View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8921_low_38 (Length: 492)

Name: NF8921_low_38
Description: NF8921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8921_low_38
NF8921_low_38
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (19-479)||(1962405-1962865)
chr8 (53-479)||(2015564-2015990)
chr8 (51-479)||(2018947-2019375)
chr8 (73-316)||(2005333-2005576)
chr8 (74-316)||(2008713-2008955)
chr8 (74-316)||(1968060-1968302)
chr8 (55-198)||(2013378-2013522)
chr8 (79-264)||(2012380-2012565)
chr8 (393-479)||(2012165-2012251)
chr8 (76-155)||(1964500-1964581)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (73-316)||(5901638-5901881)
chr1 (359-479)||(5901924-5902044)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (74-269)||(18189425-18189620)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (175-219)||(16565749-16565793)
chr7 (175-219)||(16599869-16599913)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 479
Target Start/End: Original strand, 1962405 - 1962865
Alignment:
Q  19 ggttttcctttcacaagcatnnnnnnntattaacttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962405 ggttttcctttcacaagcataaaaaaatattaacttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggt 1962504  T
Q  119 gttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggtt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962505 gttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggtt 1962604  T
Q  219 ctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggggt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962605 ctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggggt 1962704  T
Q  319 tgctttagcccttcaacttcagctcacactaactcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1962705 tgctttagcccttcaacttcagctcacactaactcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaagggcaccctttgttgccttg 1962804  T
Q  419 gtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcct 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962805 gtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcct 1962865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2015990 - 2015564
Alignment:
Q  53 ttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaat 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || | ||||||||||    
T  2015990 ttataagcggtaaactaagaacaaatttttatggagaaaacaattcatattgcagttgttccaggtgttggatatagccatttggtctctattcttcaat 2015891  T
Q  153 tctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaac 252  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2015890 tctccaagagacttgttcagcttcatccaaactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatccttcaaac 2015791  T
Q  253 tcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggggttgctttagcccttcaacttcagctcacactaact 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  2015790 tcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactccaatgacctaccacaagggattgctttagtacttcaacttcagctcacactgact 2015691  T
Q  353 cactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactagatt 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||| ||||    
T  2015690 cactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaagacaccctttgttgccttggtggttgatatatcagcaatggatgcactggatt 2015591  T
Q  453 ttgctaaggaattcaacttgttgtcct 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  2015590 ttgctaaggaattcaacttgttgtcct 2015564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 51 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2019375 - 2018947
Alignment:
Q  51 acttataagctgtaaactaagaacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttca 150  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2019375 acttataagctgtaaactaataactaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttccaggtgttggatatggccacttattcccgattcttca 2019276  T
Q  151 attctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaa 250  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||  || ||    
T  2019275 attctccaagctacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatgtttcattccctcaattgagtctctcccaaccgattcaaaaaccatcattcaa 2019176  T
Q  251 actcttccatcaaacatcagctgtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggggttgctttagcccttcaacttcagctcacactaa 350  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||| |||    
T  2019175 actcttccatcaaacatcaactgtacttttcttccatcagtgagctccaaagacttaccacaagggattgctttagtacttcaaattcagctcacagtaa 2019076  T
Q  351 ctcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactaga 450  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  2019075 ttcactcactgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgattcattagcaatcgatgcactaga 2018976  T
Q  451 ttttgctaaggaattcaacttgttgtcct 479  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||    
T  2018975 ttttgctaaagagttcaacatgttgtcct 2018947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 73 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 2005576 - 2005333
Alignment:
Q  73 acaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcag 172  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || | |||||||||||||||||   |||||||||     
T  2005576 acaagtttccatggagaaaacaattcatattgcagttgttccaggtgttggatatagccatttggtctctattcttcaattctccaagagacttgttcaa 2005477  T
Q  173 cttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagct 272  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||    ||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |     
T  2005476 cttcatccaaactttcatgtcacatgtttcattccctcacttggatctccctcaactaccacaaaatctatccttcaaactcttccatcaaacatcaacc 2005377  T
Q  273 gtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 316  Q
     ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  2005376 atacttttcttccacctgtgaaccctaatgacctaccacaaggg 2005333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 2008955 - 2008713
Alignment:
Q  74 caaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagc 173  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||   |||||||||||    
T  2008955 caaatttccatggagaaaacagttcatattgcagttgttccaggtgttggatatagccatttggtccctattcttcaattctccaagagacttgttcagc 2008856  T
Q  174 ttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctg 273  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| | ||| ||   ||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |      
T  2008855 ttcatccaaactttcatgtcacatgtttcattcccacgcttggatctccctcaaatgccacaaaatctatccttcaaactcttccatcaaacatcaacca 2008756  T
Q  274 tacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 316  Q
     |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  2008755 cacttttcttccacctgtgaaccccaatgacctaccacaaggg 2008713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 74 - 316
Target Start/End: Original strand, 1968060 - 1968302
Alignment:
Q  74 caaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagc 173  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||   ||||||||| |    
T  1968060 caaatttccatggagaaaacagttcatattgcagttgttccaggtgttggatatagtcatttggtccctattcttcaattctccaagagacttgttcaac 1968159  T
Q  174 ttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagctg 273  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| | ||| ||   ||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |      
T  1968160 ttcatccagactttcatgtcacatgtttcattcccacacttggatctccctcaaatgccacaaaatctatccttcaaactcttccatcaaacatcaacca 1968259  T
Q  274 tacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 316  Q
     |||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||    
T  1968260 cacttttcttccacctgtgaatcccaatgacctaccacaaggg 1968302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 55 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 2013522 - 2013378
Alignment:
Q  55 ataagctgtaaactaag-aacaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaatt 153  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2013522 ataagctgtaaactaaacaacaaatttccatggagaaaaaaattcatattgcagttgttccaggtgttggatatagtcacttattcccaattcttcaatt 2013423  T
Q  154 ctccaaactacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatg 198  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2013422 ttcgaagctacttgttcagcttcatccatactttcatgtcacatg 2013378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 79 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 2012565 - 2012380
Alignment:
Q  79 tttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagcttcat 178  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||||| || ||| | |||||| |||| |||||||| ||||| ||  ||||| | |||||||||    
T  2012565 tttcatggataaaacaattcacattgccgttgttccaggtgtcgggtatggacacttagtccctattcttcatttctcaaagttacttatccagcttcat 2012466  T
Q  179 ccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaa 264  Q
    ||  || |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| |   ||| |||| || ||| |||| |||||||||||    
T  2012465 ccggacattcatgtcacatgtatcattcccacacttggttctcccccaagttcctcagaaaccatccttcaaacccttccatcaaa 2012380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2012251 - 2012165
Alignment:
Q  393 ctttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgctaaggaattcaacttgttgtcct 479  Q
    |||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| || ||  |||| |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2012251 ctttaaggattccccttgtggccttggtggttgatgcttttgctgttgaagcactaaactttgctaaagaattcaacatgttgtcct 2012165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 76 - 155
Target Start/End: Original strand, 1964500 - 1964581
Alignment:
Q  76 aattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttgg--atatagccacttattcccaattcttcaattct 155  Q
    ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||| ||| || | |||||||||||||    
T  1964500 aatttccatggagaaaaccattcacattgcagttgttccaggtgttgggtatatatccatttagtctctattcttcaattct 1964581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 316
Target Start/End: Original strand, 5901638 - 5901881
Alignment:
Q  73 acaaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcag 172  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||| | | |||||||| ||| || | |||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  5901638 acaaattttcatggagaaaacaattcacattgctgttattccaggtgcttggtatagccatttagtctctattcttgaattctccaagctacttgttcag 5901737  T
Q  173 cttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatcagct 272  Q
    || |||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||| || | | ||| ||  |||||  || | ||| |||||||||||||||||||  |||    
T  5901738 ctccatccagactttcatgtcacttgcttcattcctacacttggatcaccctcaagtgcctcaaagtcattccttcaaactcttccatcaaacattggct 5901837  T
Q  273 gtacttttcttccaccagtgaactctaatgacctaccacaaggg 316  Q
      |||||||||||||| |||||  | || |||||||| ||||||    
T  5901838 acacttttcttccacctgtgaatcccaacgacctacctcaaggg 5901881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 359 - 479
Target Start/End: Original strand, 5901924 - 5902044
Alignment:
Q  359 ctgccatctatacatcaggccttgaagtccttaactttaaggacaccctttgttgccttggtggttgatgcattagcaattgatgcactagattttgcta 458  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||  ||||||||||| | ||| |    || ||||||||||| ||||    
T  5901924 ctgccatatttacatcaggcattgaactccttaactttaaggactccccctgtggcactggtggttgattctttatctgccgaagcactagatttggcta 5902023  T
Q  459 aggaattcaacttgttgtcct 479  Q
    |||| |||||| |||||||||    
T  5902024 aggagttcaacatgttgtcct 5902044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 269
Target Start/End: Original strand, 18189425 - 18189620
Alignment:
Q  74 caaattttcatggagaaaacagttcatattgcagttgttcctggtgttggatatagccacttattcccaattcttcaattctccaaactacttgttcagc 173  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||||| ||  ||||| | || |    
T  18189425 caaatttccatggataaaacaattcacattgcagttgttccaggtgttgggtatggacacttagtccctattcttcaattctcaaagttacttatccatc 18189524  T
Q  174 ttcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttctctcccaactgattcaaaaacaatacttgaaactcttccatcaaacatca 269  Q
    |||||||| || |||||| ||||||  |||||| | |||||||||||| ||||| |   ||| || | || ||| |||||||||||||||| ||||    
T  18189525 ttcatccagacattcatgccacatgtatcattcgcacacttggttctcccccaagttcctcagaacccatccttcaaactcttccatcaaatatca 18189620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 175 - 219
Target Start/End: Original strand, 16565749 - 16565793
Alignment:
Q  175 tcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttc 219  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  16565749 tcatccaaattttcatgtcacttgcatcattccctcacttggttc 16565793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 175 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 16599913 - 16599869
Alignment:
Q  175 tcatccatactttcatgtcacatgcttcattccctcacttggttc 219  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  16599913 tcatccaaattttcatgtcacttgcatcattccctcacttggttc 16599869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University