View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8941_high_10 (Length: 461)

Name: NF8941_high_10
Description: NF8941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8941_high_10
NF8941_high_10
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-450)||(16052-16501)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (1-450)||(10686007-10686456)
chr8 (1-450)||(35743284-35743733)
chr8 (1-450)||(18867413-18867862)
chr8 (1-450)||(26299268-26299717)
chr8 (2-450)||(28329683-28330131)
chr8 (2-450)||(16755205-16755653)
chr8 (2-405)||(28892552-28892955)
chr8 (59-411)||(21039276-21039628)
chr8 (137-411)||(33034564-33034838)
chr8 (234-370)||(25682332-25682468)
chr8 (59-267)||(15946508-15946716)
chr8 (184-255)||(8758424-8758496)
chr8 (2-45)||(33034429-33034472)
chr8 (4-45)||(21039221-21039262)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-450)||(24263066-24263515)
chr7 (1-450)||(16882822-16883271)
chr7 (1-450)||(21643932-21644381)
chr7 (1-450)||(18411552-18412002)
chr7 (1-450)||(9186888-9187337)
chr7 (86-450)||(4860627-4860991)
chr7 (1-450)||(21986815-21987264)
chr7 (1-301)||(49089732-49090032)
chr7 (178-410)||(24271951-24272184)
chr7 (2-411)||(25353140-25353549)
chr7 (2-405)||(25407202-25407605)
chr7 (2-450)||(3322733-3323181)
chr7 (59-411)||(44012514-44012866)
chr7 (2-370)||(7071839-7072207)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-450)||(8514989-8515438)
chr3 (1-446)||(2673963-2674408)
chr3 (1-450)||(32478235-32478684)
chr3 (1-450)||(1308766-1309215)
chr3 (1-450)||(3325281-3325730)
chr3 (1-369)||(16262338-16262706)
chr3 (2-370)||(22624004-22624372)
chr3 (2-450)||(10096751-10097199)
chr3 (2-450)||(10203637-10204085)
chr3 (2-450)||(29911898-29912346)
chr3 (2-405)||(54190296-54190699)
chr3 (2-405)||(6305099-6305502)
chr3 (2-405)||(10898797-10899200)
chr3 (66-370)||(16459316-16459620)
chr3 (1-120)||(28490916-28491035)
chr3 (2-370)||(10610798-10611170)
chr3 (2-411)||(47880872-47881281)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-450)||(18858471-18858920)
chr4 (1-450)||(9226147-9226593)
chr4 (1-450)||(16625736-16626185)
chr4 (1-450)||(5145803-5146252)
chr4 (2-450)||(4567127-4567575)
chr4 (63-450)||(15314167-15314552)
chr4 (60-264)||(16634337-16634541)
chr4 (59-267)||(47564607-47564815)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-450)||(31398735-31399184)
chr5 (1-450)||(33789251-33789700)
chr5 (1-450)||(37558345-37558794)
chr5 (1-450)||(43595016-43595465)
chr5 (1-450)||(43627810-43628259)
chr5 (1-450)||(27447718-27448167)
chr5 (1-450)||(24557327-24557776)
chr5 (1-450)||(24598359-24598808)
chr5 (1-450)||(28836196-28836636)
chr5 (59-450)||(25447332-25447723)
chr5 (1-321)||(31302305-31302613)
chr5 (1-92)||(31334833-31334924)
chr5 (117-319)||(31334619-31334826)
chr5 (2-43)||(25447275-25447316)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-450)||(19347173-19347622)
chr2 (1-450)||(25393781-25394230)
chr2 (14-411)||(17933884-17934281)
chr2 (2-370)||(2737993-2738361)
chr2 (2-450)||(45569178-45569626)
chr2 (2-405)||(39684036-39684438)
chr2 (2-450)||(20052705-20053153)
chr2 (66-370)||(22715259-22715563)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-450)||(33332819-33333268)
chr6 (1-450)||(14739315-14739764)
chr6 (5-449)||(24433068-24433511)
chr6 (59-370)||(25943514-25943825)
chr6 (2-450)||(13880527-13880975)
chr6 (2-370)||(35204088-35204456)
chr6 (2-370)||(17692880-17693248)
chr6 (2-411)||(22348955-22349364)
chr6 (1-139)||(24077129-24077269)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-450)||(41396134-41396583)
chr1 (1-441)||(47100561-47101002)
chr1 (2-450)||(9523516-9523964)
chr1 (2-345)||(2397278-2397616)
chr1 (60-227)||(14189683-14189850)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (1-450)||(403-852)
scaffold0006 (1-450)||(8559-9008)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (5-450)||(34905-35350)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (2-370)||(49231-49599)
[»] scaffold0256 (2 HSPs)
scaffold0256 (59-450)||(18171-18562)
scaffold0256 (4-45)||(18116-18157)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (180-450)||(1089-1359)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 16052 - 16501
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16052 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 16151  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16152 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 16251  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16252 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 16351  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16352 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 16451  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16452 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 16501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 10686007 - 10686456
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10686007 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 10686106  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686107 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 10686206  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686207 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 10686306  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686307 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 10686406  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686407 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 10686456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 35743733 - 35743284
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35743733 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 35743634  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35743633 tactctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgagaacta 35743534  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743533 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 35743434  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743433 aataacaccgcaacaaaatggccttgcggaacgcatgaataggacacttttggagcatgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 35743334  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743333 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 35743284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 18867413 - 18867862
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18867413 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 18867512  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867513 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgaaaagtttaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 18867612  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867613 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 18867712  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867713 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcataaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 18867812  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867813 tggggtgaagcagtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 18867862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26299717 - 26299268
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  26299717 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttccaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttccatcatggatgat 26299618  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299617 tattctaggagagtgtgcgtcttttttttgaaaaacaaaagtgacacatttgaaaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 26299518  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26299517 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcaaagcaatttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcataggaccgtacc 26299418  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299417 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaataggacccttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 26299318  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26299317 tggggtgaagtagtgacaacagctgcttatttgatcaatagatggccatc 26299268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Original strand, 28329683 - 28330131
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  28329683 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccaacatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 28329782  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | || ||  |||||||||| || || || ||    
T  28329783 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatacacttgtagaaaatcagattggtaccaa 28329882  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  28329883 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 28329982  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |  ||| |||||| ||  | ||||||||||    
T  28329983 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttggagcgcgtgaggtgtatgctgttagaagctggattgtccaagagtttct 28330082  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  28330083 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 28330131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 16755653 - 16755205
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    || |||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  16755653 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagacacatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 16755554  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | || ||  |||||||||| || || || ||    
T  16755553 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatacacttgtagaaaatcagattggtaccaa 16755454  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||  ||    
T  16755453 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaactgtggca 16755354  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |  |||||||||| ||  | ||||||||||    
T  16755353 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttggagcgcgtgaggtgtatgctgttaggagctggattgtccaagagtttct 16755254  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  16755253 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 16755205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 28892552 - 28892955
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcct-actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | |  | ||   ||||||||||||| ||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  28892552 tctagtaggccttttgagtatgttcatttggatctttggggtccagc-atcagtcaagactcatgggggagtttcatatttcatgtctatcattgatgat 28892650  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |  || ||||||||||| || || ||||    
T  28892651 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgacgcctttgaaaaattcaaagaatgggatatacttatagaaaatcagattggcacta 28892750  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| || ||||||||||||||| |  |    
T  28892751 aactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaataaaggtataaagaggcatagaaccatggc 28892850  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   | ||| ||||| ||||||||||| ||| | || || |||||| | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||    
T  28892851 acacatacctcaacagaatggtcttgctgaaagaattaacaggactttgttggagcgtgtgaggtgtatgctattgggagctggattgtccaagagtttc 28892950  T
Q  401 tgggg 405  Q
    |||||    
T  28892951 tgggg 28892955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 59 - 411
Target Start/End: Original strand, 21039276 - 21039628
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    ||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| ||||| || || |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |    
T  21039276 actcatgtgggaggttcatatttcatgtctatcattgatgattattctagaagagtatgtgtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaat 21039375  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    | ||||||||| | |  ||  |||||||||| || || |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21039376 ttaaagaatggtatatacttttagaaaatcagattggtactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 21039475  T
Q  259 gttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgt 358  Q
    ||||||||||   ||||| || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||||| |||||||||||  || | ||||||| |||| | |||||||||    
T  21039476 gttttgcaggaaaaaaggtataaagaggcatagaaccgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgcttaaagaatgaatatgactttgttggagcgt 21039575  T
Q  359 gtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagc 411  Q
    |||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||||||| |||||    
T  21039576 gtgaggtgtatgttgttgggagctggattgtccaagagtttctggggagaagc 21039628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 137 - 411
Target Start/End: Original strand, 33034564 - 33034838
Alignment:
Q  137 aaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagt 236  Q
    ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| |||    
T  33034564 aaaagtgacgcttttgaaaaatttaaagaatggcatacacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctgaagt 33034663  T
Q  237 ttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcat 336  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||    
T  33034664 tcgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaaaagaggtataaagaggcatagaaccgtggcatacacacctcaacaaaatggtcttgctgaaagaat 33034763  T
Q  337 gaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagc 411  Q
    ||| | |||  | ||||||||||||||||||||| |  | |||||| | ||  | |||||||||||||| |||||    
T  33034764 gaacatgaccttgttggagcgtgtgaggtgtatgttgttgggagctagattgtccaagagtttctggggagaagc 33034838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 370
Target Start/End: Original strand, 25682332 - 25682468
Alignment:
Q  234 agtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacg 333  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| |    
T  25682332 agtttgtttcagaacagtttaatgagtttttcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgctgaaag 25682431  T
Q  334 catgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
     |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  25682432 aatgaaccggactctgttggagcatgtgaggtgtatg 25682468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 59 - 267
Target Start/End: Original strand, 15946508 - 15946716
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    |||||| | |||||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||| || || ||||| |   ||| |||||| ||||||||  | |||||||| |    
T  15946508 actcatcgaggaggttcatatttcatgtctattattgatgattattctagaagggtatgggtttacatttagaaaaataaaagtgatgcttttgaaaaat 15946607  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    | ||||||||||| |  ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||  |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |     
T  15946608 ttaaagaatggcataaacttgtagaaaatcatattggaactaaactgaaagtgttaagatttgacaatgtcttggagtttttttcagagcagtttaacgc 15946707  T
Q  259 gttttgcag 267  Q
    |||||||||    
T  15946708 gttttgcag 15946716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 8758496 - 8758424
Alignment:
Q  184 aaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagttt-gtttcagagcagtttaa 255  Q
    ||||||||| |||||||||||    | |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  8758496 aaatcaaataggaactaaactttttgttttaagaactgacaatagcttggagtttggtttcagagcagtttaa 8758424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 45
Target Start/End: Original strand, 33034429 - 33034472
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtcc 45  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  33034429 tctagtaggccttttgagtttgttcattcggatctttggggtcc 33034472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Original strand, 21039221 - 21039262
Alignment:
Q  4 tagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtcc 45  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21039221 tagtaggccttttaagtatgttcattcggatctttggggtcc 21039262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 24263066 - 24263515
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24263066 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 24263165  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263166 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 24263265  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263266 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 24263365  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263366 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 24263465  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263466 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 24263515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 16883271 - 16882822
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16883271 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 16883172  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883171 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 16883072  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883071 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 16882972  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882971 aagaacacctcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggacccttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 16882872  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882871 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 16882822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 21644381 - 21643932
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21644381 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttccaagactcctacttatgtgggaggttcctattttctttctatcattgatgat 21644282  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644281 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgaaaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 21644182  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21644181 aactaaaaggtttaagatctgacaatggcttggagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggtttaaaggaatcaagaggcataggaccgtacc 21644082  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21644081 gaaaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgagatgcatgattctaggagctaggttacctaagagtttc 21643982  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643981 tggggtgaagctgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 21643932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 18412002 - 18411552
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  18412002 ttctagtaggctttttgagtatgtgcattcggatcttttgggtccttccaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttccatcattgatgat 18411903  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411902 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaaaaaaagtgacacattttaaaagtttaaggaatgacacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 18411803  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga-gttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtac 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18411802 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgattttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcataggaccgtac 18411703  T
Q  300 caagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagttt 399  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411702 cgagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgtataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagttt 18411603  T
Q  400 ctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411602 ctggggtgaagtagtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 18411552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 9186888 - 9187337
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9186888 ttctagtaggcattttgagtatgtgcattcagacctttgggctccttccaagactcttactcatgggggaggttcctattttctttccatcattgatgat 9186987  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9186988 tattctaggagagtgtgtgtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgagaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 9187087  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9187088 aactaaaagggttaagaactaacaatggcctagagtttgtttcatagcaatttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcataggaccgtacc 9187187  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9187188 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaactcatgaataggacccttttggagcgtgtgaggtgtatgcttctaggagctgggttacctaaaagtttc 9187287  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9187288 tagggtgaagcagtgacaactgctgcctatttgatcaatagatgtccatc 9187337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 86 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 4860991 - 4860627
Alignment:
Q  86 tctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaa 185  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4860991 tctatcattgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgaaaagtttaaggaatgacacactctcatagaaa 4860892  T
Q  186 atcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagag 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4860891 atcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagag 4860792  T
Q  286 gcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctggg 385  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4860791 gcatagaaccgtaccaagaacaccacaacaaaatggtcttgcagaacgcatgaataagactcttttgaagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctggg 4860692  T
Q  386 ttacctaagagtttctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4860691 ttacctaagagtttctagggtgaagcagtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 4860627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 21987264 - 21986815
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21987264 ttctagtcggccttttgagtatgtacatccggacctttggggtccttccaagactcttactcatgggggatgttcctattttctttctatcattgatgat 21987165  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21987164 tattctagaagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgagaagtttaaggaatgacacactcttatagaaaatcaaatgggaacta 21987065  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  21987064 aactaaaagggttaagaactgacaatggcatggagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggttaaaatgaatcaagaggcataggaccgtacc 21986965  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  21986964 gagaataccacaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaataggaccctttttgagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggcttcctaaaagtttc 21986865  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986864 tcgggtgaagcagtgacaactgctgcttatttgatcaatagatgtccatc 21986815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 49090032 - 49089732
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaa-gactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatga 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  49090032 ttctagtaggccttttgagtatgtacattcagacctttggggtccttccaaagactcttactcatgggggatgttcctattttctttccatcattgatga 49089933  T
Q  100 ttattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49089932 ttattctaggagagtgtgggtctt-gttttgaaaaacaaaagtgacatatttgagaagtttaaggaatgacacactctcatagaaaatcaactgggaact 49089834  T
Q  200 aaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtac 299  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  49089833 aaacgaaaagggttaagaactgacaatgacatggagtttatttcagagcaatttaatgagttttgcaggttaaaaggaatcaagaggcataggaccgtac 49089734  T
Q  300 ca 301  Q
    ||    
T  49089733 ca 49089732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 178 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 24272184 - 24271951
Alignment:
Q  178 catagaaaatcaaatgg-gaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaagg 276  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  24272184 catagaaaatcaaatgaagaactaaactaaaagggttaagaaatgacaatggcctagagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggttaaaagg 24272085  T
Q  277 aatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattcta 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  24272084 aatcaagaggcatagaaccgtaccgagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaataggacccttttggagcgtgtaaggtgtatgcttcta 24271985  T
Q  377 ggagctgggttacctaagagtttctggggtgaag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24271984 ggagctgggttacctaagagtttctggggtgaag 24271951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 411
Target Start/End: Original strand, 25353140 - 25353549
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | ||  |  |||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  25353140 tctagtaggccttttgagtatgtccattcggatctttggggtccagcatcagt-taatactcatgggggaggttcatatttcgtgtctatcattgatgat 25353238  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | || || ||||||||||| || |||||||    
T  25353239 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatggaatacacttatagaaaatcagattggaacta 25353338  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||  |    
T  25353339 aactgaaagtgttgagaactgacaatagccttgagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaactgtggc 25353438  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   ||| | ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||    
T  25353439 atacacaactcaacagaatggtcttgcagaaagaatgaataggactttgttggagcgtgtgaggtgtatgttgttgggagctggattgtccaagagtttc 25353538  T
Q  401 tggggtgaagc 411  Q
    |||||||||||    
T  25353539 tggggtgaagc 25353549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 25407202 - 25407605
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | ||  |   ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  25407202 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcagt-taagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 25407300  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||| | || ||  |||||||||| || |||||||    
T  25407301 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggatacacttgtagaaaatcagattggaacta 25407400  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  |    
T  25407401 aactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggc 25407500  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||    
T  25407501 atacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactttgttggagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttc 25407600  T
Q  401 tgggg 405  Q
    |||||    
T  25407601 tgggg 25407605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 3323181 - 3322733
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  3323181 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 3323082  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||| | || ||  |||||||||| || || || ||    
T  3323081 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggatacacttgtagaaaatcagattggtaccaa 3322982  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  3322981 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggaatttgtttcagaacagtttaatgagttttgcagaaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 3322882  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  3322881 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttggagcgcgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 3322782  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  3322781 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 3322733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 59 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 44012866 - 44012514
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    ||||||| ||||||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||| || || || || |   || |||| || ||||||||| | |||||||| |    
T  44012866 actcatgagggaggttcatatttcatgtctattattgatgattattctagaagggtatgagtttacattatgaagaataaaagtgacgcttttgaaaaat 44012767  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    | |||||||| || || ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44012766 ttaaagaatgacatacacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagaagtttaatga 44012667  T
Q  259 gttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgt 358  Q
    ||||||||||   ||||| || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||  | |||||||||    
T  44012666 gttttgcaggaaaaaaggtataaagaggcatagaaccgtgacatacacacctcaacaaaatggtcttgctgaaagaatgaacaggaccttgttggagcgt 44012567  T
Q  359 gtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagc 411  Q
    |||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||||||| |||||    
T  44012566 gtgaggtgtatgttgttgggagctggattgtccaagagtttctggggagaagc 44012514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Original strand, 7071839 - 7072207
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcct-actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | |  | ||   ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  7071839 tctagtaggccttttgagtatgttcatttggatctttggggtccagc-atcagtcaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 7071937  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | |  || ||||| ||||| || || || |    
T  7071938 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatgggatatacttatagagaatcagattggtacca 7072037  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  7072038 aactgaaagtgttgagaactaacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtagc 7072137  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
    |   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | |||||  ||||||||||||||    
T  7072138 atacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactttgttggaatgtgtgaggtgtatg 7072207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 8515438 - 8514989
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8515438 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 8515339  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515338 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 8515239  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515238 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 8515139  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515138 aagaacacctcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 8515039  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515038 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 8514989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 2673963 - 2674408
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2673963 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 2674062  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674063 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgatacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 2674162  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674163 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 2674262  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674263 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 2674362  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtc 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674363 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtc 2674408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 32478684 - 32478235
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32478684 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 32478585  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478584 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 32478485  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478484 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 32478385  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478384 aagaacacctcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggacccttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 32478285  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478284 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 32478235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 1309215 - 1308766
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1309215 ttctagtaagccttttgagtatgtgcattcagatctttggggtccttccaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttcaatcattgatgat 1309116  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1309115 tattctagaagagtgtgagtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgaaaagttgaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 1309016  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  1309015 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcatgttgaaaagaatcaagaggcataggaccgtacc 1308916  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308915 gagaacatcgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaataggacccttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 1308816  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308815 tggggtgaagcagtgacaactgctgcttatttgatcaatagatgtccatc 1308766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 3325281 - 3325730
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3325281 ttctagtagaccttttgagtatgtacattcggacctttggggtccttccaagacactaactcatggagggggttcctattttctttccatcattgatgat 3325380  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325381 tattctatgagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 3325480  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  3325481 aactaaaagggttaagaactgacaatggcccgaagtttgtttcagatcaatttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatatgaccgtacc 3325580  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  3325581 gagaacaccgcaacaaaatggttttgctgaacgcatgaatatgacccttttggagtgtgtgaggtgtatgcttctaggagctgggttacctaagagtttt 3325680  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    | ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325681 tagggtgaagtagtgacaactgctgcttatttgatcaatagatgtccatc 3325730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 16262706 - 16262338
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  16262706 ttctagtaggccttttgagtatgtacattcagacctttggagtccttccaagactcttactcatgggggaggttcctattttctttccatcattgatgat 16262607  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16262606 tcttctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtaacacatttgagaagtttgaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 16262507  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16262506 aactaaaagggttaagaactgacaatggcatggagtttgtttcagagtaatttaatgagttttgcaggttaaaaggaatcaagaggcataggaccgtacc 16262407  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtat 369  Q
     ||||||| | |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  16262406 gagaacactgtaacaaaatggtcttgttgaatgcatgaatatgaccctcttggagcgtgtgaggtgtat 16262338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22624372 - 22624004
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcct-actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  | |  | ||   ||||||||| ||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  22624372 tctagtaggccttttgagtatgttcattcagatctttggggtccagc-atcagtcaagactcatgggagaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 22624274  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||||||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | |  || ||||||||||| || |||||||    
T  22624273 tattctagaagagtgtgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatgggatatacttatagaaaatcagattggaacta 22624174  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| || |||||| ||||||||||  |    
T  22624173 aactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgtaggaagaaaggtataaagagggatagaaccgtggc 22624074  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
    |   ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  22624073 atacacacctcaacaaaatggtcttgctgaaagaatgaataagactttgttggagcgtgtgaggtgtatg 22624004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10097199 - 10096751
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    | ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  10097199 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagaatcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 10097100  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||  || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | |  || ||||||||||| || || || ||    
T  10097099 attctagaagagtatgggttttcattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatatacttatagaaaatcagattggtaccaa 10097000  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  10096999 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 10096900  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  10096899 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaataggactctgttggagcgtgtgagatgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 10096800  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  10096799 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 10096751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10204085 - 10203637
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    | ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  10204085 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccaacatcgacgaagaatcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 10203986  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||  || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | |  || ||||||||||| || || || ||    
T  10203985 attctagaagagtatgggttttcattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatatacttatagaaaatcagattggtaccaa 10203886  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  10203885 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 10203786  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  10203785 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaataggactctgttggagcgtgtgagatgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 10203686  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  10203685 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 10203637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 29912346 - 29911898
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | | ||  |  |||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  29912346 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttagggtccagcatcagt-taatactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 29912248  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| || || |   || |||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||   || ||  |||||||||| || |||||||    
T  29912247 tattctagaagagtatgtgtttacattctgaagaagaaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatggtgtacacttgtagaaaatcagattggaacta 29912148  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||  ||  |    
T  29912147 aactgaaagtgttgagaactgacaatggtctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaattgtggc 29912048  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   ||||| ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  | |||||||| ||  | || ||||||    
T  29912047 atacacacctcaacagaatggccttgcagaaagaatgaataggactttgttggagtgtgtgaggtgtatgatgttgggagctggattgtccaaaagtttc 29911948  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||| || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  29911947 tggggtgaagctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 29911898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 54190296 - 54190699
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   | | ||  |   ||||||||||||||||| |||||  | |||||| | ||||||    
T  54190296 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtctagcatcagt-taagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcgttgatgat 54190394  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||| | || ||  |||||||||| || |||||||    
T  54190395 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggatacacttgtagaaaatcagattggaacta 54190494  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  |    
T  54190495 aactgaaagtgttgagaactgacaatggcctgaagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggc 54190594  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   ||||| ||||  ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||  | |||||||||    
T  54190595 atacacacctcaacggaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactttgttggagcgtgtgaggtgtatgctgctgggagctggattgtccaagagtttc 54190694  T
Q  401 tgggg 405  Q
    |||||    
T  54190695 tgggg 54190699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 6305099 - 6305502
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  6305099 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 6305198  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || | || || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | || ||  |||||||||| || || || ||    
T  6305199 attctagaagagtatgggtttacattctcaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatacacttgtagaaaatcagattggtaccaa 6305298  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  6305299 actgaaagtattgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 6305398  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  6305399 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttagagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 6305498  T
Q  402 gggg 405  Q
    ||||    
T  6305499 gggg 6305502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 10898797 - 10899200
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |    |||   ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  10898797 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctgtggggtccagcatcaactaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 10898896  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||  ||||||   |  ||  |||||||||| || ||||||||    
T  10898897 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaattcatggaatgggttatacttgtagaaaatcagattggaactaa 10898996  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  10898997 actgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcaaagtagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 10899096  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  10899097 tacacacctcaacagaatggtcttgcagaaagaatgaacaggactttgttggagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 10899196  T
Q  402 gggg 405  Q
    ||||    
T  10899197 gggg 10899200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 66 - 370
Target Start/End: Original strand, 16459316 - 16459620
Alignment:
Q  66 ggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaaga 165  Q
    |||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| ||||| ||    
T  16459316 ggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgattattctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcctttgaaaaattcaagga 16459415  T
Q  166 atggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgc 265  Q
    |||| | |  ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16459416 atgggatatacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgc 16459515  T
Q  266 aggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggt 365  Q
    |||  |||||| || |||||||||||||| ||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||  | ||||||||||||||||    
T  16459516 aggaagaaaggtataaagaggcatagaactgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggacattgttggagcgtgtgaggt 16459615  T
Q  366 gtatg 370  Q
    |||||    
T  16459616 gtatg 16459620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Original strand, 28490916 - 28491035
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28490916 ttctagtaggccttttgagaatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcgtgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 28491015  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggt 120  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28491016 tattctaggagagtgtgggt 28491035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10611170 - 10610798
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||  |   ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  10611170 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtcctgcatcagt-taagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 10611072  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || | |  || ||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |  ||  |||||||||| || |||||||    
T  10611071 tattctagaagagtatgggtttacattctaaggaataaaagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggatatacttgtagaaaatcagattggaacta 10610972  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| || |||||||||| ||| ||  |    
T  10610971 aactgaaagtgttgagaactgacaatggtctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgtaggaagaaaggtataaagaggcataaaactgtggc 10610872  T
Q  301 aagaacaccgcaac----aaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
    |   ||||| ||||    | ||||||||||| ||| | |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||    
T  10610871 atacacacctcaacatatataatggtcttgctgaaagaatgaataggaccttgttggagcgtttgaggtgtatg 10610798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 47881281 - 47880872
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  | | ||  |   ||||||||||||||||| |||||  | ||||| || ||||||    
T  47881281 tctagtaggccttttgagtatgttaattcggatctttggggtccagcatcagt-taaaactcatgggggaggttcatatttcatgtctattattgatgat 47881183  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| | ||| |   || |||| || ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || ||  |||||||| | || | |||||    
T  47881182 tattctagaagagtataggtttacattctgaagaataaaagtgacgcttttgaaaaatttaaagaatggcatacacttgtagaaaattagattgaaacta 47881083  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |   | ||| || ||||||||||||| |||  |    
T  47881082 aactgaaagtgttgagaaccgacaatggcctgtagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgtacgaaaagaggtataaagaggcatagaatcgtggc 47880983  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   ||||| ||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||  | |||||||||||||| |||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||    
T  47880982 atacacacctcaacaaaattgtcttgctgaaagaatgaataggaccttgttggagcgtgtgagatgtatgttgttgggagctggattgtccaagagtttc 47880883  T
Q  401 tggggtgaagc 411  Q
    | ||| |||||    
T  47880882 tagggagaagc 47880872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 18858920 - 18858471
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18858920 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatggggtaggttcctattttctttctatcattgatgat 18858821  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858820 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 18858721  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858720 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 18858621  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858620 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 18858521  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858520 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 18858471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 9226147 - 9226593
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  9226147 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggtttctattttctttctatcattgatgat 9226246  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226247 tattctaggagagtgtgggtcttt---ttgaaaaacaaaagtgatacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 9226343  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226344 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 9226443  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  9226444 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaacaggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagacgggttaccgatgagtttc 9226543  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226544 tggggtgaagccgtgacaacgactgcttatttgatcaatagatgtccatc 9226593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 16625736 - 16626185
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  16625736 ttctaataggccttttgagtatgtacattcggacctttggggtccttccaagactcttactcatgggggatgttcctattttctttccatcattgatgat 16625835  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625836 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgagaagtttaaggaatgacacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 16625935  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16625936 aactaaaatgtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggtttaaaggaatcaagaggcataggaccgtacc 16626035  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16626036 gagaacactgcaacaaaatagtcttgctgaacgcatgaataggacccttttggagcgtgtgaggtgtatgctcctaggagctgggttacctaagagtttc 16626135  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626136 tggggtgaagtagtgacaactgctgcttatttgatcaatagatgtccatc 16626185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5146252 - 5145803
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  5146252 ttctagtaggccttttgagtatgttcattcggacctttggggtccttccaagactcttactcatgagggatgttcctattttctttccatcattgatgat 5146153  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5146152 tattctagaagagtttgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgagaagtttaaggaatggcacactcttatagaaaatcaaatgggaacta 5146053  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  5146052 atctaaaagggttaagaactgacaatggcttggagtttatttcagagcaatttaatgagttttgcacgttaaaaggaatcaagaggcatatgaccgtacc 5145953  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  5145952 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaatgcatgaatatgacccttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagttgggcttcctaagagtttc 5145853  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5145852 tggggtgaactagtgacaactactgcttatttgatcaatagatgtccatc 5145803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Original strand, 4567127 - 4567575
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |    | |   ||||||||||||||||| |||||  | ||||| || |||||||    
T  4567127 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttagggtccaacatcaagttaaactcatgggggaggttcatatttcatgtctattattgatgatt 4567226  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| || || ||||| |   || |||| || ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || ||  |||||||||| || ||||||||    
T  4567227 attctagaagggtatgggtttacattctgaagaataaaagtgacgcttttgaaaaatttaaagaatggcatacacttgtagaaaatcagattggaactaa 4567326  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    | | ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| || ||| |||||||||||||  ||    
T  4567327 attgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgtaggaaaagaggtataaaggggcatagaaccgtgaca 4567426  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  4567427 tacacacctcaacataatggtcttgctgaaagaatgaataggaccttgttggagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 4567526  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
     ||| ||||| || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  4567527 agggagaagctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 4567575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 63 - 450
Target Start/End: Original strand, 15314167 - 15314552
Alignment:
Q  63 atgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaa 162  Q
    ||||||||||||| |||||    |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| | | ||||||| || ||||||||  | |||||||| |||||    
T  15314167 atgggggaggttcatatttcacgtctatcattgatgattactctagaagagtatgggtttatattttgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaattcaa 15314266  T
Q  163 agaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttt 262  Q
     |||||| | |  ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15314267 ggaatgggatatacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttaagaactgacaatggccaggagtttgttttagagcagtttaatgagttt 15314366  T
Q  263 tgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtga 362  Q
    ||||||  |||||| || |||||||||||||  ||  ||   ||||| ||||  || |||||||| ||| | ||||| |||||  | |||||||||||||    
T  15314367 tgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaattgtggca--tacacctcaactgaacggtcttgctgaaagaatgaacaggaccttgttggagcgtgtga 15314464  T
Q  363 ggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||||||| | || |||||||| ||  | |||||||||| ||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  15314465 ggtgtatgctgctgggagctggattgtccaagagtttctagggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 15314552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 60 - 264
Target Start/End: Original strand, 16634337 - 16634541
Alignment:
Q  60 ctcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagtt 159  Q
    |||||||||||||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||| || || ||||| |   || |||| || ||||||||| | |||||||| ||    
T  16634337 ctcatgggggaggttcatatttcatgtctattattgatgattattctagaagggtatgggtttacattctgaagaataaaagtgacgcttttgaaaaatt 16634436  T
Q  160 caaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgag 259  Q
     ||||||||||| || || ||||||||| | || | ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16634437 taaagaatggcatacacttatagaaaattagattgaaactaaactgaaagtgttaagaactgacaatggtctggagtttgtttcagagcagtttaatgag 16634536  T
Q  260 ttttg 264  Q
    |||||    
T  16634537 ttttg 16634541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 59 - 267
Target Start/End: Original strand, 47564607 - 47564815
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||| || || ||||| |   || |||| || ||||||||| | |||||||| |    
T  47564607 actcatgggggaggttcatatttcatgtctattattgatgattattctagaagggtatgggtttacattctgaagaataaaagtgacgcttttgaaaaat 47564706  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    | |||||||| || || ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47564707 ttaaagaatgacatacacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaacttacaatgacctgaagtttgtttcagagcagtttaatga 47564806  T
Q  259 gttttgcag 267  Q
    |||||||||    
T  47564807 gttttgcag 47564815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 31398735 - 31399184
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31398735 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 31398834  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398835 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 31398934  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398935 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 31399034  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399035 aagaacactgcaacaaaatggccttgcggaacgcatgaataggacacttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 31399134  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399135 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 31399184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 33789700 - 33789251
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33789700 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggcccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 33789601  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33789600 tactctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacaccctcatagaaaatcaaatgggaacta 33789501  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789500 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 33789401  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789400 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggacacttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 33789301  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789300 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 33789251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 37558345 - 37558794
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37558345 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttgggctccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 37558444  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558445 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgatacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 37558544  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558545 aactaaaaggtttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 37558644  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558645 aagaacacctcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 37558744  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558745 tggggtgaagccgtgacaacagctgcttatttgatcaatagatgtccatc 37558794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 43595465 - 43595016
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43595465 ttctagtaggtcttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 43595366  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595365 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagtttaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 43595266  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595265 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 43595166  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595165 gagaacaccacaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgagatgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 43595066  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595065 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 43595016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 43628259 - 43627810
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43628259 ttctagtaggtcttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 43628160  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43628159 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagtttaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 43628060  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43628059 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 43627960  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627959 gagaacaccacaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgagatgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 43627860  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627859 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 43627810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 27448167 - 27447718
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27448167 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 27448068  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27448067 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagtttaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaattggaacta 27447968  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447967 aactaaaaggtttaagaactgacaatggtctgaagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 27447868  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447867 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgagatgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 27447768  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447767 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 27447718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 24557327 - 24557776
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  24557327 ttctagtaagccttttgagtatgtacattcggacctttggggtccttctaagactcttactcatggagggggttcctattttctttccatcattgatgat 24557426  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24557427 tattctaggagagtgtgagtcgttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgagaagtttaaggaatgacacactctcatagaaaatgaaatgggaacta 24557526  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  24557527 aactaaaagggttgagaactgacaatggcctggagtttgtttaagagcaatttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcataggaccgtact 24557626  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  24557627 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacacatgaatatgacccttttggagcgggtgaggtgtatgctttaaggagctgggttacctaagagtttc 24557726  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    | |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24557727 tagggtgaagcaatgacaactgctgcttatttgatcaatagatgtccatc 24557776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 24598359 - 24598808
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  24598359 ttctagtaagccttttgagtatgtacattcggacctttggggtccttctaagactcttactcatggagggggttcctattttctttccatcattgatgat 24598458  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24598459 tattctaggagagtgtgagtcgttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgagaagtttaaggaatgacacactctcatagaaaatgaaatgggaacta 24598558  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  24598559 aactaaaagggttgagaactgacaatggcctggagtttgtttaagagcaatttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcataggaccgtact 24598658  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  24598659 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacacatgaatatgacccttttggagcgggtgaggtgtatgctttaaggagctgggttacctaagagtttc 24598758  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    | |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24598759 tagggtgaagcaatgacaactgctgcttatttgatcaatagatgtccatc 24598808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 28836636 - 28836196
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||| |         ||||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  28836636 ttctagtagacgttttaagtatgtacattcggacctttggggttcttcca---------ctcatggagggggttcctattttcttttcatcattgatgat 28836546  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28836545 tattctacaagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaattgacacctttgagaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggatcta 28836446  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||    
T  28836445 aactaaaaggattgagaactgataatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggttgaatggattcaagaggcataggactgtacc 28836346  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28836345 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacacatgaatatgacccttttggagtgtgtgaggtgtatgcttctaggagctgggttacctaagagtttc 28836246  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    | ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28836245 tagggtgaagcagtgacaactgttgcttatttgatcaatagatgtccatc 28836196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 59 - 450
Target Start/End: Original strand, 25447332 - 25447723
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||    |||||||| |    
T  25447332 actcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgattattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatggttttgaaaaat 25447431  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    ||||||||||| | || ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25447432 tcaaagaatgggatacacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 25447531  T
Q  259 gttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgt 358  Q
    ||||| ||||  |||||| || |||||||||||||| ||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | |||||||||    
T  25447532 gtttttcaggaagaaaggtataaagaggcatagaactgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactttgttggagcgt 25447631  T
Q  359 gtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||  | |||||||| ||  | |||||||||| ||| || || || |  || ||  | |||||||| ||||||||||||||    
T  25447632 gtgaggtgtatgatgttgggagctggattgtccaagagtttctagggagaggctgttagtactgcaacatatttgattaatagatgtccatc 25447723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 31302613 - 31302305
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| | |||||||  |||||||||||||||||||| |||||            
T  31302613 ttctagtaggccctttgagtatgtgcatttggatttttggggtccttgtaagacacttactcatatgggaggttcctattttctttttatca-------- 31302522  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
          ||    ||  |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||| || |||||||||||||| ||||| |    
T  31302521 ------ag----gtacgggtctttcttttgaaaaataaaagtggcacctttgaaaagtttacaaaatggcacacccttatagaaaatcaaatcggaacga 31302432  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgt-------ttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaa 293  Q
    || | |||  |||||||| | |||||| ||| |||||| |       ||||||  ||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  31302431 aattgaaaactttaagaatttacaatgtccttgagtttttatttttcttcagaaaagtttaatgagatttgcatgttaaaaggtatcaagaggcata-aa 31302333  T
Q  294 ccgtaccaagaacaccgcaacaaaatgg 321  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  31302332 ccgtaccaagaacaccgcaataaaatgg 31302305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 31334924 - 31334833
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatca 92  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  31334924 ttctagtaggtcctttgagtatgtgcatttggattttgggggtccttctaagacacttactcatatgggaggttcctattttctttttatca 31334833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 117 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 31334826 - 31334619
Alignment:
Q  117 gggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaag 216  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | | ||||| |||  ||  ||||||||||||||||||| ||| | |||  ||||||    
T  31334826 gggtctttcttttgaaaaataaaagtggcacctttgaaaagtttacaaaatggtacaaccttgtagaaaatcaaatgggaacgaaattgaaaactttaag 31334727  T
Q  217 aactgacaatggcctggagtttgt------ttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccg 310  Q
     | | |||||| ||| || ||| |      ||  ||| |||| |||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  31334726 catttacaatgtccttgaatttttattttctttggagaagttgaatgagatttgcatgttaaaaggtatcaagaggcata-aaccgtaccaagaacgccg 31334628  T
Q  311 caacaaaat 319  Q
    ||| |||||    
T  31334627 caataaaat 31334619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 43
Target Start/End: Original strand, 25447275 - 25447316
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggt 43  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25447275 tctagtaggtcttttgagtatgttcattcggatctttggggt 25447316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 19347622 - 19347173
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19347622 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 19347523  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347522 tactctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 19347423  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347422 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 19347323  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347322 aagaacaccgcaacaaaatggccttgcggaacgcatgaataggacacttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 19347223  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347222 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 19347173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 25394230 - 25393781
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  25394230 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttccaagactcctacttatgagggaggttcctattttctttccatcattgatgat 25394131  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25394130 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgaaaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 25394031  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25394030 aactaaaaggtttgagaactgacaatggcctagagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 25393931  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  25393930 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaataagactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagatgggttacctaagagtaac 25393831  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||||    
T  25393830 tggggtgaagcagtgacaaaaactacttatttgatcaatagatgtccatc 25393781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 411
Target Start/End: Original strand, 17933884 - 17934281
Alignment:
Q  14 tttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggaga 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | ||  |  |||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| |||    
T  17933884 tttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcagt-taatactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgattattctagaaga 17933982  T
Q  113 gtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtt 212  Q
    || ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | || ||  |||||||||| || || |||||||| ||||  |    
T  17933983 gtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatggaatacacttgtagaaaatcagattgggactaaactgaaagtgt 17934082  T
Q  213 taagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgca 312  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||    
T  17934083 tgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggcatacacacctca 17934182  T
Q  313 acaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagc 411  Q
    ||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||| |||| |||||    
T  17934183 acagaatggccttgcagaaagaatgaataggactttgttggagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttccggggagaagc 17934281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Original strand, 2737993 - 2738361
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  2737993 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 2738092  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | |  || ||||||||||| || || || ||    
T  2738093 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatggaatatacttatagaaaatcagattggtaccaa 2738192  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  2738193 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 2738292  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
       ||||| ||||| |||| |||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2738293 tacacacctcaacagaatgatcttgctgaaagaatgaacaggactctgttggagcgtgtgaggtgtatg 2738361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Original strand, 45569178 - 45569626
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  45569178 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 45569277  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||| | || ||  |||||||||| || |  || ||    
T  45569278 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggatacacttgtagaaaatcagattgataccaa 45569377  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  45569378 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggaatttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 45569477  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  45569478 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttagagcgagtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 45569577  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  45569578 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 45569626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Original strand, 39684036 - 39684438
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  39684036 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 39684135  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | || ||  |||||||||| || || || ||    
T  39684136 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatacacttgtagaaaatcagattggtaccaa 39684235  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||  ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  39684236 actgaagtgttga-gaactgacaatggcttgaagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 39684334  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |  |||||||||| ||  | ||||||||||    
T  39684335 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttggagcgcgtgaggtgtatgctgttaggagctggattgtccaagagtttct 39684434  T
Q  402 gggg 405  Q
    ||||    
T  39684435 gggg 39684438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 20053153 - 20052705
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | ||  |   ||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  20053153 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcagt-taagactcatgagggaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 20053055  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || || |||||  | |||||||| || ||||||||| | |  ||  |||||||||| || |||||||    
T  20053054 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaagagtgatgcttttgaaaaatttaaagaatgggatatacttgtagaaaatcagattggaacta 20052955  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || |||||||||| ||||||  |    
T  20052954 aactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagtttagcaggtaaaaaggtataaagaggcataaaaccgtggc 20052855  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||    
T  20052854 atacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaataggaccttgttggagcgtgtgaggtgtatgttattgggagctggattgtccaagagtttc 20052755  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  20052754 tggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 20052705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 66 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22715563 - 22715259
Alignment:
Q  66 ggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaaga 165  Q
    |||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| ||||| ||    
T  22715563 ggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgattattctagaagagtatgggtttacattctgaagaagaaaagtgatgcctttgaaaaattcaatga 22715464  T
Q  166 atggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgc 265  Q
    |||| | |  ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22715463 atggtatatacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgc 22715364  T
Q  266 aggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggt 365  Q
    |||  |||||| || |||||||||||||| ||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||  ||||| | ||||||||||||||||    
T  22715363 aggaagaaaggtataaagaggcatagaactgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaactggactttgttggagcgtgtgaggt 22715264  T
Q  366 gtatg 370  Q
    |||||    
T  22715263 gtatg 22715259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 33332819 - 33333268
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33332819 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcagatctttggggtccttctaagagtcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 33332918  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332919 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 33333018  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333019 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 33333118  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333119 aagaacacctcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 33333218  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333219 tgaggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 33333268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 14739315 - 14739764
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14739315 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcagatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcattgatgat 14739414  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14739415 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatggaaacta 14739514  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739515 aactaaaaggtttaagaactgacaatggtctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 14739614  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14739615 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacacatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtctc 14739714  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739715 tggggtgaagctgtgacaaaggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 14739764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 5 - 449
Target Start/End: Original strand, 24433068 - 24433511
Alignment:
Q  5 agtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattatt 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  24433068 agtagaccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccttccaagacacttactcatggtggaggttcctattttctttccattattgatgattatt 24433167  T
Q  105 ctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaact 204  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24433168 ctatgagagtgtgggtcttt-tttggaaaaacaaaagtgacatctttgagaagtttaatgaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaact 24433266  T
Q  205 aaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaaga 304  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24433267 aaaaggtttgagaagtgataatggcctgaagtttgtttcaaagcaatttaatgagttttgtaggttgaaataaatcaagaggcatagaaccgtaccaaga 24433366  T
Q  305 acaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggg 404  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24433367 acaccacaacaaaatggtcttgcttaacgcatgaataggacccttttggagcaggtgaggtgtatgcttctaggagctgggttacctaagagtttctagg 24433466  T
Q  405 gtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccat 449  Q
    ||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24433467 gtgaagtagtgacaactgctgcttattggatcaatagatgtccat 24433511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 59 - 370
Target Start/End: Original strand, 25943514 - 25943825
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |    
T  25943514 actcatgggggaggttcatatttcatgtctatcatcgatgattattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcctttgaaaaat 25943613  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    ||||||||||| | |  || ||||||||||| || ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25943614 tcaaagaatggaatatacttatagaaaatcagattggaactaaactaaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 25943713  T
Q  259 gttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgt 358  Q
    |||||| |||  |||||| || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||  ||||| | |||||||||    
T  25943714 gttttgtaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaaccggactttgttggagcgt 25943813  T
Q  359 gtgaggtgtatg 370  Q
    ||||||||||||    
T  25943814 gtgaggtgtatg 25943825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Original strand, 13880527 - 13880975
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    | ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  13880527 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagaatcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 13880626  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||  || |||| || ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | |  || ||||||||||| || || || ||    
T  13880627 attctagaagagtatgggttttcattctgaagaagaaaagtgatgcttttgaaaaattcaaggaatgggatatacttatagaaaatcagattggtaccaa 13880726  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  13880727 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggagtttgtttcagaacagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 13880826  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  13880827 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaataggactctgttggagcgtgtgagatgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 13880926  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  13880927 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 13880975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 35204456 - 35204088
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |||    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  35204456 tctagtagaccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcgacgaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 35204357  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||| | |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||  | |  || ||||||||||| || || || ||    
T  35204356 attctagaagagtatggatttacattatgaagaataaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatgaaatatacttatagaaaatcagattggtaccaa 35204257  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| ||  ||    
T  35204256 actgaaagtgttgagaactgacaatggcttggaatttgtttcagaacagtttaatgagttttgcagaaagaaaggtataaagaggcatagaacagtggca 35204157  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  35204156 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactttgttggagcgtgtgaggtgtatg 35204088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17693248 - 17692880
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |    |     ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  17693248 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggaactttggggtccaacatcaaaaaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 17693149  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || || |||||  | |||||||| |||||||||||| |||  ||   ||||||| | || ||||||||    
T  17693148 attctagaagagtatgggtgtacattctgaagaagaagagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggacatacttgcagaaaattagattggaactaa 17693049  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||  ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  17693048 acggaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagaatagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 17692949  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||  | |||||||||||||| ||||||    
T  17692948 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaaaaggacaatgttggagcgtgtgagatgtatg 17692880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 22349364 - 22348955
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcct-actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||  | |  | ||   |||||||||| |||||| |||||  | || || || ||||||    
T  22349364 tctagtaggccttttgagtatgtttattcggatctttggggtccagc-atcagtcaagactcatggggaaggttcatatttcatgtcaattattgatgat 22349266  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  | ||||||||  |  || ||||||| |  ||  |||||||||| || |||||||    
T  22349265 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaaatttaaaaatggcatatacttgtagaaaatcagattggaacta 22349166  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||| || |||||| ||||||||||  |    
T  22349165 aactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcaaagcagtttaatgagttttgcaggaaaaaaggtataaagaggaatagaaccgtggc 22349066  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
    |   |||||  ||||||||||| |||| ||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||||||||    
T  22349065 atacacaccttaacaaaatggtgttgctgaaagaatgaataggaccttgttggagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttc 22348966  T
Q  401 tggggtgaagc 411  Q
    | ||| |||||    
T  22348965 ttgggagaagc 22348955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 24077269 - 24077129
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatggggga--ggttcctattttctttctatcatcgatg 98  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| | | || |||||||||||||||||||   |||||||||||||    |||||| ||  | |||||||| ||||    
T  24077269 ttctagtaaaccctttgagtatgtgcaatggaatatttggggtccttctaagacaattactcatgggggaaccattcctacttcttatctatcattgatg 24077170  T
Q  99 attattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaa 139  Q
    ||||||||||||| || || || ||| |||||| |||||||    
T  24077169 attattctaggagggtatgagtatttattttgagaaacaaa 24077129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 41396583 - 41396134
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||    
T  41396583 ttctagtaggccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttttgtcattgacgat 41396484  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396483 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaacgtgatacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 41396384  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396383 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 41396284  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41396283 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaatagtttc 41396184  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396183 tggagtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 41396134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 441
Target Start/End: Original strand, 47100561 - 47101002
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  47100561 ttctagtaggccttttgagtatgtacattcggacctttgcggtccttccaagacacttactcatggagggggttcctattttctttccatcattgatgat 47100660  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47100661 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtaacacctttgagaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 47100760  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47100761 aactaaaagggttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgagttttgcaggttaaaaggaatcaagaggcataggaccgtacc 47100860  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactc-ttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagttt 399  Q
     |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  47100861 gagaacaccgcaataaaatggtcttgctgaacgcatgaatatgaccctttttggagcgtgtgaggtgtatgcttctaggagctgggttacctaagatttt 47100960  T
Q  400 ctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatag 441  Q
    || ||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  47100961 ctagggtgaagcagtgacaactactgtttatttgatcaatag 47101002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 450
Target Start/End: Original strand, 9523516 - 9523964
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |   |      ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||    
T  9523516 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcggtcaagactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgatt 9523615  T
Q  102 attctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaa 201  Q
    ||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | |  || ||||||||||| || ||||||||    
T  9523616 attctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgatgcctttgaaaaattcaaagaatgggatatacttatagaaaatcagattggaactaa 9523715  T
Q  202 actaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacca 301  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  9523716 actgaaagttttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggca 9523815  T
Q  302 agaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttct 401  Q
       ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||  | ||||||||||    
T  9523816 tacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactctgttggagcgtgtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagagtttct 9523915  T
Q  402 ggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  9523916 ggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 9523964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2397616 - 2397278
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttc-taagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | ||  |   ||||||||||||||||| ||     ||||||| || ||||||    
T  2397616 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagcatcagt-taaaactcatgggggaggttcata-----tttctattattgatgat 2397523  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| ||||| |   || |||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||  |||||||||| ||  ||||||    
T  2397522 tattctagaagagtatgggtttacattctgaagaataaaagtgacacttttgaaaaatttaaagaatggcatacacttgtagaaaatcagattagaacta 2397423  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||| ||||  || |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| || |||||||||||||||||  |    
T  2397422 aactgaaagtgttgagaactaataatggcatggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaaaaaaggtataaagaggcatagaaccgtggc 2397323  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggac 345  Q
    |   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  2397322 atacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaataggac 2397278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 227
Target Start/End: Original strand, 14189683 - 14189850
Alignment:
Q  60 ctcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagtt 159  Q
    ||||| |||||||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||| || |||||||  |   || ||||||| ||||||||| | |||||||| ||    
T  14189683 ctcattggggaggttcatatttcatgtctattattgatgattattctagaagggtgtgggattccattctgaaaaataaaagtgacgcttttgaaaaatt 14189782  T
Q  160 caaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatg 227  Q
     |||||||| || ||  ||||||||||| | || | ||||||||| ||||  |||||||| |||||||    
T  14189783 taaagaatgacatacaatcatagaaaattagattgaaactaaactgaaagtgttaagaaccgacaatg 14189850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 852 - 403
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  852 ttctagtaggccttttaagtatgtacattcagacctatggggtccttccaagactcttactcatgggggatgttcctattttctttccatcattgatgat 753  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  752 tattcttggagagtgggggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgtgaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 653  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  652 aactaaaagggttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgagtttggcaggttaaaaggaatcaagaggcatacgaccgtacc 553  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  552 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaatatgacccttttggagcgtgtgaggtgtatgcttctaggagttgggttacctaagagattc 453  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  452 tggagtgaagcagtgacaactgctgcttatttgattaatagatgtccatc 403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 9008 - 8559
Alignment:
Q  1 ttctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9008 ttctagtaggccttttaagtatgtacattcagacctatggggtccttccaagactcttactcatgggggatgttcctattttctttccatcattgatgat 8909  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8908 tattcttggagagtgggggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacatttgtgaagtttaaggaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 8809  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  8808 aactaaaagggttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcaatttaatgagtttggcaggttaaaaggaatcaagaggcatacgaccgtacc 8709  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  8708 gagaacaccgcaacaaaatggtcttgctgaacgcatgaatatgacccttttggagcgtgtgaggtgtatgcttctaggagttgggttacctaagagattc 8609  T
Q  401 tggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8608 tggagtgaagcagtgacaactgctgcttatttgattaatagatgtccatc 8559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 5 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 35350 - 34905
Alignment:
Q  5 agtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcctactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattatt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  35350 agtagaccttttgagtatgtgcactcggatctttggggtccttccaagacacatactcatgggggaggttcctattttctttctatcattaatgattatt 35251  T
Q  105 ctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaact 204  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  35250 ctaggagagtgtggatctttgttttaaaaaacaaaagtgacacctttaataagtttaaggaattgcacactctcataaaaaattaaatgggaactaaact 35151  T
Q  205 aaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaaga 304  Q
     ||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | |||||||||||||||| | |  ||||||||||||    
T  35150 gaaaggtttgtgaattgacattggcctggagtttgtttcagagcaatttaatcagttttggatatagaaaggaatcaagaggaacatgaccgtaccaaga 35051  T
Q  305 acaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||| | ||||||||| |    
T  35050 acaccgcaacaaaatggtcttgctgaacatatgaatacgaccgttttggagcgggtgaggtgtatgcatctaggagatgggttaccaatgagtttctgag 34951  T
Q  405 gtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||| | |||| ||| || |||||||||||||| | |||||||||    
T  34950 gtgaatcagtgaaaactgcagcttatttgatcaacatatgtccatc 34905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 49599 - 49231
Alignment:
Q  2 tctagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtccttctaagactcc-tactcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |  | ||  |||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  49599 tctagtaggccttttgagtatgttcattcggatctttggggtccagc-atcagtcaatactcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgat 49501  T
Q  101 tattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagttcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaacta 200  Q
    |||||||| ||||| || || |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |  || ||||||||||| || |||||||    
T  49500 tattctagaagagtatgagtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaattcaaagaatgggatatacttatagaaaatcagattggaacta 49401  T
Q  201 aactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtacc 300  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||  |    
T  49400 aactaaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcatagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtataaagaggcatagaaccgtggc 49301  T
Q  301 aagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatg 370  Q
    |   ||||| ||| | ||||||||||| ||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  49300 atacacacctcaaaagaatggtcttgctgaaagaatgaacaggactttgttggagcgtgtgaggtgtatg 49231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 96; Significance: 7e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 59 - 450
Target Start/End: Original strand, 18171 - 18562
Alignment:
Q  59 actcatgggggaggttcctattttctttctatcatcgatgattattctaggagagtgtgggtctttgttttgaaaaacaaaagtgacacctttgaaaagt 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||||| ||||| || || |   || |||| || ||||||||  | |||||||| |    
T  18171 actcatgggggaggttcatatttcatgtctatcattgatgattattctagaagagtatgagtttacattctgaagaataaaagtgatgcttttgaaaaat 18270  T
Q  159 tcaaagaatggcacactctcatagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 258  Q
    | ||||||||||| |  ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18271 ttaaagaatggcatatacttgtagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatga 18370  T
Q  259 gttttgcaggttgaaaggaatcaagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgt 358  Q
    ||||||||||   || || || |||||||||||||||||  ||   ||||| ||||| ||||||| |||  || | ||||| | |||  | ||||| |||    
T  18371 gttttgcaggaaaaagggtataaagaggcatagaaccgtggcatacacacctcaacagaatggtcatgctaaaagaatgaacatgaccttgttggaacgt 18470  T
Q  359 gtgaggtgtatgattctaggagctgggttacctaagagtttctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    |||||||||||| |  | |||||||| ||  | |||| ||||||||| ||||| || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  18471 gtgaggtgtatgctgttgggagctggattgtccaagaatttctggggagaagctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 18562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Original strand, 18116 - 18157
Alignment:
Q  4 tagtagaccttttgagtatgtgcattcggatctttggggtcc 45  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18116 tagtaggccttttaagtatgttcattcggatctttggggtcc 18157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 180 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 1359 - 1089
Alignment:
Q  180 tagaaaatcaaatgggaactaaactaaaaggtttaagaactgacaatggcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggttgaaaggaat 279  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  1359 tagaaaatcagattggaactaaactgaaagtgttgagaactgacaatagcctggagtttgtttcagagcagtttaatgagttttgcaggaagaaaggtat 1260  T
Q  280 caagaggcatagaaccgtaccaagaacaccgcaacaaaatggtcttgcggaacgcatgaataggactcttttggagcgtgtgaggtgtatgattctagga 379  Q
     |||||||||||||| ||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||| |||| | |||||||||||||| |||||| |  | |||    
T  1259 aaagaggcatagaactgtggcatacacacctcaacagaatggtcttgctgaaagaatgaatatgactttgttggagcgtgtgagttgtatgttgttggga 1160  T
Q  380 gctgggttacctaagagtttctggggtgaagccgtgacaacggctgcttatttgatcaatagatgtccatc 450  Q
    ||||| ||  | |||||||||||||| || || || |  || || || |||||||| || |||||||||||    
T  1159 gctggattgtccaagagtttctggggagaggctgttagtactgcagcatatttgattaacagatgtccatc 1089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University