View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8949_low_2 (Length: 846)

Name: NF8949_low_2
Description: NF8949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8949_low_2
NF8949_low_2
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (16-378)||(11118694-11119057)
chr4 (469-767)||(11119079-11119377)
chr4 (702-767)||(11119456-11119521)
chr4 (729-763)||(11119411-11119445)
chr4 (729-763)||(11119555-11119589)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (30-767)||(42124069-42124807)
chr5 (270-763)||(34239357-34239850)
chr5 (270-767)||(34231601-34232098)
chr5 (284-635)||(42129699-42130050)
chr5 (281-551)||(41712563-41712833)
chr5 (267-446)||(41571127-41571306)
chr5 (703-767)||(42118314-42118378)
chr5 (632-733)||(41712465-41712565)
chr5 (262-373)||(41432340-41432451)
chr5 (259-306)||(41445148-41445195)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (255-763)||(12249269-12249777)
chr2 (395-499)||(32681107-32681211)
chr2 (161-235)||(32681369-32681443)
chr2 (518-641)||(32680976-32681103)
chr2 (324-374)||(32681216-32681266)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (188-767)||(25521818-25522397)
chr6 (44-86)||(25522500-25522542)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (271-629)||(8523841-8524199)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 378
Target Start/End: Original strand, 11118694 - 11119057
Alignment:
Q  16 cacagattgccaaaaattatttccaagaaaccaattgggcattcttccattaagtttgttattggaaagatgcagatgttgcaaacgtgggaaatctcct 115  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||| ||| || ||||||    
T  11118694 cacagattgccaataaatatttccaagaaaccaattgggcattcttccattaagtttgtttttggaaagatccagatgtgacaaacttggaaattctcct 11118793  T
Q  116 tgtaagttgtgaaactcaatcaatatgacagaa-ataatttcagtatttgtaggttagtaaaactataagtgtcattggattcgaattttagtgacaact 214  Q
    |||||||||||||| || |||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11118794 tgtaagttgtgaaattcgatcaagttgacagaagataatttgagtatttgtaggttagtaaaactataagtgacattggattcgaattttagtgacaact 11118893  T
Q  215 gactattccttgaaagggataaaatttccagtacatcaaatttggagaagagtttaaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatctagtgt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  11118894 gactattccttgaaagggataaaatttccaggtcagcaaatttggagaagagtttaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctagttc 11118993  T
Q  315 atttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgttgcttaga 378  Q
    || ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  11118994 atctagctttgttaggctgaaaatgcattctggaatattgccttgtagccggttgttgcttaga 11119057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 469 - 767
Target Start/End: Original strand, 11119079 - 11119377
Alignment:
Q  469 gataacaaggaggaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccat 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  11119079 gataacaaggaggaaggaattgttccatttatcaagttgtcatttaatctcaaatttgttagcttttggaaccctgtaattttgttgggcaggggaccat 11119178  T
Q  569 ctaatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaaggaatttgtccttctaaattgtttgaatatagtttcagttc 668  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||  ||| ||  |  |||||    
T  11119179 ctaatttattattagaacaacctaatgcaacaagttgagtcaagttaaataatgatgatggaatttgtccttctaacttgttataatctaagtcgagttc 11119278  T
Q  669 ttgcagtttagtcatccgaccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 767  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119279 ttgcagttttgtcatcccaccaaacacatctggtattggaccgctaaatgcattggaagaaatatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 11119377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 702 - 767
Target Start/End: Original strand, 11119456 - 11119521
Alignment:
Q  702 tatttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 767  Q
    ||||||||| |||||||| || ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11119456 tatttgaccactaaatgaattcgatccaagatccaagtgaataagttgttgaagatttgaaagtga 11119521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 729 - 763
Target Start/End: Original strand, 11119411 - 11119445
Alignment:
Q  729 aagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaa 763  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11119411 aagatccaagtgaatgagttgttgaaggtttgaaa 11119445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 729 - 763
Target Start/End: Original strand, 11119555 - 11119589
Alignment:
Q  729 aagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaa 763  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11119555 aagatccaagtgaatgagttgttgaaggtttgaaa 11119589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 30 - 767
Target Start/End: Original strand, 42124069 - 42124807
Alignment:
Q  30 aattatttccaagaaaccaattgggcattcttccattaagtttgttattggaaagatgcagatgttgcaaacgtgggaaatctccttgtaagttgtgaaa 129  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||  ||   |  ||||  |  ||| ||||||||||| || || ||    
T  42124069 aatttttttcaagtaaccaattgggcattcttccatgaagtttgttatcagaaatatcaagtgatatcaaatctaagaattctccttgtaaattatggaa 42124168  T
Q  130 ctcaatcaatatgacagaa-ataatttcagtatttgtaggttagtaaaactataagtgtcattggattcgaattttagtgacaactgactattccttgaa 228  Q
     |  |||||  |||||||| | |||| || || ||||||| ||| |||||||||| || |||||||||| || ||||| || || |||||||||| ||||    
T  42124169 tttgatcaaattgacagaagacaattccaatacttgtaggctagaaaaactataattgacattggattcaaaatttagagataattgactattccatgaa 42124268  T
Q  229 agggataaaatttccagtacatcaaa-tttggagaagagtttaaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatcta-gtgtatttaggtttgt 326  Q
    |||||||| ||||| || ||||  || |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| || ||||||  || ||| |  ||| |||||    
T  42124269 agggataacatttctag-acatgtaagtttggagaagagttgaaaattgacaagaccactcaagtcgttcgaagatagaattaagtg-agatagttttgt 42124366  T
Q  327 aaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgttgcttagagttagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgta 426  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  42124367 taggttgaaaatggactcaggaatattgccttgtagcctgttgttgcttagagttagcatgtttaaagaatatgatgatatttcactgatatgccctgta 42124466  T
Q  427 agtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcag 526  Q
    |||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||  |||||        
T  42124467 agtcgattatatgatagatctaaaattgccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaactgttccatttagcaagttgtcttttaaattcaaataca 42124566  T
Q  527 ttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccatctaatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaa 626  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||  |  ||||  |||| | |  || |||||||||||||||| |||| |    
T  42124567 ttagcttttggagtcctgtaattttgttgggtaggggaccctctaatttgttacctctacaatctaatgtgaaaagctgagtcaagttaaatagtgaaga 42124666  T
Q  627 aggaatttgtccttctaaattgtttgaatatagtttcagttcttgcagtttagtcatccgaccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaa 726  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  ||  |  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||  |     
T  42124667 tggaatttgtccttctaaattgttggaagttaaatcgagttcttgcagtttggtcatcccaccaaacacatctgggatttgaccactaaatgaattccac 42124766  T
Q  727 gaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 767  Q
      ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  42124767 ccaagatccaagtgaatgagttgtcgaaggtttgaaagtga 42124807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 270 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 34239850 - 34239357
Alignment:
Q  270 aaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttg 369  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||| || | ||||||||  ||||||||| |||||    
T  34239850 aaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagacatagtgtaattaggtttgcaaggttgaaaattgaatttggaatatcaccttgtagcttgttg 34239751  T
Q  370 ttgcttagagttagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaag 469  Q
    |||| ||||| |||  ||  || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||  | |  | |||||||||||||||    
T  34239750 ttgcatagagatagatactctaaggaatatgatgagatttcactgataggccctgtaagtcgattgtttgatagatacagaagtaccaaagaaggcaaag 34239651  T
Q  470 ataacaaggaggaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccatc 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||  | |||||||||| || |||| |||||| ||  |||| || || ||    
T  34239650 ataacaaggaggaaggaattgttccatttagcaagttgtcatttaacctcaaataaattagcttttgaaaacctgcaattttattatgtagtggaccctc 34239551  T
Q  570 taatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaaggaatttgtccttctaaattgtttgaatatagtttcagttct 669  Q
    |||||||||||  | ||||  |||   ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||  ||| |  | | ||    
T  34239550 taatttattataagcacaatctaaatcaacaagttgattcaagttaaataatgaagatggaatttgtccttctaatttgttagaagctagatagaatact 34239451  T
Q  670 tgcagtttagtcatccgaccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaa 763  Q
    |||||||| ||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| ||| |||   ||||||| |||||| || || | ||||||||||||||    
T  34239450 tgcagtttggtcatcctaccaaatacatctgggatttgaccgctaagtgaattgcctgaaagatacaagtggatgagattttgaaggtttgaaa 34239357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 270 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 34232098 - 34231601
Alignment:
Q  270 aaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttg 369  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  |  ||  |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  34232098 aaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgtta 34231999  T
Q  370 ttgcttagagttagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaag 469  Q
      || |||| |||| | |  ||  ||||| || |||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||  |  ||||  ||||||||    
T  34231998 ccgcctagatttagagcctctaacgaataggacgagattgcactgatatgccctgtaagttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaag 34231899  T
Q  470 ataacaaggaggaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccatc 569  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||    |||  |  ||||| ||| || ||||||||||| || || |  || ||       
T  34231898 ataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaacgaactagctgttgaaaacctgtaattttatttggcaatggacctct 34231799  T
Q  570 taatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaaggaatttgtccttctaaattgtttgaatatagtttcagttct 669  Q
    ||||||||||| |||||||   ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||    
T  34231798 taatttattatatgaacaatcgaatctaacaagttgagtcaacttaaataaggaaagtggaatttgtcctactaaattgtttgaatatagacggagttct 34231699  T
Q  670 tgcagtttagtcatccgaccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 767  Q
    |||||||| |||||||  ||||| |||||||  ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||    
T  34231698 tgcagtttggtcatcccgccaaatacatctggaatttgaccgcttaatgaattgtatgaaagatccaagttaatgagatgtcgaaggtttgaaagtga 34231601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 284 - 635
Target Start/End: Original strand, 42129699 - 42130050
Alignment:
Q  284 cactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgttgcttagagttag 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   | ||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||  |||    
T  42129699 cactcaagttgtttgatgatagatctagcaaagttaagtttgcaaggttgaaaatagattttggaatattgccttgtagcttgttgccgcttagatctag 42129798  T
Q  384 tgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaagataacaaggaggaa 483  Q
       |  || |||||||||||||||| || |||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42129799 cttctttaaggaatatgatgagattgcagtgatatgccttgtaagacgattatttgatagaactaaatgaaccaaagacggcaaagataacaaggaggaa 42129898  T
Q  484 ggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccatctaatttattatttg 583  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||| || |||||| |||||| |||||| |||| ||||||| ||| || ||||||||||| || |    
T  42129899 ggaattgttccatttaacaagttgtcatttaatctcaaatcatttagctcttggaaccctgtagttttgttgggtatgggaccctctaatttatttttag 42129998  T
Q  584 aacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaaggaatttg 635  Q
    |||||  |||| ||   |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  42129999 aacaatctaatgtataaagttgattcaagttaaataatgaagatggaatttg 42130050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 281 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 41712833 - 41712563
Alignment:
Q  281 caccactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgttgcttagagt 380  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||  |  ||||      
T  41712833 caccactgaagttgtttgatgataggtctagtctagttaggtttataagtttgaaaattgattctggaatattgccttctagtttgttgccgaatagata 41712734  T
Q  381 tagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaagataacaaggag 480  Q
    |||   |  || |||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||    
T  41712733 tagctcctctaaggaatatgatgagattgcaatgatatgccctataagtcggttatttgatagatctaaatcttccaaagaaggaaaggaaaacaaggag 41712634  T
Q  481 gaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaatttt 551  Q
    | |||||||| ||||||||  |||||| |||||||   ||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  41712633 ggaggaattgctccatttaacaagttgccatttaaatacaaattagttagcttttggaaccctgtaatttt 41712563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 267 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 41571306 - 41571127
Alignment:
Q  267 tttaaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatg 366  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||   ||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||    
T  41571306 tttaaaattgacaataccactcaagttgtttgatgacaggcatagtgtagttaggtttacaaggttgaaaatagattcaggaatatcgccttgtagcttg 41571207  T
Q  367 ttgttgcttagagttagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatc 446  Q
    ||| ||| |||  ||||  |||| |  ||||||||||||| | |||| ||||  || ||||   ||||||||||||||||    
T  41571206 ttgctgcatagttttagataccacaaagaatatgatgagactgcacttatatttccagtaaactgattatttgatagatc 41571127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 703 - 767
Target Start/End: Original strand, 42118314 - 42118378
Alignment:
Q  703 atttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 767  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42118314 atttgaccactaaatgaattggaagaaagatccaagtgaatgagttgttgaaggtttgaaagtga 42118378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 632 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 41712565 - 41712465
Alignment:
Q  632 tttgtccttctaaattgtttgaatatagtttcagttcttgcagtttagtcatccgaccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaagaaag 731  Q
    ||||||||| ||||||||| || | ||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  41712565 tttgtccttttaaattgttagactctagatacagttcttgca-tttggtcatcccaccaaacacatctggtatttgaccgctaaatgaattgaatgaaag 41712467  T
Q  732 at 733  Q
    ||    
T  41712466 at 41712465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 262 - 373
Target Start/End: Original strand, 41432340 - 41432451
Alignment:
Q  262 aagagtttaaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagat-ctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgt 360  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||  | ||| || | ||||||  |||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  41432340 aagagtttaaaattgacaaaaccactcaagttatttgaagatagacacaagt-tagtaaggtttacaaggttgaaaagtgattctggaatatttccttgt 41432438  T
Q  361 agcatgttgttgc 373  Q
    | |||||||||||    
T  41432439 aacatgttgttgc 41432451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 306
Target Start/End: Original strand, 41445148 - 41445195
Alignment:
Q  259 gagaagagtttaaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgataga 306  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  41445148 gagaagagtttaaaattgacaaaaccactcaagttatttgaagataga 41445195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 255 - 763
Target Start/End: Original strand, 12249269 - 12249777
Alignment:
Q  255 tttggagaagagtttaaaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattg 354  Q
    |||||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12249269 tttggaaaagagttgaaaatcaacaacaccactcaagttgtttgatgataaatctagtctagttagggttgtaaggttgaaaatggattttggaatattg 12249368  T
Q  355 ccttgtagcatgttgttgcttagagttagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaacctt 454  Q
    ||||||||| ||||      ||||  ||| |    ||  ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||| || |||| |  ||    
T  12249369 ccttgtagcttgttaccagatagatatagcgtatctaacgaatacgatgagattgcactgatatgtcctgtaaatcgattgtttgacagctctagatgtt 12249468  T
Q  455 ccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttctt 554  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||  | |||  ||||| |||||| || ||||| ||||| ||    
T  12249469 ccaaagaaggcaaagataacaaggtgggaggaattgttccgtttagaaagttatcacttaaactgaaataagttaacttttgaaaccctgtgattttgtt 12249568  T
Q  555 gggtagggggccatctaatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaaggaatttgtccttctaaattgtttgaa 654  Q
    |   ||||| || |||||||| ||||  ||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  12249569 gccaaggggaccttctaatttgttatgcgaacaatctaatgtaacaagttgagtcaagttaaataatgaaaacggaatttgtccttgtaatttgtttgaa 12249668  T
Q  655 tatagtttcagttcttgcagtttagtcatccgaccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaa 754  Q
      ||| || |||||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||| ||  ||||||    
T  12249669 gctagattgagttcttgcagtttggtcatcgcactaaacacatctggtatttgaccgctaaatgaattgaatgaaagatccacgtgaatgagacgttgaa 12249768  T
Q  755 ggtttgaaa 763  Q
    |||||||||    
T  12249769 ggtttgaaa 12249777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 395 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 32681211 - 32681107
Alignment:
Q  395 aatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaattgttcc 494  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  32681211 aatatgatgagattgcattgatataccctctaagtaggttatttgatagatccaaatattccaaataaggcaaagataacaagaaggaaggaatcgttcc 32681112  T
Q  495 attta 499  Q
    |||||    
T  32681111 attta 32681107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 32681443 - 32681369
Alignment:
Q  161 tttgtaggttagtaaaactataagtgtcattggattcgaattttagtgacaactgactattccttgaaagggata 235  Q
    ||||||||| || |||| ||||| || |||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  32681443 tttgtaggtaaggaaaagtataactgacattggattcaaagtttagtgacaattgactattccatgaaagagata 32681369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 518 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 32681103 - 32680976
Alignment:
Q  518 tcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagg----gggccatctaatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagt 613  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||  ||| |    || || |||||||||||||  ||||||  ||||  ||| || ||||||||||    
T  32681103 tcaaatcagttagcttttggaaccctgcaattttgttctgtatgtataggaccctctaatttattatgagaacaatctaatgcaacaagatgagtcaagt 32681004  T
Q  614 taaataatgaaaaaggaatttgtccttc 641  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  32681003 taaataatgaatatggaatttctccttc 32680976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 324 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 32681266 - 32681216
Alignment:
Q  324 tgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgttgct 374  Q
    ||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  32681266 tgtaaggttaaaaacagattctgaaatattgccttgtagcttgttgttgct 32681216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 188 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 25522397 - 25521818
Alignment:
Q  188 cattggattcgaattttagtgacaactgactattccttgaaagggataaaatttccagtacatcaaatttggagaagagtttaaaattgacagcaccact 287  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |   ||      || |||||| ||| ||| ||||||||||  ||||||    
T  25522397 cattggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccact 25522298  T
Q  288 caagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgttgcttagagttagtgac 387  Q
    ||||| |||| | ||||||  |||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||    |    
T  25522297 caagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactc 25522198  T
Q  388 catatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaa 487  Q
      || ||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||| || ||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25522197 tctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatataccaaagaaggcaaagataacaaagaggaaggaa 25522098  T
Q  488 ttgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccatctaatttattatttgaaca 587  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||  | ||| |||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||  || || |||||||||||||| |||||    
T  25522097 ttgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataattttgttaggtaaaggaccctctaatttattattagaaca 25521998  T
Q  588 acttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaaggaatttgtccttctaaattgtttgaatatagtttcagttcttgcagtttagtcatccga 687  Q
    |  ||| |     ||   |||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |  |||||||||| ||| ||||||| |    
T  25521997 atataacaacttaagaccagtcaatttaaataacgaagatggaatctgtccttctaatttgttaaaatatagatcgagttcttgcaatttggtcatccca 25521898  T
Q  688 ccaaacacatctgatatttgaccgctaaatgagttggaagaaagatccaagtgaataagttgttgaaggtttgaaagtga 767  Q
    || ||||| ||||  |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||    
T  25521897 ccgaacacgtctgggatttgacctctaaatgaattgtatgaaagatccaagcgaatgagatgttgaaggtttgaaagtga 25521818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 25522542 - 25522500
Alignment:
Q  44 aaccaattgggcattcttccattaagtttgttattggaaagat 86  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25522542 aaccaattgggcattcttccatcaagtttgttattggaaagat 25522500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 5e-89; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 271 - 629
Target Start/End: Original strand, 8523841 - 8524199
Alignment:
Q  271 aaattgacagcaccactcaagttgtttgatgatagatctagtgtatttaggtttgtaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcatgttgt 370  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8523841 aaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctagtctacttaggtttgcaaggttgaaaatggattctggaatattgccttgtagcctgttgt 8523940  T
Q  371 tgcttagagttagtgaccatatggaatatgatgagatttcactgatataccctgtaagtcgattatttgatagatctaaaccttccaaagaaggcaaaga 470  Q
    | ||||||| |||  ||  || |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||  |||| | ||||| ||    
T  8523941 tacttagagatagaaactctaaggaatatgatgagattgcgctgatattccctgtaagttgattatttgataaatctaatactagcaaaaatggcaagga 8524040  T
Q  471 taacaaggaggaaggaattgttccatttagtaagttgtcatttaaggtcaaagcagttagcttttggaatcctgtaattttcttgggtagggggccatct 570  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||  |||||||||||| |  |||||| |||| ||||||| ||| ||||||    
T  8524041 taacaaggagggaggaattgtaccatttagcaagttgtcatttaatcgcaaattagttagcttttgaagacctgtagttttgttgggtaagggaccatct 8524140  T
Q  571 aatttattatttgaacaacttaatataactagttgagtcaagttaaataatgaaaaagg 629  Q
    ||||||||||  ||||||  |||  |||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8524141 aatttattatgagaacaatctaaagtaacaagatgagtcaagttaaataatgaagaagg 8524199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University