View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8932_low_3 (Length: 899)

Name: NF8932_low_3
Description: NF8932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8932_low_3
NF8932_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-881)||(45560629-45561505)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 45561505 - 45560629
Alignment:
Q  13 agtttggagttaataagccgattttaattatatgttaccaagaataaagatcgatccaatttggcccttcataatttctttatactacaatttagaattt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45561505 agtttggagttaataagccgattttaattatatgttaccaagaataaagatcgatccaatttgacccttcataatttctttatactacaatttagaattt 45561406  T
Q  113 aacaaaaaataatatccgaataagtcttgaacattttcatcaagagtttaattcacatttaagctgtgattttcctcaaggctttatcataataaaatgt 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45561405 aacaaaatataatatccgaataagtcttgaacattttcatcaagagtttaattcacatttaagctgtgattttcctcaaggctttatcataataaaatgt 45561306  T
Q  213 gattttccttagaactattaagctggtgaactaatcttgatattcctctggataatgtggctgtgttcaaagttttatggtactttaactttgtgctttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45561305 gattttccttagaactattaagctggtgaactaatcttgatattcctctggataatgtggctgtgttcaaagttttatggtactttaactttgtgctttt 45561206  T
Q  313 gaaagttactaggctatggtagacctcagaccatgtaaaggtagcatatcagcattgagcactaacattgccttttaaggaacactaccattagaaaatc 412  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45561205 gaaaattactaggttatggtagacctcagaccatgtaaaggtagcatatcagcattgagcactaacattgccttttaaggaacacttccattagaaaatc 45561106  T
Q  413 aattcgtttttatgtctttgactaataactgtactagagagcatccaatgttttattcatttgaaggatgaaaagtaggcaaaactagctgagatactta 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45561105 aattcgtttttatgtctttgactaataactgtactagagagcatccaatgttttattcatttgaaggatgaaaagtaggcaaaactagttgagatactta 45561006  T
Q  513 agcacctgaattgcaacattaagttttctgttagagcaaacattttacacacgcaacataaagactaagatttattccatacaagaagtgttttggatta 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45561005 agcacctgaattgcaacattaagttttctgtttgagcaaacactttacacacgcaacataaagactaagatttattacatacaagaagtgttttggatta 45560906  T
Q  613 gaccaatgctcaatccatcaagagaccgagtcttt--------ctaggtcataggcggacaatcatatagacttgccctagaaacaccttagaggaccga 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45560905 gaccaatgctcaatccatcaagagaccgagtctttctaagtcactaggtcataggcggacaatcatatagacttgccctagaaacaccctagaggaccga 45560806  T
Q  705 gtcaattcgcctgatcgagttaaacccgtctgattgaggagaaaaatcatgatcagtctacagttgtccactaagacaactgtcgaagctacaatttctg 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  45560805 gtcaattcgcctgatcgagttaaacccgtctgactgaggacaaaaagcatgatcagtctacagttgtccacaaagacaacagtcgaagctacaatttccg 45560706  T
Q  805 gtcttaacacacttatcatcctacgatgaagtcctacttattgttgaggcccaaacacaattacacaactcttagat 881  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45560705 gtcttaacacacttatcatcctacgatgaagtcctacttattgttgaggcccaaacacaattacacaactcttagat 45560629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University