View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8963_low_7 (Length: 697)

Name: NF8963_low_7
Description: NF8963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8963_low_7
NF8963_low_7
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-661)||(43010593-43011250)
chr2 (1-661)||(43012890-43013547)
chr2 (3-685)||(25203243-25203934)
chr2 (1-255)||(35075039-35075293)
chr2 (446-685)||(35074796-35075035)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-661)||(25676118-25676775)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-685)||(15090430-15091117)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 43011250 - 43010593
Alignment:
Q  1 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011250 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 43011151  T
Q  101 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43011150 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatac 43011051  T
Q  201 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactctta 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  43011050 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactctta 43010951  T
Q  298 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010950 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 43010851  T
Q  398 tagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 497  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010850 gagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 43010751  T
Q  498 ccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataaccc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43010750 ccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataaccc 43010657  T
Q  598 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtga 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010656 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtga 43010593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 43013547 - 43012890
Alignment:
Q  1 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013547 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 43013448  T
Q  101 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43013447 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatac 43013348  T
Q  201 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactctta 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  43013347 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactctta 43013248  T
Q  298 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013247 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 43013148  T
Q  398 tagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 497  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013147 gagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 43013048  T
Q  498 ccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataaccc 597  Q
    ||||||||||||||| ||||||   ||| | ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43013047 ccaacattaaacatttcacgtg---cacgattg---tttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataaccc 43012954  T
Q  598 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtga 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43012953 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtga 43012890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 685
Target Start/End: Original strand, 25203243 - 25203934
Alignment:
Q  3 tctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgaca 102  Q
    ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||    
T  25203243 tctcccatagtcggagctacatgttcgtcacccaatctgatatgtctagcaggagtctcggtaatgcgcaaacctaaagccaaacctatacaccttggca 25203342  T
Q  103 tgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactc 202  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25203343 tgaaatttttgtttgctccactatcaaccaacatcagcaccggtatctcccccactgtcctttgcaacttgatgcattgaggcatatcttgataatactc 25203442  T
Q  203 ggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctg------tgtccacatc---atcattcaacact 293  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||   |||||||||||||    
T  25203443 ggtttgtctatcaaaagtcaacaaattttcaaaagttaacaaattcaattgcaactcttctgcacctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacact 25203542  T
Q  294 cttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaa 393  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  25203543 cttacttcattttcatcttcggaatcatcctcaagcaccataacacgcaaatttttatccgtacattgataacgaggatgatacgggcctccacatttaa 25203642  T
Q  394 aacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgtt 493  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||    
T  25203643 aacagagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagattcctcacattcttgtcacgccaatttccaatgttggtagtgtgtgttttgtt 25203742  T
Q  494 ttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccata 593  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25203743 ttgtctaacattaaacattccacgcaaaccacctatggatcttcctccactgtttcctccaggaaaatgatcacgattgtctttgttattacgaaccata 25203842  T
Q  594 acccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 685  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  25203843 acccaatcgccctttctaccttcattttgtgtaacaaccttgttaccaaaaacaggtcgagatagtgaaccatgtgaccttctcgatgtcca 25203934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 35075293 - 35075039
Alignment:
Q  1 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35075293 attctcccaaagttggagccacatgttcgtcacccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 35075194  T
Q  101 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35075193 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcaacaccgatatctccctcactgtcctttgaaacctgatgcattgaagcatatcttgataatac 35075094  T
Q  201 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgca 255  Q
    || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35075093 tcagtgtgtctatcaaaagtaaacgcattttcaaaagtcaacacattcaattgca 35075039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 446 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 35075035 - 35074796
Alignment:
Q  446 cacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  35075035 cacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtcgaacattaaacattccacgtgcaccacctgtgaattttcctcaactg 35074936  T
Q  546 tttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaa 645  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35074935 tttcctccaagaaaacgatcatgattgtctttgttattatgaaccataacccgatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgttaccaaaaa 35074836  T
Q  646 cgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 685  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35074835 tgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 35074796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 661
Target Start/End: Original strand, 25676118 - 25676775
Alignment:
Q  1 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676118 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 25676217  T
Q  101 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25676218 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatac 25676317  T
Q  201 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactctta 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  25676318 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactctta 25676417  T
Q  298 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676418 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 25676517  T
Q  398 tagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 497  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676518 gagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 25676617  T
Q  498 ccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataaccc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25676618 ccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataaccc 25676711  T
Q  598 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtga 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676712 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtga 25676775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 685
Target Start/End: Original strand, 15090430 - 15091117
Alignment:
Q  1 attctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090430 attctcccaaagtcggagccacgtgactgtcacccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttga 15090529  T
Q  101 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15090530 catgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactgtcccttgaaacctgatgtattgaagcatatcttgataatac 15090629  T
Q  201 tcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatc---atcattcaacactctta 297  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  15090630 tcggtttgtctatcaaaagtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactctta 15090729  T
Q  298 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaaca 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15090730 cttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacacgcaaatttttatccggacattgatgacgaggatgatacgggcctccacatttaaaaca 15090829  T
Q  398 tagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgt 497  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||    
T  15090830 gagtcctttttaacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactcctcacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgt 15090929  T
Q  498 ccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataaccc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090930 ccaacattaaacattccacgtgcaccacctgtggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataaccc 15091029  T
Q  598 aatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 685  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15091030 aatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgtaaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 15091117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University