View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8922_low_7 (Length: 498)

Name: NF8922_low_7
Description: NF8922
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8922_low_7
NF8922_low_7
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (18-485)||(2974110-2974577)
chr6 (18-485)||(2937563-2938030)
chr6 (18-485)||(2982966-2983436)
chr6 (18-463)||(2964612-2965057)
chr6 (62-485)||(2929456-2929879)
chr6 (49-388)||(2658590-2658935)
chr6 (58-440)||(2927303-2927685)
chr6 (58-485)||(2952076-2952506)
chr6 (18-485)||(2934702-2935169)
chr6 (63-485)||(2996881-2997303)
chr6 (64-485)||(3003292-3003713)
chr6 (76-219)||(2978408-2978550)
chr6 (216-386)||(2979192-2979359)
chr6 (120-211)||(2954546-2954637)
chr6 (191-231)||(2985658-2985698)
chr6 (275-322)||(2985688-2985735)
[»] scaffold0024 (4 HSPs)
scaffold0024 (18-485)||(34750-35217)
scaffold0024 (120-386)||(44538-44804)
scaffold0024 (76-124)||(45120-45168)
scaffold0024 (252-311)||(37984-38043)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (77-430)||(3339187-3339540)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (64-385)||(49613585-49613906)
chr3 (80-322)||(49618589-49618819)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 485
Target Start/End: Original strand, 2974110 - 2974577
Alignment:
Q  18 ctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 117  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974110 ctattgaaagtaggccgagtagagagcagatcgatgaacaaataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 2974209  T
Q  118 cactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaat 217  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974210 cactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaat 2974309  T
Q  218 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||     
T  2974310 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggata 2974409  T
Q  318 tacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatct 417  Q
    ||||| |   |||  | |||||  |||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||   ||||  ||| | |||||||| |    
T  2974410 tacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagtgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatat 2974509  T
Q  418 cagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgtactaatccttggaataagttga 485  Q
    |||||||||||||||| |||||| | | || |||||| ||| |||||  ||||||||| ||| |||||    
T  2974510 cagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataggttga 2974577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 485
Target Start/End: Original strand, 2937563 - 2938030
Alignment:
Q  18 ctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937563 ctattgaaagtcggccgagtagagaagcgatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 2937662  T
Q  118 cactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaat 217  Q
    |||| ||||| | |||| || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||| |||||    
T  2937663 cactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaat 2937762  T
Q  218 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |     
T  2937763 atggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggta 2937862  T
Q  318 tacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatct 417  Q
    ||||| |   ||   ||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||| ||  ||||||  || || ||||| || |    
T  2937863 tacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatat 2937962  T
Q  418 cagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgtactaatccttggaataagttga 485  Q
    ||||||||| |||||| |||||| | | || || ||| |||| || | |||||||||| |||||||||    
T  2937963 cagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaatgctttctgcagtaatccttggcataagttga 2938030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 485
Target Start/End: Original strand, 2982966 - 2983436
Alignment:
Q  18 ctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||  ||| |||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  2982966 ctattgaaagtcggccgagtagagtcaagatcgaaaaacggataatacatatacagactgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaa 2983065  T
Q  118 cactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggac---cgaaattttgtttcgg 214  Q
     ||||||||| |||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||   ||||||||||||||||    
T  2983066 aactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcgg 2983165  T
Q  215 aatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtgg 314  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2983166 aatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtgg 2983265  T
Q  315 atgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaa 414  Q
    ||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||  || || | |||||    
T  2983266 atgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggctatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaa 2983365  T
Q  415 tctcagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgtactaatccttggaataagttga 485  Q
     ||||||| |||||||     ||||||| |||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2983366 actcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaataagttga 2983436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 463
Target Start/End: Original strand, 2964612 - 2965057
Alignment:
Q  18 ctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 117  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2964612 ctattgaaaatcggccgagtagagacaacatcaacaaacagataatacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 2964711  T
Q  118 cactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaat 217  Q
    |||| ||||| |||||| || | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  2964712 cactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaat 2964811  T
Q  218 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatg 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  2964812 atggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtcatatattactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggata 2964911  T
Q  318 tacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatct 417  Q
    ||||| |  |||   ||||||| |||||   ||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||||| |  |||||||||||||| |    
T  2964912 tacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatat 2965011  T
Q  418 cagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgt 463  Q
    ||||  ||| |||||| |||||| | | || |||||| ||||||||    
T  2965012 cagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgctttttgt 2965057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 62 - 485
Target Start/End: Original strand, 2929456 - 2929879
Alignment:
Q  62 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggag 161  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||    
T  2929456 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggag 2929555  T
Q  162 ttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 261  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||    
T  2929556 ttcttgaaattcctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatat 2929655  T
Q  262 tcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagt 361  Q
    || ||||||||||  | || ||||||  |||||||||||||||||||| |  ||| |||||||  |||  |||||||| ||||| ||| ||||||||| |    
T  2929656 tcttgattatgttactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaat 2929755  T
Q  362 caatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatctcagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatacttttt 461  Q
    || |||||||||| | ||||||||||||||  |||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| | | | ||||| ||| ||||||    
T  2929756 cattctgtggctaacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgcttttt 2929855  T
Q  462 gtactaatccttggaataagttga 485  Q
    ||   ||||||||| ||| |||||    
T  2929856 gttagaatccttggcataggttga 2929879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 49 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 2658935 - 2658590
Alignment:
Q  49 cgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgagg 148  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || | ||||||||    
T  2658935 cgacgaacggatgatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgagg 2658836  T
Q  149 ttttcagaa------ggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcatt 242  Q
    |||||| ||      |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  2658835 ttttcaaaatcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcatt 2658736  T
Q  243 acccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactaga 342  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    |   ||||||| ||    
T  2658735 acccttatgagtcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactgga 2658636  T
Q  343 aaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggt 388  Q
    ||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||    
T  2658635 aaattggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttactggt 2658590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 58 - 440
Target Start/End: Original strand, 2927303 - 2927685
Alignment:
Q  58 gataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaa 157  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | ||||||||||||| | |    
T  2927303 gataaaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggga 2927402  T
Q  158 ggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcat 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  ||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  2927403 ggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcat 2927502  T
Q  258 atattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggaga 357  Q
    |||||  |||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||   |||||||||    
T  2927503 atattactgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggaga 2927602  T
Q  358 cagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatctcagttctcatttctctgttcttt 440  Q
    | || | |||||||||| ||||||||||||| |||  |||||  ||| || |||||   |||||||||| |||||| ||||||    
T  2927603 cggtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattcttt 2927685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 58 - 485
Target Start/End: Original strand, 2952076 - 2952506
Alignment:
Q  58 gataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaa 157  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | ||||||||||||| |||    
T  2952076 gataaaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaa 2952175  T
Q  158 ggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcat 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||   ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  2952176 ggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcat 2952275  T
Q  258 atattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggaga 357  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||| |   |||||| |||||||| ||   |||||||||    
T  2952276 atattgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggaga 2952375  T
Q  358 ---cagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatctcagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaat 454  Q
        ||| | |||||||||| |  |||||||||| ||  ||||||  || || |||||||| |||||||||| |||||| || ||  | | ||  | |||    
T  2952376 aagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaat 2952475  T
Q  455 actttttgtactaatccttggaataagttga 485  Q
     | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2952476 gcattttgtagtaatccttggaataagttga 2952506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 485
Target Start/End: Original strand, 2934702 - 2935169
Alignment:
Q  18 ctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||  |||  ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934702 ctattgaaagtcggccgagtagagacatgttcgacgaacagaagataagtctacccggtgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 2934801  T
Q  118 cactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaat 217  Q
     ||||||||| |||||| || | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||| ||||||| |||||| |||    
T  2934802 tactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaat 2934901  T
Q  218 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||   ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  2934902 atggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgttgctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgata 2935001  T
Q  318 tacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatct 417  Q
    ||||| |   ||  ||||||||  | ||   |||||  || ||| | |||||||||| ||||||||||||| ||   |||||  ||| ||| |||||| |    
T  2935002 tacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatat 2935101  T
Q  418 cagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgtactaatccttggaataagttga 485  Q
    |||||||||||||||| |||| | | | ||||| ||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  2935102 cagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataagttga 2935169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 63 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 2997303 - 2996881
Alignment:
Q  63 tacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagt 162  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || | ||||||||||||| | || |||    
T  2997303 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagt 2997204  T
Q  163 tcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatatt 262  Q
    |||||||||||||   |||| |||| | ||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||    
T  2997203 tcttgaaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 2997104  T
Q  263 catgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtc 362  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |  | |  |||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  2997103 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 2997004  T
Q  363 aatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatctcagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttg 462  Q
    | |||||||||| ||||||||||||| ||  || |||  || ||||| | ||| |||||||||| |||||| |||||| | | ||||| ||| |||||||    
T  2997003 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 2996904  T
Q  463 tactaatccttggaataagttga 485  Q
    ||  ||||||||| |||||||||    
T  2996903 taggaatccttggcataagttga 2996881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 64 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 3003713 - 3003292
Alignment:
Q  64 acatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagtt 163  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || | ||||||||||||| | |||||||    
T  3003713 acatccaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagtt 3003614  T
Q  164 cttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattc 263  Q
    ||||||||||||||||||   |||   |||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||     
T  3003613 cttgaaattcctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatta 3003514  T
Q  264 atgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtca 363  Q
      ||||||  |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |  |||| |||||||| |||||   ||||||||||||| |    
T  3003513 ccgattatcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtga 3003414  T
Q  364 atctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatctcagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgt 463  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |  |||||| |||||   |||||||||| |||||| |||||  | | ||||| ||| ||| ||||    
T  3003413 ttctgtggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaatgcttattgt 3003314  T
Q  464 actaatccttggaataagttga 485  Q
    |  ||||| ||| |||||||||    
T  3003313 aagaatccatggcataagttga 3003292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 76 - 219
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  76 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcct 175  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  176 caattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatat 219  Q
    |||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 216 - 386
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979359
Alignment:
Q  216 atatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtgga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||  ||||||   |||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgatta---tgttgtcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  316 tgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatg 386  Q
    | ||||| |   |||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatg 2979359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 211
Target Start/End: Original strand, 2954546 - 2954637
Alignment:
Q  120 ctaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgttt 211  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||  ||| | |||  |||||| |||||||||    
T  2954546 ctaaaagtgagtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccgatattttgttt 2954637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 231
Target Start/End: Original strand, 2985658 - 2985698
Alignment:
Q  191 gatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttgga 231  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2985658 gatgggaccaaaattttgtttcagaatatggttgctttgga 2985698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Original strand, 2985688 - 2985735
Alignment:
Q  275 gttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtactt 322  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  2985688 gttgctttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatactt 2985735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 18 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 35217 - 34750
Alignment:
Q  18 ctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaa 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35217 ctattgaaagtcagccaagtagagacaagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaa 35118  T
Q  118 cactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaat 217  Q
      ||||||||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||   ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  35117 gcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcggaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaat 35018  T
Q  218 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  35017 atggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggata 34918  T
Q  318 tacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatct 417  Q
    ||||| |   ||  ||||||||    || | ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| || ||  ||||||  ||||||||  |||| |    
T  34917 tacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatat 34818  T
Q  418 cagttctcatttctctgttctttccgatgacttgaatactttttgtactaatccttggaataagttga 485  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |  |||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  34817 cagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaatgcattttgtagtaatccttggaataggttga 34750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 120 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 44804 - 44538
Alignment:
Q  120 ctaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatat 219  Q
    ||||||||||||||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | | |||    | |||||||||||| | |||||    
T  44804 ctaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatat 44705  T
Q  220 ggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgta 319  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||| || | |||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  44704 ggttgctatggagtagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatata 44605  T
Q  320 cttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatcttgtttaatg 386  Q
    | | |   |||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||    
T  44604 catgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatg 44538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45120
Alignment:
Q  76 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaa 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccactaaa 45120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 252 - 311
Target Start/End: Original strand, 37984 - 38043
Alignment:
Q  252 agtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatg 311  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  37984 agtcatatattattgattaggttgttgttttatatcaccttataaatactggtaaggatg 38043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 77 - 430
Target Start/End: Original strand, 3339187 - 3339540
Alignment:
Q  77 gcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctc 176  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3339187 gcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 3339286  T
Q  177 aattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgt 276  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||     
T  3339287 aattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgc 3339386  T
Q  277 tgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtcaatctgtggctatc 376  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||      
T  3339387 ttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaa 3339486  T
Q  377 ttgtttaatggttttgccaaaaaatttatacattctaatctcagttctcatttc 430  Q
    |||||||||||| ||  ||||||  |||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  3339487 ttgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttc 3339540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 64 - 385
Target Start/End: Original strand, 49613585 - 49613906
Alignment:
Q  64 acatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagtt 163  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||| | | |||    
T  49613585 acatctacagagtgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggtt 49613684  T
Q  164 cttgaaattcctcaattaactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattc 263  Q
    ||||||||||||||||| |  ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | |||| || |||     
T  49613685 cttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtcctacatta 49613784  T
Q  264 atgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtacttataaagagggaaatactagaaaactggcttggagacagtca 363  Q
      |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |  ||| | ||||||| |  || |||||||| || ||| |    
T  49613785 cggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtga 49613884  T
Q  364 atctgtggctatcttgtttaat 385  Q
     |||||||||| ||||||||||    
T  49613885 ttctgtggctaacttgtttaat 49613906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 80 - 322
Target Start/End: Original strand, 49618589 - 49618819
Alignment:
Q  80 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgttcacataacttgaggttttcagaaggagttcttgaaattcctcaat 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| || | ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  49618589 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaat 49618688  T
Q  180 taactgttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgt 279  Q
    |||  ||| | ||  |||||| || ||| ||| ||||||||||||||           |||||||||| || | || |||||| |||||||| ||  |||    
T  49618689 taagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgct-----------tcattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgt 49618776  T
Q  280 tttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatgtactt 322  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||| |||||    
T  49618777 tttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatactt 49618819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University