View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8969_low_1 (Length: 1156)

Name: NF8969_low_1
Description: NF8969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8969_low_1
NF8969_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-1139)||(26599865-26600992)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1019; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1019; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1139
Target Start/End: Original strand, 26599865 - 26600992
Alignment:
Q  9 ggagcagagattcaaaatcaaaatgaagatgggagtgaaatcttgaatagtactgtgagaggttctgataattgtactccaagggatgattctaaagaag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26599865 ggagcagagattcaaaatcaaaatgaagatgggagtgaaatcttgaatagtactgtgagaggttctgataattgtactccaagggatgattctaaagaag 26599964  T
Q  109 gaaacagaaagagaaaggagagtttttacttcaacaataatgaacaatgttctatgtacaatcaaggaagtggttattgtgatgttaatgatcaaagaga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26599965 gaaacagaaagagaaaggagagtttttacttcaacaataatgaacaatgttctatgtacaatcaaggaagtggttattgtgatgttaatgatcaaagaga 26600064  T
Q  209 agagattgtgaaacttcaaaggaatgatcatggttcttcaccttctgattctaatgttggaaatgttgctaatggtgatacttgctttcctttcatgatc 308  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26600065 ggagattgtgaaacttcaaaggaatgatcatggttcttcaccttctgattctaatgttggaaatgttgctaatggtgatacttgctttcctttcatgatt 26600164  T
Q  309 agtgagggtggaaatttgtgggagaattttggcttgaagatcaataaagtaaaccaaaaccattaactgatgagggtttatgtatagatatcgatgattg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600165 agtgagggtggaaatttgtgggagaattttggcttgaagatcaataaagtaaaccaaaaccattaaccgatgagggtttatgtatagatatcgatgattg 26600264  T
Q  409 ttaaacgatcgatctaaatgcatgtctggattgacagtgagttcggcagaatcacaatgaaccaccctgattttgtaaaaatccgttacactttaaagct 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600265 ttaaacgatcgatctaaatgcatgtctggattgacagtgagttcggcagaatcacaatgaaccaccttgattttgtaaaaatccgttacactttaaagct 26600364  T
Q  509 tttacgaaatcacggggtgattgtaatttcgtcaaactcactccatgattccaaatatgtatttgatgtgtttaagggaattctagtagaaaaataatgt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600365 tttacgaaatcacggggtgattgtaatttcgtcaaactcactccatgattccaaatatgtatttgatgtgtttaagggaattctagtagaaaaataatgt 26600464  T
Q  609 gttcaagtttagtgatggagataaagtggaaaagttcacttgcttattggaatatgacaaaagatcatgtgagtttctttactttaatgcatgaagatgg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600465 gttcaagtttagtgatggagataaagtggaaaagttcacttgcttattggaatatgacaaaagatcatgtgagtttctttactttaatgcatgaagatgg 26600564  T
Q  709 gattgaaattgtattattgctatgtatttttgtcccttcagttattatgttttacatcagttggttactgttttcatcctttctcctcatgcttctttag 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600565 gattgaaattgtattattgctatgtatgtttgtcccttcagttattatg-tttacatcagttggttactgttttcatcctttctcctcatgcttctttag 26600663  T
Q  809 tgtgctgtttgggtaaacatgtactgtgcatgcaggtttttggtttctgtgtactgatcatatggtataagaagcaaattcttttcctttgtttattagc 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600664 tgtgctgtttgggtaaacatgtactgtgcatgcaggtttttggtttctgtgtactgatcatatggtataagaagcaaattcttttcctttgtttattagc 26600763  T
Q  909 ttgtgtatatgtttctaattacatcgaatttgacgaaatcacattgacactgaatttgttaatgctttaaagtgta-atttttatcaaaactacgacggc 1007  Q
    |||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | |    
T  26600764 ttgtg--tatgtttctaattacaccgagtttgacgaaatcacattgacactaaatttattaatgctttaaaatgtatatttttgtcaaaactacgatgac 26600861  T
Q  1008 gtgcagtgatttcacaaagtttattccaaacatacactaaatagannnnnnnagtaaactacattaagtagttttgtgaagcatgagattgatgtgttca 1107  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26600862 gtacagtgatttcacaaagtttattccaaacatacactaaataga-ttttttagtaaactacattaagtagttttgtgaagcatgagattgatgtgttca 26600960  T
Q  1108 tattaatgtatatagtgtagcatcgtttgatc 1139  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26600961 tatttatgtatatagtgtagcatcgtttgatc 26600992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University