View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8917_low_1 (Length: 774)
Name: NF8917_low_1
Description: NF8917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8917_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 675; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 675; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 23358590 - 23359345
Alignment:
| Q |
17 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23358590 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagcttaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
23358689 |
T |
|
| Q |
117 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaaacatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23358690 |
aaggtttaaactttcaactaatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaagcctgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
23358789 |
T |
|
| Q |
217 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtttt---aaaggt----------cttatgcaattagtttgttagt |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23358790 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtattgacaaaggataagctatggcttatgcaattagtttgttagt |
23358889 |
T |
|
| Q |
304 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23358890 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
23358989 |
T |
|
| Q |
404 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
503 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23358990 |
tcagcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
23359089 |
T |
|
| Q |
504 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23359090 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
23359189 |
T |
|
| Q |
604 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
703 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23359190 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
23359289 |
T |
|
| Q |
704 |
tgagaagctttggttcggtatggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
759 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23359290 |
tgagaagctttggttcggtacggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
23359345 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 675; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 23363411 - 23364166
Alignment:
| Q |
17 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23363411 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagcttaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
23363510 |
T |
|
| Q |
117 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaaacatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23363511 |
aaggtttaaactttcaactaatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaagcctgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
23363610 |
T |
|
| Q |
217 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtttt---aaaggt----------cttatgcaattagtttgttagt |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23363611 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtattgacaaaggataagctatggcttatgcaattagtttgttagt |
23363710 |
T |
|
| Q |
304 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23363711 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
23363810 |
T |
|
| Q |
404 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
503 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23363811 |
tcagcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
23363910 |
T |
|
| Q |
504 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23363911 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
23364010 |
T |
|
| Q |
604 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
703 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23364011 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
23364110 |
T |
|
| Q |
704 |
tgagaagctttggttcggtatggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
759 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23364111 |
tgagaagctttggttcggtacggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
23364166 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 23712329 - 23713084
Alignment:
| Q |
17 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23712329 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctgttatgtgctcaacctgtatttattcacagcttaatttattttagttaaaagggtaagtacaatccat |
23712428 |
T |
|
| Q |
117 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaaacatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23712429 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaagcatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
23712528 |
T |
|
| Q |
217 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtttt---aaaggt----------cttatgcaattagtttgttagt |
303 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23712529 |
accacactataaaggttttataggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtattgacaaaggataagctatggcttatgcaattagtttgttagt |
23712628 |
T |
|
| Q |
304 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23712629 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
23712728 |
T |
|
| Q |
404 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23712729 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
23712828 |
T |
|
| Q |
504 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23712829 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
23712928 |
T |
|
| Q |
604 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
703 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23712929 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
23713028 |
T |
|
| Q |
704 |
tgagaagctttggttcggtatggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
759 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23713029 |
tgagaagctttggttcggtacggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
23713084 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 23730785 - 23731540
Alignment:
| Q |
17 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23730785 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctgttatgtgctcaacctgtatttattcacagcttaatttattttagttaaaagggtaagtacaatccat |
23730884 |
T |
|
| Q |
117 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaaacatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23730885 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaagcatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
23730984 |
T |
|
| Q |
217 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtttt---aaaggt----------cttatgcaattagtttgttagt |
303 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23730985 |
accacactataaaggttttataggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtattgacaaaggataagctatggcttatgcaattagtttgttagt |
23731084 |
T |
|
| Q |
304 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23731085 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
23731184 |
T |
|
| Q |
404 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23731185 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
23731284 |
T |
|
| Q |
504 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23731285 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
23731384 |
T |
|
| Q |
604 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
703 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23731385 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
23731484 |
T |
|
| Q |
704 |
tgagaagctttggttcggtatggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
759 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23731485 |
tgagaagctttggttcggtacggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
23731540 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 23693889 - 23694644
Alignment:
| Q |
17 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23693889 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctgttatgtgctcaacctgtatttattcacagcttaatttattttagttaaaagggtaagtacaatccat |
23693988 |
T |
|
| Q |
117 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaaacatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23693989 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaagcatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
23694088 |
T |
|
| Q |
217 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtttt---aaaggt----------cttatgcaattagtttgttagt |
303 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23694089 |
accacactataaaggttttataggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtattgacaaaggataagctatggcttatgcaattagtttgttagt |
23694188 |
T |
|
| Q |
304 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23694189 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
23694288 |
T |
|
| Q |
404 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23694289 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
23694388 |
T |
|
| Q |
504 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23694389 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
23694488 |
T |
|
| Q |
604 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
703 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23694489 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcagattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
23694588 |
T |
|
| Q |
704 |
tgagaagctttggttcggtatggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
759 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23694589 |
tgagaagctttggttcggtacggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
23694644 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 23749240 - 23749995
Alignment:
| Q |
17 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctattatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcat |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23749240 |
aacatctagtttacatactcttacgagtatctgttatgtgctcaacctgtatttattcacagcttaatttattttagttaaaagggtaagtacaatccat |
23749339 |
T |
|
| Q |
117 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaaacatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749340 |
aaggtttaaactttcaactgatttttatcaaaatccaaaaaatttcacttctatttgatcaagcatgtaatactcagatgctactaactatatgatgcag |
23749439 |
T |
|
| Q |
217 |
accacaatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtttt---aaaggt----------cttatgcaattagtttgttagt |
303 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749440 |
accacactataaaggttttataggtctctgcaacaacattgtatgttaaatatggtattgacaaaggataagctatggcttatgcaattagtttgttagt |
23749539 |
T |
|
| Q |
304 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749540 |
gagttgttacttgtgcagcaagttagtttgttagtgagcggtcattttttcaaaaggagcaataattccattaaatctgcatataatgtcttaatggaag |
23749639 |
T |
|
| Q |
404 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749640 |
tccgcaatgtgggggtgcagcttcccggttaaaatctgtggcataaatgtattccgttaaaaaagtggcagtgtctgcatgtaatgtcttagtgtaaagt |
23749739 |
T |
|
| Q |
504 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749740 |
ggcgagaaggaaggaaggggaggttgttttgtggtgcgaggtagttggtcaaatagaggcacggttaagagtagcatttgatatggtgggaggattttgg |
23749839 |
T |
|
| Q |
604 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcggattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
703 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749840 |
cagtggggttttaaggtttatgctgaattttgtgtgtggctgttactgtttgcagattaggtagtgtacgtatgcaagtgctggtggttcttttgttatc |
23749939 |
T |
|
| Q |
704 |
tgagaagctttggttcggtatggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
759 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23749940 |
tgagaagctttggttcggtacggtttagtctctctggctgattgctgcatatatct |
23749995 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 50 - 142
Target Start/End: Original strand, 24616935 - 24617025
Alignment:
| Q |
50 |
ttatgtgctcaacctgtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcataaggtttaaactttcaactgattttt |
142 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
24616935 |
ttatgtgctaaacatgtatatattcacagcttaatttattttagtcaaaagggtaagtacaatgcataaggtttaaactt--aactgattttt |
24617025 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 24106792 - 24106715
Alignment:
| Q |
65 |
gtatttattcacagattaatttattttagttaaaagggtaagtacaatgcataaggtttaaactttcaactgattttt |
142 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
24106792 |
gtatttatttacatcttaatttattttagtcaaaaggcttagtacaatgcataaggtttaaactttaaactgattttt |
24106715 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 221 - 260
Target Start/End: Original strand, 24617176 - 24617215
Alignment:
| Q |
221 |
caatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtat |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24617176 |
caatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtat |
24617215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 24106589 - 24106550
Alignment:
| Q |
221 |
caatataaaggttttaaaggtctctgcaacaacattgtat |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24106589 |
caatataaagtttttaaaggtctctgcaacaacattgtat |
24106550 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University