View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8950_high_4 (Length: 623)

Name: NF8950_high_4
Description: NF8950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8950_high_4
NF8950_high_4
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (16-610)||(27497661-27498238)
chr7 (309-605)||(27519149-27519445)
chr7 (16-288)||(27519441-27519710)
chr7 (423-456)||(27494557-27494590)
chr7 (423-456)||(27501215-27501248)
chr7 (423-456)||(27516007-27516040)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (361-579)||(282025-282243)
chr8 (361-579)||(633609-633827)
chr8 (361-579)||(819412-819630)
chr8 (108-216)||(281646-281754)
chr8 (108-216)||(634098-634206)
chr8 (108-216)||(819901-820009)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 27498238 - 27497661
Alignment:
Q  16 caagttcctttgttaaatgcaacgactcaaaactaacattgcttactttaaaacttgtttggtatgtactgcaatgaccaagttaaatttcactgtgtag 115  Q
    ||||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27498238 caagttcctttcttaaatgctacagctcaaaaccaacattgcttactttaaagcttgtttggtatatactgcaatgactaagttaaatttcactgtgtag 27498139  T
Q  116 actgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatgcaactctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498138 actgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatgcaactctg 27498039  T
Q  216 atcccacaggtgacaagttacaggtttgccccttgtaaactttctctggatatccttataacaaacttatgatgatatcgtatagttctttccatgatat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||      ||||                ||||||    
T  27498038 atcccacaggtgacaagttacaggtttgccccttgtaaacttcttctggatatcattataacaaactt------atat----------------tgatat 27497961  T
Q  316 catgtagttgcactcgac-----aacttttcacttgtgaatatataatacaggattggatacaagaaatggcattccatgtgaagaaaattgatccaaaa 410  Q
    ||||||||||||||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27497960 catgtagttgcactcaactcaacaacttttcacttgtgaatatataatacaggattggatacaagaaatggcattccatgtgaataaaattgatccaaaa 27497861  T
Q  411 cacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctcagagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaagttggaactgatt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27497860 cacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctcagagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaggttggaactgatt 27497761  T
Q  511 ttattaggaaccatcaggttcttggagtggactttgcttctgttcacatgtatgctgactcttggtaagtatctgaagtttttctactatttgctagtct 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497760 ttattaggaaccatcaggttcttggagtggactttgcttctgttcacatgtatgctgactcttggtaagtttctgaagtttttctactatttgctagtct 27497661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 309 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 27519445 - 27519149
Alignment:
Q  309 atgatatcatgtagttgcactcgacaacttttcacttgtgaatatataatacaggattggatacaagaaatggcattccatgtgaagaaaattgatccaa 408  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27519445 atgatatcatgcagttgtactcaacaacttctcacttgtgagtatacaatataggattggatacaagaaatggcattccatgtgaaaaaaattgatccaa 27519346  T
Q  409 aacacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctcagagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaagttggaactga 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27519345 aacacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctcagagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaagttggaactga 27519246  T
Q  509 ttttattaggaaccatcaggttcttggagtggactttgcttctgttcacatgtatgctgactcttggtaagtatctgaagtttttctactatttgct 605  Q
     ||||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||    
T  27519245 ctttatcaggaaccaccaagttcttggtgtagactttgcttctgttcacatgtatgctgactcttggtaagtatgtcgaatttttctactatttgct 27519149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27519710 - 27519441
Alignment:
Q  16 caagttcctttgttaaatgcaacgactcaaaactaacattgcttactttaaaacttgtttggtatgtactgcaatgaccaagttaaatttcactgtgtag 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27519710 caagttcctttcttaaatgcaacaactcaaaaccaacattgcttactttaaagcttgtttggtatatactgcaatgactaagttaaatttcactgtgtag 27519611  T
Q  116 actgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatgcaactctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27519610 actgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatgcaactctg 27519511  T
Q  216 atcccacaggtgacaagttacaggtttgccccttgtaaactttctctggatatccttataacaaacttatgat 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  27519510 atcccacaggtgacaagttacaggtttgccccttgttaact---tctggatatcattataagaaactaatgat 27519441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27494590 - 27494557
Alignment:
Q  423 attggactagaaggattttatggcccttcaacac 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27494590 attggactagaaggattttatggccattcaacac 27494557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27501248 - 27501215
Alignment:
Q  423 attggactagaaggattttatggcccttcaacac 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27501248 attggactagaaggattttatggccattcaacac 27501215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27516040 - 27516007
Alignment:
Q  423 attggactagaaggattttatggcccttcaacac 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27516040 attggactagaaggattttatggccattcaacac 27516007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 361 - 579
Target Start/End: Original strand, 282025 - 282243
Alignment:
Q  361 aggattggatacaagaaatggcattccatgtgaagaaaattgatccaaaacacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctca 460  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||| |||| ||||  |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  282025 aggaatggataaaagagatggcattctatgttaagagcattgatccgaaacacctactggagattggcctagaaggattttatggcccctcaacacctca 282124  T
Q  461 gagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaagttggaactgattttattaggaaccatcaggttcttggagtggactttgcttctgttcacatg 560  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||| ||     
T  282125 gagatttcagttcaacccaaattcatatgctcaacaggttggaactgattttatcagaaaccaccaggttctaggtgtcgactttgcttctgctcatata 282224  T
Q  561 tatgctgactcttggtaag 579  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  282225 tatccagactcttggtaag 282243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 361 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 633827 - 633609
Alignment:
Q  361 aggattggatacaagaaatggcattccatgtgaagaaaattgatccaaaacacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctca 460  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||| |||| ||||  |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  633827 aggaatggataaaagagatggcattctatgttaagagcattgatccgaaacacctactggagattggcctagaaggattttatggcccctcaacacctca 633728  T
Q  461 gagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaagttggaactgattttattaggaaccatcaggttcttggagtggactttgcttctgttcacatg 560  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||| ||     
T  633727 gagatttcagttcaacccaaattcatatgctcaacaggttggaactgattttatcagaaaccaccaggttctaggtgtcgactttgcttctgctcatata 633628  T
Q  561 tatgctgactcttggtaag 579  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  633627 tatccagactcttggtaag 633609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 361 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 819630 - 819412
Alignment:
Q  361 aggattggatacaagaaatggcattccatgtgaagaaaattgatccaaaacacctagtggagattggactagaaggattttatggcccttcaacacctca 460  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||| |||| ||||  |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  819630 aggaatggataaaagagatggcattctatgttaagagcattgatccgaaacacctactggagattggcctagaaggattttatggcccctcaacacctca 819531  T
Q  461 gagacttcagttcaatccaaatacatatgctcaacaagttggaactgattttattaggaaccatcaggttcttggagtggactttgcttctgttcacatg 560  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||| ||     
T  819530 gagatttcagttcaacccaaattcatatgctcaacaggttggaactgattttatcagaaaccaccaggttctaggtgtcgactttgcttctgctcatata 819431  T
Q  561 tatgctgactcttggtaag 579  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  819430 tatccagactcttggtaag 819412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 108 - 216
Target Start/End: Original strand, 281646 - 281754
Alignment:
Q  108 ctgtgtagactgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  281646 ctgtgtagactgtgctcaatagagttaacacactcacaaatattacttataaggaagatccaacaatttttgcttgggagctaatgaatgagcctcgatg 281745  T
Q  208 caactctga 216  Q
    || ||||||    
T  281746 cacctctga 281754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 108 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 634206 - 634098
Alignment:
Q  108 ctgtgtagactgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  634206 ctgtgtagactgtgctcaatagagttaacacactcacaaatattacttataaggaagatccaacaatttttgcttgggagctaatgaatgagcctcgatg 634107  T
Q  208 caactctga 216  Q
    || ||||||    
T  634106 cacctctga 634098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 108 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 820009 - 819901
Alignment:
Q  108 ctgtgtagactgtgctcaatagagttaacacattcacaaatatcacttataaggaagatcctaccatttttgcttgggaactcatgaatgagcctagatg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  820009 ctgtgtagactgtgctcaatagagttaacacactcacaaatattacttataaggaagatccaacaatttttgcttgggagctaatgaatgagcctcgatg 819910  T
Q  208 caactctga 216  Q
    || ||||||    
T  819909 cacctctga 819901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University