View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8911_low_2 (Length: 979)

Name: NF8911_low_2
Description: NF8911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8911_low_2
NF8911_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-979)||(44417939-44418895)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 925; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 925; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 44418895 - 44417939
Alignment:
Q  23 tcttatagttttttgttttgtaaaattaggtgtcaatacctaagcaatgcagttttacaggcaaagaatgcaacaaatagcgatgggttggttagttcta 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418895 tcttatagttttttgttttgtaaaattaggtgtcaatacctaagcaatgcagttttacaggcaaagaatgcaacaaatagcgatgggttggttagttcta 44418796  T
Q  123 ctcggagttccagcgacactggattactagatatgcttgaagggaagcttgctgttcttcggtttcagataaaaatcaaagaggaactagagcatatggc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418795 ctcggagttccagcgacactggattactagatatgcttgaagggaagcttgctgttcttcggtttcagataaaaatcaaagaggaactagagcatatggc 44418696  T
Q  223 ttccagttctgaggttttacacagcacatccaattctgttgaaaatggtttagtctctgatgccagtccaactgttgatgccaattttgcaaatgcaaca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418695 ttccagttctgaggttttacacagcacatccaattctgttgaaaatggtttagtctctgatgccagtccaactgttgatgccaattttgcaaatgcaaca 44418596  T
Q  323 cgcgagaaagccaaagagctatcatcagatttgaagagcataacacaattatataatgaatatgctgttccctttaaactctgggaggtacttctttctc 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418595 cgcgagaaagccaaagagctatcatcagatttgaagagcataacacagttatataatgaatatgctgttccctttaaactctgggaggtacttctttctc 44418496  T
Q  423 tttctggctgtatgtgtgggcgcgcgcgcgtgtagaattattctgagctatttacttccacgatttctaagacatgtattgtttggttgagggaaaggat 522  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418495 tttctggctgtatgtgtgggtgcacgtgcgtgtagaattattctgagctatttatttccacgatttctaagacatgtattgtttggttgagggaaaggat 44418396  T
Q  523 aggatacattgtttgattagttttttaagatagaaaaataggaatttgaggtctctatacttataataactttgcaactctctttactcttctgtccaac 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418395 aggatacattgtttgattagttttttaagatagaaaaataggaatttgaggtctctatacttataataactttgcaactctctttactcttctgtccaac 44418296  T
Q  623 tatttgccatttctttcttttttgtgacatgatttaccttttctgtcttgtcaaaccaaatgaagcgtcacggtctcatgatttgtgttgtatctgccac 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44418295 tatttgccatttctttcttttttgtgacatgatttaccttttctgtcttgtcaaaccaactgaagcatcacggtctcgtgatttgtgttgtatctgccac 44418196  T
Q  723 tgttctgcttggccagtcttggttgtgtattattcttgttgataacattgtcataattttctttcagacatgcctggagatgctgtactttgctaactat 822  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418195 tgttctgcttggccagtcttggttgtgtattattcttgttgataacattgtcataattttctttcagacatgcctggagatgctgtactttgctaactat 44418096  T
Q  823 tctggtgatagtgacagtagcattgtcagagagacatgggctcgacttatagatcaagctatttcaggaggtggcattgctgaagcttgctctgtgctaa 922  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418095 tctggtgatagtgacagtagcattgtcagagagacatgggctcgacttatagatcaagctatttcaggaggtggcattgctgaagcttgctctgtgctaa 44417996  T
Q  923 agagacttgggccccgcctttatcctggtgatggaactgtttttcagcttgacatta 979  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44417995 agagacttgggccccgcctttatcctggtgatggaactgtttttcagcttgacatta 44417939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University