View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8942_high_6 (Length: 384)

Name: NF8942_high_6
Description: NF8942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8942_high_6
NF8942_high_6
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (6-153)||(37204235-37204382)
chr8 (6-153)||(37209712-37209859)
chr8 (1-153)||(30714221-30714374)
chr8 (1-153)||(30721998-30722151)
chr8 (6-153)||(21241172-21241317)
chr8 (6-153)||(21247676-21247821)
chr8 (28-153)||(27679658-27679783)
chr8 (1-155)||(30727606-30727761)
chr8 (28-154)||(27683440-27683566)
chr8 (48-153)||(26196896-26197002)
chr8 (32-144)||(24042891-24043004)
chr8 (61-154)||(26196996-26197090)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (6-153)||(22822537-22822684)
chr7 (6-153)||(22826840-22826987)
chr7 (1-154)||(29176543-29176697)
chr7 (1-144)||(29185532-29185676)
chr7 (6-154)||(346536-346687)
chr7 (6-153)||(340302-340452)
chr7 (30-153)||(8242541-8242665)
chr7 (30-153)||(8248110-8248234)
chr7 (4-153)||(25830398-25830547)
chr7 (54-153)||(2068782-2068882)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (1-153)||(910853-911005)
chr4 (1-154)||(30679798-30679952)
chr4 (1-153)||(30673705-30673858)
chr4 (6-154)||(42404642-42404788)
chr4 (6-153)||(12435360-12435505)
chr4 (6-153)||(42411107-42411252)
chr4 (1-153)||(25687564-25687717)
chr4 (6-153)||(29333637-29333782)
chr4 (1-154)||(1913737-1913893)
chr4 (1-151)||(25697332-25697483)
chr4 (1-153)||(12659195-12659350)
chr4 (6-153)||(18890002-18890150)
chr4 (26-153)||(917320-917447)
chr4 (3-153)||(23187963-23188114)
chr4 (4-153)||(1874001-1874151)
chr4 (6-153)||(16325727-16325877)
chr4 (6-153)||(16334771-16334921)
chr4 (3-153)||(23200526-23200677)
chr4 (1-151)||(12439298-12439449)
chr4 (1-153)||(12428889-12429042)
chr4 (1-149)||(12665713-12665859)
chr4 (6-153)||(48305352-48305499)
chr4 (4-154)||(55325478-55325631)
chr4 (32-153)||(4393790-4393912)
chr4 (11-154)||(33360198-33360342)
chr4 (93-153)||(42119835-42119895)
chr4 (122-154)||(29330090-29330122)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (4-153)||(25445068-25445218)
chr2 (1-153)||(19437543-19437696)
chr2 (1-154)||(25454723-25454877)
chr2 (1-153)||(19443118-19443271)
chr2 (1-153)||(43293142-43293297)
chr2 (6-153)||(24053297-24053447)
chr2 (1-153)||(43287397-43287552)
chr2 (1-153)||(24056628-24056782)
chr2 (32-153)||(31437151-31437273)
chr2 (32-153)||(31433045-31433167)
chr2 (32-134)||(8872259-8872362)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (1-153)||(31092953-31093106)
chr1 (1-153)||(31099559-31099712)
chr1 (6-153)||(38984912-38985057)
chr1 (6-153)||(38991099-38991244)
chr1 (1-154)||(18540711-18540865)
chr1 (1-153)||(18534985-18535138)
chr1 (30-153)||(28519275-28519398)
chr1 (1-153)||(11660177-11660330)
chr1 (5-154)||(27347175-27347327)
chr1 (6-153)||(28512812-28512955)
chr1 (1-154)||(35625256-35625412)
chr1 (1-154)||(11654019-11654173)
chr1 (3-153)||(37365157-37365310)
chr1 (1-154)||(38736038-38736194)
chr1 (5-153)||(37356741-37356892)
chr1 (6-154)||(7876090-7876239)
chr1 (1-154)||(39492739-39492893)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-153)||(23058960-23059113)
chr5 (1-153)||(23053385-23053538)
chr5 (1-153)||(35264546-35264699)
chr5 (1-153)||(35270287-35270440)
chr5 (4-153)||(21171196-21171346)
chr5 (1-153)||(39653933-39654086)
chr5 (6-153)||(25365403-25365553)
chr5 (4-153)||(16675564-16675711)
chr5 (4-153)||(21178057-21178209)
chr5 (35-67)||(2135850-2135882)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (1-153)||(14025-14178)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (6-153)||(2978246-2978394)
chr3 (6-153)||(2982190-2982338)
chr3 (1-153)||(21453160-21453315)
chr3 (1-153)||(21458334-21458489)
chr3 (1-153)||(15752503-15752658)
chr3 (1-153)||(15758296-15758451)
chr3 (1-154)||(21473103-21473259)
chr3 (1-154)||(49491225-49491381)
chr3 (6-154)||(21877163-21877314)
chr3 (1-153)||(49486728-49486883)
chr3 (6-153)||(21883424-21883574)
chr3 (1-153)||(21477492-21477646)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (26-153)||(23427482-23427609)
chr6 (1-154)||(18738572-18738726)
chr6 (26-154)||(23421635-23421763)
chr6 (6-154)||(33660902-33661053)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (1-153)||(111875-112030)
scaffold0014 (97-153)||(106062-106118)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (6-153)||(9323-9472)
[»] scaffold0079 (1 HSPs)
scaffold0079 (6-153)||(57939-58089)
[»] scaffold0258 (1 HSPs)
scaffold0258 (1-151)||(6284-6435)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 37204382 - 37204235
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37204382 tattcttattcactgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 37204283  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37204282 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 37204235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 37209859 - 37209712
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37209859 tattcttattcactgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 37209760  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37209759 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 37209712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 30714221 - 30714374
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  30714221 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 30714320  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30714321 tatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataaca 30714374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 30721998 - 30722151
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  30721998 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 30722097  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30722098 tatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataaca 30722151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21241317 - 21241172
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21241317 tattcttattcacta--gtctgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggt 21241220  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241219 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 21241172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21247821 - 21247676
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21247821 tattcttattcacta--gtctgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggt 21247724  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21247723 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 21247676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 27679658 - 27679783
Alignment:
Q  28 tatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttg 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27679658 tatcaatgttacaaattagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 27679757  T
Q  128 gacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  27679758 gacatccaatattaatatttataaca 27679783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Original strand, 30727606 - 30727761
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  30727606 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttttaggaaaatatagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 30727705  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaac 155  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30727706 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaac 30727761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 154
Target Start/End: Original strand, 27683440 - 27683566
Alignment:
Q  28 tatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttg 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27683440 tatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaaacccaaaacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 27683539  T
Q  128 gacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27683540 gacatccaatattaatatttataacaa 27683566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 48 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 26197002 - 26196896
Alignment:
Q  48 tctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatt 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26197002 tctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctatttgaacatccactattaatatt 26196903  T
Q  147 tataaca 153  Q
    |||||||    
T  26196902 tataaca 26196896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 144
Target Start/End: Original strand, 24042891 - 24043004
Alignment:
Q  32 aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggac 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24042891 aatgttacatatgagctctatttatagagaaatagagtagcttatgaactaagcccaataatctaatattatggcccattaacacatttgttatttggac 24042990  T
Q  131 atccaatattaata 144  Q
    | |||  |||||||    
T  24042991 acccacaattaata 24043004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 154
Target Start/End: Original strand, 26196996 - 26197090
Alignment:
Q  61 aaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26196996 aaatagaaaagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcctataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 26197090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 22822684 - 22822537
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22822684 tattcttattcactgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 22822585  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22822584 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 22822537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 22826987 - 22826840
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22826987 tattcttattcactgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 22826888  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22826887 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 22826840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29176697 - 29176543
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29176697 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 29176598  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29176597 tatgacccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 29176543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 29185676 - 29185532
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29185676 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 29185577  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaata 144  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29185576 tatggcccactaacacattttctatttggacatccaatattaata 29185532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 154
Target Start/End: Original strand, 346536 - 346687
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  346536 tattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagctcaataacctagtagtat 346635  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  346636 ggctcaataacacatttgctatttggacatccgctattaatatttataacaa 346687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 340302 - 340452
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  340302 tattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 340401  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  340402 ggctcaataacacatttgttatttggacatccgctattaatatttataaca 340452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8242665 - 8242541
Alignment:
Q  30 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttgg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || || |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8242665 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcctaataatctagtaatatgacccactaacacatttgctatttgg 8242566  T
Q  129 acatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  8242565 acatccactattaatatttataaca 8242541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8248234 - 8248110
Alignment:
Q  30 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttgg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| || || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8248234 tcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaattaagcctaataatctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 8248135  T
Q  129 acatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  8248134 acatccactattaatatttataaca 8248110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 25830398 - 25830547
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||||||||||||||| ||| |   |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||    
T  25830398 agtattcttattcactggtgtgtccctcaatgctacaaaggagctctatttatagggaaatataatagcttatggactaagcccaacaatctagtag-at 25830496  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25830497 agcccattaaccaatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 25830547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 153
Target Start/End: Original strand, 2068782 - 2068882
Alignment:
Q  54 tatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaa-acctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataac 152  Q
    |||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||  | ||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2068782 tatagggaaatataatagcttatggactaagcccaatcatctattagtatagcctattaactcatttgctatttggacatccactattaatatttataac 2068881  T
Q  153 a 153  Q
    |    
T  2068882 a 2068882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 910853 - 911005
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  910853 agcagtattcttattcactgatctgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagt 910952  T
Q  101 atggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  910953 atggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 911005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 30679798 - 30679952
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30679798 agcagtattcttattcactaatgtatttatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 30679897  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30679898 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 30679952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 30673705 - 30673858
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30673705 agcagtattcttattcactaatgtatttatcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 30673804  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30673805 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30673858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 42404788 - 42404642
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42404788 tattcttattcactagtgt--gtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 42404691  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42404690 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 42404642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 12435360 - 12435505
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12435360 tattcttattcactagtgt--gtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 12435457  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12435458 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 12435505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 42411252 - 42411107
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42411252 tattcttattcacta--gtttgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 42411155  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42411154 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 42411107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 25687564 - 25687717
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||    
T  25687564 agcagtattcttattcactgatctatatatcaatgttacaaatgagctctgtttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataaactagtag 25687663  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25687664 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 25687717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 29333782 - 29333637
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29333782 tattcttattcactagtgt--gtatcaatgttacaaatgagctttatttatagggaaatagagtaggttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 29333685  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29333684 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 29333637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 1913737 - 1913893
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |    
T  1913737 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaat 1913836  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1913837 agtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 1913893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 25697332 - 25697483
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| || |||||||    
T  25697332 agcagtattcttattcactgatctatatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagtccaataaactagtag 25697431  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataa 151  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  25697432 tatggcccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataa 25697483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 12659195 - 12659350
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  12659195 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcagtgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 12659294  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12659295 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 12659350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 18890150 - 18890002
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatgg 104  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  18890150 tattcttattcactaatgtgtatatcaatgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctaatagtatgg 18890051  T
Q  105 cccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18890050 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18890002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 153
Target Start/End: Original strand, 917320 - 917447
Alignment:
Q  26 tgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccattaacacatttgctatt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  917320 tgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccgaaacctagtagtatagcccactaacatatttgctatt 917419  T
Q  126 tggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  917420 tagacatccaatattaatatttataaca 917447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 23188114 - 23187963
Alignment:
Q  3 cagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagta 101  Q
    ||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||    
T  23188114 cagtattcttattcacttatctgtctatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagctcaataaactagtagta 23188015  T
Q  102 tggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23188014 tggtccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23187963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 1874001 - 1874151
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||| || ||||||    
T  1874001 agtattcttattcactgatgtgtatctcaatgttacaaatgagctatatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacataatagtat 1874100  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1874101 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 1874151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 16325727 - 16325877
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16325727 tattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 16325826  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16325827 ggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 16325877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 16334771 - 16334921
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16334771 tattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 16334870  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16334871 ggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 16334921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 23200677 - 23200526
Alignment:
Q  3 cagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagta 101  Q
    |||||||| ||||| ||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| || |||||||||    
T  23200677 cagtattcgtattcgctgatctgtctatcaatgttacaaatgagttctatttatagggaagtagagtaacttatgaactaagcccaataaactagtagta 23200578  T
Q  102 tggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23200577 tggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23200526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 12439298 - 12439449
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |   ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||    
T  12439298 agcagtattcttattcaccgatctctcactcactgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattag 12439397  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataa 151  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12439398 tatggcccataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataa 12439449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 12428889 - 12429042
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |   ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||    
T  12428889 agcagtattcttattcacggatctctcactcactgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattag 12428988  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||||||| |||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12428989 tatggcccataaacctatttgctctttggacatccactattaatatttataaca 12429042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Original strand, 12665713 - 12665859
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||     ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  12665713 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatc-----tacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagccaataacctagtagt 12665807  T
Q  101 atggcccattaacacatttgctatttgg---acatccaatattaatatttat 149  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||   ||||||| |||||||||||||    
T  12665808 atggcccaataacacatttattatttggacaacatccactattaatatttat 12665859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 48305352 - 48305499
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatgg 104  Q
    ||||||||||||||||||||    | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  48305352 tattcttattcactgatgtactactgaatgttacaa-tgaactctatttatagggaaatagagtagcatataaactaagctcaataatctagtggtatgg 48305450  T
Q  105 cccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  48305451 cccattaacgcgtttgctatttggacatccacttttaatatttataaca 48305499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 55325631 - 55325478
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacc---tagtag 99  Q
    |||||| |||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||| ||||   |||||     
T  55325631 agtattattattcactgatgttt-tctcaatgtaacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagtttatgaactaagttcaataacctaatagtat 55325533  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  55325532 tatgacccactaacacatttgctatttggacatctattattaatatttataacaa 55325478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 153
Target Start/End: Original strand, 4393790 - 4393912
Alignment:
Q  32 aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggac 130  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| || || || ||||||||||| | | ||||| |||||| ||||| |||    
T  4393790 aatgttacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagcttatgaattaaacctaataatctagtagtatgactcgttaacccatttgttatttagac 4393889  T
Q  131 atccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  4393890 atccactattaatatttataaca 4393912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 11 - 154
Target Start/End: Original strand, 33360198 - 33360342
Alignment:
Q  11 ttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccat 109  Q
    ||||||||| ||| || | |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||| | ||| ||| || |||||| | | |     
T  33360198 ttattcacttatgcatatctcaatgttacgaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttataaactaaactcaataacttaatagtatagtcaac 33360297  T
Q  110 taacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||    
T  33360298 taacacatttgctatttgtacattcactcttaatatttataacaa 33360342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 93 - 153
Target Start/End: Original strand, 42119835 - 42119895
Alignment:
Q  93 ctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42119835 ctagtagtatgacccattaatccatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 42119895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29330122 - 29330090
Alignment:
Q  122 tatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29330122 tatttggacatccaatattaatatttataacaa 29330090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 25445068 - 25445218
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  25445068 agtattcttattcactgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagtat 25445167  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25445168 ggcccattaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 25445218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 19437543 - 19437696
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19437543 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 19437642  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19437643 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 19437696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 25454723 - 25454877
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  25454723 agcagtattcttattcaatgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagctcaataacctagtag 25454822  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  25454823 tatggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataacaa 25454877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 19443118 - 19443271
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19443118 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 19443217  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19443218 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 19443271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 43293142 - 43293297
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  43293142 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 43293241  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  43293242 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatgtttataaca 43293297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 24053297 - 24053447
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24053297 tattcttattcactaatgtatgtatctcaatattacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 24053396  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24053397 ggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 24053447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 43287397 - 43287552
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  43287397 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 43287496  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  43287497 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatctactattaatgtttataaca 43287552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 24056628 - 24056782
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  24056628 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagtccaataacctagt 24056727  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24056728 agtatgg-ccaataacacatttgctatctggacatccactattaatatttataaca 24056782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 31437273 - 31437151
Alignment:
Q  32 aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggac 130  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||    
T  31437273 aatgttacaaatgaactttatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacacagtattatggtccattaactcatttgttgtttggac 31437174  T
Q  131 atccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  31437173 atccactattaatatttataaca 31437151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 31433167 - 31433045
Alignment:
Q  32 aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggac 130  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||| || ||||| | |||  ||||||||  |||||||||||||||    
T  31433167 aatgttacaaatgaacattatttatagggaaatagaatatcttatgaactaagctcaataaactagttgcatgctccattaactaatttgctatttggac 31433068  T
Q  131 atccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  31433067 atccactattaatatttataaca 31433045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 8872362 - 8872259
Alignment:
Q  32 aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggac 130  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||||||| || | | |||||||||| |||||| |||||| ||| ||||     
T  8872362 aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatatagtagcctatagactaagcccaataatcaaatagtatggcctattaacccatttgatatatggat 8872263  T
Q  131 atcc 134  Q
    ||||    
T  8872262 atcc 8872259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 31092953 - 31093106
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  31092953 agcagtatttttattcactgatgtatatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 31093052  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31093053 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 31093106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 31099559 - 31099712
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  31099559 agcagtatttttattcactgatgtatatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 31099658  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31099659 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 31099712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 38985057 - 38984912
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38985057 tattcttattcactagtgt--gtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 38984960  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38984959 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 38984912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 38991244 - 38991099
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38991244 tattcttattcactagtgt--gtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 38991147  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38991146 ccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 38991099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 18540711 - 18540865
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18540711 agcagtattcttattcactgatctgtatatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 18540810  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18540811 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 18540865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 18534985 - 18535138
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18534985 agcagtattcttattcactgatctgtatatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 18535084  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18535085 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18535138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 28519398 - 28519275
Alignment:
Q  30 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttgga 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28519398 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgga 28519299  T
Q  130 catccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  28519298 catccaatattaatatttataaca 28519275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 11660330 - 11660177
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  11660330 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacatagtag 11660231  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11660230 tatggcccactaacacatttgttacttggacatccactattaatatttataaca 11660177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 154
Target Start/End: Original strand, 27347175 - 27347327
Alignment:
Q  5 gtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagta 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  27347175 gtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagta 27347274  T
Q  102 tggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27347275 tggctcaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 27347327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 28512955 - 28512812
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 105  Q
    ||||||||||||||  |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28512955 tattcttattcactagtgt--gtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggc 28512858  T
Q  106 ccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28512857 ccactaacacatttgc--tttggacatccaatattaatatttataaca 28512812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 35625256 - 35625412
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  35625256 agcagtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataatctagt 35625355  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35625356 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 35625412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 11654173 - 11654019
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  11654173 agcagtattcttattcattgatgtgtatatcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagaatagcttatgaattaagcccaataacatagtag 11654074  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11654073 tatgatccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataacaa 11654019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 153
Target Start/End: Original strand, 37365157 - 37365310
Alignment:
Q  3 cagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  37365157 cagtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 37365256  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37365257 tatggtccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 37365310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 38736194 - 38736038
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |    
T  38736194 agcagtattattattcactgatgtatgtatctgaatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctaat 38736095  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  38736094 agtatggcccaataacatattttctatttggacaaccactattaatatttataacaa 38736038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 153
Target Start/End: Original strand, 37356741 - 37356892
Alignment:
Q  5 gtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagta 101  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37356741 gtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttataaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagta 37356840  T
Q  102 tggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37356841 tggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 37356892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 7876239 - 7876090
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatgg 104  Q
    |||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||    
T  7876239 tattcttattcactaatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttacgaactaagcctaataacctagtagtatgg 7876140  T
Q  105 cccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
     ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7876139 tccactaacacatttgttatttggacattcactattaatatttataacaa 7876090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 39492893 - 39492739
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | ||| | ||||||||||  | ||||||||| |||||||||||| | ||  ||||||||||| || ||| |||    
T  39492893 agcagtattcttattcactgatatatatctcactcttacaaatgaattttatttatagagaaatagagtagtttatagactaagcccaataatctattag 39492794  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||| ||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39492793 tatggctcataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 39492739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 23058960 - 23059113
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  23058960 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 23059059  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23059060 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23059113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 23053385 - 23053538
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  23053385 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagctcaataacctagtag 23053484  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23053485 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23053538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 35264546 - 35264699
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||    
T  35264546 agcagtattcttattcactgatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatag 35264645  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35264646 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35264699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 35270287 - 35270440
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||    
T  35270287 agcagtattcttattcactgatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatag 35270386  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35270387 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35270440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 21171196 - 21171346
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  21171196 agtattcttattcacttatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagtat 21171295  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21171296 ggcccactaacacatttgccatttggacatccactattaatatttataaca 21171346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 39653933 - 39654086
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  39653933 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttataaatgagctctatttataaggaaatatagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 39654032  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39654033 tatggtccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataaca 39654086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 25365403 - 25365553
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtat--caatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25365403 tattcttattcactaatgtgtgttttacaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 25365502  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  25365503 ggcccaataacacatttgctatttgaacatccactattaatatttataaca 25365553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 16675711 - 16675564
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatg 103  Q
    |||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  16675711 agtattcttattcacttatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttatgaattaagccc--aacctagtagtatg 16675614  T
Q  104 gcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16675613 gcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataaca 16675564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 21178057 - 21178209
Alignment:
Q  4 agtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaata--gagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagt 100  Q
    |||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  21178057 agtattcttattcacttatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagt 21178156  T
Q  101 atggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  21178157 atggcccactaacacatttgccatttgaacatccactattaatatttataaca 21178209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 67
Target Start/End: Original strand, 2135850 - 2135882
Alignment:
Q  35 gttacaaatgagctctatttatagggaaataga 67  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2135850 gttacaaatgagctctatttatatggaaataga 2135882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 14178 - 14025
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  14178 agcagtattcttattcactgatgtgtctctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagctcaataacctagtag 14079  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14078 tatggctcactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 14025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 2978246 - 2978394
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatgg 104  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2978246 tattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatgg 2978345  T
Q  105 cccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2978346 cccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataaca 2978394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 2982190 - 2982338
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatgg 104  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  2982190 tattcttattcacttatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatag 2982289  T
Q  105 cccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2982290 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 2982338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21453315 - 21453160
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21453315 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 21453216  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21453215 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21453160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21458489 - 21458334
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21458489 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 21458390  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21458389 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21458334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 15752503 - 15752658
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15752503 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 15752602  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15752603 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 15752658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 15758296 - 15758451
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15758296 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 15758395  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15758396 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 15758451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21473259 - 21473103
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||| || ||| |    
T  21473259 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagtccaataagctaat 21473160  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21473159 agtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 21473103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 49491225 - 49491381
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||||| |    
T  49491225 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatgaattaagctcaataacctaat 49491324  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49491325 agtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 49491381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21877314 - 21877163
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21877314 tattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctccatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 21877215  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21877214 ggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 21877163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 49486728 - 49486883
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||||| |    
T  49486728 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatgaattaagctcaataacctaat 49486827  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49486828 agtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 49486883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21883574 - 21883424
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21883574 tattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 21883475  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21883474 ggctcaataacacatttgctatttggacatccgctattaatatttataaca 21883424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21477646 - 21477492
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21477646 agcagtattcttatttaccgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagccctatttataaaaaaataaagtagcttatgaactaagcccaataacctagt 21477547  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21477546 agtatggcccaataacaca-ttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21477492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 26 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 23427609 - 23427482
Alignment:
Q  26 tgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccattaacacatttgctatt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  23427609 tgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaaaacctagtagtatggtccactaacacatttgctatt 23427510  T
Q  126 tggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23427509 tggacatcaaatattaatatttataaca 23427482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 18738726 - 18738572
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    ||||||||||||||| ||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18738726 agcagtattcttatttactgacgtgtctctcaatgttacaaatgagctctatttataggtaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 18738627  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18738626 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 18738572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 23421763 - 23421635
Alignment:
Q  26 tgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaaaacctagtagtatggcccattaacacatttgctatt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  23421763 tgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaagcccaaaacctagtagtatagtccactaacacatttgctatt 23421664  T
Q  126 tggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23421663 tggacatcaaatattaatatttataacaa 23421635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 154
Target Start/End: Original strand, 33660902 - 33661053
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  33660902 tattcttattcaccgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtaatat 33661001  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacaa 154  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33661002 ggcccataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataacaa 33661053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 112030 - 111875
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |    
T  112030 agcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaat 111931  T
Q  98 agtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  111930 agtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 111875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 97 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 106118 - 106062
Alignment:
Q  97 tagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  106118 tagtatagcccactaacacatttgctatttggacatccgctgttaatatttataaca 106062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 9472 - 9323
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9472 tattcttattca-tgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 9374  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9373 ggcccaataatacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 9323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 58089 - 57939
Alignment:
Q  6 tattcttattcactgatgtatgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 102  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  58089 tattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 57990  T
Q  103 ggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  57989 ggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 57939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0258 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0258
Description:

Target: scaffold0258; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 6284 - 6435
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcactgatgtatgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtag 99  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||   ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |    
T  6284 agcaatattcttattcactgatgcatcactcactgttacaattgagttctatttacagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattcg 6383  T
Q  100 tatggcccattaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataa 151  Q
    ||| |||||| ||   |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  6384 tatagcccataaatttatttgctatttggacatccactgttaatatttataa 6435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University