View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8931_low_1 (Length: 1048)

Name: NF8931_low_1
Description: NF8931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8931_low_1
NF8931_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (16-1048)||(2262244-2263277)
chr7 (591-655)||(2287785-2287849)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 947; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 947; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1048
Target Start/End: Complemental strand, 2263277 - 2262244
Alignment:
Q  16 agtatacttgtgttgatgggaaggggaacattcctaaaccaaggacttcacatctttgcccatacgaggccatgaaaaagaagctgccaagcgagcaagc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2263277 agtatacttgtgttgatgggaaggggaacattcctaaaccaaggacttcacatctttggccatacgaggccatgaaaaagaagctgccaagcaagcaagc 2263178  T
Q  116 attcatttgacactcgaatgaccacccatcggtgtgtggcattaaactcattgagaaggttctggcgtaaattgttctcaagaggaatgaatgtgactct 215  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2263177 gttcatttgacactcgaatgaccacccatcagtgtgtggcattaaactcattgagaaggttctggcgtaaattgttctcaagaggagtgaatgtgactct 2263078  T
Q  216 tataataaagaaaaccatgaagttgagagaaaggacatcgttctatagaagattgtcgaaacttttacaccagagcttgtcatgtgtaggaccgaaagtc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  2263077 tataataaagaaaaccatgaagttgagagaaaggacatcgttctatagaagattgtcgaaacttttacaccagagcttgtcatgt--aggaccgaaagtc 2262980  T
Q  316 taaaagttgtgaagttggtccaaaataaaggactaacatgtggtattggaactataatagcttcaagagaggttcatcagtttgagaaaggccatctgca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262979 taaaagttgtgaagttggtccaaaataaaggactaacatgtagtattggaactataatagcttctagagaggttcatcagtttgagaaaggccatctgca 2262880  T
Q  416 acaatgctggtacgtccgagtgtgcaaaatatttcatagtcaaaacccaatagttctgttaaccatttgtattgcattggtgcttgaagagtttgtaaga 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262879 acaatgctggtacgtccgagtgtgcaaaatatttcatagtcaaaacccaatagttctgttaaccatttgtattgcattggtgcttgaagagtttgtaaga 2262780  T
Q  516 gtaacccgtgaagtctttatagatcggtgtaacttttcaaatgtaaacaaaggaggtaacgacacca---nnnnnnnnatagtcgaattgatgacataca 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||           ||||||||||||||||||||||    
T  2262779 gtaacccgtgaagtctttatagatcggtgtaacttttcaaatgtaaacaaaggaggtaacgacgccatttttttttttatagtcgaattgatgacataca 2262680  T
Q  613 tttcacgttcataggccgaggagaggctcatagtcgaattaatcaaacacatactaacataatacattaattatcatccaaatccaaacaaacacgtaca 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262679 tttcacgttcataggccgaggagaggctcatagtcgaattaatcaaacacatactaacataatacattaattatcatccaaatccaaacaaacacgtaca 2262580  T
Q  713 agacacaatattacatatttcccgaaatgatcgagtctagagaattcaagtaaatatatatatttttcgcaacaccataaaatatgtgtaattttatggt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262579 agacacaatattacatatttcccgaaatgatcgagtctagagaattcaagtaaatatatatatttttcgcaacaccataaaatatgtgtaattttatggt 2262480  T
Q  813 catacatatactatcaccaaccatagtaatagtatggtttacttagatacaaaaggcataaagagaagtaccaccagtaaggcctccaataaccgttgcc 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262479 catacatatactatcaccaaccatagtaatagtatggtttacttagacacaaaaggcataaagagaagtaccaccagtaaggcctccaataaccgttgcc 2262380  T
Q  913 aaacccacagtataaccatttccaagatatatgcaaccattgttaattgaaattccaccatacacagttgctccagtctcataagaccacaaaatttcac 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262379 aaacccacagtataaccatttccaagatatatgcaaccattgttaattgaaattccaccatacacagttgctccagtctcataagaccacaaaatttcac 2262280  T
Q  1013 cactcttaccatttattgcatagataggtcctttcc 1048  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262279 cagtcttaccatttattgcatagataggtcctttcc 2262244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 2287849 - 2287785
Alignment:
Q  591 atagtcgaattgatgacatacattt-cacgttcataggccgaggagaggctcatagtcgaattaat 655  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2287849 atagtagaattgataacatacattttctcgttcatag-ccgaggtgaggctcatagtcgaattaat 2287785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University