View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8919_low_2 (Length: 1020)

Name: NF8919_low_2
Description: NF8919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8919_low_2
NF8919_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-1008)||(20550059-20551050)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (216-622)||(37075296-37075702)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 854; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 20551050 - 20550059
Alignment:
Q  1 catgacactaacaggttaacaccggacaaaatttaataaaacggaaaaattgaatataaccacacttgtcaatgtcacgttggtatcagacaccatacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20551050 catgacactaacaggttaacaccggtcaaaatttaataaaacggaaaaattgaatataaccacacttgtcaatgtcacgtcggtatcagacaccatacat 20550951  T
Q  101 gtctttaatgagaagtgttggtgctacatagttcaacactactacttccttattttatttttgtttcatttgctttaacaaatgtattcttgactttcga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550950 gtctttaatgagaagtgttggtgctacatagttcaacactactacttccttattttatttttgtttcatttgctttaacaaatgtattcttgactttcga 20550851  T
Q  201 atttactgaattatgaaggcagagaggctatcatggagcaatgaagttgccaatgtggttttggatttttctgttagaagtgcaactacacatactccac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20550850 atttactgaattatgaaggcagagaggctatcatggagcaatgaagttgccaatgtggttttggatttttctgttagaactgcaactacacatactccac 20550751  T
Q  301 aatttttgggtcttccacaaggagcatggtctcaaaatggtggatttgaaacagccggagaaggagttgttattgggttggttgacaccggcatagatcc 400  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550750 aatttttgggtctgccacaaggagcatggtctcaaaatggtggatttgaaacagccggagaaggagttgttattgggttggttgacaccggcatagatcc 20550651  T
Q  401 aacacaccctagttttagcgatagtaaatctgaaaatccgtatcctgttcctgctcatttttctggtatctgcgaggttactcgtgattttccatctggc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550650 aacacaccctagttttagcgatagtaaatctgaaaatccgtatcctgttcctgctcatttttctggtatctgcgaggttactcgtgattttccatctggc 20550551  T
Q  501 tcttgcaataggaaacttgttggggcacgacacttcgcagcatctgctataaccaggggaatttttaatatgtctcaagactatgcttctccctttgatg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550550 tcttgcaataggaaacttgttggggcacgacacttcgcagcatctgctataaccaggggaatttttaatatgtctcaagactatgcttctccctttgatg 20550451  T
Q  601 gcgatggccatggcacgtgagtttttggcatttcaaaatcagtgttatgttttactctagtttatcatgattacttaatcggtttattctatcaaattcc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20550450 gcgatggccatggcacgtgagtttttgtcatttcaaaatcagtgttatgttttactctaatttatcatgattacttaactggtttattctatcaaattcc 20550351  T
Q  701 attcatcttctaatatcgttttgaagttttctctcttctacttcaacatcagtgtgttatgtctagtttctatttgttgtagctttgagctctttaaggg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20550350 attcatcttctaatatcgttttgaagttttctctcttctacttcaacatcagtgtgttatgtctagtttctatttgttgtagctttgagctctttaagg- 20550252  T
Q  801 gttttcttcagttccttggacctttaacaannnnnnnggnnnnnnntaataatatttgagagttgttctggaattgcaatgcctcagattatcttaggca 900  Q
                 |||||||||||||||||       ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20550251 -------------ccttggacctttaacaatttttttgg-aaaaaataataatatttgagagttgttctggaattgcgatgcctcagattatcttaggca 20550166  T
Q  901 tcatttgaaaatgaaactgttgtcaaactttacgtttatttgattcacactaacaaacttagatttgttgaattttcatctcctttaactgaatgtccat 1000  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||    
T  20550165 tcatttgaaaatgaaactattgtcaaactttacgtttatttgattcacaccaacaaacttagatttgttgaa-tttcttctcctttaactgaatgttcat 20550067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 216 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 37075702 - 37075296
Alignment:
Q  216 aaggcagagaggctatcatggagcaatgaagttgccaatgtggttttggatttttctgttagaagtgcaactacacatactccacaatttttgggtcttc 315  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |  |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||| |||||||| || || ||||| |    
T  37075702 aaggcagagaagctatcaaggagaagagaagtgtccaatgtggttttggatttttctgtaagatctgcaacaacacacactccacagttcttaggtctgc 37075603  T
Q  316 cacaaggagcatggtctcaaaatggtggatttgaaacagccggagaaggagttgttattgggttggttgacaccggcatagatccaacacaccctagttt 415  Q
    |||| ||||| |||| ||||   ||||| |||||||| || ||||||||| |   |||||  || |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||    
T  37075602 cacagggagcttggtttcaatcaggtgggtttgaaactgctggagaaggaatcactattgcatttgttgacactggcattgatcatacacaccctagttt 37075503  T
Q  416 tagcgatagtaaatctgaaaatccgtatcctgttcctgctcatttttctggtatctgcgaggttactcgtgattttccatctggctcttgcaataggaaa 515  Q
    |   |||  |||||| ||| |||| |    || ||||||||  |||||||| | ||| ||||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||     
T  37075502 tgctgatgataaatccgaacatccattcaatgctcctgctcggttttctggcacctgtgaggttactccggattttccatccggttcctgcaataggaag 37075403  T
Q  516 cttgttggggcacgacacttcgcagcatctgctataaccaggggaatttttaatatgtctcaagactatgcttctccctttgatggcgatggccatggca 615  Q
    |||||||| || || || || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |     || | ||   |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  37075402 cttgttggagcccgtcattttgcagcatctgctataaccagaggaatgtttgactcaactgaggatagtgcttctccctttgatggtgatggacatggca 37075303  T
Q  616 cgtgagt 622  Q
    |||||||    
T  37075302 cgtgagt 37075296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University