View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8919_low_1 (Length: 1112)

Name: NF8919_low_1
Description: NF8919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8919_low_1
NF8919_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-1094)||(36284262-36285344)
chr5 (19-229)||(34555126-34555339)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 953; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 953; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1094
Target Start/End: Original strand, 36284262 - 36285344
Alignment:
Q  19 cctagctgtctttcatcacaccttactactttcatattcagagattatgaaggcacggatgaagagttcgaacttataaggtacattttgaagagcggaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36284262 cctagctgtctttcatcacaccttactactttcatattcagagattatgaaggcacggatgaagagtttgaacttataaggtacattttgaagagtggaa 36284361  T
Q  119 aagtgcttaagaggaccacaatttatttcggaagtagctgggaaccaagcgaggcaagagatgctgtgtcggaattatgttccttgccaaaagcctcaaa 218  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36284362 aagtgcttgagaggaccacaatttatttcggaagtagctgggaaccaagcgaggcaagagatgctgtgtcggaattatgttccttgccaaaagcctcaaa 36284461  T
Q  219 agataacaggattatgtgcttcgaagttgccttgatggtatggattactaccttatctatttttagacacttaacgagtttaagcttgtgtagatttaat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36284462 agataacaggattatgtgcttcgaagttgccttgatggtatggattacttccttatctatttttagacacttaacgagtttaagcttgtgtagatttaa- 36284560  T
Q  319 gtgtgtgtatgaatttagttctatttttatccattcggatatggatgtcctaagatttctagatgtcgcacgcttatgaattgttgtaaaattgcattgg 418  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36284561 -tgtgtgtatgaatttagttctatttttatccattcggatatggatgtcctaagatttctagatgtcgcacgcttatgaattgttgtaaaattgcattag 36284659  T
Q  419 ggacaacaaaataatgtgtcttgttgtctctttatggcgcaactccttcaatgttattgattttttatgattctataatctatatgttaattttcattgt 518  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36284660 ggacaacaaaataacgtgtcttgttgtctctttatggcgcgactccttcaatgttattgattttttatgattctataatctatatgttaattttcattgt 36284759  T
Q  519 tttgaattaggtgaatttctgttgatgatgtatgttatatgttgattatgaattgattttgttattgatgacgannnnnnnnncctaatttgtattttgc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  36284760 tttgaattaggtgaatttctgttgatgatgtatgttatatgttgattatgaattgattttgttattgatgacgatttttttttcctaatttgtattttgc 36284859  T
Q  619 tttgctgaactattaatcgatttcgtgtagatagttaattgatcaggttataatttaatagatttataggttaatcgaatagaagatgaatggttgtnnn 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       
T  36284860 tttgctgaactattaatcgatttcgtgtagatagttaattgatcaggttataatttaatagatttgtaggttaatcgaatagaagatgaatggttgtaaa 36284959  T
Q  719 nnnntagttgaagtgatgagttcatataatttttatatgatgatagtcgattaggcaacacagttaattgattagatgttagagaggtgcaagaagtagg 818  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36284960 aaaatagttgaagtgatgagttcatataatttttatatgatgatagtcgattaggcaacacagttaattgattagatgttagagaggtgcaagaagtagg 36285059  T
Q  819 ctaag--------atataatcctagggaaattgtggaataaaaaatcttgagagttaagactaattgtgaatggcttggatgtgatgaataattgtgtaa 910  Q
    |||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36285060 ctaagatataatcatataatcctagggaaattgtggaataaaaaatcttgagagttaagactaattgtgaatggcttggatgtgatgaataattgtgtaa 36285159  T
Q  911 acttaagacaatgaattggtatgttaagattaatttattctggtgatcattaaggttgatttattagggtgatttt-caaattagggaatacccttgagt 1009  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36285160 acttaagataatgaattggtatgttaagattaatttattctggtgatcattaaggttgatttattagggtgattttccaaattagggaatacccttgagt 36285259  T
Q  1010 gtgttagtcgattaaatggtttcgttaatcgattgttaagttaaatgattgattcagtatctattaggtaatgatccaatatgat 1094  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36285260 gtgttagtcgattaaatggtttcgttaatcgattgttaagttaaatgattgattcagtatctattaggtaatgatccaatatgat 36285344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Original strand, 34555126 - 34555339
Alignment:
Q  19 cctagctgtctttcatcacaccttactactttcatattcagagattatgaaggcacggatgaagagttcgaacttataaggtacattttgaagagcggaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||    
T  34555126 cctagctgtctttcatcacaccttactacttttatattcagagattatgaaggcacggatgaagagtttgaacttataagttacattttaaatagtggaa 34555225  T
Q  119 aagtgcttaagaggaccacaatttatttcggaagtagctg--ggaa-ccaagcgaggcaagagatgctgtgtcggaattatgttccttgccaaaagcctc 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||  |||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  34555226 aagtgcttaagagaaccacaatttattttgagagtagctgctggaatccaagcgagacaagtgatgctgtgttggaattatcttccttgccaagagcctc 34555325  T
Q  216 aaaagataacagga 229  Q
    ||||||||||||||    
T  34555326 aaaagataacagga 34555339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University