View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8930_low_16 (Length: 360)

Name: NF8930_low_16
Description: NF8930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8930_low_16
NF8930_low_16
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-346)||(46490173-46490518)
chr7 (1-346)||(46478971-46479316)
chr7 (1-346)||(46520401-46520746)
chr7 (1-346)||(46524467-46524812)
chr7 (1-346)||(46532020-46532365)
chr7 (1-343)||(46326455-46326797)
chr7 (12-349)||(46494482-46494819)
chr7 (12-349)||(46516771-46517108)
chr7 (1-349)||(46322744-46323092)
chr7 (1-142)||(46464846-46464985)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-244)||(7475308-7475551)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (228-268)||(49833648-49833688)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 46490173 - 46490518
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
46490173 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaacgccaagtgagtcgat 46490272  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46490273 gagagcaacgatgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 46490372  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46490373 cggtaaccgagggagccaagagcagaaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 46490472  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
46490473 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 46490518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 46478971 - 46479316
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||    
46478971 ctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcgat 46479070  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
    |||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||     
46479071 gagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagca 46479170  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||| ||||    
46479171 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcctt 46479270  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 346  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
46479271 tctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 46479316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 46520401 - 46520746
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||    
46520401 ctttgattctttcagggcgaaacatgcaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcgat 46520500  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
    |||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||     
46520501 gagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagca 46520600  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||| ||||    
46520601 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcctt 46520700  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 346  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
46520701 tctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 46520746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 46524467 - 46524812
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| || ||  | || ||    
46524467 ctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaacacccagaaaatctat 46524566  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
     || ||||| |  ||||| || |  || ||   ||||||||||||||  || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||     
46524567 aagtgcaacaagatcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagatcgggagcaacagca 46524666  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    ||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
46524667 cggtagccgagggagctgagagctacaatctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtccttctttacctt 46524766  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 346  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
46524767 tctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttctgtg 46524812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 46532020 - 46532365
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  | || ||    
46532020 ctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacaccaagcaaatctat 46532119  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
     || ||||| | |||||| || |  || ||    |||||||| || || || |  ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
46532120 aagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcggtgtcaccatagccacgcagatctggagcaacggcg 46532219  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
46532220 cggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtccttcttttcctt 46532319  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 346  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
46532320 tttcagcaatatgcattttgattccattcacctccactgttctgtg 46532365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 46326797 - 46326455
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||| || ||| | || || |||||  |||||||    
46326797 ctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatggcacccatatcatgaccaacaaggaaaacttgttccacaccaagcaagtcgat 46326698  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
    ||||| ||| | ||||||||| |  || ||   ||||||||| |||||||| | |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||     
46326697 gagagaaacaatgtcaccaactacgtgaaaacatgtgtagctgctaatggaagacggaacatctgtgtcaccatagccacggagatcgggagcaacagca 46326598  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
46326597 cggtaaccgagggatccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttctttacctt 46326498  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 343  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
46326497 tctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttct 46326455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 349
Target Start/End: Original strand, 46494482 - 46494819
Alignment:
12 tcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacga 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |    
46494482 tcagggcgaaacaagcaaagataccaaccaacgatggcaccccaatcatgagccacaaggaagacttgatcaaccccaagcgagtcgatgagcgcaacaa 46494581  T
112 cgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgag 211  Q
     |||||||||||| ||||||||||| || ||  | |  ||    ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
46494582 tgtcaccaaccaagtggaagattgtataactgtttaccgaactggggacatcagtatcgccataaccacgaagatcgggagccacagcccggtaaccgag 46494681  T
212 ggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaata 311  Q
     ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
46494682 agagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcagggaatccgtgaaggaacaggacaacaggtccttcttttcctttttcagcaata 46494781  T
312 tgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgctc 349  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
46494782 tgcattttgattccattcacttccactgttctgtgctc 46494819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 349
Target Start/End: Original strand, 46516771 - 46517108
Alignment:
12 tcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacga 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| || || |||||||| || ||||||||||    
46516771 tcaggacgaaacaaacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaaggaaaacttggtccacacccagtgagtcaattagagcaacga 46516870  T
112 cgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgag 211  Q
      |||||||||||||| || ||||||||||||||||  || |  |||||||| ||||| || || |||| |||||||||||| || | |||||| || ||    
46516871 tatcaccaaccaaatgtaaaattgtgtagctactaactgaagtgggagcatcagtgtcaccgtagccacagagatctggagccacggtgcggtagccaag 46516970  T
212 ggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaata 311  Q
    |||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||  || |  ||||||||||| |||||||| || | |    
46516971 ggagctgagagcaacaatctggtggcgccatgagtaccagatttcaggaaaaccatgaaggaacaatactattggtccttcttttcctttctctgcgaca 46517070  T
312 tgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgctc 349  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
46517071 tgcattttgattccattcacttccactgttctgtgctc 46517108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 46323092 - 46322744
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  | || ||    
46323092 ctttgattctttcagggcgaaacatgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacacttgatcaacgccaagcaaatctat 46322993  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
     || ||||| |  ||||| || |  || ||   ||||||||| || || || |  ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||    
46322992 aagtgcaaccagatcacctacaatgtgaaaacctgtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgtagatccggagctacggcg 46322893  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctt 300  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
46322892 cggtagccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttctttacctt 46322793  T
301 tctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgctc 349  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
46322792 tctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttctgtgctc 46322744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Original strand, 46464846 - 46464985
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||| ||| ||| | ||||| ||||||||||| ||    
46464846 ctttgactctttcaggacgaaacaaaca--gataccaaccagttaaggcaccccaatcatgagcaacaaaaaagacttgatcaaccccaagtgagtctat 46464943  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagct 142  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
46464944 gagagcaacgatgtcaccaactaagtggaagattgtgtagct 46464985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 7475551 - 7475308
Alignment:
1 ctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||  | || ||    
7475551 ctttgattctttcagggcgaaacgtgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagccacaagaaacacttgatcaacaccaagaaaatctat 7475452  T
101 gagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcg 200  Q
     || ||||| | ||||||||||| ||| ||   ||||||||| || || || |  |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||  |     
7475451 aagtgcaacaaggtcaccaaccatatgaaaccctgtgtagctgcttattgaagatggagaatcggtgtcaccatagccacggagatcagtagccacgaca 7475352  T
201 cggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatga 244  Q
     |||| ||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||    
7475351 tggtagccgagggagctgagagctataatctggtggcgccatga 7475308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 268
Target Start/End: Original strand, 49833648 - 49833688
Alignment:
228 atctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatg 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
49833648 atctggtggcgccatgaataccatagatcagggaagccatg 49833688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University