View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8957_high_17 (Length: 427)

Name: NF8957_high_17
Description: NF8957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8957_high_17
NF8957_high_17
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-403)||(2865320-2865722)
chr6 (1-403)||(2859935-2860337)
chr6 (1-403)||(2884510-2884912)
chr6 (16-394)||(2909387-2909764)
chr6 (8-394)||(2832680-2833066)
chr6 (8-394)||(2842554-2842940)
chr6 (8-394)||(2829148-2829534)
chr6 (8-393)||(14578259-14578644)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-346)||(1801152-1801475)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (104-174)||(6318517-6318587)
chr4 (26-165)||(44396419-44396558)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (245-301)||(2178195-2178251)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2865722 - 2865320
Alignment:
Q  1 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865722 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 2865623  T
Q  101 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2865622 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcattcaaggttcttgctaagaactact 2865523  T
Q  201 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865522 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcaccagctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 2865423  T
Q  301 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaagggtgag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865422 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaagggtgag 2865323  T
Q  401 aaa 403  Q
    |||    
T  2865322 aaa 2865320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2860337 - 2859935
Alignment:
Q  1 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860337 aagcaaggtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 2860238  T
Q  101 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860237 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagctatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 2860138  T
Q  201 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860137 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcaccagctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 2860038  T
Q  301 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaagggtgag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860037 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaagggtgag 2859938  T
Q  401 aaa 403  Q
    |||    
T  2859937 aaa 2859935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2884912 - 2884510
Alignment:
Q  1 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884912 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 2884813  T
Q  101 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884812 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 2884713  T
Q  201 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884712 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 2884613  T
Q  301 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaagggtgag 400  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2884612 gtcgaccaccgaagatgctgagtcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaacggtgag 2884513  T
Q  401 aaa 403  Q
    |||    
T  2884512 aaa 2884510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2909764 - 2909387
Alignment:
Q  16 ttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttgatcctgct 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2909764 ttcgggtttgttgaattttattgatggaatttggtcaacatgtggaggagaaaggatcataattt-cacaactaattttgtggacaaacttgatcctgct 2909666  T
Q  116 ctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgttgagtctc 215  Q
    || || |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2909665 cttataaggaggggaaggatggatatgcacattgaaatgtcctattgtagctatcaagtgttcaagatgcttgcaaagaactacttagatgttgagtctc 2909566  T
Q  216 atggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgaccaccgaaga 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||    
T  2909565 atgatgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgacacctgctgatgttgctgagaatttgatgccaaagacgatcattgaaga 2909466  T
Q  316 tgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaag 394  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2909465 tgttgagacttgcgtgaagaatttgattcaatctcttgagatttcaaagaaaaaggaaaaggaggatgcaaagaaaaag 2909387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2833066 - 2832680
Alignment:
Q  8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2833066 gtaactctttctggtttgttgaatttcattgatggaatttggtcagcatgtggatcagagaggataataattttcacaacaaattttgtggacaaacttg 2832967  T
Q  108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  2832966 atcctgctcttataaggaggggaagaatggataagcatatagaaatgtcttattgtagctatcaagctttcaaggttcttgcaagaaactacttagatgt 2832867  T
Q  208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  2832866 tgagactcatgatgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgacacctgctgatgttgctgagaatttgatgccaaagtcaatc 2832767  T
Q  308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaag 394  Q
    || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2832766 actgaagattttgaaagttgcttgaagaatttgattcaatctcttgagattgcaaagaaaaaggatgaggaggaagcaaagaaaaag 2832680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Original strand, 2842554 - 2842940
Alignment:
Q  8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2842554 gtaactctttcgggtttgttgaattttattgatggaatttggtcagcatgtggatcagagaggatcataattttcacaactaattttgtggataaacttg 2842653  T
Q  108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  2842654 atcctgctcttataaggagaggaagaatggataagcatatagaaatgtcttattgtagctatcaagcttttaaggttcttgcaagaaactacttagatgt 2842753  T
Q  208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |    
T  2842754 tgagtttcatgatgatttatttccaattattgaaaagttgttggaagagactaatatgacacctgctgatgttgctgaaaatttgatgccaaagtcaatc 2842853  T
Q  308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaag 394  Q
    || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2842854 actgaagattttgaaagttgcttgaagaatttgattcaatctcttgagattgcaaagaaaaaggatgaggaggaagcaaagaaaaag 2842940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Original strand, 2829148 - 2829534
Alignment:
Q  8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2829148 gtaactctttctggtttgttgaattttattgatgggatttggtctgcatgtggaggagagaggatcataattttcacaacaaattttgtggacaaacttg 2829247  T
Q  108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||||||    
T  2829248 atcctgccctaattaggaggggaaggatggataagcatatagaaatgtcttattgtagctatcaagctttcaaggtgcttgcaaagaactattgggatgt 2829347  T
Q  208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |      
T  2829348 tgagtctcatgatgatttatttccaattattgaaaaattgttggaaaagactaatatgacacctgctgatgttgctgaaaatttgatgccaaagtcaatt 2829447  T
Q  308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaag 394  Q
       |||||| ||||  |||| ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2829448 gatgaagattttgaaacttgtttgaagagtttgattcaatctcttgagaatgcaaagaaaaaggatgaggaggaagcaaagaaaaag 2829534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 393
Target Start/End: Original strand, 14578259 - 14578644
Alignment:
Q  8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  14578259 gtaactctttctggtttgttgaattttatcgatggaatttggtcggcatgtggaggagaaaggatcataattttcacaaccaactttgtggataaacttg 14578358  T
Q  108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||||| ||| |||| ||||| || ||||| ||||| || | ||||||    
T  14578359 atcatgctcttattaggaggggaaggatggatatgcatattgaaatgtcatattgtagctatgaagcattcaaagtgcttgcaaagaattattgggatgt 14578458  T
Q  208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||| || |      
T  14578459 tgagtctcatgatggtttgtttccaattattgaaaagttaataggagagactaatataacacctgcagatgttgctgaaaatttgatgccaaaatcaatt 14578558  T
Q  308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggaagaggaggaagcaaagaaaaa 393  Q
     | |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| | | ||| |||||||| ||||    
T  14578559 gctgaagatcttgaaacttgcttgaagaatttgattcaatctcttgagaatgcaaagaaaaaggcacatgagaaagcaaaggaaaa 14578644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Original strand, 1801152 - 1801475
Alignment:
Q  20 ggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttgatcctgctctaa 119  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| ||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  1801152 ggtttattgaattttattgatggaatttggtccgcgtgtggaggggagaggattataattttcacgacgaattttgtggagaaacttgatccagctctta 1801251  T
Q  120 ttaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgttgagtctcatgg 219  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| | ||  | || |||||| | | | |||| || |||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||       
T  1801252 ttaggacaggaaggatggataaacacgttgagttatcttattgttgttttgaagcttttaaggttcttgttaagaattatttggatattgagtcaca--- 1801348  T
Q  220 tgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgaccaccgaagatgtt 319  Q
    | ||||||||      ||||   | ||||||| ||  | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    |  ||||||||     
T  1801349 ttatttgtttgatgaaattggtgatttgttggaagttattaatatgacacctgctgatgttgctgagaatttgatgcctaagtctgtgaatgaagatgtc 1801448  T
Q  320 gaggcttgcttgaagaatttgattcaa 346  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||    
T  1801449 gagactagtttgaagaatttgattcaa 1801475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 174
Target Start/End: Original strand, 6318517 - 6318587
Alignment:
Q  104 cttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagc 174  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6318517 cttgatcctgctctcatcaggaggggaaggatggataagaacatagaaatgtcttattgtagctatcaagc 6318587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 165
Target Start/End: Original strand, 44396419 - 44396558
Alignment:
Q  26 ttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttgatcctgctctaattagga 125  Q
    |||||||  |||||||| || |||||| | |||||||| ||| || | ||  |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| || || ||||    
T  44396419 ttgaatttcattgatggtatatggtcagcttgtggaggtgaaaggttaattgttttcacaacaaattatgtggagaagcttgatcctgcacttataagga 44396518  T
Q  126 ggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtag 165  Q
    |||| || ||||| ||||| || ||| | || ||||||||    
T  44396519 ggggtagaatggacaaacatattgaactttcttattgtag 44396558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 301
Target Start/End: Original strand, 2178195 - 2178251
Alignment:
Q  245 ttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaag 301  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  2178195 ttgttggtagagactaatatgacaccagctgatgttgctgaaaatttgatgccaaag 2178251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University