View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8956_low_1 (Length: 981)

Name: NF8956_low_1
Description: NF8956
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8956_low_1
NF8956_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-963)||(37661811-37662777)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 788; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 963
Target Start/End: Original strand, 37661811 - 37662777
Alignment:
Q  16 cagagggaccatggttcaacatttctaactaaagatggttcaggtgaaacatcatagtttgctgcagagaacacaactgttacaccttgttggattgcat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37661811 cagagggaccatggttcaacatttctaactaaagatggttcaggtgaaacttcatagtttgctgcagagaacacaactgttacaccttgttggattgcat 37661910  T
Q  116 gaaatgaaccaatacttgaaccatctttcaacaaaggcacaacaagtacaattatataactggcacatatatgatccataaatcaaagaaacttgtgttt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37661911 gaaatgaaccaatacttgaaccatctttcaacaaaggcacaacaagtacaattatataactggcacatatatgatccataaatcaaagaaacttgtgttt 37662010  T
Q  216 ttcactatttaccctatctaggtgattcacgctcaaaattatctgctgaatttaatggtccatgttcttgttctagaccttctggcttctaggtagtaac 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37662011 ttcactatttaccctatctaggtgattcacactcaaaattatctgctgaatttaatggtccatgttcttgttctagaccttctggcttctagatagtaac 37662110  T
Q  316 aaacatcgaattaacttgttgcatgctttcgtagggctgaatctctcctttccaagttgatggaataggactgatgttagtatcttcctcgaaactctca 415  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662111 aagcatcgaattaacttgttgcatgctttcttagggctgaatctctcctttccaagttgatggaataggactgatgttagtatcttcctcgaaactctca 37662210  T
Q  416 tatttcagccatactctagtgct------------------ttataattactagtacgtagctagtaagtgtggctgcttgtgttgaattgagcattgct 497  Q
    |||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662211 tatttcagccatactctagtgctttagaagcataagttttcttataattactagtacgtagctagtaagtgtggctgcttgtgttgaattgagcattgct 37662310  T
Q  498 aaaaaccatgagaaac-nnnnnnnnnnnnngagggacatgagaaactatacttatagatatataaattaaactttctggcttctgcatccttttcagtga 596  Q
    ||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662311 aaaaaccatgagaaacttttttttttttttgagggacatgagaaactatacttatagatatataaattaaactttctggcttctgcatccttttcagtga 37662410  T
Q  597 aatgtagttggtgtaacaaacaatagataattgagtttatgtctgcaaagtcttttnnnnnnnnnnngaaagagtttttgcctgcaaagaaagcttatgc 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662411 aatgtagttggtgtaacaaacaatagataattgagtttatgtctgcaaagtcttttaaaaaaaaaaaaaaagagtttttgcctgcaaagaaagcttatgc 37662510  T
Q  697 agaaattaaattaagcaaggagtggaattataaaataaaagtgaccaaaatagacccgaaatattgtgaagaaaacaactagtaattaagtgagattatt 796  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37662511 agaaattaaaataagcaaggagtggaattataaaataaaagtgaccaaaatagacccgaaatattgtgaagaaaacaactactaattaagtgagattatt 37662610  T
Q  797 gaacgaaataaagagaacatttgagattactgttgagaaatcggaatttattgaacgaaataaatagaacataaaagaaattgactccagaaaagaagaa 896  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662611 gagcgaaataaagagaacatttgagattactgttgagaaatcggaatttattgaacgaaataaatagaacataaaagaaattgactccagaaaagaagaa 37662710  T
Q  897 aataaacagccattttccttggaaaataactttatataattgatgacggattgtttgagaaagtttc 963  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662711 aataaacagccattttccttggaaaataactttgtataattgatgacggattgtttgagaaagtttc 37662777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University