View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8911_high_2 (Length: 756)

Name: NF8911_high_2
Description: NF8911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8911_high_2
NF8911_high_2
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-741)||(45282305-45283038)
chr7 (8-743)||(45274060-45274797)
chr7 (8-729)||(45270547-45271264)
chr7 (8-474)||(45293957-45294426)
chr7 (8-474)||(45302917-45303386)
chr7 (485-743)||(45293643-45293904)
chr7 (485-743)||(45302603-45302864)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (161-206)||(38583244-38583289)
chr1 (143-212)||(38588231-38588300)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 45283038 - 45282305
Alignment:
Q  8 catggatctctgcttccgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaaggatggtag 107  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283038 catggatctcttcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattatgcctaatgctgttgttgccaaggatggtag 45282939  T
Q  108 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgccgcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282938 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 45282839  T
Q  208 atcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagagctttgctgctggtgtcaaga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282838 atcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcactggtagaaagagctttgctgctggtgtcaaga 45282739  T
Q  308 ccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacttttttattttatttaattaattatgtacttatgaatgaagaaagagta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45282738 ccatgcaaaccgccaccttcggtacttaattcaattatcatcgatcaaaacttttttattttatttaattaattatttacttatgaatgaagaaagagta 45282639  T
Q  408 tatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagatatagatacacatataacattgacatatatagcc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282638 tatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagatatagatacacatataacattgacatatatagcc 45282539  T
Q  508 aatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaatgacatttgagaacacagccggt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282538 aatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaatgacatttgagaacacagccggt 45282439  T
Q  608 cctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctgggttaccaagacagcttgtatgttcaaa 707  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282438 cctgatggtcaccaagctgtggcatttagaaaccaaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcgtgggttaccaagacagcttgtatgttcaaa 45282339  T
Q  708 gcaacagacagtactaccgcaattgtcttgtctc 741  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282338 gcaacagacagtactaccgcaattgtcttgtctc 45282305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 45274797 - 45274060
Alignment:
Q  8 catggatctctgcttccgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaaggatggtag 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45274797 catggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaatgatggtag 45274698  T
Q  108 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgccgcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45274697 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttatcctaagggaaacaaaggcaggtattttatctacgttaaggctggtgtctatgacgaatac 45274598  T
Q  208 atcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagagctttgctgctggtgtcaaga 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||    
T  45274597 atcactgtacccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagaactttgctgccggtaccaaga 45274498  T
Q  308 ccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaac-ttttttattttatttaattaattatgta-cttatgaatgaagaaagag 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||    
T  45274497 ccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattattatctatcaaagctttttttattttatttgattaattgtataccttatgattgaagaaagag 45274398  T
Q  406 tatatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagatatagatacacatataacattgacatatatag 505  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||    
T  45274397 tatataagaaaaagtagcatcactctcaaaatttatttttgaagaaaacataactcgcattgaaaagagaaatatatacatataacattgacatatatag 45274298  T
Q  506 ccaatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaatgacatttgagaacacagccg 605  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274297 ccagtgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgcgtgcagccaacaccgcaatagggttcattggaaaggcaatgacatttgagaacacagccg 45274198  T
Q  606 gtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctgggttaccaagacagcttgtatgttca 705  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274197 gtcctgatggtcaccaagctgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcgtgggttaccaagacagcttgtatgttca 45274098  T
Q  706 aagcaacagacagtactaccgcaattgtcttgtctctg 743  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274097 aagcaacaggcagtactaccgcaattgtcttgtctctg 45274060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 45271264 - 45270547
Alignment:
Q  8 catggatctctgcttccgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaaggatggtag 107  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45271264 catggatctcttcttctggtcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaatgatggtag 45271165  T
Q  108 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgccgcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271164 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgcctcttaccctaagggaaacaaagacagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 45271065  T
Q  208 atcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagagctttgctgctggtgtcaaga 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |      || |||  ||| |    
T  45271064 atcactgtccccaaggaggctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaagaccattgtcactggtagaaagaaccaaatggccggtaccaaca 45270965  T
Q  308 ccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacttttttattttatttaattaattatgta-cttatgaatgaagaaagagt 406  Q
    |   | | || ||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  45270964 cacagaacactgccaccttttgtacgtaattcagttat-atcgatcaaagc--ttttattttatttaattaattgtgtaccttatgaatgaagagagagt 45270868  T
Q  407 atatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaaca-taactaacattgaaaagatatagatacacatataacattgacatatatag 505  Q
    | ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | |    ||||  | ||||||||    
T  45270867 agatgtgaaatagtagcatcactctcaaaattcatttttgaaaaaaacattaactcacattgaaaagatatatatataga---cacatacatatatatag 45270771  T
Q  506 ccaatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaatgacatttgagaacacagccg 605  Q
    ||  ||| || ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45270770 ccggtgttatagaagttactaattaattgatcatccatgcatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaaggcaatgacatttgagaacacagccg 45270671  T
Q  606 gtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctgggttaccaagacagcttgtatgttca 705  Q
    ||||||  |||   ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||| |||||    
T  45270670 gtcctgccggtatgcaagctgtggcatttagaaacataggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcgtaggttaccaagacactttgtacgttca 45270571  T
Q  706 aagcaacagacagtactaccgcaa 729  Q
    || |||||| || | |||||||||    
T  45270570 aaccaacaggcaattctaccgcaa 45270547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 8 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 45294426 - 45293957
Alignment:
Q  8 catggatctctgcttccgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaaggatggtag 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||    |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294426 catggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatgctgttgttgccaaggatggtag 45294327  T
Q  108 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgccgcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 207  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  45294326 cggtcaatttaaaaccatccaggctgctattgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaaggctggcgtctatgatgaatac 45294227  T
Q  208 atcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagagctttgctgctggtgtcaaga 307  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| ||||||| |  |||||||||||||||||    
T  45294226 atcactattcccaaagacgctgttaacattcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgttaccggaagaaagaacggtgctgctggtgtcaaga 45294127  T
Q  308 ccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacttttttattttatttaattaattatgta-cttatgaatgaagaaagagt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  45294126 ccatgcaaaccgccaccttcggtaagtaattcaattatcatcgatcacaacttttttattttatttaataaattgtgtaccttatgaatgaagaaagggt 45294027  T
Q  407 a--tatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagat 474  Q
    |   |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45294026 aatgatgagaaatagtaacatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactcacattgaaaagat 45293957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 8 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 45303386 - 45302917
Alignment:
Q  8 catggatctctgcttccgatcgcaagcttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaaggatggtag 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||    |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303386 catggatctctgcttctgatcgcaagcttttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatgctgttgttgccaaggatggtag 45303287  T
Q  108 cggccaatttaaaaccatccaggctgctcttgccgcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatac 207  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  45303286 cggtcaatttaaaaccatccaggctgctattgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaaggctggcgtctatgatgaatac 45303187  T
Q  208 atcactgtccccaaggatgctgttaacattcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagagctttgctgctggtgtcaaga 307  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| ||||||| |  |||||||||||||||||    
T  45303186 atcactattcccaaagacgctgttaacattcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgttaccggaagaaagaacggtgctgctggtgtcaaga 45303087  T
Q  308 ccatgcaaaccgccaccttcggtacgtaattcaattatcatcgatcaaaacttttttattttatttaattaattatgta-cttatgaatgaagaaagagt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  45303086 ccatgcaaaccgccaccttcggtaagtaattcaattatcatcgatcacaacttttttattttatttaataaattgtgtaccttatgaatgaagaaagggt 45302987  T
Q  407 a--tatgagaaaaagtggcatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactaacattgaaaagat 474  Q
    |   |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45302986 aatgatgagaaatagtaacatcactctcaaaattcatttttgaagaaaacataactcacattgaaaagat 45302917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 485 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 45293904 - 45293643
Alignment:
Q  485 atataacattgacatatata---gccaatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaagg 581  Q
    |||||||||||||| |||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45293904 atataacattgacacatataatagccggtgtgatcgaagttactaattaattgatcatccatgcatgcagccaacaccgcattggggttcattggaaagg 45293805  T
Q  582 caatgacatttgagaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45293804 caatgacatttgagaacacagccggtcctgctggtcaccaagctgtggcatttagaaaccaaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg 45293705  T
Q  682 ttaccaagacagcttgtatgttcaaagcaacagacagtactaccgcaattgtcttgtctctg 743  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||| || ||||||    
T  45293704 ttaccaagacactttgtacgttcaaaccaacaggcaattctaccgcaattgtgttatctctg 45293643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 485 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 45302864 - 45302603
Alignment:
Q  485 atataacattgacatatata---gccaatgtgatcgaaattactaattaattgattatccatgaatgcagccaacaccgcaatggggttcattggaaagg 581  Q
    |||||||||||||| |||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45302864 atataacattgacacatataatagccggtgtgatcgaagttactaattaattgatcatccatgcatgcagccaacaccgcattggggttcattggaaagg 45302765  T
Q  582 caatgacatttgagaacacagccggtcctgatggtcaccaagccgtggcatttagaaacgtaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45302764 caatgacatttgagaacacagccggtcctgctggtcaccaagctgtggcatttagaaaccaaggagatatgtctgctttggtgggttgccatatcctggg 45302665  T
Q  682 ttaccaagacagcttgtatgttcaaagcaacagacagtactaccgcaattgtcttgtctctg 743  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||| || ||||||    
T  45302664 ttaccaagacactttgtacgttcaaaccaacaggcaattctaccgcaattgtgttatctctg 45302603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 38583289 - 38583244
Alignment:
Q  161 aaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaata 206  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  38583289 aaggtagatatgtcatctacgtcaaggctggtgtctatgacgaata 38583244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 38588300 - 38588231
Alignment:
Q  143 cttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcac 212  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  38588300 cttatcctaagggattcaaaggcagatacattatctatgtcaaggctggggtctatgacgagtacatcac 38588231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University