View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8958_low_1 (Length: 732)
Name: NF8958_low_1
Description: NF8958
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8958_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 676; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 716
Target Start/End: Original strand, 31723290 - 31723993
Alignment:
| Q |
13 |
cagagatgaagcctaattctattttcagttacaattttgtctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagtactcaaatatcaaa |
112 |
Q |
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| T |
31723290 |
cagagatgaagcctaattctattttcagttacaattttgtctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagtactcaaatatcaaa |
31723389 |
T |
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| Q |
113 |
agtggtacttaaccaaaccagtaacgatcgtccacgatacgtatggtcaaaggacgacgaatcatggaatatttattcaagaataccaggagacgattgt |
212 |
Q |
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| T |
31723390 |
agtggtacttaaccaaaccagtaacgatcgtccacgatacgtatggtcaaaggacgacaaatcatggaatatttattcaagaataccaggagacgattgt |
31723489 |
T |
|
| Q |
213 |
gaccattatggtcgatgtggagtcaatggatattgcagcatttctaattcaccaatatgtgaatgtttaaaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaat |
312 |
Q |
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| T |
31723490 |
gaccattatggtcgatgtggagtcaatggatattgcagcatttctaattcaccaatatgtgaatgtttaaaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaat |
31723589 |
T |
|
| Q |
313 |
ggaactcagtagattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctcattggcaagcttgaaagttcctgatac |
412 |
Q |
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| T |
31723590 |
ggaactcaatagattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctcattggcaagcttgaaagttcctgatac |
31723689 |
T |
|
| Q |
413 |
tacatatactttggtggacgagagtattggtctagaacaatgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagt |
512 |
Q |
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| T |
31723690 |
tacatatactttggtggacgagagtattggtctagaacaatgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagt |
31723789 |
T |
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| Q |
513 |
ggagcacggagtggttgtgttatgtggttcggtgatttaactgatatcaaacttattccagatggtgggcaagttctatatatcaggatgcctgtttcag |
612 |
Q |
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| T |
31723790 |
ggagcacggagtggttgtgttatgtggttcggtgatttaactgatatcaaacatattccagatggtgggcaagttctatatataaggatgcctgtttcag |
31723889 |
T |
|
| Q |
613 |
aattaggtgaatacttcattaatttcaataattttttccttttattattctttgacaatttaaggctatttgaaaatgtaatttaactacggttttgatg |
712 |
Q |
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| T |
31723890 |
aattaggtgaatacttcattaatttcaataattttttccttttattattctttgacaatttaaggctatttgaaaatgtaatttaacgatggtttttatg |
31723989 |
T |
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| Q |
713 |
ttta |
716 |
Q |
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|
|||| |
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|
| T |
31723990 |
ttta |
31723993 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 675
Target Start/End: Original strand, 31716051 - 31716707
Alignment:
| Q |
19 |
tgaagcctaattctattttcagttacaattttgtctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagtactcaaatatcaaaagtggt |
118 |
Q |
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|
| T |
31716051 |
tgaagcctaatgatattttcagttacaattttgtctggaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttctcaagtatcaaaaatggt |
31716150 |
T |
|
| Q |
119 |
acttaaccaaaccagtaacgatcgtccacgatacgtatggtcaaaggacgacgaatcatggaatatttattcaagaataccaggagacgattgtgaccat |
218 |
Q |
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|
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| T |
31716151 |
acttaaccaaaccagtaaagatcgtccacgctacgtatggtcaaaagacgtcgaatcatggagggtttattcaagaatacctggagacatttgtgaccat |
31716250 |
T |
|
| Q |
219 |
tatggtcgatgtggagtcaatggatattgcagcatttctaattcaccaatatgtgaatgtttaaaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
318 |
Q |
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|
|
| T |
31716251 |
tatggtcaatgtggagtcaatggatattgtagcagtactaattcaccaatatgtggatgtttacaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
31716350 |
T |
|
| Q |
319 |
cagtagattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctcattggcaagcttgaaagttcctgatactacata |
418 |
Q |
| |
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|
| T |
31716351 |
caatagattggtcccaaggatgtctcaggaatcatactttgaactgcaccaatgatgggtttgtctcagtggcaaacttgaaagttccagatactacata |
31716450 |
T |
|
| Q |
419 |
tactttggtggacgagagtattggtctagaacaatgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagtggagca |
518 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
31716451 |
tactttggtggatgagagtattggtctagaacaatgtagaggcaaatgcttgaataattgttcatgcatggcatatacaaatacaaatataagtggcgca |
31716550 |
T |
|
| Q |
519 |
cggagtggttgtgttatgtggttcggtgatttaactgatatcaaacttattccagatggtgggcaagttctatatatcaggatgcctgtttcagaattag |
618 |
Q |
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| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
31716551 |
ggaagtggttgtgttatgtggtttggtgatttaatcgatatcaaacttattccaggtggtgggcaatttctatatatcaggatgcctgcttcagaattag |
31716650 |
T |
|
| Q |
619 |
gtgaatacttcattaatttcaataattttttccttttattattctttgacaatttaa |
675 |
Q |
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|
| T |
31716651 |
gtgaatacttcattaatttcaccaaatttttccttttaatattctttgagaatttaa |
31716707 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 675
Target Start/End: Original strand, 31721925 - 31722581
Alignment:
| Q |
19 |
tgaagcctaattctattttcagttacaattttgtctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagtactcaaatatcaaaagtggt |
118 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31721925 |
tgaagcctaatgatattttcagttacaattttgtctggaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttctcaagtatcaaaaatggt |
31722024 |
T |
|
| Q |
119 |
acttaaccaaaccagtaacgatcgtccacgatacgtatggtcaaaggacgacgaatcatggaatatttattcaagaataccaggagacgattgtgaccat |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
31722025 |
acttaaccaaaccagtaaagatcgtccacgctacgtatggtcaaaagacgtcgaatcatggagggtttattcaagaatacctggagacatttgtgaccat |
31722124 |
T |
|
| Q |
219 |
tatggtcgatgtggagtcaatggatattgcagcatttctaattcaccaatatgtgaatgtttaaaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
318 |
Q |
| |
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|
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| T |
31722125 |
tatggtcaatgtggagtcaatggatattgtagcagtactaattcaccaatatgtggatgtttacaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
31722224 |
T |
|
| Q |
319 |
cagtagattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctcattggcaagcttgaaagttcctgatactacata |
418 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31722225 |
caatagattggtcccaaggatgtctcaggaatcatactttgaactgcaccaatgatgggtttgtctcagtggcaaacttgaaagttccagatactacata |
31722324 |
T |
|
| Q |
419 |
tactttggtggacgagagtattggtctagaacaatgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagtggagca |
518 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31722325 |
tactttggtggatgagagtattggtctagaacaatgtagaggcaaatgcttgaataattgttcatgcatggcatatacaaatacaaatataagtggcgca |
31722424 |
T |
|
| Q |
519 |
cggagtggttgtgttatgtggttcggtgatttaactgatatcaaacttattccagatggtgggcaagttctatatatcaggatgcctgtttcagaattag |
618 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
31722425 |
ggaagtggttgtgttatgtggtttggtgatttaatcgatatcaaacttattccaggtggtgggcaatttctatatatcaggatgcctgcttcagaattag |
31722524 |
T |
|
| Q |
619 |
gtgaatacttcattaatttcaataattttttccttttattattctttgacaatttaa |
675 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
31722525 |
gtgaatacttcattaatttcaccaaatttttccttttaatattctttgagaatttaa |
31722581 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 639
Target Start/End: Original strand, 31700776 - 31701363
Alignment:
| Q |
52 |
tctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagtactcaaatatcaaaagtggtacttaaccaaaccagtaacgatcgtccacgata |
151 |
Q |
| |
|
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| T |
31700776 |
tctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttcactaatatcaaaagtggtacttaaccaaaccagttatgaacgtccacgcta |
31700875 |
T |
|
| Q |
152 |
cgtatggtcaaaggacgacgaatcatggaatatttattcaagaataccaggagacgattgtgaccattatggtcgatgtggagtcaatggatattgcagc |
251 |
Q |
| |
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| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
31700876 |
catatggtcaaaagacgacgaattatggatgctttattcaaaaataccagcagactattgtgaccactatggtctatgtggagtcaatggatactgcagc |
31700975 |
T |
|
| Q |
252 |
atttctaattcaccaatatgtgaatgtttaaaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaactcagtagattggtcccaaggatgtgtcaggaatc |
351 |
Q |
| |
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| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31700976 |
agtactaattcaccaacatgtgaatgtttaaaagggtttaagcctaagtttcctgaaaaatggaactcgatggattggtcccaaggatgtgtcaggaatc |
31701075 |
T |
|
| Q |
352 |
atccattgaactgcaccaatgatggatttgtctcattggcaagcttgaaagttcctgatactacatatactttggtggacgagagtattggtctagaaca |
451 |
Q |
| |
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| T |
31701076 |
atccattgaactgcaccaatgatgggtttgtctccgtggcaaacttgaaagtaccggatactacatatactttggtggatgagagtataggtctagacca |
31701175 |
T |
|
| Q |
452 |
atgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagtggagcacggagtggttgtgttatgtggttcggtgattta |
551 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
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| T |
31701176 |
atgtagaggcaaatgcttgaataattgttcatgcatggcctatacaaatacaaatataagtggagcaggaagtggttgtgttatgtggtttggtgattta |
31701275 |
T |
|
| Q |
552 |
actgatatcaaacttattccagatggtgggcaagttctatatatcaggatgcctgtttcagaattaggtgaatacttcattaatttca |
639 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
31701276 |
attgatatcaaacttattccagttggtgggcaaggtctatatatcaggatgcctgcttcggaattaggtgaaaacttcactaatttca |
31701363 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 548
Target Start/End: Original strand, 31731719 - 31731816
Alignment:
| Q |
451 |
aatgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagtggagcacggagtggttgtgttatgtggttcggtgat |
548 |
Q |
| |
|
|||| |||| |||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
31731719 |
aatgcagagaaaaatgtttgaacaattgttcttgtatggcttatacaaattcaaacataagtggagaagggagcggttgtgttatgtggtttggtgat |
31731816 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 477 - 541
Target Start/End: Original strand, 31739407 - 31739471
Alignment:
| Q |
477 |
tgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagtggagcacggagtggttgtgttatgtggtt |
541 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
31739407 |
tgttcttgtatggcttatacaaattctaacataagtggagaagggagtggttgcgttatgtggtt |
31739471 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 23562115 - 23562007
Alignment:
| Q |
451 |
aatgtagagtaaaatgcttgaataactgttcctgcatggcttatacaaatacaaatataagtggagcacggagtggttgtgttatgtggttcggtgattt |
550 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||||||| ||||| || | ||||||||| ||| | || |||| |||| | | ||||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
23562115 |
aatgtagactgaaatgcttgaataattgttcttgtacggcttatactaattctaacataaccggagaaggcagtggctgtgtcatgtggtttggtgattt |
23562016 |
T |
|
| Q |
551 |
aactgatat |
559 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
23562015 |
aattgatat |
23562007 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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