccatatattgaagtaggaagagaatgattttctcatcccttttttaatatgtaaacataataatcataaccttttctcacaaaacat 34694303  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttaga 208  Q
    || |||||||||||||||||||||| | || |||||| |||  |||| || |||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  34694302 gtgttcaaaagaaactcatcaaacccatgacaccatttccttaggctatgtttcaacacatacaaaggtttgttctaaagacacaccttaga 34694211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 78 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 7155329 - 7155149
Alignment:
Q  78 atgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccat 177  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||     |||||||| |||||  |||    
T  7155329 atgtacacataagaatcatatcc--ttctcccacaaccggtcttcaaaagaaatttctcaaactgacgataccattcatgtgggctttgtttcaaggcat 7155232  T
Q  178 acaaaga-tttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaag 259  Q
    ||||||| ||| |||||||||||   ||||  ||| || | ||||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  7155231 acaaagatttttttcaaaagacatgtcttaaccttatctttcacaaaaccttctagttactccatgtatattatctcttcaag 7155149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 357
Target Start/End: Original strand, 13599848 - 13599881
Alignment:
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttca 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13599848 atagccataagtatccttatggaataatgtttca 13599881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Original strand, 33806 - 34317
Alignment:
Q  17 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| || |  |||||| ||||| |||||||||||||||||   |||||| | ||||| |    
T  33806 catcaagatatcatctacatataaaagaagttatagaatgacttcctaagccttctttaacatatacacacaagaatcatacatgcttctaa-aaaactg 33904  T
Q  117 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33905 atcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccatttcctaggactttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 34004  T
Q  217 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 316  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34005 ccccaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaagggtaccatgtaagaaagcagtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattg 34104  T
Q  317 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 416  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| | ||| |||||||| |||    
T  34105 attcacaatatccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattatactcgatcccctccacctaagttaaacccttggcc 34204  T
Q  417 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatcctttttcttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagct 516  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||  ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  34205 acaagtcttgttttgtacctaggaccttcaactcctagaataccttcctttttcttgaagatccacttgcatccaactacccttttgtttttaggtatct 34304  T
Q  517 tcacaagtttcca 529  Q
    |||||||||||||    
T  34305 tcacaagtttcca 34317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 270 - 532
Target Start/End: Original strand, 7683 - 7945
Alignment:
Q  270 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaa 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  7683 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 7782  T
Q  370 agatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgtcatccttttt 469  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  7783 agatctcattgtagtcgatcccctccacttgattgaaacccttggccacaagtcttgctttgtatcttggaccttcaacacccggaataccttccttttt 7882  T
Q  470 cttgaagatccacttgcatccaactaccctttggtgattaggtagcttcacaagtttccaagt 532  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7883 cttgaagatccacttgcatccgactatcctatggtgtttaggtagcttcacaagtttccaagt 7945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 357
Target Start/End: Original strand, 7645 - 7678
Alignment:
Q  324 atagccataagtatccttatggaacaatgtttca 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7645 atagccataagtatccttatggaataatgtttca 7678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 210 - 439
Target Start/End: Original strand, 161 - 390
Alignment:
Q  210 ttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagat 309  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  161 ttgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagat 260  T
Q  310 tgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacc 409  Q
       |   ||| || || |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||    
T  261 catacatattaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaaaatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacc 360  T
Q  410 ctttgccacaagtcttgctttataccttgg 439  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  361 ctttactacaagtcttgctttataccttgg 390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 209 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5001 - 4811
Alignment:
Q  209 cttgtcctccacaaaacc--ttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaa 306  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5001 cttgtcctccacaaaacccattcc--ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaa 4904  T
Q  307 gattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccactt 399  Q
    ||||| ||| ||| | ||||  |||||||| ||||||  |||||||||| | ||| ||||| || |||| |||||| || || ||||| ||||    
T  4903 gattgtattcattgaatataaacataagtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatcttgttgtactcaattccctcaactt 4811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1764 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold1764
Description:

Target: scaffold1764; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 68 - 3
Alignment:
Q  24 atatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaa 89  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||    
T  68 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaa 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University