View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8966_low_1 (Length: 1692)

Name: NF8966_low_1
Description: NF8966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8966_low_1
NF8966_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-1675)||(34625401-34627076)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (318-495)||(31564928-31565105)
chr4 (1047-1146)||(31564624-31564723)
chr4 (1458-1526)||(31564372-31564440)
chr4 (1047-1126)||(15511673-15511752)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1575; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1675
Target Start/End: Original strand, 34625401 - 34627076
Alignment:
Q  1 cacatatacctgacaagaacattgatagtctaacattgacatgtaaacatcggtaataatataaaagtggtagtaattgaatgtaaccacatcgatgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34625401 cacatatacctgacaagaacattgatagtctaacattgacatgtaaacatcggtaataatataaaagtggtagtaattgaatgtaaccacatcgatgtga 34625500  T
Q  101 ggatgtcatgttgacgttagacaacaagcacaggagacacgttacaatctgaagtgtcggtgcttagcagtcatgactatcatgtaagattaagactata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34625501 ggatgtcatgttgacgttagacaacaagcacaggagacacgttacaatctgaagtgtcggtgcttagcagtcatgactatcatgtaagattaagactata 34625600  T
Q  201 gagtataagcaatgtatcaaatgagtgatgaaatttagagatcctacctctaaagttgagaaagactctcgggtagtggcgagttcttcttgaagagtac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34625601 gagtataagcaatgtatcaaatgagtgatgaaatttagagatcctacctctaaagttgagaaagactctcgggtagtggcgagttcttcttgaagagtac 34625700  T
Q  301 tcatgtaaagcaatgcatccattcgtttaaaagcaaatggaatctcaaccagagatttcaggaaccgatcagccggacccagttgagcaagaccaccact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34625701 tcatgtaaagcaatgcatccattcgtttaaaagcaaatggaatctcaaccagagatttcaggaaccgatcagccggacccagttgagcaagaccaccact 34625800  T
Q  401 gaaaagtctaagttttagttcttcctctgaagttggtgccatcttgatcagggtttgaaggaattctggtgggagctcatttcctgatcaaccaaaaaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34625801 gaaaagtctaagttttagttcttcctctgaagttggtgccatcttcatcagggtttgaaggaattctggtgggagctcatttcctgatcaaccaaaaaca 34625900  T
Q  501 tatcaaagctatcatacaagtggaattctggtgacaataaactatatttgttttgcatttctatgtaaggagctattttgaccaatatccaatgtgtgtg 600  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34625901 tatcaaagctatgatacaagtggaattctggtgacaataaactatatttgttttgcatttctatgtaaggagctattttgaccaatatccaatgtgtgtg 34626000  T
Q  601 cctcagtgaatgtatctgtgtgaattattggcacaaatccaatcactagacactgacaagtcgtcatcgataataa-tttaatggaacagttgaatataa 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  34626001 cctcagtgaatgtatctgtgtgaattattggcacaaatccaatcactagacactgacaagtcgtcatcgataataattttgatggaacagttgaatataa 34626100  T
Q  700 ccatgcgtccgtgtcagatactgacacatatcggacaccggacatgcctttaatgtgaagggtcaatgctacatactgatcaaaagttagaactaatcta 799  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626101 acatgcgtccgtgtcagatactgacacatatcggacaccggacatgcctttaatgtgaagggtcaatgctacatactgatcaaaagttagaactaatcta 34626200  T
Q  800 gcatactaaatcctgcccaagtgcatgaaaaatatgctagtttcaaatagtttaattggtaccgcatatatatgaaattaattctaggcttctattgata 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626201 gcatactaaatcctgcccaagtgcatgaaaaatatgctagtttcaaatagtttaattggtaccgcatatatatgaaattaattctaggcttctattgata 34626300  T
Q  900 aataaagtttgcatgctaaagcaatgatttctagttagtgttacaccagagaatctgatgatgctattattatcattattattttctccttgtagctata 999  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626301 aataaagtttgcatactaaagcaatgatttctagttagtgttacaacagagaatctgatgatgctattattatcattattattttctccttgtagctata 34626400  T
Q  1000 tgcatttatagaagaaaattgaaggaacagnnnnnnnnccttcaagtagtgcatcacgaacttcttctagtgtcacatttaatgctcgcaagagaattga 1099  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626401 tgcatttatagaagaaaattgaaggaacag-aaaaaaaccttcaagtagtgcatcacgaacttcttctagtgtcacatttaatgctcgcaagagaattga 34626499  T
Q  1100 taaattttgtgctttctttgagtcaatgatttggatatactgaggtgtatcacgtaaggaagactctttcttatgtccacctttgagtttatcattctgt 1199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626500 taaattttgtgctttctttgagtcaatgatttggatatactgaggtgtatcacgtaaggaagactctttcctatgtccacctttgagtttatcattctgt 34626599  T
Q  1200 tgagtatatccaaaaagagattccatcatttcttcattaaacctgtcacatattcgatcatcatcaacaacattagccatgtaacacctatccatggtag 1299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626600 tgagtatatccaaaaagagattccatcatttcttcattaaacctgtcacatattcgatcatcatcaacaacattagccatgtaacacctatccatggtag 34626699  T
Q  1300 attattttttatccgcatcaaaagaagatgttagctcagtagtaagagttcggcattataatatcaaggagtagagttgaaatttcctcgtaaatagttg 1399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626700 attattttttatccgcatcaaaagaagatgttagctcagtagtaagagttcggcattataatatcaaggagtagagttgaaatttcctcgtaaatagttg 34626799  T
Q  1400 taaaatgatcattagtactattttaattaaaaaacaagaagaagaagaatgatcactcactggaatgatcctgctttgagttgattccaaaccatagttt 1499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34626800 taaaatgatcattagtactattttaattaaaaaacgagaagaagaagaatgatcactcactggaatgatcctgctttgagttgattccaaaccatagttt 34626899  T
Q  1500 gatctgagtttgcttgaaccttgtccc-nnnnnnnggctttaacttagttttatgactatcaccttcaccttctgaaccaacagcagccttttcttgaac 1598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34626900 gatctgagtttgcttgaaccttgtcccaaaaaaaaggctttaacttagttttatgactatcaccttcaccttctgaaccaacaacagccttttcttgaac 34626999  T
Q  1599 ttttgatcctaaaggtctaggacccttttggccaaatggcggaggagctcttacaccactcttaggaggcggtggtg 1675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34627000 ttttgatcctaaaggtctaggacccttttggccaaatggcggaggagctcttacaccactcttaggaggcggtggtg 34627076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 7e-19; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 318 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 31565105 - 31564928
Alignment:
Q  318 tccattcgtttaaaagcaaatggaatctcaaccagagatttcaggaaccgatcagccggacccagttgagcaagaccaccactgaaaagtctaagtttta 417  Q
    |||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||  | ||||||||| || ||||| || || |||||||  ||| ||||| | ||||||||||| || |    
T  31565105 tccattcgcttaaacgcagagggaatgtccaccatggctttcaggaaacggtcagcaggcccaagttgagacagatcaccattaaaaagtctaagcttaa 31565006  T
Q  418 gttcttcctctgaagttggtgccatcttgatcagggtttgaaggaattctggtgggagctcatttcctgatcaaccaa 495  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||| ||||    
T  31565005 gttcttcatctgatgtcggtgccatcttcaacaaggtttgaaggaattccgacggtagctcatttcctgatcagccaa 31564928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 1047 - 1146
Target Start/End: Complemental strand, 31564723 - 31564624
Alignment:
Q  1047 agtgcatcacgaacttcttctagtgtcacatttaatgctcgcaagagaattgataaattttgtgctttctttgagtcaatgatttggatatactgaggtg 1146  Q
    |||||||||| ||||||||| |  ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||| | ||| |||||||| |||||||    
T  31564723 agtgcatcacaaacttcttccatcgtcacgttcaatgcgcgcaacagaattaataaattttgtgctttctttttgtcgacgatctggatatattgaggtg 31564624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1458 - 1526
Target Start/End: Complemental strand, 31564440 - 31564372
Alignment:
Q  1458 actggaatgatcctgctttgagttgattccaaaccatagtttgatctgagtttgcttgaaccttgtccc 1526  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| | ||||||||| || ||| ||||||| ||||    
T  31564440 actggaatgatcctgatttgatctgattccaaaccattgattgatctgaattagctggaaccttatccc 31564372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1047 - 1126
Target Start/End: Complemental strand, 15511752 - 15511673
Alignment:
Q  1047 agtgcatcacgaacttcttctagtgtcacatttaatgctcgcaagagaattgataaattttgtgctttctttgagtcaat 1126  Q
    |||||||||  ||||||| ||  ||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  15511752 agtgcatcaacaacttctgctgttgtcacattcagagcacgcaaaagaattgataaattctgtgctttctttgggtcaat 15511673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University