View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8912_low_1 (Length: 698)

Name: NF8912_low_1
Description: NF8912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8912_low_1
NF8912_low_1
[»] chr5 (30 HSPs)
chr5 (17-682)||(37401122-37401787)
chr5 (17-682)||(37639117-37639782)
chr5 (17-682)||(37710875-37711540)
chr5 (142-682)||(37823275-37823815)
chr5 (17-682)||(37593575-37594240)
chr5 (17-682)||(37695966-37696631)
chr5 (142-682)||(37532471-37533011)
chr5 (152-682)||(37702054-37702584)
chr5 (142-682)||(37393126-37393666)
chr5 (142-682)||(37382575-37383115)
chr5 (275-636)||(37413547-37413908)
chr5 (142-682)||(37435081-37435621)
chr5 (17-150)||(37823672-37823805)
chr5 (16-150)||(37401256-37401390)
chr5 (16-150)||(37639514-37639648)
chr5 (16-150)||(37711272-37711406)
chr5 (24-150)||(37393143-37393269)
chr5 (17-150)||(37702451-37702584)
chr5 (142-282)||(37401112-37401252)
chr5 (142-285)||(37696498-37696641)
chr5 (142-282)||(37594110-37594250)
chr5 (17-150)||(37532868-37533001)
chr5 (16-150)||(37593972-37594106)
chr5 (16-150)||(37696363-37696497)
chr5 (142-215)||(37428578-37428651)
chr5 (17-150)||(37382585-37382718)
chr5 (556-680)||(37428425-37428548)
chr5 (17-80)||(37428578-37428641)
chr5 (599-657)||(26437719-26437777)
chr5 (599-657)||(26451088-26451146)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (27-679)||(16843130-16843782)
chr4 (142-682)||(16845909-16846452)
chr4 (142-682)||(24217980-24218520)
chr4 (16-150)||(16843254-16843388)
chr4 (142-285)||(16843110-16843253)
chr4 (27-150)||(16845929-16846052)
chr4 (17-150)||(24217990-24218123)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (236-682)||(14552743-14553189)
chr3 (101-150)||(14553140-14553189)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 682
Target Start/End: Original strand, 37401122 - 37401787
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401122 caaggagatcttccaattccaccttctggcattgaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 37401221  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcac 216  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37401222 cccttcgtaccctcaatttggctcacaacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcac 37401321  T
Q  217 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaaca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401322 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37401421  T
Q  317 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401422 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttga 37401521  T
Q  417 atggcaaccaattggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 516  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401522 atggcaaccaattggaaggaccattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 37401621  T
Q  517 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401622 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 37401721  T
Q  617 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401722 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 37401787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37639782 - 37639117
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  37639782 caaggacatcttccaattccacctgatggcattgtatactttttactctcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattccgcaacgcaagtt 37639683  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37639682 ccctttataccctcaatttggctcacaacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattaaatacttttcactctcaaataacaacttcac 37639583  T
Q  217 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaaca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639582 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37639483  T
Q  317 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttga 416  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639482 ttaacttctcttactgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttga 37639383  T
Q  417 atggcaaccaattggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 516  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639382 atggcaaccaattggaaggaccattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 37639283  T
Q  517 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639282 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 37639183  T
Q  617 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639182 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 37639117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37711540 - 37710875
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  37711540 caaggagatcttccaattccaccatctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattccgcaacgcaagtt 37711441  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37711440 ccctttataccctcaatttggctcacaacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcac 37711341  T
Q  217 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaaca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37711340 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaaca 37711241  T
Q  317 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttga 416  Q
    ||  ||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711240 tttcctaatctctatgttttggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttga 37711141  T
Q  417 atggcaaccaattggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 516  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711140 atggcaaccaattggaaggatcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 37711041  T
Q  517 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711040 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 37710941  T
Q  617 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37710940 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccagcatcatgcatcaag 37710875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37823815 - 37823275
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823815 caacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 37823716  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 341  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37823715 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaaattctcttcatgtattggata 37823616  T
Q  342 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcatt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37823615 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccatt 37823516  T
Q  442 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823515 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 37823416  T
Q  542 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823415 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 37823316  T
Q  642 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823315 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 37823275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37594240 - 37593575
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594240 caaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 37594141  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  37594140 ccctttataccctcaatttggctcacaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttcac 37594041  T
Q  217 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaaca 316  Q
    |||| | || |||||||||||||||||||| |||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594040 aggagatatatcttcaacattctgcaatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37593941  T
Q  317 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  37593940 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 37593841  T
Q  417 atggcaaccaattggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 516  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  37593840 atggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttcatttcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggacacatttcc 37593741  T
Q  517 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 616  Q
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  37593740 aaattggctagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcct 37593641  T
Q  617 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593640 aagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 37593575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37696631 - 37695966
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696631 caaggagatcttccaattccaccttctagcattggatacttttcactctcaaacaacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 37696532  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  37696531 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttcac 37696432  T
Q  217 aggatacatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaaca 316  Q
    |||| | || |||||||||||||||||||| |||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696431 aggagatatatcttcaacattctgcaatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37696332  T
Q  317 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  37696331 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 37696232  T
Q  417 atggcaaccaattggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcc 516  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  37696231 atggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttcatttcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggacacatttcc 37696132  T
Q  517 tgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttccc 616  Q
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  37696131 aaattggctagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcct 37696032  T
Q  617 aagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696031 aagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 37695966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37533011 - 37532471
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37533011 caacaagttacaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatacttttcactctcaaataacaacttcacaggagatatttcttcaacattctgc 37532912  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 341  Q
    ||||| |||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532911 aatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 37532812  T
Q  342 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcatt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  37532811 tgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccatt 37532712  T
Q  442 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 541  Q
    ||| || |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  37532711 accccagtctttgtctcactgttcatttcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggacacatttccaaattggctagaaactctacaagag 37532612  T
Q  542 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 641  Q
    ||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  37532611 ttacaagttctaagcttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttcta 37532512  T
Q  642 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37532511 acaacaattttagtgggcccttgccaatatcatgcatcaag 37532471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 152 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37702584 - 37702054
Alignment:
Q  152 caaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgcaatgccagtt 251  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||    
T  37702584 caaggacatcttccaattccacctcatggcattgtacactttttactctcaaacaacaacttcacaggaaatatctcttcaacattctgcaatgcaagtt 37702485  T
Q  252 ccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaa 351  Q
    |||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||  |||   | | |||||||||||||||||    
T  37702484 ccctttacattctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctgggaacatttcctcatctctctattttggatatgcaaatgaa 37702385  T
Q  352 caacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcattaccacaatct 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||    
T  37702384 caacctctatggaagcattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccgcagtct 37702285  T
Q  452 ttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagagttacaggtga 551  Q
    |||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37702284 ttggctcaatgttcaaatcttgaagtattggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccaattggctagaaactttaccagagttacaggtgc 37702185  T
Q  552 taagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattt 651  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37702184 tgagtttacgatcaaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgcctctaacaacaattt 37702085  T
Q  652 tagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37702084 tagtggccccttgccaacatcatgcatcaag 37702054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Original strand, 37393126 - 37393666
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37393126 caacaagttacaaggtgatcttccaattccacctgatggcattgaagactttttactctcaaacaacaacttcacaggagatatttcttcaacattctgc 37393225  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 341  Q
    ||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||   | | |||||||    
T  37393226 aatgctagttccctttatatcctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctaggaacattttcttatctctctattttggata 37393325  T
Q  342 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcatt 441  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  37393326 tgcaaatgaacaacctctgtggaagcattcctggaaccttttccaaaggaaatatatttgagactataaaattgaatggaaaccaattggaaggaccatt 37393425  T
Q  442 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 541  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  37393426 accacaatgtttggcttactgttcatatcttgaagtattggaccttggtgacaacaacatagaggatacttttcccaattggctagaaactctacaagag 37393525  T
Q  542 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 641  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  37393526 ttacaggtgctaagtttacgatcaaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttatgatgtctcta 37393625  T
Q  642 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  37393626 gtaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcttcaag 37393666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Original strand, 37382575 - 37383115
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||| | ||||||||   |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||  ||   |||| |||    
T  37382575 caacaagttgcaaggagatcttccaatcccacgttatggcatttactactttttactctcgaacaacaacttcacaggaaacattgatttttcattgtgc 37382674  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 341  Q
    || || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||   ||||||||||    
T  37382675 aacgcaagttccctgaatgtgctcaatttggctcacaacaatttaactggcatgattccacaatgcttgggaacatttccttctctttcggtattggata 37382774  T
Q  342 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcatt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  37382775 tgcaaatgaacaacctctatggacacattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagacaataaagttgaatggaaaccgattggaaggaccatt 37382874  T
Q  442 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 541  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||||||| |||     
T  37382875 accacagtctttggctcactgtacaaaactcgaagttttggaccttggagacaacaacgtagaggatacttttcccaattggcttgaaactctacaagaa 37382974  T
Q  542 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 641  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37382975 ttacaggtgctcagtttaagatcaaataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 37383074  T
Q  642 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  37383075 acaacaattttattgggcccttgccaacatcgtgcatcaag 37383115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 275 - 636
Target Start/End: Original strand, 37413547 - 37413908
Alignment:
Q  275 cacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattccta 374  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  37413547 cacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagctttccta 37413646  T
Q  375 gaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttga 474  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||   | |||||||    
T  37413647 gaaccttttccaaaggaaatacatttgagatgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacagtctttggcttagtgcataaatcttga 37413746  T
Q  475 agttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatctt 574  Q
    |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37413747 agttctggaccttggtgacaacaatatagaggatacatttcccaattggctagaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatcaaataatctt 37413846  T
Q  575 catggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgt 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  37413847 catggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgagaatattttatgt 37413908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37435621 - 37435081
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||    
T  37435621 caacaaattgcaaggagacattccaattccatccgatggcattgaatactttttgctctcaaacaacaacttcgcaggagacatttcttcaaaattgtgc 37435522  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 341  Q
     | || || ||| |  | |||||| ||||||| |||||||| |||| ||| || |||||| ||||||||||||||||  ||| ||||   || |||||||    
T  37435521 caagcaagctccatgaacgtgctcaatttggcccacaacaaattgacaggcataattccaaaatgcctgggaacatttccttttctttccgttttggata 37435422  T
Q  342 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcatt 441  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  37435421 tgcaaatgaacaaccttaatggaagcatgcctaaaactttttccagaggaaatgccttcgagactataaagttgaatggcaaccaattagaaggaccatt 37435322  T
Q  442 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 541  Q
    ||| |||||||||||| ||||| || | ||  || |||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  37435321 acctcaatctttggctcactgtacagaactcaaaattttggaccttggatacaacaacatagaggatacatttcccaattggctagaaactctacaagag 37435222  T
Q  542 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 641  Q
    ||||||||  | |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||| | ||| | ||||| |||||||||||  |||       
T  37435221 ttacaggtactcagtttaagatcaaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaagaatttttgacatcttcg 37435122  T
Q  642 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
      ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  37435121 gtaacaattttagtggatccttgccaacatcatgtatcaag 37435081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37823805 - 37823672
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37823805 caaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgcaatgccagtt 37823706  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  37823705 ccctttatatgctcgatttggctcacaacaattt 37823672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Original strand, 37401256 - 37401390
Alignment:
Q  16 tcaaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37401256 tcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgcaatgccagt 37401355  T
Q  116 tccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    |||||||||   ||| |||||||||||||||||||    
T  37401356 tccctttatgtgctcgatttggctcacaacaattt 37401390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37639648 - 37639514
Alignment:
Q  16 tcaaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37639648 tcaaggagatcttccaattccaccttctggcattaaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgcaatgccagt 37639549  T
Q  116 tccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  37639548 tccctttatatgctcgatttggctcacaacaattt 37639514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37711406 - 37711272
Alignment:
Q  16 tcaaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37711406 tcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgcaatgccagt 37711307  T
Q  116 tccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    |||||||||   ||| |||||||||||||||||||    
T  37711306 tccctttatgtgctcgatttggctcacaacaattt 37711272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 24 - 150
Target Start/End: Original strand, 37393143 - 37393269
Alignment:
Q  24 atcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagttcccttta 123  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37393143 atcttccaattccacctgatggcattgaagactttttactctcaaacaacaacttcacaggagatatttcttcaacattctgcaatgctagttcccttta 37393242  T
Q  124 taccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  37393243 tatcctcaatttggctcacaacaattt 37393269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37702584 - 37702451
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37702584 caaggacatcttccaattccacctcatggcattgtacactttttactctcaaacaacaacttcacaggaaatatctcttcaacattctgcaatgcaagtt 37702485  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  37702484 ccctttacattctcaatttggctcacaacaattt 37702451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 142 - 282
Target Start/End: Original strand, 37401112 - 37401252
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401112 caacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattgaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 37401211  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaa 282  Q
    ||||| |||||||||  |   ||| ||||||||||||||||    
T  37401212 aatgcaagttcccttcgtaccctcaatttggctcacaacaa 37401252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 142 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37696641 - 37696498
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37696641 caacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctagcattggatacttttcactctcaaacaacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgc 37696542  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaattt 285  Q
    ||||| ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||    
T  37696541 aatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 37696498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 142 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 37594250 - 37594110
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37594250 caacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgc 37594151  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaa 282  Q
    ||||| ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  37594150 aatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaa 37594110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37533001 - 37532868
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533001 caaggagatcttccaattccacctgatggcattggatacttttcactctcaaataacaacttcacaggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 37532902  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
     |||  ||   |||||||||||||||||||||||    
T  37532901 acctgaatgttctcaatttggctcacaacaattt 37532868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37594106 - 37593972
Alignment:
Q  16 tcaaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37594106 tcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttcacaggagatatatcttcaacattctgcaatgcaagt 37594007  T
Q  116 tccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    | |||  ||   |||||||||||||||||||||||    
T  37594006 tacctgaatgttctcaatttggctcacaacaattt 37593972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37696497 - 37696363
Alignment:
Q  16 tcaaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37696497 tcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttcacaggagatatatcttcaacattctgcaatgcaagt 37696398  T
Q  116 tccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    | |||  ||   |||||||||||||||||||||||    
T  37696397 tacctgaatgttctcaatttggctcacaacaattt 37696363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 142 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37428651 - 37428578
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttca 215  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37428651 caacaagttgcaaggagatcttccaattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 37428578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 150
Target Start/End: Original strand, 37382585 - 37382718
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| |||||||||| |||| || ||||||| | |||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||  ||   |||| ||||| |||||||    
T  37382585 caaggagatcttccaatcccacgttatggcatttactactttttactctcgaacaacaacttcacaggaaacattgatttttcattgtgcaacgcaagtt 37382684  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    ||||  ||   |||||||||||||||||||||||    
T  37382685 ccctgaatgtgctcaatttggctcacaacaattt 37382718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 556 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 37428548 - 37428425
Alignment:
Q  556 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 655  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||  ||| ||| || | |||||||    
T  37428548 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatccatt-cccaagttgagaattttcgacatctataataaaatttttagt 37428450  T
Q  656 gggcccttgccaacatcatgcatca 680  Q
    || |||||||| ||| |||||||||    
T  37428449 ggtcccttgccgacaacatgcatca 37428425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 37428641 - 37428578
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttca 80  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||    
T  37428641 caaggagatcttccaattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 37428578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 599 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 26437777 - 26437719
Alignment:
Q  599 accaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgg 657  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26437777 accaaccaaacatttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtgg 26437719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 599 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 26451146 - 26451088
Alignment:
Q  599 accaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgg 657  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26451146 accaaccaaacatttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtgg 26451088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 679
Target Start/End: Original strand, 16843130 - 16843782
Alignment:
Q  27 ttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagttccctttatac 126  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |  ||      
T  16843130 ttccaattccatcttatggccttcaatacttttcgctctcaaacaacaacttcacaggagacatttcttcaacattctgcaatgcaagtttcttgaatgt 16843229  T
Q  127 cctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatt 226  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  16843230 tctcaatttggctcacaacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattgtatacttttcactctcaaataacaacttcacaggagatatt 16843329  T
Q  227 tcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctc 326  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16843330 tcttcaacattctgcaatgcaagtacccttaatttgcttaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctaggaacattaacttctc 16843429  T
Q  327 ttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaacca 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  16843430 ttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaacca 16843529  T
Q  427 attggaaggagcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggcta 526  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   ||||||     
T  16843530 attggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggctt 16843629  T
Q  527 gaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaa 626  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |   ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16843630 gaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaa 16843729  T
Q  627 tttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatc 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  16843730 tttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatc 16843782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Original strand, 16845909 - 16846452
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||  |||||||||||  | ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||| | | || ||||| |||||||||    
T  16845909 caacaaattgcaaggagacattccaattccatattatggcattaaatactttttgctctcaaacaacaacttcacagaagatatgtcttccacattctgc 16846008  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgat----tccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattg 337  Q
    | ||| |||| |||   ||| ||| ||||||||||||||||||| | | |||||||    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846009 agtgcaagtttcctgattgttctcaatttggctcacaacaatttaatatgtatgatatattccacaatgcttgggaacattaacttctcttaatgtattg 16846108  T
Q  338 gatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggag 437  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16846109 gatatgcaaatgaacaacctctttggaagcattcctagaaccttttccaaaggaaatgtgtttgtcactataaagttgaatggcaaccaattggaaggac 16846208  T
Q  438 cattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctacc 537  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||| ||||||||||     
T  16846209 cattaccacggtctttagctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctaca 16846308  T
Q  538 agagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtc 637  Q
    ||||||||| ||  | |||||| | |||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||  ||    
T  16846309 agagttacatgtactcagtttaaggtcaaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccattt-ccaaattgagaattttggacatc 16846407  T
Q  638 tctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    |   | ||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||    
T  16846408 ttcgataacaaattcagtggaccgttgccaacatcatgtatcaag 16846452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 142 - 682
Target Start/End: Original strand, 24217980 - 24218520
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||   || | |||    
T  24217980 caacaagttgcaaggagaccttccgattccaccctatggaattcaatacttttcactctcaaacaacaacttcacaggagacattgctttgtcactgtgc 24218079  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggata 341  Q
    ||||| ||||||||  || ||||| |||||||| |||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||||    
T  24218080 aatgcaagttccctgaatttgctcaatttggctaacaacaatttaacaggaacgattccacaatgcctgggaacatttccttatctttctgtattggata 24218179  T
Q  342 tgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggagcatt 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  24218180 tgcaaatgaacaacctctatggaagcatgcctaaaacattttcggaaggaaatgcattcgagactataaagttgaatggcaaccaattggagggaccatt 24218279  T
Q  442 accacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagag 541  Q
    |||||| ||||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||| ||||||| | |  | |||||||||||  ||||| |||||  ||| | ||||    
T  24218280 accacagtctttggctcactgcacacaacttgaagttttggaccttggagacaacatcataaacgatacatttcccaattggttagaagttctgcaagag 24218379  T
Q  542 ttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 641  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||| |||||||||  |||||||||     
T  24218380 ttacaggtactcagtttacgatcaaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatgtctctg 24218479  T
Q  642 acaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
      || |||||  |||| ||| |||||||||| ||| |||||    
T  24218480 gtaataatttccgtggccccgtgccaacatcttgcctcaag 24218520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Original strand, 16843254 - 16843388
Alignment:
Q  16 tcaaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843254 tcaaggagatcttccaattccacctgatggcattgtatacttttcactctcaaataacaacttcacaggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagt 16843353  T
Q  116 tccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
     ||||| ||   || ||||||||||||||||||||    
T  16843354 acccttaatttgcttaatttggctcacaacaattt 16843388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 142 - 285
Target Start/End: Original strand, 16843110 - 16843253
Alignment:
Q  142 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatactttttactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 241  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||| || ||||| ||  ||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16843110 caacaaattgcaaggagacattccaattccatcttatggccttcaatacttttcgctctcaaacaacaacttcacaggagacatttcttcaacattctgc 16843209  T
Q  242 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaattt 285  Q
    ||||| |||| | |  |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  16843210 aatgcaagtttcttgaatgttctcaatttggctcacaacaattt 16843253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 150
Target Start/End: Original strand, 16845929 - 16846052
Alignment:
Q  27 ttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagttccctttatac 126  Q
    |||||||||||  || ||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||   |      
T  16845929 ttccaattccatattatggcattaaatactttttgctctcaaacaacaacttcacagaagatatgtcttccacattctgcagtgcaagtttcctgattgt 16846028  T
Q  127 cctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  16846029 tctcaatttggctcacaacaattt 16846052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 150
Target Start/End: Original strand, 24217990 - 24218123
Alignment:
Q  17 caaggacatcttccaattccaccttctggcattcaatactttttactcgcaaataacaacttcacaggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagtt 116  Q
    |||||| | ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | ||| |||   || | |||||||||||||    
T  24217990 caaggagaccttccgattccaccctatggaattcaatacttttcactctcaaacaacaacttcacaggagacattgctttgtcactgtgcaatgcaagtt 24218089  T
Q  117 ccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    ||||  ||   |||||||||||| ||||||||||    
T  24218090 ccctgaatttgctcaatttggctaacaacaattt 24218123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 236 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 14553189 - 14552743
Alignment:
Q  236 ttctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtat 335  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||  |||   | | |    
T  14553189 ttctgcaatgcaagttccctttatatgctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctggggacatttcctcttctctctattt 14553090  T
Q  336 tggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccgaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaagg 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  14553089 tggatatgcaaatgaacaacctctatggaatcattcctagaaccttttcaaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggaaaccaattgaaagg 14552990  T
Q  436 agcattaccacaatctttggctaactgttcatatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactcta 535  Q
    | || ||||||| || |||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14552989 accactaccacagtcattggctcactgttcaaatcttgaagtattagaccttggtgacaacagcatagaggatacatttcccaattggctagaaactcta 14552890  T
Q  536 ccagagttacaggtgataagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatg 635  Q
    | ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  14552889 caagagttacaagtgctaagtttacgatcaaatcatcttcacggagcaatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatg 14552790  T
Q  636 tctctaacaacaattttagtgggcccttgccaacatcatgcatcaag 682  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  14552789 tctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatcaag 14552743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 14553189 - 14553140
Alignment:
Q  101 ttctgcaatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  14553189 ttctgcaatgcaagttccctttatatgctcaatttggctcacaacaattt 14553140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University