View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8912A_low_3 (Length: 570)

Name: NF8912A_low_3
Description: NF8912A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8912A_low_3
NF8912A_low_3
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (20-562)||(17564-18109)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (20-562)||(25542480-25543033)
chr5 (20-562)||(14192498-14193052)
chr5 (20-549)||(17871325-17871864)
chr5 (20-557)||(3689961-3690509)
chr5 (20-557)||(3876278-3876826)
chr5 (20-562)||(27881063-27881616)
chr5 (20-562)||(37372915-37373468)
chr5 (22-562)||(39883162-39883713)
chr5 (20-562)||(8428272-8428814)
chr5 (20-562)||(37261294-37261835)
chr5 (20-337)||(30346316-30346637)
chr5 (20-337)||(24629640-24629954)
chr5 (20-337)||(10025189-10025510)
chr5 (423-562)||(24629962-24630101)
chr5 (423-562)||(10025042-10025181)
chr5 (423-562)||(30346645-30346784)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (20-562)||(186534-187086)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (20-562)||(5828242-5828795)
chr7 (20-562)||(21069749-21070302)
chr7 (20-562)||(7036699-7037252)
chr7 (20-549)||(22843796-22844335)
chr7 (20-562)||(9000832-9001385)
chr7 (20-562)||(12780835-12781389)
chr7 (130-562)||(12785790-12786218)
chr7 (20-337)||(42232210-42232532)
chr7 (423-562)||(42232063-42232202)
chr7 (375-419)||(18939139-18939183)
chr7 (20-70)||(12785689-12785739)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (20-562)||(24268757-24269310)
chr2 (20-562)||(27192468-27193021)
chr2 (20-562)||(27509353-27509906)
chr2 (20-562)||(27842282-27842835)
chr2 (20-554)||(24245812-24246357)
chr2 (20-562)||(21395349-21395902)
chr2 (123-562)||(17683623-17684069)
chr2 (130-562)||(28665984-28666412)
chr2 (130-562)||(37824818-37825246)
chr2 (131-562)||(41919986-41920413)
chr2 (20-334)||(35609867-35610185)
chr2 (368-562)||(35609664-35609865)
chr2 (76-220)||(3642920-3643068)
chr2 (20-70)||(41919884-41919934)
chr2 (20-70)||(28665883-28665933)
chr2 (20-70)||(37824717-37824767)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (22-562)||(36207194-36207745)
chr1 (20-562)||(2452804-2453357)
chr1 (20-562)||(16042004-16042557)
chr1 (20-562)||(2329148-2329698)
chr1 (20-559)||(37389839-37390389)
chr1 (20-562)||(6310681-6311235)
chr1 (20-562)||(48775022-48775575)
chr1 (162-562)||(18148667-18149074)
chr1 (65-419)||(48233507-48233865)
chr1 (20-337)||(52500795-52501109)
chr1 (375-562)||(48238523-48238717)
chr1 (423-562)||(52500648-52500787)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (20-549)||(30881319-30881858)
chr6 (20-562)||(2201866-2202419)
chr6 (65-562)||(18344104-18344612)
chr6 (127-562)||(10187523-10187965)
chr6 (172-562)||(15333622-15334019)
chr6 (248-560)||(29639947-29640266)
chr6 (20-300)||(12517522-12517806)
chr6 (248-560)||(31510118-31510437)
chr6 (423-562)||(12517367-12517506)
chr6 (95-240)||(18814054-18814203)
chr6 (30-94)||(18857163-18857227)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (20-562)||(25218252-25218805)
chr8 (20-562)||(21113431-21113984)
chr8 (20-562)||(7821817-7822370)
chr8 (20-562)||(25208734-25209272)
chr8 (150-562)||(30307156-30307575)
chr8 (335-562)||(31978533-31978767)
chr8 (20-146)||(30325877-30326007)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (20-562)||(10110579-10111132)
chr3 (20-562)||(10000386-10000939)
chr3 (20-562)||(50410151-50410700)
chr3 (20-562)||(32750-33303)
chr3 (20-562)||(10968469-10969021)
chr3 (20-562)||(13530018-13530571)
chr3 (20-562)||(10237535-10238086)
chr3 (20-549)||(11368639-11369171)
chr3 (20-558)||(10038623-10039162)
chr3 (128-560)||(11362239-11362681)
chr3 (283-562)||(52918045-52918330)
chr3 (20-242)||(52918332-52918558)
chr3 (375-562)||(46913050-46913244)
chr3 (423-562)||(47692948-47693087)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (20-562)||(321023-321576)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (20-562)||(35855886-35856439)
chr4 (40-562)||(1860656-1861189)
chr4 (20-562)||(49710152-49710704)
chr4 (129-562)||(38518075-38518515)
chr4 (20-456)||(13337320-13337767)
chr4 (130-562)||(49786640-49787068)
chr4 (20-337)||(55558810-55559131)
chr4 (65-373)||(617956-618268)
chr4 (423-562)||(55559139-55559278)
chr4 (20-84)||(49786539-49786603)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (20-562)||(4947-5499)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (20-559)||(18988-19537)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (20-558)||(182794-183343)
scaffold0003 (20-560)||(165511-166065)
[»] scaffold0073 (3 HSPs)
scaffold0073 (20-562)||(31912-32464)
scaffold0073 (20-298)||(1-283)
scaffold0073 (335-562)||(19436-19670)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (21-562)||(260-812)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (20-558)||(983-1549)
[»] scaffold0090 (2 HSPs)
scaffold0090 (130-562)||(48748-49176)
scaffold0090 (20-70)||(48647-48697)
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (20-337)||(28406-28727)
scaffold0118 (423-562)||(28735-28874)
[»] scaffold0107 (2 HSPs)
scaffold0107 (123-367)||(39937-40181)
scaffold0107 (20-93)||(42434-42507)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (343-562)||(16663-16889)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (20-214)||(13964-14162)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (444-562)||(24-142)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (486-562)||(1627-1703)


Alignment Details
Target: scaffold0356 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 17564 - 18109
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17564 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagacctttccgtggaatgacaagagttttatgtggtgatttcaggcagctattgcatgttgtccgaa 17663  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17664 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggctt-ttgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 17762  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  17763 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttagcaagtggatactctcaattggagacagcaacgaagcttcggatgagaatggtgaaatg 17862  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17863 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 17962  T
Q  416 acccgctcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17963 atccgctcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 18062  T
Q  516 ttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||    
T  18063 ttaagctttgattctgtttgccgatcgggtgaaaattatgatgtcca 18109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 25542480 - 25543033
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  25542480 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 25542579  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542580 aaggaacgtggcagaatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 25542679  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25542680 atcttcggtacctgcaaagcagaaagaaattgctaactttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 25542779  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25542780 aaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 25542879  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542880 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 25542979  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  25542980 agagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 25543033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 14192498 - 14193052
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccc-taaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  14192498 atcatgtccaagaatgatccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagttgttttaggtggtgatttcaggcatatattgcatgttgcccga 14192597  T
Q  119 aaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtg 214  Q
    ||||||    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192598 aaaggaacgaggcaggatattgttgatgccccaattaattcattaaagatatgggcttattataatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtg 14192697  T
Q  215 catcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaat 314  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||    
T  14192698 catcttcggtacctgtagagtaggaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaat 14192797  T
Q  315 gaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggt 414  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14192798 gaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggt 14192897  T
Q  415 gacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagaga 507  Q
    || |||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192898 gatccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagaga 14192997  T
Q  508 aagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  14192998 aagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 14193052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 549
Target Start/End: Original strand, 17871325 - 17871864
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||    
T  17871325 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaa 17871424  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17871425 aaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgc 17871524  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  17871525 atctttggtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaattagagaaggcaacggcgcttcggatgag-atggtgaaatg 17871623  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  17871624 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtg 17871723  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17871724 acccgctatttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 17871823  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaa 549  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  17871824 agagtatttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaa 17871864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 3690509 - 3689961
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  3690509 atcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 3690410  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3690409 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgc 3690310  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  3690309 atcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacacttcgaatgagaatggtgaaatg 3690210  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3690209 aaggtagaaattcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtg 3690110  T
Q  416 acccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||| |       |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  3690109 acccactcttttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaa 3690010  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgat 557  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||| |||||||    
T  3690009 agagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3689961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 557
Target Start/End: Original strand, 3876278 - 3876826
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  3876278 atcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 3876377  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3876378 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgc 3876477  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  3876478 atcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatg 3876577  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  3876578 aaggtagaaattcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattgggg 3876677  T
Q  416 acccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||| |       |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  3876678 acccactcttttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaa 3876777  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgat 557  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||| |||||||    
T  3876778 agagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27881616 - 27881063
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||     
T  27881616 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcatgttgtccgag 27881517  T
Q  120 aagg----aggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     |||    |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27881516 gaggaacaaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttaccgttaatatgagattgggtgc 27881417  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||     
T  27881416 atcttcggtacatgcagagcaggtagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcggatgacaatggtgaaata 27881317  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27881316 aaggtagaaactcctgaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 27881217  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27881216 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaa 27881117  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| || |||||||||    
T  27881116 agagtatttaagctctgattctatttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 27881063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 37373468 - 37372915
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||| || ||     
T  37373468 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatcacagtagttttaggtggtgattttaagcagatattgcctgttgtctgag 37373369  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    ||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37373368 gaggaacgaggccggatattgttgatgcgtcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 37373269  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  37373268 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 37373169  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37373168 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 37373069  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37373068 accaactatttttcgaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 37372969  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  37372968 agagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgataattctgatgtcca 37372915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 39883713 - 39883162
Alignment:
Q  22 catgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |  |    
T  39883713 catgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttacgtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtcctagga 39883614  T
Q  122 gga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcat 217  Q
    |||    ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39883613 ggaacgaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatattggcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcag 39883514  T
Q  218 cttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaa 317  Q
    |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39883513 cttcggtacatgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaa 39883414  T
Q  318 ggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgac 417  Q
    ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |    
T  39883413 ggtagatattcctaaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgcc 39883314  T
Q  418 ccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaag 510  Q
    | |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  39883313 cagctattttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaagtgaagagaaag 39883214  T
Q  511 agtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||    
T  39883213 agtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgacaattatgatgtcca 39883162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 8428272 - 8428814
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  8428272 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatggcagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 8428371  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    |||  |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| |||    
T  8428372 gaggaacgaggccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgc 8428460  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  8428461 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 8428560  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  8428561 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 8428660  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8428661 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 8428760  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  8428761 agagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaatattctgatgtcca 8428814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 37261835 - 37261294
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||| |||| || |||    
T  37261835 atcatgtctaggaatgatcctttaaacgagtttagacctttcggtggaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcctgttgtctgaa 37261736  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37261735 aaggaacgaggcaggatattgttgatgtctcgatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgc 37261636  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  37261635 atcttcggtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaacg 37261536  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    |||||| || || | ||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||          ||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||    
T  37261535 aaggtataaatttccgaagatttgcttatattggacacaacaa--ccgttgatgt----------ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttaatg 37261448  T
Q  416 acccg-------ctcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||        |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37261447 acccgttattttttcaagaaaggggaatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 37261348  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  37261347 atagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 37261294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Original strand, 30346316 - 30346637
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30346316 atcatgtccaagattgatcccctaaacgagtttaaactatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatgtcaggcagatattgcatgttgtccgaa 30346415  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30346416 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttaatgtgttaagacttactgttaatatgagattgggtgc 30346515  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  30346516 atctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 30346615  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  30346616 aaggtagaaattcctgaagatt 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Original strand, 24629640 - 24629954
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24629640 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaa 24629739  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24629740 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgc 24629839  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||       |||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  24629840 atctttggtacctgcagagcagaaaga-------aatttcggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatg 24629932  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  24629933 aaggtagaaattcctgaagatt 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 10025510 - 10025189
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||| || | ||||||    
T  10025510 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatattaggcagatattgcctgctgtccgaa 10025411  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  10025410 aaggaacgaggcaatatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttgatgtgttgagacttactgttaatatgagactgggtgc 10025311  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  10025310 atctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattagagacggtaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 10025211  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    ||||||||| ||||| ||||||    
T  10025210 aaggtagaaattcctaaagatt 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Original strand, 24629962 - 24630101
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24629962 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 24630061  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  24630062 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24630101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10025181 - 10025042
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10025181 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagtatttaaact 10025082  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  10025081 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 10025042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Original strand, 30346645 - 30346784
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30346645 caagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 30346744  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  30346745 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 30346784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 187086 - 186534
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||    
T  187086 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaagcagatattgcctgttgtccgaa 186987  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  186986 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcaccaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgttttaaggcctactgttaatatgagattgggtgc 186887  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  186886 atcttcggtacttgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 186787  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  186786 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 186687  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  186686 acccgctatttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 186587  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  186586 agagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaa-ttctgatgtcca 186534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 5828242 - 5828795
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  5828242 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgatattagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaa 5828341  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  5828342 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggtttattttaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgagtgc 5828441  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5828442 atcttcggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatg 5828541  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5828542 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 5828641  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828642 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 5828741  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||    
T  5828742 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 5828795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 21069749 - 21070302
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||    
T  21069749 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccatttggtggaatcacagtagttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgtccgaa 21069848  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21069849 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcattaaagatatgggtttattgtaatgtatcgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 21069948  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  21069949 atcttcggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgtttcggatgagaatggtgaaatg 21070048  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||     
T  21070049 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggta 21070148  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21070149 acctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcctggtgaagagaa 21070248  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||  ||||||||    
T  21070249 agagtatttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaatttagatgtcca 21070302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 7037252 - 7036699
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  7037252 atcatgttcaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 7037153  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037152 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatataggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 7037053  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  7037052 atcttcggtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 7036953  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  7036952 aaggtagaaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 7036853  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7036852 accaactacttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 7036753  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7036752 agagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 22844335 - 22843796
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||    
T  22844335 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttttaggtggtgatttcatgcagatattgcatgtcatccgaa 22844236  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22844235 aaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgc 22844136  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  22844135 atctttggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaattggatactcttaattagagaaggcaacgtcgcttcggatgag-atggtgaaatg 22844037  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  22844036 aaggtagaaattcttgaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtg 22843937  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22843936 acctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 22843837  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaa 549  Q
    |||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||    
T  22843836 agagtatttaagttctgtttctgtttgtcgatcgggtgaaa 22843796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 9000832 - 9001385
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||| |||||| | || |||||     
T  9000832 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccgag 9000931  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9000932 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 9001031  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  9001032 atcttcggtacctgcatagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatg 9001131  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  9001132 aaggtagaaattcttgaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatcccgatctgattgataaccttggtg 9001231  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9001232 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaa 9001331  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  9001332 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 9001385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 12780835 - 12781389
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||| |||  ||| |     
T  12780835 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatgttgcctgtagtccaag 12780934  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    ||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12780935 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 12781034  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| | | ||||||||||||    
T  12781035 atcttcggtacctgtagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaatgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 12781134  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  12781135 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 12781234  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12781235 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 12781334  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgttttt-cgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  12781335 agagtatttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 12781389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 130 - 562
Target Start/End: Original strand, 12785790 - 12786218
Alignment:
Q  130 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctg 229  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| ||||||||| ||||||     
T  12785790 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 12785878  T
Q  230 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12785879 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 12785978  T
Q  330 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct------- 422  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||           
T  12785979 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 12786078  T
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  12786079 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 12786178  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  12786179 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 12786218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 42232532 - 42232210
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagtttt-aggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||    
T  42232532 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccga 42232433  T
Q  119 aaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtg 214  Q
    ||||||    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42232432 aaaggaacgaggcagtatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtg 42232333  T
Q  215 catcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaat 314  Q
    ||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  42232332 catctttggtacctgcagagtagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacggttcggatgagaatggtgaaat 42232233  T
Q  315 gaaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  42232232 gaaggtagaaattcctgaagatt 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 42232202 - 42232063
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42232202 caagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 42232103  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  42232102 ctgattttgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 42232063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 375 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 18939183 - 18939139
Alignment:
Q  375 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgaccc 419  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18939183 tataaactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtaaccc 18939139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 70
Target Start/End: Original strand, 12785689 - 12785739
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatg 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||    
T  12785689 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatg 12785739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 24268757 - 24269310
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||    
T  24268757 atcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaa 24268856  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  24268857 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcacagatatgtgcttattttaatgtgttgacgcttattgttaatatgcgattgggtgc 24268956  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24268957 atctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 24269056  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  24269057 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 24269156  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24269157 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 24269256  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  24269257 agagtatttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24269310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27193021 - 27192468
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  27193021 atcatgtacaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaa 27192922  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  27192921 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatttgttgaggctgattgttaatatgagattgggtgc 27192822  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||   |||||| ||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27192821 atctttgatacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaactggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatg 27192722  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27192721 aaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 27192622  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27192621 accctctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaa 27192522  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  27192521 agagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27192468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27509906 - 27509353
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||    
T  27509906 atcatgtccaagaatgatcccctaaatgagtttagacattttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaa 27509807  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27509806 aaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtattgaggcttactgttaatataagattgggtgc 27509707  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  27509706 atctttgctacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtagatactctcaattggagacagcaacgacgcttcagatgagaatggtgagatg 27509607  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27509606 aaggtagaaattcctaaagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 27509507  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509506 acctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 27509407  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  27509406 agagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctaatgtcca 27509353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27842835 - 27842282
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  27842835 atcatgtacaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaa 27842736  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  27842735 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatttgttgaggctgattgttaatatgagattgggtgc 27842636  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||   |||||| ||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27842635 atctttgatacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaactggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatg 27842536  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27842535 aaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 27842436  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27842435 accctctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaa 27842336  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  27842335 agagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27842282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 24246357 - 24245812
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  24246357 atcatgtccaagaatgatcccctaaatgagtttagaccttttggtggaatcatagtagttttaggtggtgatttaaggcagatattgcatgttgtccgaa 24246258  T
Q  120 aagg-----aggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtg 214  Q
    || |     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24246257 aaaggaatgatgcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgg-tg 24246159  T
Q  215 catcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaat 314  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  24246158 aatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatgttggcatgtggattctctcaattggagacggcaacgacgctttggatgagaatggtgaaat 24246059  T
Q  315 gaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggt 414  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24246058 gaaggtagaaattcctaaagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggt 24245959  T
Q  415 gacccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagaga 507  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245958 gacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagaga 24245859  T
Q  508 aagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttct 554  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  24245858 aagagtatttaagatctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 24245812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 21395902 - 21395349
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  21395902 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgaccgtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 21395803  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21395802 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctccgtcaattcgtcaaagttatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 21395703  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  21395702 atcttcggtacctgcagatcaggaagaaattgctaatttcggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatg 21395603  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21395602 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatcccgatctgaatgataaccttggtg 21395503  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21395502 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 21395403  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  21395402 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 21395349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 562
Target Start/End: Original strand, 17683623 - 17684069
Alignment:
Q  123 gaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttct 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  17683623 gaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttaaggcttattgttaatatgagattgggtgcatcttcg 17683722  T
Q  223 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtag 322  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  17683723 atacctgtagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtaaaatgaaggtag 17683822  T
Q  323 aagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct 422  Q
    || |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17683823 aaattcctgaatattcgctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 17683922  T
Q  423 -------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 515  Q
           |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683923 atttttccaagaaaggggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 17684022  T
Q  516 ttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  17684023 ttaagctatgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 17684069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 130 - 562
Target Start/End: Original strand, 28665984 - 28666412
Alignment:
Q  130 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctg 229  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| ||||||||| ||||||     
T  28665984 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 28666072  T
Q  230 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28666073 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 28666172  T
Q  330 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct------- 422  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||           
T  28666173 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 28666272  T
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  28666273 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 28666372  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  28666373 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 28666412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 130 - 562
Target Start/End: Original strand, 37824818 - 37825246
Alignment:
Q  130 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctg 229  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| ||||||||| ||||||     
T  37824818 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 37824906  T
Q  230 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  37824907 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 37825006  T
Q  330 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct------- 422  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||  ||           
T  37825007 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaactatttttc 37825106  T
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37825107 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 37825206  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  37825207 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 37825246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 131 - 562
Target Start/End: Original strand, 41919986 - 41920413
Alignment:
Q  131 atattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgc 230  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| ||||||||  |||||||     
T  41919986 atattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatctttggtacctgt 41920074  T
Q  231 agagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcct 330  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  41920075 agagcaggaagaaattgataatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcct 41920174  T
Q  331 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------c 423  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||       |    
T  41920175 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 41920274  T
Q  424 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctt 523  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  41920275 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaggtgaagataaagagtatttaacctc 41920374  T
Q  524 tgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  41920375 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 41920413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 35610185 - 35609867
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||  |||||    
T  35610185 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtagaatgacagttgttttaggtggtgatttcaggcatatattgcctgttgcccgaa 35610086  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35610085 aaggaacgaggcaggatattgttgatgccccaatcaattcattaaagatatggacttattataatgtgttgaggcttactgttaatatgacattgggtgc 35609986  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  35609985 atcttcggtacctttagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatg 35609886  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaag 334  Q
    ||||||||| || ||||||    
T  35609885 aaggtagaaatttctgaag 35609867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 368 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 35609865 - 35609664
Alignment:
Q  368 tgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagt 460  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35609865 tgtcacttatagactttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagt 35609766  T
Q  461 tgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtc 560  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  35609765 tgagtatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattatgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtc 35609666  T
Q  561 ca 562  Q
    ||    
T  35609665 ca 35609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 76 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 3643068 - 3642920
Alignment:
Q  76 agttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggct 171  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||  ||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643068 agttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggct 3642969  T
Q  172 tattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctt 220  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3642968 tattgtaatttgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctt 3642920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 70
Target Start/End: Original strand, 41919884 - 41919934
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatg 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  41919884 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatg 41919934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 70
Target Start/End: Original strand, 28665883 - 28665933
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatg 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||    
T  28665883 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatg 28665933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 70
Target Start/End: Original strand, 37824717 - 37824767
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatg 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||    
T  37824717 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatg 37824767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 36207745 - 36207194
Alignment:
Q  22 catgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||    
T  36207745 catgtccaagaatgatcccttaaatgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcagacagatattgcctgttgtctgaaaa 36207646  T
Q  122 gga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcat 217  Q
    |||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36207645 ggaaagaggcaggatattattgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagtttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggttcat 36207546  T
Q  218 cttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaa 317  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36207545 cttcggtacctgcaaagcaggaagaaattgataattttggcaagtggatactctcaattgaagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaattgaa 36207446  T
Q  318 ggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgac 417  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36207445 ggtagaaattcctgatgattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgac 36207346  T
Q  418 ccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaag 510  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207345 ccgctattttttcaagaaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaag 36207246  T
Q  511 agtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  36207245 agtatttaagctttgattatgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 36207194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 2452804 - 2453357
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||   || ||||||    
T  2452804 atcatgtccaagaatgaccccttaaacgagtttagaacttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggaagatattgcccattgtccgaa 2452903  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2452904 aaggatcgaggcaggatattgttgatgcttcaatcaattcatcaaagatataggcatattgtaatgtgtcgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 2453003  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  2453004 atcttcggtacctgcagagcatgaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatg 2453103  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  2453104 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgatttgaatgataaccttggtg 2453203  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2453204 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactaattccaggtgaagagaa 2453303  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2453304 agagtatttaggctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2453357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 16042557 - 16042004
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |     
T  16042557 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttacgtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtcctag 16042458  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    ||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16042457 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagttaattcgtcaaagatattggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 16042358  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16042357 agcttcggtacatgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatg 16042258  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  16042257 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgtatcccaatctgaatgataaccttggtg 16042158  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
     || |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  16042157 cccagctattttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaa 16042058  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  16042057 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 16042004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 2329698 - 2329148
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |   |||||||||||||||||||||||| || | | |||| ||||      
T  2329698 atcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttagaccttttcgtggaatgatagtggttttaggtggtgatttcaggcagatactacctgttgtccgtg 2329599  T
Q  120 aag----gaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329598 aagcaacgaggcacgatattgttaatgccttaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 2329499  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  2329498 ctcttcgttacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattagagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatg 2329399  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2329398 aaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagac---gtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 2329302  T
Q  416 acccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    | || |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329301 atccactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 2329202  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2329201 agagtatttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2329148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 559
Target Start/End: Original strand, 37389839 - 37390389
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  37389839 atcatggccaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 37389938  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37389939 gaggaacgaggctggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgggtgc 37390038  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| | | ||||||||||||    
T  37390039 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaattggagacggcaaagatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 37390138  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37390139 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 37390238  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37390239 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 37390338  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgt 559  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  37390339 agagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgt 37390389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 6310681 - 6311235
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| |||||     
T  6310681 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaacgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgtctgttgtccgag 6310780  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    |||  |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6310781 gaggaatgaggcctgatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 6310880  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  6310881 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatagtctccattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 6310980  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  6310981 aaggtagaaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 6311080  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6311081 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 6311180  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgttttt-cgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  6311181 agagtatttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 6311235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 48775022 - 48775575
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||||    
T  48775022 atcatatccaagaatgatcccttaaacgagtttagaccttttggaggaatgacggtagttttaggtggtgatttcagacaaatattgtatgttgtccgaa 48775121  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48775122 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaatatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatcagattgggtgc 48775221  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| | |||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  48775222 atcttcgggacctacagagcagaaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatg 48775321  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||  ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  48775322 aaggtagaaattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtatatcccgattagaatgataacattggtg 48775421  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  48775422 acctgctctttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtaaatgattccaggtgaagagaa 48775521  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||  |||  |||||||||||    
T  48775522 agagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcaaaaagtctgatgtcca 48775575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 162 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 18149074 - 18148667
Alignment:
Q  162 gatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaag 261  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18149074 gatatggacttattttaatgtgttaaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaag 18148975  T
Q  262 tggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatc 361  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18148974 tggatactctgaattggagacggcaataacgcttcgaaggagaatggtgaaatgaaggtagaaatttatgaagattttctcatatcggacacaacaaatc 18148875  T
Q  362 cgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttga 454  Q
     ||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148874 tgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttga 18148775  T
Q  455 ttcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttct 554  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  18148774 ttcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctcttattctgtttgtcgatcggatgaaaattct 18148675  T
Q  555 gatgtcca 562  Q
     |||||||    
T  18148674 tatgtcca 18148667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 65 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 48233865 - 48233507
Alignment:
Q  65 ggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 160  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48233865 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 48233766  T
Q  161 agatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaa 260  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  48233765 agatatgtgtttattgtaatttgttgaggcttactgttgatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaagaaattcctaattttgacaa 48233666  T
Q  261 gtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaat 360  Q
    ||| |||||||||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  48233665 gtgaatactctcaacttgagacgacaacgacgcttcagatgagaatggggaaatgaaggtagaaattcctgaagatttactcatatcgaacacaacaaat 48233566  T
Q  361 ccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgaccc 419  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  48233565 ccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccc 48233507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 52501109 - 52500795
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  52501109 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaa 52501010  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52501009 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgc 52500910  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||       |||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  52500909 atctttggtacctgcagagcagaaaga-------aatttcggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatg 52500817  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  52500816 aaggtagaaattcctgaagatt 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 375 - 562
Target Start/End: Original strand, 48238523 - 48238717
Alignment:
Q  375 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238523 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 48238622  T
Q  468 gttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||    
T  48238623 gttaacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaactttgatgtcca 48238717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 52500787 - 52500648
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  52500787 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 52500688  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  52500687 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 52500648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 30881858 - 30881319
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||    
T  30881858 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaa 30881759  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30881758 aaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgc 30881659  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  30881658 atctttggtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaattagagaaggcaacggcgcttcggatgag-atggtgaaatg 30881560  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  30881559 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtg 30881460  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881459 acccgctatttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 30881360  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaa 549  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  30881359 agagtatttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaa 30881319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 2201866 - 2202419
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||   || ||||||    
T  2201866 atcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgacttcaggcagatattgcccattgtccgaa 2201965  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2201966 aaggatcgaggcaggatattgttgatgcctcgatcaattcatcaaagatataggcatattgtaatgtgtcgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 2202065  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  2202066 atcttcggtacttgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagaaggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatg 2202165  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    || |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2202166 aatgtagaaattcccgaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 2202265  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202266 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 2202365  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2202366 agagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 18344612 - 18344104
Alignment:
Q  65 ggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 160  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18344612 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaatttatcaa 18344513  T
Q  161 agatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaa 260  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  18344512 agatatgggcttattgtaatttgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatctttggtatctacagagcaggaagaaattcctaattttgacaa 18344413  T
Q  261 gtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaat 360  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18344412 gtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaat 18344313  T
Q  361 ccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttg 453  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||       ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18344312 ccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccatctatttttccaagaaaggggaatacttgcaccaacgcttg 18344213  T
Q  454 attcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttc 553  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||     
T  18344212 attcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctttgattctatttgtcgatcgggtgaaaattt 18344113  T
Q  554 tgatgtcca 562  Q
    |||||||||    
T  18344112 tgatgtcca 18344104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 127 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10187965 - 10187523
Alignment:
Q  127 caggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtac 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  10187965 caggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttattgttaatatgagattgggtgcatcttcgatac 10187866  T
Q  227 ctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagt 326  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  10187865 ctgtagagcaggaagaaattgctaattttcgcacgtggatgctctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtagaaat 10187766  T
Q  327 tcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct---- 422  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  10187765 tcctgaatatttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattt 10187666  T
Q  423 ---caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaa 519  Q
       ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187665 ttccaagaaaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaa 10187566  T
Q  520 gctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  10187565 gctatgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 10187523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 172 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 15334019 - 15333622
Alignment:
Q  172 tattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactct 271  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15334019 tattgtaatgtgttgaagcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcgatacctgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactct 15333920  T
Q  272 caattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  15333919 caattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgttgatatcgtacgtaacaaatccgttgatgtc 15333820  T
Q  372 acctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgag 464  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||       ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15333819 actaatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgag 15333720  T
Q  465 catgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||||    
T  15333719 catgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaggctctgattctgtttgtagatcaggtgaaaattctgatgtcca 15333622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 248 - 560
Target Start/End: Original strand, 29639947 - 29640266
Alignment:
Q  248 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  29639947 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 29640046  T
Q  348 ggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactc 440  Q
       ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||  ||       ||||||||||||||||||    
T  29640047 aaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactc 29640146  T
Q  441 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgat 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| |||    
T  29640147 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagat 29640246  T
Q  541 cgggtgaaacttctgatgtc 560  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  29640247 cgggtgaaaattctgatgtc 29640266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 12517806 - 12517522
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||     
T  12517806 atcatgtccaagaatgatcctctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgag 12517707  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12517706 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagttaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaagcttactgttaatatgagattgggtgc 12517607  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggat 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12517606 atcttctgttcctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacgacaacgacacttcggat 12517522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 248 - 560
Target Start/End: Original strand, 31510118 - 31510437
Alignment:
Q  248 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | | ||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||    
T  31510118 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgtttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaatttcttaagatttgctgatatc 31510217  T
Q  348 ggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactc 440  Q
       ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||  ||       ||||||||||||||||||    
T  31510218 aaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctaatctgaatgataaccttggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactc 31510317  T
Q  441 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgat 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| |||    
T  31510318 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagat 31510417  T
Q  541 cgggtgaaacttctgatgtc 560  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  31510418 cgggtgaaaattctgatgtc 31510437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 12517506 - 12517367
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12517506 caagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 12517407  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     |||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||    
T  12517406 ctgattctgtttgatgatggggtgaaaattctgatgtcca 12517367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 95 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 18814203 - 18814054
Alignment:
Q  95 aggcagctattgcatgttttccgaaaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggc 190  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||    | || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18814203 aggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgagacatgatattgttgatcccttaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggc 18814104  T
Q  191 ttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaa 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||    
T  18814103 ttactgttaatatgagattgggtgcatcgttggtacctgtagagcaggaa 18814054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 18857227 - 18857163
Alignment:
Q  30 agaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttc 94  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||    
T  18857227 agaatgatccccaaaatgagtttagacatttcggtggaatgacatccgttttaggtggtaatttc 18857163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 25218252 - 25218805
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  25218252 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 25218351  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25218352 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 25218451  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  25218452 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 25218551  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  25218552 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 25218651  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25218652 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 25218751  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  25218752 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 25218805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 21113431 - 21113984
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||    
T  21113431 atcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaa 21113530  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  21113531 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcacagatatgtgcttattttaatgtgttgacgcttactgttaatatgcgattgggtgc 21113630  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  21113631 atctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 21113730  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  21113731 aaggtagaaattcctgaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtg 21113830  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113831 acccgctatttttccaaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 21113930  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  21113931 agagtatttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 21113984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 7822370 - 7821817
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| | || |||||     
T  7822370 atcatgtccaaaaatgatcccctaaacacacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctattgtccgag 7822271  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    ||| |  |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7822270 gaggaacgaggccgattattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgc 7822171  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  7822170 atcttcggtacctgtagagcaggaagaaattgcgaatttttgtaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 7822071  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  7822070 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatgataaccttggtg 7821971  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7821970 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttcaggtgaagagaa 7821871  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7821870 agagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7821817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 25208734 - 25209272
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||     ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||     
T  25208734 atcatgtccaagaatgatcccctaaagacacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttttccgag 25208833  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25208834 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttaatgttaatatgagattgggtgc 25208933  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  25208934 atcttcggtacctgcagagcaggacgaaattactaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 25209033  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||               ||||||||| ||||||    
T  25209034 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacttt---------------aatgataaccttggtg 25209118  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25209119 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 25209218  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  25209219 agagtatttaagctctgattctatttttagatcgggcgaaaattctgatgtcca 25209272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 150 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 30307575 - 30307156
Alignment:
Q  150 caattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgct 249  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  30307575 caattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagtgggaagaaattgct 30307476  T
Q  250 aatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcgg 349  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  30307475 aatttttgcaagtagatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaatgtagaaattcctgaagatttgctgatatcgg 30307376  T
Q  350 acacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||  ||       ||||||||||||||||||||    
T  30307375 acacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgc 30307276  T
Q  443 accaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcg 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||    
T  30307275 accaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctccgattctatttttagatcg 30307176  T
Q  543 ggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  30307175 ggtgaaaattctgatgtcca 30307156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 335 - 562
Target Start/End: Original strand, 31978533 - 31978767
Alignment:
Q  335 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caaga 427  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||       |||||    
T  31978533 atttgctgatatcgggcacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 31978632  T
Q  428 aaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgat 527  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31978633 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 31978732  T
Q  528 tctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||| | ||||||| |||| ||| ||||||||    
T  31978733 tctgtttgtagatcgggggaaaattcagatgtcca 31978767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 30326007 - 30325877
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||| |||||| | || |||||     
T  30326007 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccgag 30325908  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctc 146  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||    
T  30325907 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctc 30325877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10111132 - 10110579
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  10111132 atcatgtccaagaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaa 10111033  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  10111032 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgagcttattttaatgtgttaatgcttactgttaatatgagattgggtgc 10110933  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  10110932 atctttggtacctacagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactatgaattggagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatg 10110833  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  10110832 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 10110733  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110732 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 10110633  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  10110632 agagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10110579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10000939 - 10000386
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||| |||| ||||||    
T  10000939 atcatgtccaagaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagttttaggtggggatttcaggcagatgttgcctgttgtccgaa 10000840  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000839 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttattttaatgtgttaaggcttactgttaatatgagattgggtgc 10000740  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  |||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  10000739 atctttggtacctgcagagtagaaagaaattgttaattttggcaagtggatactatgaattggagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatg 10000640  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  10000639 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagatgcaacaaatctgttgatatcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 10000540  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000539 acccgctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 10000440  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  10000439 agagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10000386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 50410700 - 50410151
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||| |    
T  50410700 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttataccttttcgtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatactgcctgttgtccgta 50410601  T
Q  120 aag----gaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50410600 aagcaacgaggcacgatatttttgatgcctcaatcaattcatcaaagatattggcttattctaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgc 50410501  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  50410500 atcttcggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtggatactctcaattagagacggtaacgacgctttggatgagaatggtgaaatg 50410401  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    |    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  50410400 a----agaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcg 50410305  T
Q  416 acccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||| |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50410304 acccactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 50410205  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  50410204 agagtatttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 50410151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 33303 - 32750
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||     
T  33303 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcatgttgtccgag 33204  T
Q  120 aaggag----gcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||     || ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33203 gaggaacgacgccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 33104  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| | | ||||||||||||    
T  33103 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattagagacggcaacaatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 33004  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  33003 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 32904  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  32903 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaa 32804  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  32803 agagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 32750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 10968469 - 10969021
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||  |||  ||||||    
T  10968469 atcaggtccaagaatgatcccctaaacgattttagaccttttggtggaatgacagtagttttagatggtgatttcaggcagatattgtctgtagtccgaa 10968568  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    | |||    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968569 acggatcgagggaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggtttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 10968668  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  10968669 atcttcagtacctatagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggacactctcaattggagatggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatg 10968768  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||    
T  10968769 aaggtagaaatttctg-agatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaacttcgtg 10968867  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968868 acctgctatttttctaagcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 10968967  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10968968 agagtatttaagctcttattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10969021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 13530571 - 13530018
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||    
T  13530571 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagacctttcgatggaatgacagtagttttagctggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaa 13530472  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13530471 aaggaacgaggcacgatattgttgatgcctcaatcaattcatcacagatatgggcttattgtaatgtgtagaggcttactgttaatatgagattgagtgc 13530372  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||    
T  13530371 atcttcggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtatatactctcaattggagacggcaacgacgcatcaggtgagaatggtgaaatg 13530272  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13530271 aaggtagaaattctagaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtg 13530172  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13530171 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactgagtccaggtgaagagaa 13530072  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| || || ||||||    
T  13530071 agagtatttaagctctggttctgcttgtcgatcaggtgaaaattttggtgtcca 13530018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10238086 - 10237535
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  10238086 atcatgtccaggaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcttgttgtccgaa 10237987  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  10237986 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttattttaatgtgttaaggcttactgttaatataagattggatgc 10237887  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||     
T  10237886 atctttggtacctgctgagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcgga-gggaatggtgaaata 10237788  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  10237787 acggtagaaattcctgaagaattgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 10237688  T
Q  416 acccgc-------tcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10237687 acccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgttactgattccaggtgaagagaa 10237588  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  10237587 agagta-ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10237535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 20 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 11369171 - 11368639
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  |||||  |||| ||||||    
T  11369171 atcatatccaagaatgatcccctatacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaagtggtgatttcaggcatatattgtctgttgtccgaa 11369072  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11369071 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatggacttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 11368972  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||| | ||||         ||| ||||||||||||||    
T  11368971 atcttcgggacctgcagagaaggaagaaactgataattttggcaagtggataccctcaattggagaggacaac---------gatgagaatggtgaaatg 11368881  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    || |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11368880 aatgtagaaattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtg 11368781  T
Q  416 acccgct--------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagaga 507  Q
    |||||||        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11368780 acccgctcttttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagaga 11368681  T
Q  508 aagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaa 549  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||    
T  11368680 aagagtatttaagctctgattcaatttgtcgattgggtgaaa 11368639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 20 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 10039162 - 10038623
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | || ||||||||||| || |||    
T  10039162 atcatgtctaggaatgatcccttaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttatgtggtgatttcaagaagatattgcatgttgtctgaa 10039063  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10039062 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttattgttaatatgagattaggtgc 10038963  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |    
T  10038962 atcttcggtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattgaagacggcaacgacgctttagatgagaatggtgaaacg 10038863  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    |||||| || ||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  10038862 aaggtataaattttcgaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgt----------ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtg 10038773  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10038772 acccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 10038673  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatg 558  Q
    | | |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10038672 atattatttaagctctcattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 10038623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 128 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 11362681 - 11362239
Alignment:
Q  128 aggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  11362681 aggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacc 11362582  T
Q  228 tgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtgg--atactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaag 325  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||     
T  11362581 tgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaagggggaaa 11362482  T
Q  326 ttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct--- 422  Q
    |||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||       
T  11362481 ttcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccactatt 11362382  T
Q  423 ----caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaga-gtattt 517  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||    
T  11362381 tttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagattttttt 11362282  T
Q  518 aagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtc 560  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||| ||||  |||||||||    
T  11362281 aagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 11362239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 283 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 52918330 - 52918045
Alignment:
Q  283 ggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagact 382  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||   || ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  52918330 ggcaacgacgcttcggatgggaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga-gatttgccgttaccggacacaacaaatctgttgatgccacttatagact 52918232  T
Q  383 ttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacga 475  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918231 tcgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacga 52918132  T
Q  476 atatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  52918131 atatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 52918045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 52918558 - 52918332
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||    
T  52918558 atcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtagtccgaa 52918459  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918458 aaggatcgagggaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatacgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 52918359  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaaga 242  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||    
T  52918358 atcttcggtacctgtagagtaggaaga 52918332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 375 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 46913244 - 46913050
Alignment:
Q  375 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913244 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 46913145  T
Q  468 gttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||    
T  46913144 gttaacgaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcggggggaaattctgatgtcca 46913050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 47693087 - 47692948
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47693087 caagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 47692988  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  47692987 ctgattctgtttgtcgatcggacgaaaattctgatgtcca 47692948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 321023 - 321576
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  321023 atcatgtccaagaatgatcccctaaacaactttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 321122  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  321123 aaggaacgaggcaggatattgttgatgccttaatcaattcatcaacgatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacttttaatatgagattgggtgc 321222  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | ||||||| | | ||||||||||||    
T  321223 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaatttgagacggcaattatgcttcggttgataatggtgaaatg 321322  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  321323 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 321422  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||    
T  321423 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttcaggtgaagagaa 321522  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  321523 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 321576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 35856439 - 35855886
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  35856439 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 35856340  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35856339 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 35856240  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  35856239 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 35856140  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  35856139 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 35856040  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35856039 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 35855940  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  35855939 agagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 35855886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 1861189 - 1860656
Alignment:
Q  40 cctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaagga----ggcaggatatt 135  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||    |||||||||||    
T  1861189 cctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtgtaaggtggtgatttcaggcaaatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 1861090  T
Q  136 gttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagc 235  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  1861089 gttgatgcatcaatcaattcattaaagatatgggcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagc 1860990  T
Q  236 aggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaaga 335  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1860989 agaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaaga 1860890  T
Q  336 tttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaa 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||       ||||||    
T  1860889 tttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaa 1860790  T
Q  429 aggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgatt 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1860789 aggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattctgggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 1860690  T
Q  529 ctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  1860689 ctgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 1860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 49710704 - 49710152
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| | |||     
T  49710704 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaacctttcggtggaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgttcgag 49710605  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    |||  |||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710604 gaggaacgaggccagatattgttgatgcctccgtcaattcgttaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 49710505  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  49710504 atcttcggtacctgcagaacagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggacacggcaacgatgcttcggatgaaaatggtgaaatg 49710405  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  49710404 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 49710306  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49710305 accagctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaa 49710206  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  49710205 agagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 49710152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 129 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 38518515 - 38518075
Alignment:
Q  129 ggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacct 228  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38518515 ggatattgttaatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacct 38518416  T
Q  229 gcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | | ||||||||||||||||||||| |||    
T  38518415 gcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgctttgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattc 38518316  T
Q  329 ctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct------ 422  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||  ||          
T  38518315 ctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaactattttt 38518216  T
Q  423 -caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagc 521  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38518215 ccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagc 38518116  T
Q  522 tttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  38518115 tctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 38518075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 20 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 13337767 - 13337320
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||     
T  13337767 atcatgtccaagaatgatcccctaaacacacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgag 13337668  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13337667 gaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgatattattgtaatgtgttgaggtttactgttaatatgagattgggtgc 13337568  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  13337567 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatg 13337468  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13337467 aaggtagaaattcatgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 13337368  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatt 456  Q
    |||  ||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13337367 accaactatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 130 - 562
Target Start/End: Original strand, 49786640 - 49787068
Alignment:
Q  130 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctg 229  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| ||||||||| ||||||     
T  49786640 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 49786728  T
Q  230 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  49786729 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 49786828  T
Q  330 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct------- 422  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||           
T  49786829 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 49786928  T
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49786929 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 49787028  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  49787029 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49787068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Original strand, 55558810 - 55559131
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||    
T  55558810 atcatgtccaaaaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaa 55558909  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  55558910 aaggaacgaggcagtatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttaatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgc 55559009  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  55559010 atctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatg 55559109  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  55559110 aaggtagaaattcctgaagatt 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 65 - 373
Target Start/End: Original strand, 617956 - 618268
Alignment:
Q  65 ggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaaagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 160  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  617956 ggaatgacaatagctttaggtggtgatttcaagcagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 618055  T
Q  161 agatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaa 260  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  618056 agatataggcttattgtaatttgttgaggctaactgttaatatgagattgagtgcatctttggtatctgcagagcaggaagaaattcctaattttaacaa 618155  T
Q  261 gtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaat 360  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  618156 gtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaat 618255  T
Q  361 ccgttgatgtcac 373  Q
    ||||| |||||||    
T  618256 ccgttcatgtcac 618268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Original strand, 55559139 - 55559278
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55559139 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 55559238  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  55559239 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 55559278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 84
Target Start/End: Original strand, 49786539 - 49786603
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttagg 84  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    ||| || ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  49786539 atcatgtccaagaatgatcccctaaacacacttaaactttttggtggaatggcaatagttttagg 49786603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Original strand, 4947 - 5499
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| | || | ||||    
T  4947 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttttagatggtgattttaggcagatattgcctattgttcgaa 5046  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5047 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcataaaagatatgtgcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 5146  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||  |||||| ||| ||||||||||||||    
T  5147 atctttgatacctgcaaagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgacttggagacgacaacagcgcttcagatgagaatggtgaaatg 5246  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5247 aaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtg 5346  T
Q  416 acccgct------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaa 509  Q
    |||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5347 acccgctattttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatttcaggtgaagagaaa 5446  T
Q  510 gagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5447 gagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 5499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 19537 - 18988
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  19537 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaatcatttggtggaatgacaatagttttaggtggtaatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 19438  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19437 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 19338  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  19337 atctttgatacctgcagagcagaaagaaattgctaatttg-gcaaggggatactttgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatgatgaaatg 19239  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  19238 aaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtg 19139  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19138 acccgctatttttccaaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 19039  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgt 559  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  19038 agagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgt 18988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 183343 - 182794
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  183343 atcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 183244  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  183243 aaggaatgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatggccttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgatattgggtgc 183144  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  183143 atcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatg 183044  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  183043 aaggtagaaattcccgaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttgaatgatatcattggtg 182944  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    |||| ||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  182943 acccactctttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgaagagaa 182844  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatg 558  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||  |||||||    
T  182843 agagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaaatctgatg 182794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 166065 - 165511
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  166065 atcatatccaagaatgatcacctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 165966  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  165965 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgc 165866  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtgg--atactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaa 313  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  165865 atcttcgggacctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaa 165766  T
Q  314 tgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattgg 413  Q
    ||||||  ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  165765 tgaagggggaaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattgg 165666  T
Q  414 tgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagag 506  Q
    |||||| ||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  165665 tgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagag 165566  T
Q  507 aaaga-gtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtc 560  Q
    |||||  | |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||  |||||||||    
T  165565 aaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 165511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 32464 - 31912
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||| | |||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||     
T  32464 atcatgtccaagcacgatcccgtaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgac 32365  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
     ||||    |||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32364 gaggaacgaggccagatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgtgcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 32265  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  32264 atcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatg 32165  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtg 415  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  32164 aaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtg 32065  T
Q  416 acccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaa 508  Q
    ||| |||       ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  32064 accagctatttttccaagaaagggg-atacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgttgctgattccaggtgaagagaa 31966  T
Q  509 agagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  31965 agagtatttaaactctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 31912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 283 - 1
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccga- 118  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||     
T  283 atcatgttcaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgccttttttccgag 184  T
Q  119 ---aaaggaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
        || ||||| |||||||||||||| |||  ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  183 gaggaacgaggccggatattgttgatgtctcggtcaattcgtcaaatatattggcttattgtaatgttttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 84  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgg 298  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  83 atcttcggtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgg 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 335 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19436
Alignment:
Q  335 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caaga 427  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||       |||||    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  428 aaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgat 527  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  528 tctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  19470 tctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 19436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 562
Target Start/End: Original strand, 260 - 812
Alignment:
Q  21 tcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaaa 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||      
T  260 tcatgtccaagcatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgaaggtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgagg 359  T
Q  121 agg----aggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgca 216  Q
    |||    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  360 aggaacaaggccggatattgttgatgcctcaatcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgggtgca 459  T
Q  217 tcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatga 316  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  460 tcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatgatgaaatga 559  T
Q  317 aggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtga 416  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  560 aggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtga 659  T
Q  417 cccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaa 509  Q
    || |||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  660 ccagctatttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaaaagaaa 759  T
Q  510 gagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||||||| || ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||    
T  760 gagtatttaacctctgattctgtttgtagattgggtgaaaattctgatgtcca 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 20 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 1549 - 983
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| | || |||||| ||||  |||||    
T  1549 atcatgtccaataatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaagtagatattgcctgttgcccgaa 1450  T
Q  120 aagga---------------------ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgtt 198  Q
    || ||                     |||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1449 aaagatcgaggtaggaaaaagattgaggcatgatattatttatgcatcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgtt 1350  T
Q  199 aatatgagattgggtgcatcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgg 298  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||| || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  1349 aatatgggattgggtgcatcttaggtacatgtatagcaggaagaaatttctaattttggcaagtggatactctcaattggagacgacaacgactcttcgg 1250  T
Q  299 ataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgattt 398  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1249 atgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgattt 1150  T
Q  399 gaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactg 491  Q
    |||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1149 gaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactg 1050  T
Q  492 attccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatg 558  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||    
T  1049 attccaagtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcaatcgggcgaaaattctgatg 983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 2)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 130 - 562
Target Start/End: Original strand, 48748 - 49176
Alignment:
Q  130 gatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgtacctg 229  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||           ||||| ||||||||| ||||||     
T  48748 gatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattgtaatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtaccta 48836  T
Q  230 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtagaagttcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  48837 cagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 48936  T
Q  330 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct------- 422  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||           
T  48937 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 49036  T
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  49037 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 49136  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  49137 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 70
Target Start/End: Original strand, 48647 - 48697
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatg 70  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||    
T  48647 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatg 48697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 20 - 337
Target Start/End: Original strand, 28406 - 28727
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  28406 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttaaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaa 28505  T
Q  120 aagga----ggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgc 215  Q
    |||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  28506 aaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattttaatgagttgagacttactgttaatatgagattggatgc 28605  T
Q  216 atcttctgtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatg 315  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28606 atctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattgaagacagcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatg 28705  T
Q  316 aaggtagaagttcctgaagatt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  28706 aaggtagaaattcctgaagatt 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 423 - 562
Target Start/End: Original strand, 28735 - 28874
Alignment:
Q  423 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  28735 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagtatttaaact 28834  T
Q  523 ttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
     ||||||||||| ||| | |||||||| || |||||||||    
T  28835 ctgattctgtttgtcgcttgggtgaaaattttgatgtcca 28874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 123 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 40181 - 39937
Alignment:
Q  123 gaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttct 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  40181 gaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgtgtgcatcttcg 40082  T
Q  223 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggataagaatggtgaaatgaaggtag 322  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  40081 gtacctacagagcaggaagaaattgctaactttggcaagtgaatactctcaattggagatggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaataaaggtag 39982  T
Q  323 aagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttga 367  Q
    || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39981 aaattcttgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 42507 - 42434
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgattt 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  42507 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgtgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattt 42434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 343 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16663
Alignment:
Q  343 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacattggtgacccgct-------caagaaaggggaa 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||    
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  436 tactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttt 535  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgtttt 16690  T
Q  536 tcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    || |||| | |||| ||||||||||||    
T  16689 tcaatcgagcgaaaattctgatgtcca 16663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 214
Target Start/End: Original strand, 13964 - 14162
Alignment:
Q  20 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagctattgcatgttttccgaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  13964 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgataatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaa 14063  T
Q  120 aag----gaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtg 214  Q
    |||    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14064 aaggaacgaggcaagatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaatatatgggcttattttaatatgttgaggcttactattaatatgagattgggtg 14162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 444 - 562
Target Start/End: Original strand, 24 - 142
Alignment:
Q  444 ccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgg 543  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  24 ccaaggcttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgattttgtatgtcgatcgg 123  T
Q  544 gtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    |||||| ||||||| ||||    
T  124 gtgaaaattctgatttcca 142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 486 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1627
Alignment:
Q  486 tcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttttcgatcgggtgaaacttctgatgtcca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgattatgtttatcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 1627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University