View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8961_low_4 (Length: 888)

Name: NF8961_low_4
Description: NF8961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8961_low_4
NF8961_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-888)||(48286482-48287343)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 888
Target Start/End: Complemental strand, 48287343 - 48286482
Alignment:
Q  18 gtttctacttgaaagtttacacattgaaatgggaccacccaatcaagattgaatagttcaaatcttaaaatagnnnnnnnnnnnnngtttgatattaaca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||    
T  48287343 gtttctacttgaaagtttacacattgaaatgggaccacccaatcaagattgaatagttcaaatcttaaaatagttttttattttt-gtttgatattaaca 48287245  T
Q  118 ttttaaggttgaaatttggatagtctgatcttgcagattgtcaccttttgaaaaatagtttaataaaagttttactgcattttcattggagaacatgaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48287244 ttttaaggttgaaatttggatagtctgatcttgcagattgtcaccttttgaaaaatggtttgataaaagttttaccgcattttcattggagaacatgaca 48287145  T
Q  218 caactaacaagtctttccctaaacaaaaccaataaaatttgaagatgaaatgctaattaaacaaatggaataacatgaatgaagattattattaactaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48287144 caactaacaagtctttccctaaacaaaaccaataaaatttgaagatgaaatgctaa----acaaatggaataacatgaatgaagattattattaactaaa 48287049  T
Q  318 aaagtgatcgatgaagagggtcatcatataacatagatagaatagttatggcgttaccatgcattaccatttgaatacagtgaaggaacaaggaggcatg 417  Q
     |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48287048 caagtgat----gaagagggtcatcatataacatagatagaatagttatggcgttaccatgcattaccatttgaatacagtgaaggaacaaggaggcatg 48286953  T
Q  418 tcaccattttgaatctgtctcaaagtaacatcaccacaaacaacagtaacaccaaccatcatggatttccaaccttgaaccctaacactcgttcttgttt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48286952 tcaccattttgaatctgtctcaaagtaacatcaccacaaacaacagtaacaccaatcatcatggatttccaaccttgaaccctaacactcgttcttgttt 48286853  T
Q  518 tcacctcaacactaggcaccaaagctttactactaaaagcacttttcaacttcctcctttgtttctcattcaactcctcatgtctaaccttcgtttccgc 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48286852 tcacctcaacactaggcaccaaagctttactactaaaagcacttttcaacttcctcctttgtttctcattcaactcctcatgtctaaccttcgtttcccc 48286753  T
Q  618 cttcaccgccgtcttattcttcaccttcacatcaaacgcagccaccttcgtcgatcctaaattcaaatcaccattatctgcccatatctgaacactactt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48286752 cttcaccgccgtcttattcttcaccttcacatcaaacgcagccaccttcgtcgatcctaaattcaaatcaccattatctgcccatatctgaacactactt 48286653  T
Q  718 tgttcaaaacgccacaccatttttgcattacggttcttcacttccaccattgttaccgtgtttgcgtcgagataagcaccgtcggattttgtggttatgt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48286652 tgttcaaaacgccacaccatttttgcattacggttcttcacttccaccattgttatcgtgtttgcgtcgagataagcaccgtcggattttgtggttatgt 48286553  T
Q  818 tgaaacttggaacacggaaggaaccgaggtggaattctggtatggaaggttgatagagaatgtagataact 888  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48286552 tgaaacttggaacacggaaagaaccgaggtggaattctggtatggaaggttggtagagaatgtagataact 48286482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University