View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8938_low_6 (Length: 636)

Name: NF8938_low_6
Description: NF8938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8938_low_6
NF8938_low_6
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-620)||(28288566-28289185)
chr8 (1-620)||(28294366-28294985)
chr8 (1-612)||(28304568-28305179)
chr8 (1-553)||(28264551-28265103)
chr8 (1-619)||(28278702-28279320)
chr8 (175-257)||(28342037-28342119)
chr8 (4-73)||(43363692-43363761)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (33-73)||(17124362-17124402)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (196-240)||(1225101-1225145)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 28289185 - 28288566
Alignment:
Q  1 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28289185 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatctagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 28289086  T
Q  101 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28289085 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 28288986  T
Q  201 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  28288985 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttgtcatggcaccatcctaagagcttcacaagattcctatgtctcagctggctaataactttaact 28288886  T
Q  301 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  28288885 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcgaaaaagtaacctttataaacagctc 28288786  T
Q  401 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28288785 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagccaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttgaag 28288686  T
Q  501 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288685 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttcctttttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 28288586  T
Q  601 cccataactacaatcccaca 620  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28288585 cccataactacaatcccaca 28288566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 620
Target Start/End: Original strand, 28294366 - 28294985
Alignment:
Q  1 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28294366 aacccaaaatcaccaagcttgacattgaaacttgagtctaacataacattacttgatttaatatccctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 28294465  T
Q  101 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 200  Q
    ||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  28294466 gataaagcaaaccagaagccaatccaagagctattttgtgccttacaccccaagaaagaggtgttcttttaccaaataaatgagaatcaagactaccatt 28294565  T
Q  201 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||    
T  28294566 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttgtcatggcaccaacccaaaagcttcacaagattcctatgtctcagttgactaatgactttaact 28294665  T
Q  301 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||  ||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  28294666 tcagttacatactctttctttccttgtcttgatcctcttgatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaatcagcaaagtaacctttataaacagctc 28294765  T
Q  401 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 500  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |  |  || |||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28294766 caaaaccaccttgacccaactttctatccttagagaagttattggttgccaaatcaagttctttgtaggtgaaccttcttggccctgctcctctttcaag 28294865  T
Q  501 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 600  Q
     |||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||  | | | ||||||||||    
T  28294866 atcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttattacttctctttcttttcctccaaaataatgcgtatgctactaatgctcccact 28294965  T
Q  601 cccataactacaatcccaca 620  Q
    || ||||||| || ||||||    
T  28294966 cctataactataaccccaca 28294985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 612
Target Start/End: Original strand, 28304568 - 28305179
Alignment:
Q  1 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28304568 aacccaaaatcaccaagcttaacattaaaacttgaatctagcataacattacttgatttaatatccctatgtaccacacacctctcccattcttcatgta 28304667  T
Q  101 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 200  Q
    |||| || |  ||| | ||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  28304668 gatacagcaaaccagaggccaatccaagagttattttgtgccttacaccccaagaaagaggtgttcttttaccaaataaatgagaatcaagactaccatt 28304767  T
Q  201 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||    
T  28304768 tggcatgaactcataaataagtagaaactcacctttgtcatggcaccagcctaagagcttcacaagattcctatgtctcagttgactaataactttaact 28304867  T
Q  301 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  28304868 tcagttacatactctttctttccttgtcttgaccctctggatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaatcagcaaagtaacctttaaaaactgctc 28304967  T
Q  401 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 500  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |  | ||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28304968 caaaaccaccttgacccaactttctatccttagaaaagttattggttgccaactcaagttctttgtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 28305067  T
Q  501 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 600  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||   |||| | |||||  | ||| ||||||||||    
T  28305068 gtcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttttcacttctctttcttttcctctttagtattacatatgctaccaatgctcccact 28305167  T
Q  601 cccataactaca 612  Q
    || |||| ||||    
T  28305168 cctataattaca 28305179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 553
Target Start/End: Original strand, 28264551 - 28265103
Alignment:
Q  1 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28264551 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatctagcataacattacttgatttaatatccctatgtaccacacacctctcccattcttcatgta 28264650  T
Q  101 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 200  Q
    ||||||| || ||| | ||||| ||||| |||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  28264651 gataaagcacaccagaggccaagccaagtgctattttgtgccttacaatccaaggaagaggtgtccttttaccaaataaatgagaatcaagactaccatt 28264750  T
Q  201 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||    
T  28264751 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttatcatggcaccatcccagaagcttcacaagatttctatgtctcagttgactaataactttaact 28264850  T
Q  301 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  28264851 tcagttacatactctttctttccttgtcttgaccctctggatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaatcagcaaagtaacctttaaaaactgctc 28264950  T
Q  401 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 500  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |  | ||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28264951 caaaaccaccttgacccaactttctatccttagaaaagttattggttgccaactcaagttctttgtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 28265050  T
Q  501 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttc 553  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  28265051 gtcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttttcacttc 28265103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 28279320 - 28278702
Alignment:
Q  1 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  28279320 aacccaaaatcaccaagcttgacattgaaactagaatctaacataacattacttgatttaatatccctatgtaccacacatttttcccattcttcatgta 28279221  T
Q  101 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 200  Q
     |||||| || ||| | |||||| |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||    
T  28279220 aataaagcacaccagatgccaattcaagtgctattttgtgccttagactccaagaaagaggtattcttttaccaaataaatgagaatccaggctaccgtt 28279121  T
Q  201 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 300  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||||| |||    
T  28279120 aggcataaactcataaacaagaagaaactcacctttttcatggcaccaacctaacaacttcacaagattccggtgtctcaatgggctaatgactttaact 28279021  T
Q  301 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 400  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  28279020 tcagtaacatactctttcttcccttgtctagatcccttcgatattttcttcacagcaaccggtaaatctggatcaaaaaagttacctttatatacagctc 28278921  T
Q  401 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 500  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||    |  || ||||| || ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28278920 caaacccaccttgacccaactttctatccctagagaagttattagtggctaaattaagttctttgtaggtgaacctccttggccctgctcctctttcaag 28278821  T
Q  501 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 600  Q
     || ||||||||||   |||||  ||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||    
T  28278820 atcgtcattcattgaagttaaactcatagcctcttccttttctttttttcttctctttgtctttctccaaagtaatgcatatgctgcaattgctcccact 28278721  T
Q  601 cccataactacaatcccac 619  Q
    ||||  ||||||| |||||    
T  28278720 cccactactacaaccccac 28278702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 175 - 257
Target Start/End: Original strand, 28342037 - 28342119
Alignment:
Q  175 aataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagag 257  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  28342037 aatagatgataatcaagacttccattaggcatgtattcataaacaagtaaaagctcacttttttcatgacaccaacctaagag 28342119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 43363761 - 43363692
Alignment:
Q  4 ccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaa 73  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | ||||  | |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43363761 ccaaagtcaccaagcttagcattgaaatttgaatacaacataacattacttgattttatatccctatgaa 43363692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 33 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 17124402 - 17124362
Alignment:
Q  33 agaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaa 73  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  17124402 agaatcaagcataacattacttgttttaacatctctatgaa 17124362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 1225145 - 1225101
Alignment:
Q  196 ccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctca 240  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  1225145 ccattaggcatgaaatcataaacaagaagcaactcacctttctca 1225101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University