View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8966_low_9 (Length: 539)
Name: NF8966_low_9
Description: NF8966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8966_low_9 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 525
Target Start/End: Original strand, 12813132 - 12813656
Alignment:
| Q |
1 |
cacatgatatatggagtatatgcattggagtatcgccgttaatgcatcaagaataagtttattgtattattgataacaaaatcatattcataactatatg |
100 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12813132 |
cacatgacaaatggagtatatacattggagtgtcccctttaatgcatcaagaataagtttatggtattattgataacaaaatcatattcataactatatt |
12813231 |
T |
|
| Q |
101 |
acaagagctagatttcagcacatgatttatatgtaacaaatattactacaattatttattgcaatgttgtgtaactattcttaacttttgttttgcactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12813232 |
acaagagcgagatttcagcacatgatttatatgtaacaaatattcctacaattatttattgcaatgttgtgtaactattcttaacttttgttttgcactt |
12813331 |
T |
|
| Q |
201 |
attagtatattccattgaaagaaatatattgttgtttttaactttttatcatgcatgtctctagtctacttaatattaataggttcctttaattcctcag |
300 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12813332 |
attagcatattccattgaaagaaatatattgttgtttttaactttttatcatgcatgtctctagtctacttaatattaataggttcctttaattcctcag |
12813431 |
T |
|
| Q |
301 |
aactgtcaacttagatctgttttacatagcatttcctcgcattaatcacacaacatacatgaaataactaacatagatctcacaattcaatttcaatcaa |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12813432 |
aactgtcaacttagatctgttttacatagcatttcctcgcattaatcacacaacatacatgaaataactaacatagatctcacaattcaatttcaatcaa |
12813531 |
T |
|
| Q |
401 |
tgtcaggcatcagttcttatttcgatagccaattaataatgttagaaatgcaaattacatatcattgaacagaaacagttaattatctaatgaatgtacc |
500 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12813532 |
tgtcagacatcagttcttatttcgatagccaattaataatgttagaaatgcaaattacatatcattgaacagaaatagttaattatctaatgaatgtacc |
12813631 |
T |
|
| Q |
501 |
tatctatcaaacaccacccatgatg |
525 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12813632 |
tatctatcaaacaccacccatgatg |
12813656 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 525
Target Start/End: Original strand, 12750262 - 12750692
Alignment:
| Q |
95 |
tatatgacaagagctagatttcagcacatgatttatatgtaacaaatattactacaattatttattgcaatgttgtgtaactattcttaacttttgtttt |
194 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12750262 |
tatattacaagagcgagatttcagcacatgatttatatgtaacaaatattcctacaattatttattgcaatgttgtgtaactattcttaacttttgtttt |
12750361 |
T |
|
| Q |
195 |
gcacttattagtatattccattgaaagaaatatattgttgtttttaactttttatcatgcatgtctctagtctacttaatattaataggttcctttaatt |
294 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12750362 |
gcacttattagtatattccattgaaagaaatatattgttgtttttaactttttatcatgcatgtctctagtctacttaatattaataggttcctttaatt |
12750461 |
T |
|
| Q |
295 |
cctcagaactgtcaacttagatctgttttacatagcatttcctcgcattaatcacacaacatacatgaaataactaacatagatctcacaattcaatttc |
394 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12750462 |
cctcagaaatgtcaacttagatctgttttacatagcatttcctcacattaatcacacaacatacatgaaataactaacatagatctcacaattcaatttc |
12750561 |
T |
|
| Q |
395 |
aatcaatgtcaggcatcagttcttatttcgatagccaattaataatgttagaaatgcaaattacatatcattgaacagaaacagttaattatctaatgaa |
494 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12750562 |
aatcaatgtcagacatcagtttttatttcgatagccaattaataatgttagaaatgcaaattacatatcattgaacagaaatagttaattatctaatgaa |
12750661 |
T |
|
| Q |
495 |
tgtacctatctatcaaacaccacccatgatg |
525 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12750662 |
tgtacctatctatcaaacaccacccatgatg |
12750692 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Original strand, 12750019 - 12750114
Alignment:
| Q |
1 |
cacatgatatatggagtatatgcattggagtatcgccgttaatgcatcaagaataagtttattgtattattgataacaaaatcatattcataacta |
96 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12750019 |
cacatgacaaatggagtatatacattggagtgtcccctttaatgcatcaagaataagtttatggtattattgataacaaaatcatattcataacta |
12750114 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University