View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8931_low_3 (Length: 795)
Name: NF8931_low_3
Description: NF8931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8931_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 755
Target Start/End: Original strand, 36565951 - 36566699
Alignment:
| Q |
4 |
gagtttggagttaaaatatagagcgataaagaggttaatgattcgatctcaactttaaacataaaaaatataaatagtaatttttcgtttcgnnnnnnnn |
103 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36565951 |
gagtatggagttaaaatatagagcgataaagaggttaatgattcgatctcgacttcaaacgtaaaaaatataaatagtaatttttcgtttcaaaaaacca |
36566050 |
T |
|
| Q |
104 |
nnnncaatataagctgatattgatatgtgatatattatttatttatttctaaagtggtgacttattttattttcataataaaccaattaattaattaatt |
203 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36566051 |
aaaacaatataagctgatattgatatgtgatatattatttatttatttctaaagtggtgacttattttattttcataataaaccaattaattaattaa-- |
36566148 |
T |
|
| Q |
204 |
aacattggatgtcaacttttc-acagaatgtgataccactatggaaggaaatagagttcttcaaagaataccaagaaaaattgagagcccatgttggtaa |
302 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
36566149 |
--cattggatgtcaacttttctacagaatgtgataccgctatggaaggaaatagagttcttcaaagaataccaagaaaaattgagagtccatgttggtaa |
36566246 |
T |
|
| Q |
303 |
aaagaaagcaaatgaaatcataagtgaggcattatacctaataagcttaggaacaaatgatttccttgaaaattactatattttcccaacaagacaactt |
402 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36566247 |
aaagaaagcaaatgaaatcataagtgaggcattatacctaataagcttaggaacaaatgatttccttgaaaattactatattttcccaacaagacaactt |
36566346 |
T |
|
| Q |
403 |
catttcaccgtatcacaatatcaagattttctagtggatattgctgcggattttgttagaaaattacactcacttggtgctaggaaattatctataactg |
502 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36566347 |
catttcaccgtatcacaatatcaagattttctagtggatattgctgaggatttcgttagaaaattacactcacttggtgctaggaaattatctataactg |
36566446 |
T |
|
| Q |
503 |
gtcttgttcctattggttgtctcccattagaaagggctacaaatatttttggtgaccatgcttgcaatgaaaaatacaatagagtggctttgcaatttaa |
602 |
Q |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
36566447 |
gtcttgttcctattgggtgtctcccattagaaagggctacaaatatttttggtgaccatgcttgcaatgaaaaatacaatagagtggctttgcaatttaa |
36566546 |
T |
|
| Q |
603 |
tgccaagttggagaatatgatatcaaagctaaataaggagttaccacaattgaaggctttgtcggcaaatgcatatgagattgtcaatgatatcattaca |
702 |
Q |
| |
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|
|
| T |
36566547 |
tgccaagttggagaatatgatatcaaagctaaataaggagttaccacaattgaaggctttgtcggcaaatgcatatgagattgtcaatgatatcattaca |
36566646 |
T |
|
| Q |
703 |
agaccttccttctatggtatgttttctttatttgttctcacaacatatatatc |
755 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36566647 |
agaccttccttctatggtatgttttctttatttgttctcacaacatatatatc |
36566699 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 354 - 780
Target Start/End: Original strand, 36629794 - 36630218
Alignment:
| Q |
354 |
aacaaatgatttccttgaaaattactatattttcccaacaagacaacttcatttcaccgtatcacaatatcaagattttctagtggatattgctgcggat |
453 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
36629794 |
aacaaatgatttccttgaaaattactatattttcccaacaagacaacttcatttcaccgtatcacaatatcaagattttctagtggatattgctgaggat |
36629893 |
T |
|
| Q |
454 |
tttgttagaaaattacactcacttggtgctaggaaattatctataactggtcttgttcctattggttgtctcccattagaaagggctacaaatatttttg |
553 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36629894 |
ttcgttagaaaattacactcacttggtgctaggaaattatctataactggtcttgttcctattgggtgtctcccattagaaagggctacaaatatttttg |
36629993 |
T |
|
| Q |
554 |
gtgaccatgcttgcaatgaaaaatacaatagagtggctttgcaatttaatgccaagttggagaatatgatatcaaagctaaataaggagttaccacaatt |
653 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36629994 |
gtgaccatgcttgcaatgaaaaatacaatagagtggctttgcaatttaatgccaagttggagaatatgatatcaaagctaaataaggagttaccacaatt |
36630093 |
T |
|
| Q |
654 |
gaaggctttgtcggcaaatgcatatgagattgtcaatgatatcattacaagaccttccttctatggtatgttttctttatttgttctcacaacatatata |
753 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36630094 |
gaaggctttgtcggcaaatgcatatgagattgtcaatgatatcattacaagaccttccttctatggtatgttttctttatttgttctcacaacatatata |
36630193 |
T |
|
| Q |
754 |
tctatatcttatgtgatacatcttatt |
780 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
36630194 |
tc--tatcttatgtgatacatcttatt |
36630218 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 223 - 737
Target Start/End: Original strand, 36577061 - 36577578
Alignment:
| Q |
223 |
tcacagaatgtgataccactatggaaggaaatagagttcttcaaagaataccaagaaaaattgagagcccatgttggtaaaaagaaagcaaatgaaatca |
322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | ||| || ||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
36577061 |
tcacagaatgtgataccactatggaaggaagtagaattctacaaagaatatcaagacaaattgaaagcccatataggtgaagagaaatcaattgaaatca |
36577160 |
T |
|
| Q |
323 |
taagtgaggcattatacctaataagcttaggaacaaatgatttccttgaaaattactatattttcccaacaagacaacttcatttcaccgtatcacaata |
422 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||| | | | | || ||| |||||||||| |
|
|
| T |
36577161 |
taagtgaagcattatacataataagtttaggaaccaatgatttccttggaaactactatggtttcacaacactaagattccgttacacaatatcacaata |
36577260 |
T |
|
| Q |
423 |
tcaagattttctagtggatattgctgcggattttgttagaaaattacactcacttggtgctaggaaattatctataactggtcttgttcctattggttgt |
522 |
Q |
| |
|
|||||||| | || | | |||||||| | |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| || ||| |
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|
| T |
36577261 |
tcaagattatttaattggtattgctgagaatttcattaggcaattatactcacttggtgctaggaaattagccataactggtcttattcctatggggtgt |
36577360 |
T |
|
| Q |
523 |
ctcccattagaaagggctacaaatatttttggtgac---catgcttgcaatgaaaaatacaatagagtggctttgcaatttaatgccaagttggagaata |
619 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |
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|
| T |
36577361 |
cttccattagaaagggctataaatatttttggtggctttcatcgttgctatgaaaaatacaatatagtggctttggaatttaatgtcaaattggagaata |
36577460 |
T |
|
| Q |
620 |
tgatatcaaagctaaataaggagttaccacaattgaaggctttgtcggcaaatgcatatgagattgtcaatgatatcattacaagaccttccttctatgg |
719 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36577461 |
tgatatcaaagttaaataaggagcttccacaattgaaggccttgtcagcaaatgtatatgaccttttcaatgatatcattacaagaccttccttctatgg |
36577560 |
T |
|
| Q |
720 |
tatgttttctttatttgt |
737 |
Q |
| |
|
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|
| T |
36577561 |
tatgctttctttatttgt |
36577578 |
T |
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