View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8924_low_1 (Length: 941)

Name: NF8924_low_1
Description: NF8924
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8924_low_1
NF8924_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-941)||(16707100-16708046)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (485-545)||(39932881-39932941)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 941
Target Start/End: Original strand, 16707100 - 16708046
Alignment:
Q  14 cacagacataactttagagctctctccgtatgagaaaagtcattcatgactctttttgcctaacacgtagatctattcaaacatgaagagagcataacat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707100 cacagacataactttagagctctctccgtatgagaaaagtcattcatgactctttttgcctaacacgtagatctattcaaacatgaagagagcataacat 16707199  T
Q  114 cacatacagtgctagactacaaaaacagga-cgaacataaagaaattacattgaaaaatgaaaaccaattagacaaaaatatataag------------- 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||                 
T  16707200 cacatacagtgctagactacaaaaaaaagaacgaacataaagaaatgacattgaaaaatgaaaaccaattagacaaaaatatacaagacttaagaatcaa 16707299  T
Q  200 ------tctcagactcgacaatatatggtgggttgtttaatatcattaacacaacaaagtatatcaagaaaagaccaagcaatcattgcattagacttat 293  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707300 gaaaagtctcagactcgacaatatatggtgggttgtttaatatcgttaacacaacaaagtatatcaagaaaagaccaagcaatcattgcattagacttat 16707399  T
Q  294 aaacacaaactacagaagcataagtatcaccatcttcccgttgacactttggaatgcatatattaatgcagtaagcttcatactttcacacatatcaaaa 393  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707400 aaacacaaactacagaagcataagaatcaccatcttcccgttgacacttcggaatgcaaatattaatgcagtaagcttcatactttcacacatatcaaaa 16707499  T
Q  394 gcgccttttagttgtttctcctatcatatgtaagcttgattcaaaaagcaaatttgtggacatccacaactcaaccactaataattagtacttttaattc 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16707500 gcgccttttagttgtttctcctatcatatgtaagcttgattcaaaaagcaaatttgtggacatccacaactcaaccactaataattagtgcttttaattc 16707599  T
Q  494 atcacatttagcagcttaagtacaagaaaaacaaattgcatcttctacaaactatacggatcataactcacctatgcatgcacttatcaaaaaactagtc 593  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707600 atcacatttagcagcctaagtacaagaaaaacaaattgcatcttctacaaactatacggatcataactcacctatgcatgcacttatcaaaaaactagtc 16707699  T
Q  594 gcaaccagttgatatgatcctagacaacataaacttatttttcatctcatttagtagcccaactacaaagnnnnnnngaaaacagattgccacttctaaa 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||    
T  16707700 gcaaccagttgatatgatcctagacaacataaacttatttttcatctcatttagtagcccaactaccaag-aaaaaagaaaacagattgccacttctaaa 16707798  T
Q  694 aactacaccctacataactcacccaaactcatggataagccagccacatctagtctaattgatatactatgatcctacataacataaacttaattcatgg 793  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707799 aactacaccctacgtaactcacccaaactcatggataagccagccacatctaatctaaatgatatactatgatcctacataacataaacttaattcatgg 16707898  T
Q  794 gcacatcatgcagattctcaaaccaagcatatgcattatcaaacttcctataacaaacatctcaattctcaactcaaatttttcataaattcaaggaagt 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707899 gcacatcatgcagattctcaaaccaagcatatgcatcatcaaacttcctataacaaacatctcaattctcaactcaaatttttcataaattcaaggaagt 16707998  T
Q  894 acacaaaacattaacagcaagtcaaagattatactactaactgattca 941  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16707999 acacaaaacattaacagcaagtcaaagattatactactaactgattca 16708046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 485 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 39932941 - 39932881
Alignment:
Q  485 ttttaattcatcacatttagcagcttaagtacaagaaaaacaaattgcatcttctacaaac 545  Q
    |||||||  ||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39932941 ttttaataaatctcatttagtagctcgagtacaagaaaaacaaatttcatcttctacaaac 39932881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University