View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8913_low_3 (Length: 692)

Name: NF8913_low_3
Description: NF8913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8913_low_3
NF8913_low_3
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (12-692)||(5592346-5593022)
chr2 (291-692)||(5572884-5573285)
chr2 (246-525)||(5586350-5586629)
chr2 (12-248)||(5586077-5586309)
chr2 (258-622)||(5575882-5576246)
chr2 (16-204)||(5575607-5575795)
chr2 (422-622)||(5582176-5582376)
chr2 (12-57)||(5572667-5572712)
chr2 (12-57)||(5580486-5580531)
chr2 (623-692)||(5586717-5586786)
chr2 (640-692)||(5576313-5576365)
chr2 (419-526)||(12052456-12052563)
chr2 (640-692)||(5582483-5582535)
chr2 (162-200)||(5580576-5580614)
chr2 (392-432)||(5613506-5613546)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 692
Target Start/End: Original strand, 5592346 - 5593022
Alignment:
Q  12 agcagagaacttattattgaaatgatccactagagatttaagcttgaaatcaaaaatggatgcaatgtcattttgctcctcaacacaagacccatatgtc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592346 agcagagaacttattattgaaatgatccactaaagatttaagcttgaaatcaaaaatggatgcaatgtcattttgctcctcaacacaagacccatatgtc 5592445  T
Q  112 tcatgagtaaggatggcacttggagtgcagcccaataggcctaacccaggtaacacatattttcttgctccaatttcatgtaaagcctgttacgtacata 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||    
T  5592446 tcatgagtaaggatggcacttggagtgcagcccaataggcctaacccaggtaacacatattttcttgctccaatttcatgtaaagcctgttac----ata 5592541  T
Q  212 taccaaatgcttctgttataaaccatgatattcataaatcatttagtaaaagcaaaagtgaaacacaaagttcaagtggatacctgtaaattcaaagata 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592542 taccaaatgcttctgttataaaccatgatattcataaatcatttagtaaaagcaaaagtgaaacacaaagttcaagtggatacctgtaaattcaaagata 5592641  T
Q  312 actcttcaattagagattctgcatactgctcagggctataaacgttgcttgatagatataattggggaagaaagtaattatttatgtaatcattactgcc 411  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592642 actcttcaattagattttctgcatactgctcagggctataaacgttgcttgatagatataattggggaagaaagtaattatttatgtaatcattactgcc 5592741  T
Q  412 aatatgcacataatacaagcatttgttaaggtattcttgagctttgtcaattcctccaagttgactagcaatttgagaaactataactctgtgatttctt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592742 aatatgcacataatacaagcatttgttaaggtattcttgagctttgtcaattcctccaagttggctagcaatttgagaaactataactctgtgatttctt 5592841  T
Q  512 aactgtaatcccaagctaatagcataaccctgtacgaacataatgttatttttgcggcatgtgtatgagtaatgtaacaaaaatactctaatcatctact 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592842 aactgtaatcccaagctaatagcataaccctgtacggacataatgttatttttgcggcatgtgtatgagtaatgtaacaaaaatactctaatcatctact 5592941  T
Q  612 aaaaactaatttaaaccttagccgagtatgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgagta 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5592942 aaaaactaatttaaaccttagccgagtatgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgagta 5593022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 291 - 692
Target Start/End: Original strand, 5572884 - 5573285
Alignment:
Q  291 atacctgtaaattcaaagataactcttcaattagagattctgcatactgctcagggctataaacgttgcttgatagatataattggggaagaaagtaatt 390  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| | | || ||||||||||||||||||||    
T  5572884 ataccagtaaattcaaagataactcttgaattagagcttctgcatactgctcagggctataaatgtgacttgttgggtagaattggggaagaaagtaatt 5572983  T
Q  391 atttatgtaatcattactgccaatatgcacataatacaagcatttgttaaggtattcttgagctttgtcaattcctccaagttgactagcaatttgagaa 490  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||    
T  5572984 gtttatgtaatcgttacttccaatattcacataatacaagcatttgttaaggtattgttgagctttgtcaatacctccaagtctgctagcaatttgagaa 5573083  T
Q  491 actataactctgtgatttcttaactgtaatcccaagctaatagcataaccctgtacgaacataatgttatttttgcggcatgtgtatgagtaatgtaaca 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5573084 actataactctgtgatttcttaactgtaatcccaagctaatagcataaccctgtacggacataatgttatttttgcggcatgtgtatgagtaatgtaaca 5573183  T
Q  591 aaaatactctaatcatctactaaaaactaatttaaaccttagccgagtatgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgag 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5573184 aaaatactctaatcatctactaaaaactaatttaaaccttagctgagtatgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgag 5573283  T
Q  691 ta 692  Q
    ||    
T  5573284 ta 5573285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 246 - 525
Target Start/End: Original strand, 5586350 - 5586629
Alignment:
Q  246 taaatcatttagtaaaagcaaaagtgaaacacaaagttcaagtggatacctgtaaattcaaagataactcttcaattagagattctgcatactgctcagg 345  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  5586350 taaatcatttagtgaaagtaaaagtgaaacacaaagttcaaggggatacctgtaaattcaaagataactcttcaattagagcttctgcgtactgctgagg 5586449  T
Q  346 gctataaacgttgcttgatagatataattggggaagaaagtaattatttatgtaatcattactgccaatatgcacataatacaagcatttgttaaggtat 445  Q
    |||||||| ||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  5586450 gctataaatgtgtcttgttggatataattggggaagaaagtaattatttatgtaatcattactgccaatatgcacataatataagcatttattaaggtat 5586549  T
Q  446 tcttgagctttgtcaattcctccaagttgactagcaatttgagaaactataactctgtgatttcttaactgtaatcccaa 525  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||||   |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  5586550 tcttgagctttgttaagacttccaagtctgctagcaatttgagaaattataactttgtgattttttaactgtaatcccaa 5586629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 248
Target Start/End: Original strand, 5586077 - 5586309
Alignment:
Q  12 agcagagaacttattattgaaatgatccactagagatttaagcttgaaatcaaaaatggatgcaatgtcattttgctcctcaacacaagacccatatgtc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5586077 agcagagaacttattattgaaatgatccactagagatttaagcttgaaatcaaaaatggatgcgatgtcattttgctcctcaacacaagacccatctgtc 5586176  T
Q  112 tcatgagtaaggatggcacttggagtgcagcccaataggcctaacccaggtaacacatattttcttgctccaatttcatgtaaagcctgttacgtacata 211  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||     
T  5586177 ccatgagtaaagatggcacttggagtgcagcccaatagacctaacccagataacacatattttcttgctccaatttcatgtaaagcctgttcc----atg 5586272  T
Q  212 taccaaatgcttctgttataaaccatgatattcataa 248  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  5586273 taccaaatgcctctattataaaccatgatattcataa 5586309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 258 - 622
Target Start/End: Original strand, 5575882 - 5576246
Alignment:
Q  258 taaaagcaaaagtgaaacacaaagttcaagtggatacctgtaaattcaaagataactcttcaattagagattctgcatactgctcagggctataaacgtt 357  Q
    ||||| |||| || ||||||| ||||  ||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |     
T  5575882 taaaaacaaaggtcaaacacagagtttgagtggataccaataaatttaaagataactcttgaattagagcttctgcatattgctcagggctataaatttg 5575981  T
Q  358 gcttgatagatataattggggaagaaagtaattatttatgtaatcattactgccaatatgcacataatacaagcatttgttaaggtattcttgagctttg 457  Q
     |||| | | || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5575982 acttgttgggtagaattgaggacgaaagtaattgtttatgtaatcattactgccaatattcacataatacaagcatttgctaaggtattcttgagctttg 5576081  T
Q  458 tcaattcctccaagttgactagcaatttgagaaactataactctgtgatttcttaactgtaatcccaagctaatagcataaccctgtacgaacataatgt 557  Q
    ||||| ||| |||||   ||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || ||| || ||||||| ||  | |||||||    
T  5576082 tcaataccttcaagtctgctagcaattcgagaaactataactttgtgattttctaactgtaatcccaaactgataacaaaaccctgcacagaaataatgt 5576181  T
Q  558 tatttttgcggcatgtgtatgagtaatgtaacaaaaatactctaatcatctactaaaaactaatt 622  Q
    |||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||| | | ||||||||||| ||||||||    
T  5576182 tattttggtggcatatgtatgagcaatgtgacaaaaatacacaagtcatctactaataactaatt 5576246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 204
Target Start/End: Original strand, 5575607 - 5575795
Alignment:
Q  16 gagaacttattattgaaatgatccactagagatttaagcttgaaatcaaaaatggatgcaatgtcattttgctcctcaacacaagacccatatgtctcat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||  |||||  | |||||| ||| ||||| || ||||| | |||  |||    
T  5575607 gagaacttattattgaaatgatccactaaaaatttaagcttgaaattgaaaatcaatgcaggggcattttcctcatcaacgcaggacccgtttgttccat 5575706  T
Q  116 gagtaaggatggcacttggagtgcagcccaataggcctaacccaggtaacacatattttcttgctccaatttcatgtaaagcctgttac 204  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  5575707 gagtaaagatggcacttggtgtgcagcccaaaaggcctaaccctactaacacatattttctagctccaatgtcatgtaaagtctgttac 5575795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 422 - 622
Target Start/End: Original strand, 5582176 - 5582376
Alignment:
Q  422 taatacaagcatttgttaaggtattcttgagctttgtcaattcctccaagttgactagcaatttgagaaactataactctgtgatttcttaactgtaatc 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||   ||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||    
T  5582176 taatacaagcatttgttaaggtattgttcagaactgtcaatacctccaagtctgctagcaatttgagaaactattactttgtgattctttaactgtaatc 5582275  T
Q  522 ccaagctaatagcataaccctgtacgaacataatgttatttttgcggcatgtgtatgagtaatgtaacaaaaatactctaatcatctactaaaaactaat 621  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||  || |||||||||||| | | ||||| ||| || | ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  5582276 ccaagctgataacagaaccctgtacagacgtaatgttattttggtgacatgtatataagcagtgtaacaaaaatattctagtcctctactaaaaactaat 5582375  T
Q  622 t 622  Q
    |    
T  5582376 t 5582376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 57
Target Start/End: Original strand, 5572667 - 5572712
Alignment:
Q  12 agcagagaacttattattgaaatgatccactagagatttaagcttg 57  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5572667 agcagagaacttattattgaaatgttccactagagatttaagcttg 5572712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 57
Target Start/End: Original strand, 5580486 - 5580531
Alignment:
Q  12 agcagagaacttattattgaaatgatccactagagatttaagcttg 57  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5580486 agcagagaacttattattgaaatgttccactagagatttaagcttg 5580531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 623 - 692
Target Start/End: Original strand, 5586717 - 5586786
Alignment:
Q  623 taaaccttagccgagtatgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgagta 692  Q
    ||||||||||||  |  ||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5586717 taaaccttagccatgcttgtctcggtacgaattccagctgcgccagatgcgtagttcacacctttgagta 5586786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 640 - 692
Target Start/End: Original strand, 5576313 - 5576365
Alignment:
Q  640 tgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgagta 692  Q
    |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  5576313 tgtctcgatacgaattccagctgcaccagatgcatagttaacacctttgagta 5576365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 419 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 12052563 - 12052456
Alignment:
Q  419 acataatacaagcatttgttaaggtattcttgagctttgtcaattcctccaagttgactagcaatttgagaaactataactctgtgatttcttaactgta 518  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||  |||| ||| ||||  | |||||||  | ||||||||| ||||||||||| || ||||||| | |||||||    
T  12052563 acataacacaaacatttgttaaggtattgctgagttttttcaagacttccaagtctagtagcaatttcagaaactataagtcggtgatttgtcaactgta 12052464  T
Q  519 atcccaag 526  Q
    || |||||    
T  12052463 ataccaag 12052456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 640 - 692
Target Start/End: Original strand, 5582483 - 5582535
Alignment:
Q  640 tgtctccatacgaattccagctccgccagatgcatagttcacacctttgagta 692  Q
    |||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  5582483 tgtctcgacacgaattccagctccacgagatgcatagttcacaccttagagta 5582535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 200
Target Start/End: Original strand, 5580576 - 5580614
Alignment:
Q  162 taacacatattttcttgctccaatttcatgtaaagcctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  5580576 taacacatattttcttgctccaatgtcatgtagagcctg 5580614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 392 - 432
Target Start/End: Original strand, 5613506 - 5613546
Alignment:
Q  392 tttatgtaatcattactgccaatatgcacataatacaagca 432  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  5613506 tttatgtaatcgttgctgccaatattcacataatacaagca 5613546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University