View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8930_low_1 (Length: 866)

Name: NF8930_low_1
Description: NF8930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8930_low_1
NF8930_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (30-850)||(20222507-20223323)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 850
Target Start/End: Original strand, 20222507 - 20223323
Alignment:
Q  30 tccactggaataaaatcttctcttataaaattctttttcgtaattattttacacatttctcgaatagtactctcctattgaatgagcaaattcaagctat 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  20222507 tccactggaataaaatcttctcttataaaattcttta--gtaattgttttacacattactccaatagtactctctatttgaatgagcaaattcaagctat 20222604  T
Q  130 ggtatcacaaataaatttaaacctacgagtttaaaagcagctttatacataaaatgtctacactattgtattacattgattacaaactcatcaaaatgag 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20222605 ggtatcacaaataaatttaaacctacgagtttaaaagcagctttatacacaaaatgtctac--tattgtattacattgattacaaactcatcaaaatgag 20222702  T
Q  230 ttcttaagttagaagaaaatgttgcaagtatctaagaccattgtcaataccaacatatctccaatcaacaacactcataatcccgacactcaccttccca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20222703 ttcttaagttagaagaaaatgttgcaagtatctaagaccatcgtcaataccaacatacctccaatcaacaacactcataatcccaacactcaccttccca 20222802  T
Q  330 accctcacttccccaccaccatcatcactttctctacaaccgcacatccccaccttcatatccgccacgaccgaactcgccaccatcttcgaacaacaac 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20222803 accctcacttccccaccaccatcatcactttctctacaaccgcacatccccaccttcatatccgccacgaccgaactcgccaccatcttcgaacaacaac 20222902  T
Q  430 ctggcgccggtagctcctgcgaaaaccactcctctcttccggccacaaaccccaccttcccctcacaatccatcaaagtgaaaacccctctccacccttt 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20222903 ctggcgccggtagctcctgcgaaaaccactcctctcttccggcaacaaaccccaccttcccctcataatccatcaaagtgaaaactcctctccacccttt 20223002  T
Q  530 caccaccacattccacgtcaccttcaccacctcctcaaaaccgttgttcttcaccgcaaccccgctttcaaagctaacgacaaaacggaacacgccggga 629  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20223003 caccactacattccacgtcaccttcaccacctcctcaaaaccgttgttcttcaccacaaccccgctttcaaagctaacgacaaaacggaacacgccggga 20223102  T
Q  630 gggtccaccaccagtgcttctactggtctcgatacagttgcgacaacacgagagtcctgcttggaagtaatggaaaccgtgaagataaggtcgtcaaggg 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20223103 gggtccaccaccagtgcttctactggtctggatacagttgagacaacacgagagtcccgcttggaagtaatggaaaccgtgaagatgaggtcgtcaaggg 20223202  T
Q  730 agagggttggctttggaggggtctgacggcggcgcgtggcggaagagtggcctaatgcaaagagacggcaatatgagacggtggtcggaagagtggagag 829  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20223203 agagggttggctttggaggggtctgacggcggcgcgtggtggaagactggcctaatgcaaagagacggcaatatgagacggtggtgggaagagtggagag 20223302  T
Q  830 agagggaaaatgggttgttac 850  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  20223303 agagggaaaatgggttgttac 20223323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University