View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8911_low_1 (Length: 1352)

Name: NF8911_low_1
Description: NF8911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8911_low_1
NF8911_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-1334)||(2308038-2309379)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (149-185)||(3229109-3229145)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 974; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 974; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1334
Target Start/End: Complemental strand, 2309379 - 2308038
Alignment:
Q  15 tggacatcacactattcaaatgtatcactacctctttctctttcaaatgtataacataattattgtaattataccattcacaaagagaaacatattagga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2309379 tggacatcacactattcaaatgtatcactacctctttctctttcaaatgtataacataattattgtaattataccattcacaaagagaaacatattagga 2309280  T
Q  115 atttagatagtgtaaatttgaattatgattgat-gacactttattctctcatgtgtaaattacacacgagagtatctatttccgacattggcagaatggt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2309279 atttagatagtgtaaatttgaattatgattgatagacactttattctctcatgtgtaaattacacacgagagtatccatttctgacattggcagaatggt 2309180  T
Q  214 acgtactgagtgtgtgcatt-------acacaagcgaaaaattaagtatatgtatataatcgattagtatatgttatctcgatgttatttcgatatcatc 306  Q
    ||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2309179 acgtactgagtatgtgcattttaatgtacacaagcgaaaaattaagtatatatattcaatcgattagtatatattatctcgatgttatttcgatatcatc 2309080  T
Q  307 atggtcacattgtctttatgttatccaactccttttttctaccactttgtattgtgcaccatggttgcaccaccacctttcaaaatcggatcaaaagtct 406  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2309079 gtggtcacatcgtctttatgttatccaactccttttttctaccactctatattgtgcaccatggttgcaccaccacctttcaaaatcggatcaagagtct 2308980  T
Q  407 ctctattgagtaaaaaacttgagaaaataaggtggatataagatcttcacattatttgcttagggtttttgaaaggagagaatgcatttccttccaacat 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308979 ctctattgagtaaaaaacttgagaaaataaggtggatataagatctccacattatttgcttagggtttttcaaaggagagaatgcatttccttccaacat 2308880  T
Q  507 ttgatcccccaatctctttgtccgcattacaaattttgtcgcaaaaaac-acattttgtatacaataaaaactaccaatgtgtgatactccctccagact 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2308879 ttgatcccccaatctctttgtccgcataacaaattttgtcacaaaaaaccacattttgtatacaataaaaactaccaccgtgtgatactccctccagact 2308780  T
Q  606 cgaatatacacaaaaaagtatatatatttttggtactcaaatataagtaaacataaataattttattatctctaataatgtca----------------- 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                     
T  2308779 cgaatatacacaaaaaagtatatatatttttggtactcaaatataagtaaacataactaattttattatctctaataatgtcattccttaacttctccaa 2308680  T
Q  689 ttaataaaagcaagcnnnnnnnnncaatgttaataattacacttaacctttttccttaataagtgcaagttannnnnnnnnnnnnnacatataatctaga 788  Q
    |||||||||| |||          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||              | ||||||||||||    
T  2308679 ttaataaaagtaagtttttttcttcaatgttaataattacacttaaccttttttcttaataagtgcaagttatttttattttttttaaatataatctaga 2308580  T
Q  789 agtgatgagtagttnnnnnnnngtgatattctataaataccaacttgtttcttaaattctactcgatgtcattatggtagggttaacaagttaaccttac 888  Q
    ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308579 agtgatgagtagttaaaaaaaagtgatattctataaataccaacttgtttcttaaattctactcgatgtcattatggtagggttaacaagttaaccttac 2308480  T
Q  889 tcatccactctcaatcaattagctatcctagtgcttctctttcctttcttcttaatcaaacacttttctttcacttttaagtatttatcctctaataggt 988  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||    
T  2308479 tcatccactctcaatcaattagctatcctagtgcttctctttcctttcttcttaatcaaacacttttctttcacttttaa---------------taggt 2308395  T
Q  989 gtttcaacttataccacttctttctcaccttcctatatataccctcatccctttatctccattaactagc-----------tctcatataataatattac 1077  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||    
T  2308394 gtttcaatttataccacttctttctcaccttcctatatataccctcatccctttatctccattaactagccattaactagctctcatataataatattac 2308295  T
Q  1078 acaactcctcgatctttgtttcattttgcttattttttaagatgctacttagaagctcctctgcaccaattctaagttcattgttaccctataattcaaa 1177  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308294 ataactccttgatctttgtttcattttgcttattttttaagatgctacttagaagctcctctgcaccaattctaagttcattgttaccctataattcaaa 2308195  T
Q  1178 agagtcctctcttgagctagaacatactcttaagcttcctagaacaatatcatttttaagtctaagccaaaatttagccaagttagaccttcaaaactca 1277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308194 agagtcctctcttgagctagaacatactcttaagcttcctagaacaatatcatttttaagtctaagccaaaatttagccaagttagaccttcaaaactca 2308095  T
Q  1278 tcaagtcctaaaaaaccatttcttgtgccatgtagtaatgttctaagtacaaatatg 1334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308094 tcaagtcctaaaaaaccatttcttgtgccatgtagtaatgttctaagtacaaatatg 2308038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 149 - 185
Target Start/End: Original strand, 3229109 - 3229145
Alignment:
Q  149 acactttattctctcatgtgtaaattacacacgagag 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3229109 acactttattctctcatgtgtaaattacacatgagag 3229145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University