View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8937_low_3 (Length: 916)

Name: NF8937_low_3
Description: NF8937
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8937_low_3
NF8937_low_3
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (10-898)||(27214819-27215707)
chr1 (84-898)||(27220781-27221595)
chr1 (284-898)||(27443468-27444082)
chr1 (293-898)||(27432528-27433133)
chr1 (293-897)||(27207449-27208053)
chr1 (306-864)||(27388776-27389334)
chr1 (293-882)||(27409714-27410303)
chr1 (84-282)||(27443248-27443443)
chr1 (297-489)||(27455087-27455277)
chr1 (709-796)||(20952530-20952617)
chr1 (122-282)||(27208086-27208246)
chr1 (84-282)||(27433166-27433367)
chr1 (295-677)||(27415756-27416142)
chr1 (499-631)||(27454712-27454844)
chr1 (191-282)||(27455314-27455409)
chr1 (11-64)||(27443189-27443241)
chr1 (601-669)||(20952648-20952716)
chr1 (143-185)||(27390262-27390304)
chr1 (143-185)||(27410497-27410539)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (455-657)||(41457693-41457895)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 805; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 805; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 27215707 - 27214819
Alignment:
Q  10 agaagcagagagcaacttcatcaaatcaccttcacacaacaaactacaatcgaaaaactctcactaattaatatatattcacaagcctgcaaaacaagat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215707 agaagcagagagcaacttcatcaaatcaccttcacacaacaaactacaatcgaaaaactctcactaattaatatatattcacaagcctgcaaaacaagat 27215608  T
Q  110 taatcaaaagccatatccaaaatgacaagcacccgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacggtacgtacatatatcaatacataacta 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215607 taatcaaaagccatatccaaaatgacaagcacccgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacggtacgtacatatatcaatacataacta 27215508  T
Q  210 cattaattttccatataattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttaataaattcattcgtatttgtatatgcagtggttggagg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27215507 cattaattttccatataattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttactaaattcatttgtatttgtatatgcagtggttggagg 27215408  T
Q  310 agctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctcagctatcaacgacaggtttcgagttg 409  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215407 agctaaggtgacgttcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaaccggagaccaaaaacctcagctatcaacgacaggtttcgagttg 27215308  T
Q  410 ggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaatggaaagtttagctgtg 509  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27215307 ggatctggagttactatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaatggaaagttcagctgtg 27215208  T
Q  510 ccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggaca 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215207 ccaccgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggaca 27215108  T
Q  610 agatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaacgtccagttgtcctggg 709  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  27215107 agatttctatgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaacctccagttgtccaggg 27215008  T
Q  710 aacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggctttaaacgaggataaat 809  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  27215007 aacatcaatgttgtgtgtccttcagagctccaagtgataggtactgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggctttaaatgaagataaat 27214908  T
Q  810 attgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaaccagtgcccgggtgcttat 898  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27214907 attgttgtcgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactattctatggttttcaagaaccagtgcccgggtgcttat 27214819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 84 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 27221595 - 27220781
Alignment:
Q  84 atattcacaagcctgcaaaacaagattaatcaaaagccatatccaaaatgacaagcacccgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacgg 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27221595 atattcacaagcctgcaaaacaagattcatcaaaagccatatccaaaatgacaagcacccgcgttgctctatgccttagttttgcattcctcttctatgg 27221496  T
Q  184 tacgtacatatatcaatacataactacattaattttccatataattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttaataaattcattc 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  27221495 tacgtacatatatcaatacataactacattaattttccatataattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttattaaattcattt 27221396  T
Q  284 gtatttgtatatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctc 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27221395 gtatttgtatatgcagtggttggaggagctaaggtgactttcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaaccggagaccaaaaacctc 27221296  T
Q  384 agctatcaacgacaggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgctt 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27221295 agctatcaacgacaggtttcgagttgggatctggagttactatttcagtggaccttccatcaccatggtcgggtagattttggggccgaaccggatgctt 27221196  T
Q  484 caacaacaatggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaa 583  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27221195 caacaacaatggaaagttcagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggttgcaacggtgctggggcaatcccaccagcaacattggtagaa 27221096  T
Q  584 ataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtg 683  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27221095 ataacggtagcaacagacgggggacaagacttctacgatgtgagcaatgtggacggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtg 27220996  T
Q  684 actgcaaaacgtccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgc 783  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||    
T  27220995 actgcaaaacctccagttgtccagggaacattaatgttgtgtgcccttcagagctccaagttattggtactgatgggagtgtgattgcctgtaagagtgc 27220896  T
Q  784 ttgtttggctttaaacgaggataaatattgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaaccag 883  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||     
T  27220895 ttgtttggctttaaatgaagataaatattgttgtcgtggagatttcaatactgaagaaaaatgtccacccacaaactactctatgattttcaagaaccaa 27220796  T
Q  884 tgcccgggtgcttat 898  Q
    ||||| |||||||||    
T  27220795 tgccccggtgcttat 27220781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 284 - 898
Target Start/End: Original strand, 27443468 - 27444082
Alignment:
Q  284 gtatttgtatatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctc 383  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27443468 gtatttctttatgcagttgttggaggagctaaggtgacgttcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaaccggagaccaaaaacctc 27443567  T
Q  384 agctatcaacgacaggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgctt 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443568 agctatcaacgacaggtttcgagttgggatctggagttactatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgctt 27443667  T
Q  484 caacaacaatggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaa 583  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443668 caacaacaatggaaagttcagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaa 27443767  T
Q  584 ataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtg 683  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443768 ataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctaagatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtg 27443867  T
Q  684 actgcaaaacgtccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgc 783  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443868 actgcaaaacctccagttgtccagggaacatcaatgttgtgtgtccttcagagctccaagtgataggtactgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgc 27443967  T
Q  784 ttgtttggctttaaacgaggataaatattgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaaccag 883  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27443968 ttgtttggctttaaatgaagataaatattgttgtcgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactattctatggttttcaagaaccag 27444067  T
Q  884 tgcccgggtgcttat 898  Q
    |||||||||||||||    
T  27444068 tgcccgggtgcttat 27444082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 293 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 27433133 - 27432528
Alignment:
Q  293 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctcagctatcaa 392  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27433133 tatgcagcggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccgggaacgttaactggagaccaaaagcctcagctatcaa 27433034  T
Q  393 cgacaggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaa 492  Q
    | || ||||| ||||| ||| ||||||  || |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  27433033 caacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgaggtggaccttccatcaccatggtcgggtcgattttggggacgaaccggatgctccaacaacaa 27432934  T
Q  493 tggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 592  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27432933 tggaaagttcagttgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggttgtaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 27432834  T
Q  593 gcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27432833 gcaacaaacgggggacaagatttctatgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 27432734  T
Q  693 cgtccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 792  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27432733 cctccagttgtccagggaacattaatgttgtgtgcccttcagagctccaagtgataggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 27432634  T
Q  793 tttaaacgaggataaatattgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaaccagtgcccgggt 892  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27432633 tttaaacgaagataaatattgttgtcgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaaccaatgcccgggt 27432534  T
Q  893 gcttat 898  Q
    ||||||    
T  27432533 gcttat 27432528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 293 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 27208053 - 27207449
Alignment:
Q  293 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctcagctatcaa 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27208053 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgcatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaacctcagctatcga 27207954  T
Q  393 cgacaggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaa 492  Q
    | || ||||| ||||| ||| ||||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  27207953 caacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggatgctccgacaacaa 27207854  T
Q  493 tggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 592  Q
     |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||    
T  27207853 cggaaggttcagctgcgccaccgccgattgtgcctccggtcaagtcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacactggtagaaataacaata 27207754  T
Q  593 gcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 692  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27207753 gcatccaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgttgatgggttcaatgtgcccatgtccgtaatgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 27207654  T
Q  693 cgtccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 792  Q
    |  | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27207653 ccgctagttgtcctaggaacattaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtgtttgcttgtaagagcgcttgtttggc 27207554  T
Q  793 tttaaacgaggataaatattgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaaccagtgcccgggt 892  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||| |||    
T  27207553 tttaaaggaagataaatattgttgtcgtggagatttcaatactgaagaaaaatgtccacccacagactactctaagattttcaaggacgagtgccccggt 27207454  T
Q  893 gctta 897  Q
    |||||    
T  27207453 gctta 27207449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 306 - 864
Target Start/End: Complemental strand, 27389334 - 27388776
Alignment:
Q  306 gaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctcagctatcaacgacaggtttcga 405  Q
    ||||||| | ||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27389334 gaggagccacggtaacattcacgaatagatgtggatacaccgtatggccaggaaccttaaccggagaccaaaaacctcagctatcaacaacaggtttcga 27389235  T
Q  406 gttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaatggaaagtttagc 505  Q
    ||| ||| ||||||  || |  |||| |||  |||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||| ||| ||||||      
T  27389234 gttaggacctggagcaacgaactcagcggaaattccttccccatggtcaggtcgattttgggcccgaaccggatgctcaaccaacaacggacagtttact 27389135  T
Q  506 tgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggg 605  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| |||| || |    
T  27389134 tgtgccactgccgattgtgcatctggtcaagttgcatgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaactttggttgaaattacagtggcatcaaatggag 27389035  T
Q  606 gacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaacgtccagttgtcc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||| | || || |||||    
T  27389034 gacaagatttctacgatgtgagcaacgttgacggtttcaacgtgccaatgtccgtaactccacaaggcggaagtggcgattgcaaatcctctagctgtcc 27388935  T
Q  706 tgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggctttaaacgaggat 805  Q
     |  ||||| ||   |||||||||  | ||||| ||  | |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||    |||    
T  27388934 agcaaacatcaactctgtgtgtcccgcggagcttcaattaaaaggttctgatggaagtgtcgttgcttgtaagagtgcttgtttggcttttaataccgat 27388835  T
Q  806 aaatattgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactc 864  Q
     |||||||||| ||||||  || ||| ||||| | || ||||||||||||| |||||||    
T  27388834 caatattgttgtcgtggaagtttcaacaccgaggcaacatgtccacccacaaactactc 27388776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 293 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 27410303 - 27409714
Alignment:
Q  293 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctcagctatcaa 392  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || |||  ||  ||||  |||||  ||||||    
T  27410303 tatgcagtggttggaggagccaaggtgacattcacgaatagatgtggatatactgtatggccaggaacctttactacagctcaaacccctcaattatcaa 27410204  T
Q  393 cgacaggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaa 492  Q
    | |||||||| |||||||||   ||||| ||    || ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||  | ||||||    
T  27410203 caacaggttttgagttgggacaaggagtgacgtactcggtgaaccttccttcttcatggtctggtcgattttgggcaagaaccggatgctcaatcaacaa 27410104  T
Q  493 tggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 592  Q
     | ||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |     
T  27410103 agaaaagtttagttgtgccacagccgattgtgggtctggtcaagtggggtgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaactttagttgaaattaccatg 27410004  T
Q  593 gcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 692  Q
    ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||    ||||||     
T  27410003 gcatcaaatggaggacaagatttctacgatgtgagcaacgttgacgggttcaacgtgccaatttttgtaactccacaaggtgggaatggcccttgcaaag 27409904  T
Q  693 cgtccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 792  Q
    |  | |||||||| |  || || || | |||||||||  |||| || || || |  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  27409903 ccgctagttgtccagcaaatatcaacgctgtgtgtcccgcagaacttcaagtaaaaggttctgatgggagtgtcgttgcttgtaagagtgcttgcttggc 27409804  T
Q  793 tttaaacgaggataaatattgttgccgtggagattacaataccgaagaaaaatgtccacccacagactactctatggttttcaagaacca 882  Q
    ||| ||    ||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||  | ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27409803 ttttaatacagatcaatattgttgtcgtggaagttacaataccgaagcgacatgtccacctacaaattactctatggttttcaagaacca 27409714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 84 - 282
Target Start/End: Original strand, 27443248 - 27443443
Alignment:
Q  84 atattcacaagcctgcaaaacaagattaatcaaaagccatatccaaaatgacaagcacccgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacgg 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27443248 atattcacaagcctgcaaaacaagattcatcaa--gccatatccaaaatgacaagcactcgtgttgctctatgccttagttttgcattcctcttctatgg 27443345  T
Q  184 tacgtacatatatcaatacataactacattaatt---ttccatataattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttaataaattca 280  Q
    ||     |||||||| |||  |||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  27443346 tat----atatatcactactcaactacattaattaatttccatatgattaatcaattcatttagctaagtaaatttttcttcttgcgcttaataaattca 27443441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 297 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 27455277 - 27455087
Alignment:
Q  297 cagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacattaactggagaccaaaaacctcagctatcaacgac 396  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| | || ||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27455277 cagtagttggaggagctaaggtgacattcaccaataagtgtgaataaattgtatgactagaaacgttaactagagac-aaaaacctcagctatgaacgac 27455179  T
Q  397 aggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaa 489  Q
    | ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  27455178 aagtttcgacttgggatctagagt-actatttcagtggaccttccatcaccatgatcaggttgattttgaggccgaatcggatgctccaacaa 27455087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 709 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 20952617 - 20952530
Alignment:
Q  709 gaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggcttta 796  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  20952617 gaacattaatattgtgtgtccttaagagctccaagtgaccggttctgatgggagtgtggtggcttgtaaaagcgcttgtttggcttta 20952530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 122 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 27208246 - 27208086
Alignment:
Q  122 atatccaaaatgacaagcacccgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacggtacgtacatatatcaatacataactacattaattttcc 221  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| ||||     |||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  27208246 atatccaaaatgaagtgcaaccgtgttgctttatgctttagctttgcattcctcttctatggtat----atatatcagtactcaactacattaattttcc 27208151  T
Q  222 atataattaatc----aattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttaataaattcatt 282  Q
    ||||| ||||||    |||||| |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  27208150 atatagttaatccattaattcatttagcttagtttatttctcttcatgtggttaataaattcatt 27208086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 84 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 27433367 - 27433166
Alignment:
Q  84 atattcacaagcctgcaaaacaagattaatcaaaagccatatccaaaatgacaagcacccgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacgg 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | ||||| ||||||| | ||| |||| || |||||||||||||| ||    
T  27433367 atattcacaagcctgcaaaacaagattaatc--aagtcatatccaaaatgaagaacacccatgttgctttatgctttagcttggcattcctcttctatgg 27433270  T
Q  184 tacgtacatatatcaata--cat--aactacattaattttccata----taattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttaataa 275  Q
    ||   | |||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||    |||| ||| |||||| |||||| | || ||| ||||||||| | |||||||    
T  27433269 ta---atatatatcagtactcattcaactacattaattttccatatagttaataaattaattcatttagcttattttattcctcttcatgtggttaataa 27433173  T
Q  276 attcatt 282  Q
    |||||||    
T  27433172 attcatt 27433166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 295 - 677
Target Start/End: Original strand, 27415756 - 27416142
Alignment:
Q  295 tgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacatta-actggagaccaaa--aacctcagctatca 391  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||   |  ||||  |   ||| ||||||    
T  27415756 tgcagaggttggaggagccaaggtgacattcacgaatagatgtgtatacactgtatggccaggaaccttatacttaggttcaaattacattcaactatca 27415855  T
Q  392 acgacaggtttcgagttgggatctggagttaccatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccg-aaccggatgcttcaacaac 490  Q
    || |||||||| ||||||| |   ||||  || |  |||||||||||||| |  |||| | ||  || |||||||| ||| |||||||||||  |||||     
T  27415856 acaacaggttttgagttggaacaaggagaaacgaaatcagtggaccttccttatccattggcttatcaattttgggcccgaaaccggatgctcaaacaat 27415955  T
Q  491 aatggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccg 590  Q
    || ||||| ||||| |||||||| |  |||||||  ||||||||||| |  ||||| ||||||| || |||  |||||||||||||||| || || |  |    
T  27415956 aacggaaattttagttgtgccacaggtgattgtgggtctggtcaagttgagtgcaatggtgctgacgtaattacaccagcaacattggttgacattaaag 27416055  T
Q  591 tagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtggga 677  Q
    | ||| |||| || ||||||||||| |||  |||||||||     |||| ||||| |||||| | |||||||| |||| ||||||||    
T  27416056 tggcatcaaatggaggacaagatttatacagtgtgagcaacacttatgggttcaatgtgccagtatctgtaactccacgaggtggga 27416142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 499 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 27454844 - 27454712
Alignment:
Q  499 gtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaaca 598  Q
    |||||| || ||||| |||||||||  ||| |||||| | || | ||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||    
T  27454844 gtttagttgggccactgccgattgtatctccggtcaaatgggttccaatgatgcaggtgcaatcccaccagcaacattggtagaaataacggttacatca 27454745  T
Q  599 aacgggggacaagatttctacgatgtgagcaat 631  Q
     || || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  27454744 gacaggagacaagatttctatgatgtgagcaat 27454712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 27455409 - 27455314
Alignment:
Q  191 atatatcaatacataactacattaattttccatat----aattaatcaattcacttagctaagttaatttctcttcatgcgcttaataaattcatt 282  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    ||| ||| |||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  27455409 atatatcaatacccaactacattaattttccatatagtaaatcaattaattcatttagcttagtttattgctcttcatgtggttaataaattcatt 27455314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 64
Target Start/End: Original strand, 27443189 - 27443241
Alignment:
Q  11 gaagcagagagcaacttcatcaaatcaccttcacacaacaaactacaatcgaaa 64  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  27443189 gaagcagagaacaacttcatcaa-tcaccttcaaacagcaaactacaatcgaaa 27443241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 601 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 20952716 - 20952648
Alignment:
Q  601 cgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccaca 669  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||| |||||||  ||||||||||    
T  20952716 cgggggacaagatttatatgatgtgagcaatgtggacaggttcaatgtgtcaatgtcaataacgccaca 20952648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 143 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 27390304 - 27390262
Alignment:
Q  143 cgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacggta 185  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27390304 cgtgttgctctctgccttagctttgcattcctcttctatggta 27390262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 143 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 27410539 - 27410497
Alignment:
Q  143 cgtgttgctctgtgccttagttttgcattcctcttctacggta 185  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27410539 cgtgttgctctctgccttagctttgcattcctcttctatggta 27410497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 455 - 657
Target Start/End: Original strand, 41457693 - 41457895
Alignment:
Q  455 ggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaatggaaagtttagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggctgcaacggtgctg 554  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  | |||    ||||| ||||| || ||||| || ||||||| ||| || |||||||  ||||| ||||| |    
T  41457693 ggtcggttttggggccgaaccggatgctcgagcaatgcaggaaaatttagttgcgccactgctgattgtggctccggccaagtcgcttgcaatggtgccg 41457792  T
Q  555 gcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaat 654  Q
    | ||| | |||||||||||||| | |||| ||  ||||| | | ||||| |||||||| | ||||||| | |||||||| || || |||||||| || ||    
T  41457793 gtgcagttccaccagcaacattagcagaactacacgtagaagccaacggtggacaagactactacgatataagcaatgttgacgggttcaacgtacccat 41457892  T
Q  655 gtc 657  Q
    |||    
T  41457893 gtc 41457895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University