View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8946_low_1 (Length: 1209)

Name: NF8946_low_1
Description: NF8946
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8946_low_1
NF8946_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-1124)||(18433722-18434851)
chr4 (18-531)||(18354570-18355081)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 980; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 980; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1124
Target Start/End: Original strand, 18433722 - 18434851
Alignment:
Q  18 agaagaaacatgccgcgtctggtagataaagaaagaagagaactgggagaagtaagagacacagttgctgtgcaacacaattgcgaaaatgctatcacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18433722 agaagaaacatgccgcgtctggtagataaagaaagaagagaactgggagaagtaagagacacagttgctgtgcaacacaattgcgaaaatgctatcacaa 18433821  T
Q  118 caaatttggcagacactttaaacatcaaaaagagcttctgaaacaaggccatacttagatttcctaaagtaaatgcatcgccaagaaactttattttaag 217  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18433822 caaatttggca--cactttaaacatcaaaaagagcttctgaaacaaggccatacttagatttcctaaagtaaatgcatcgccaagaaactttattttaag 18433919  T
Q  218 caaaccttatattaccctgaaatagcagaaagataaagcagtattttaccatttgctttaagtgaactgagaatagcatcatcttcatcaagtatcccta 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18433920 caaaccttatatcaccctgaaatagcagaaagataaagcagtattttaccatttgctttaagtgaactgagaatagcatcatcttcatcaagtatcccta 18434019  T
Q  318 tactcatattaaatgaacatcgaacattgctttgagccttgagtgctgcgttataaaagtaatggtattgattagtcattgtcaaattactgttaccagt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18434020 tactcatattaaatgaacatcgaacattgctttgagcctggagtgctgcgttataaaagtaatggtattgattagccattgtcaaattactgttaccagt 18434119  T
Q  418 tcattataaagttaatgatatcgggtcattataaaattgattgtatcgaatagtcaagtaatgaaactaaaaaataatgcatataaagaagtccaacaag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18434120 tcattataaagttaatgatatcgggtcattataaaattgattgtatcgaatagtcaagtaatgaaactaaaaaataatgcatataaagaagtccaacaag 18434219  T
Q  518 atgcaatataagcatacagaatgttgttatacat---atatcatgtggacaatactggacaagcattaaaataaattaaagtttaatccaatcaacttcc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18434220 atgcaatataagcatacagaatgttgttatacatcatatatcatgtgaacaatactggaaaagcattaaaataaattaaagtttaatccaaccaacttcc 18434319  T
Q  615 cgaaaaggggtaacagtatgtcactctgtatgtttgtctagataaagtggttgtcacgggtaacagtatgattaatgatgagattttaactgctaaagag 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18434320 cgaaaaggggtaacagtatgtcactctgtatgtttgtctagataaagtggttgtcacgggtaacagtatgattaatgatgagaatttaactgctaaagag 18434419  T
Q  715 cacatcctcctagtatacatagaatggtaaacaaagataagcatttgcatacttaagttacaccaaaccagctaccgatgacacactctacatatattgc 814  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18434420 cacatcctcctagtatacatagaatggtaaacaaagataagcatttgcatacttaagtaacaccaaaccagctaccgatgacacactctacatatattgc 18434519  T
Q  815 aaaggcaagagacggttcttaatgatgataacataattagtaccagtgtttactcaaatgtcacattcagactgatgccaatatggggtatatactatat 914  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18434520 aaaggcaagagatggttcttaatgatgataaaataattagtaccagtgtttactcaaatgtcacattcagactgatgtcaatatggggtatatactatat 18434619  T
Q  915 accagcttcaaaatggtttacactacatgctttaggcttagagaatgatgttgttcaagaaagaactgaagtggaagatccatataaacggg-------- 1006  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||            
T  18434620 accagcttcaaaatggtttacactacatgctttaggcatagagaatgatgttgttcaagagagaactgaagtggaagatccatataaacgggttcaagta 18434719  T
Q  1007 --------------ttttcattgagacatactacacaatcataatatcatgtttatcatattttaaataaagtatcatgtttatcatgtcaaaaagtata 1092  Q
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18434720 gacaagtactagttttttcattgagacatactacacaatcataatatcatgtttatcatattttaaataaagtatcatgtttatcatgtcaaaaagtata 18434819  T
Q  1093 aactttagaggcacgcagccataattcaccat 1124  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18434820 aactttagaggcacgcaaccataattcaccat 18434851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 18355081 - 18354570
Alignment:
Q  18 agaagaaacatgccgcgtctggtagataaagaaagaagagaactgggagaagtaagagacacagttgctgtgcaacacaattgcgaaaatgctatcacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18355081 agaagaaacatgccgcgtctggtagataaagaaagaagagaactgggagaagtaagagacacagttgctgtgcaacacaattgcgaaaatgctatcacaa 18354982  T
Q  118 caaatttggcagacactttaaacatcaaaaagagcttctgaaacaaggccatacttagatttcctaaagtaaatgcatcgccaagaaactttattttaag 217  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18354981 caaatttggca--cactttaaacatcaaaaagagcttctgaaacaaggccatacttagatttcctaaagtaaatgcatcgccaagaaactttattttaag 18354884  T
Q  218 caaaccttatattaccctgaaatagcagaaagataaagcagtattttaccatttgctttaagtgaactgagaatagcatcatcttcatcaagtatcccta 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18354883 caaaccttatatcaccctgaaatagcagaaagataaagcagtattttaccatttgctttaagtgaactgagaatagcatcatcttcatcaagtatcccta 18354784  T
Q  318 tactcatattaaatgaacatcgaacattgctttgagccttgagtgctgcgttataaaagtaatggtattgattagtcattgtcaaattactgttaccagt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18354783 tactcatattaaatgaacatcgaacattgctttgagcctggagtgctgcgttataaaagtaatggtattgattagccattgtcaaattactgttaccagt 18354684  T
Q  418 tcattataaagttaatgatatcgggtcattataaaattgattgtatcgaatagtcaagtaatgaaactaaaaaataatgcatataaagaagtccaacaag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18354683 tcattataaagttaatgatatcgggtcattataaaattgattgtatcgaatagtcaagtaatgaaactaaaaaataatgcatataaagaagtccaacaag 18354584  T
Q  518 atgcaatataagca 531  Q
    ||||||||||||||    
T  18354583 atgcaatataagca 18354570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University