View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8969_low_25 (Length: 421)

Name: NF8969_low_25
Description: NF8969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8969_low_25
NF8969_low_25
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (1-408)||(175748-176155)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-408)||(14641137-14641544)
chr4 (1-268)||(26110581-26110848)
chr4 (115-383)||(10012268-10012535)
chr4 (115-383)||(10019409-10019676)
chr4 (308-384)||(10154177-10154253)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-408)||(29564430-29564837)
chr8 (111-384)||(24956620-24956893)
chr8 (111-384)||(18176218-18176491)
chr8 (104-339)||(44506524-44506755)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-372)||(7230312-7230683)
chr2 (42-408)||(7230679-7231045)
chr2 (111-384)||(21022782-21023055)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (28-407)||(131097-131476)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (4-408)||(4576455-4576862)
chr3 (104-383)||(9787400-9787679)
chr3 (104-339)||(3590116-3590351)
chr3 (142-257)||(19607184-19607299)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (111-384)||(32604723-32604996)


Alignment Details
Target: scaffold0005 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 176155 - 175748
Alignment:
Q  1 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  176155 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 176056  T
Q  101 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  176055 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatt 175956  T
Q  201 tgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgt 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175955 tgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgt 175856  T
Q  301 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcatat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  175855 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttac 175756  T
Q  401 tgatgtcc 408  Q
    ||||||||    
T  175755 tgatgtcc 175748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 14641137 - 14641544
Alignment:
Q  1 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641137 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 14641236  T
Q  101 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14641237 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatt 14641336  T
Q  201 tgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgt 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641337 tgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgt 14641436  T
Q  301 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcatat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  14641437 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttac 14641536  T
Q  401 tgatgtcc 408  Q
    ||||||||    
T  14641537 tgatgtcc 14641544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 26110581 - 26110848
Alignment:
Q  1 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110581 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgttattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 26110680  T
Q  101 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  26110681 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagatcaaggttgggactgcaacaacgatgagaaacacatt 26110780  T
Q  201 tgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatcta 268  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26110781 tgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgtagcaacatcta 26110848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 10012535 - 10012268
Alignment:
Q  115 aaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgattagttc 214  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| || ||||| | |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| || |||||| | |    
T  10012535 aaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacatagagtaaggcaaaggttgggactgcaccaactatgagaaaaacattagaacgattaatcc 10012436  T
Q  215 aagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaa 314  Q
    ||| || ||||  |||||||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||  |||   |||| ||||||| |||||    ||| || ||||||| ||    
T  10012435 aagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgt-ttgcaatattaaa 10012337  T
Q  315 aagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatga 383  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||| ||     |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  10012336 aagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatga 10012268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 10019676 - 10019409
Alignment:
Q  115 aaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgattagttc 214  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| || ||||| | |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| || |||||| | |    
T  10019676 aaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacatagagtaaggcaaaggttgggactgcaccaactatgagaaaaacattagaacgattaatcc 10019577  T
Q  215 aagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaa 314  Q
    ||| || ||||  |||||||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||  |||   |||| ||||||| |||||    ||| || ||||||| ||    
T  10019576 aagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgt-ttgcaatattaaa 10019478  T
Q  315 aagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatga 383  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||| ||     |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  10019477 aagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatga 10019409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 384
Target Start/End: Original strand, 10154177 - 10154253
Alignment:
Q  308 tattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaa 384  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||  |||||||  |  |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  10154177 tattgaaaagtgcaaaggatgatggatttttgaatggttaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaa 10154253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 29564430 - 29564837
Alignment:
Q  1 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564430 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgatattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 29564529  T
Q  101 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  29564530 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaacaaggttgggactgcaacaacaatgagaaacacatt 29564629  T
Q  201 tgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgt 300  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564630 tgagcgattagttcaagcaacagaaagtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgt 29564729  T
Q  301 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcatat 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  29564730 gttacaatattgaaaagtacgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcgtac 29564829  T
Q  401 tgatgtcc 408  Q
    ||||||||    
T  29564830 tgatgtcc 29564837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 111 - 384
Target Start/End: Original strand, 24956620 - 24956893
Alignment:
Q  111 aaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||| | |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||| |||    
T  24956620 aaagaaaagaaaggtttcaccatatattggagtgaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacttcaacaattatgagaaaaacatttgagcggtta 24956719  T
Q  211 gttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 310  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||  ||||||| || || |||  ||| | |||| | || || ||||| ||||| |||| | |||    
T  24956720 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagattgcgttaaattat 24956819  T
Q  311 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaa 384  Q
    |||||||||| |||||  | ||   |||||||  || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  24956820 tgaaaagtgcaaaggattatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaa 24956893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 111 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 18176491 - 18176218
Alignment:
Q  111 aaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgatta 210  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||| || |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  ||| |||||||||||  ||||||||||| |||    
T  18176491 aaagaaaagaaaagtttcaccagctattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaacaacaactatgagaagaacatttgagcggtta 18176392  T
Q  211 gttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 310  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||| || |||  ||| | |||| | || || ||||  ||||| |||| | |||    
T  18176391 gttgaagcagccgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcagccacctctcatgtccatggagagtactctattctagattgcgttaaattat 18176292  T
Q  311 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaa 384  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  18176291 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagtcatgctttagaaatgcttaaagatgaa 18176218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 104 - 339
Target Start/End: Original strand, 44506524 - 44506755
Alignment:
Q  104 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttga 203  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||     || ||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||    
T  44506524 aatcaaaaaataaaagaaaggtttcaccaa----ggatgagaaagcaacaaagagtaaggcaaaggttgggactgcaccagctatgagaaaaacattaga 44506619  T
Q  204 gcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 303  Q
     |||||||| |||| || ||||  |||||||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||  |||   |||| ||||||| |||||    ||||||    
T  44506620 acgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgtgtt 44506719  T
Q  304 acaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttg 339  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  44506720 gcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttg 44506755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 7230312 - 7230683
Alignment:
Q  1 ttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230312 ttagggatgccacatgaatctagtggaaaaaatgctattgatgatgtgtcactagaacttattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagta 7230411  T
Q  101 acaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7230412 acaaatcaagaaagaaaaaaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatt 7230511  T
Q  201 tgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgt 300  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230512 tgagcgattagttcaagcatcagaatgtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgt 7230611  T
Q  301 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatg 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7230612 gttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggtgatg 7230683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 42 - 408
Target Start/End: Original strand, 7230679 - 7231045
Alignment:
Q  42 tgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggt 141  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7230679 tgatgtgtcactagaacttattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggt 7230778  T
Q  142 gagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattg 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  7230779 gagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcatcagaatgtcataatgaaattg 7230878  T
Q  242 agaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaa 341  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230879 agaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaa 7230978  T
Q  342 taatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcatattgatgtcc 408  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  7230979 taatcgacaatttagttatactttggtgatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcc 7231045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 111 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 21023055 - 21022782
Alignment:
Q  111 aaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgatta 210  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  21023055 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaacaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 21022956  T
Q  211 gttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 310  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||  ||||||| || || |||  ||| | |||| | || || ||||| | ||| |||| | |||    
T  21022955 gtttaagcagttgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtttgcgttaaattat 21022856  T
Q  311 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaa 384  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  21022855 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaa 21022782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 28 - 407
Target Start/End: Original strand, 131097 - 131476
Alignment:
Q  28 aaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggttt 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131097 aaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatacctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggttt 131196  T
Q  128 caccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagtagaagg 227  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  131197 caccagatatgggtgagaaagttacaaagtgtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagcaaaagg 131296  T
Q  228 tcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggag 327  Q
    ||||||||||||| |||||    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  131297 tcataatgaaattaagaagaatgaaattgcagcaacatctaatgttcgtggacaatattcaattcttgattgtgttacaatattgaaaagtacgaaggag 131396  T
Q  328 gaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcatattgatgtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  131397 gaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtc 131476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 4 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 4576862 - 4576455
Alignment:
Q  4 ggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaaca 103  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| || ||||     
T  4576862 ggggtgcgacgtgaatctagtggcaaaaatgatattgatgacgtgccattagaaattattgaatctgaagaggatgatgttatccttatgggaaataacc 4576763  T
Q  104 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttga 203  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  4576762 aatcaagaaagaaaagaaatgtttcaccagatatgggtgtgaaagttacaaagggtaagacaaaggctgggactacaacaactatgagaatcacatttga 4576663  T
Q  204 gcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtg-- 301  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  4576662 gcgattagttcaagcagcagaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 4576563  T
Q  302 -ttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcatat 400  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||     
T  4576562 attacaatattgaaatgtgcgaaggaggaaggacatttgaatagtcgacaatttagttatgctttggagaagcttaaagatgaagataatagaattttac 4576463  T
Q  401 tgatgtcc 408  Q
    ||||||||    
T  4576462 tgatgtcc 4576455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 104 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 9787679 - 9787400
Alignment:
Q  104 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttga 203  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||    
T  9787679 aatcaaaaaataaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacaaagagtaagacaaaggttgggactgcaccagctatgagaaaaacattaga 9787580  T
Q  204 gcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 303  Q
     |||||||| |||| || ||||  |||||||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||  |||   |||| ||||||| |||||    ||||||    
T  9787579 acgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaacttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgtgtt 9787480  T
Q  304 acaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatga 383  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| ||     |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  9787479 tcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatga 9787400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 104 - 339
Target Start/End: Original strand, 3590116 - 3590351
Alignment:
Q  104 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttga 203  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||  | ||| | |||||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||    
T  3590116 aatcaaaaaatataagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacaaataggaaggcaaaggttgggactgcaccagctatgagaaaaacattaga 3590215  T
Q  204 gcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 303  Q
     |||||||| |||| || ||||  |||||||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||  |||   |||| ||||||| ||| |    ||||||    
T  3590216 acgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctatttcaacatgtgtt 3590315  T
Q  304 acaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttg 339  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  3590316 gcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttg 3590351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 142 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 19607299 - 19607184
Alignment:
Q  142 gagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagtagaaggtcataatgaaattg 241  Q
    |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||  | |||||   ||||||||||||||| |||    
T  19607299 gagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacgacaacaactatgagaaacacatttgagcggttaactgaagcatctgaaggtcataatgaagttg 19607200  T
Q  242 agaaggccaaaattgc 257  Q
    | |||||  |||||||    
T  19607199 aaaaggctcaaattgc 19607184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 111 - 384
Target Start/End: Original strand, 32604723 - 32604996
Alignment:
Q  111 aaagaaaagaaaggtttcaccatatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaaaaactatgagaaacacatttgagcgatta 210  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  32604723 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaacaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 32604822  T
Q  211 gttcaagcagtagaaggtcataatgaaattgagaaggccaaaattgcagcaacatctagtgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 310  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||  ||||||| || || |||  ||| | |||| | || || ||||| || || |||| | |||    
T  32604823 gttaaagcagatgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagaatgcgttaaattat 32604922  T
Q  311 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaa 384  Q
    |||||||||| |||||  | ||   |||||||  || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32604923 tgaaaagtgcaaaggataatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaa 32604996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University