View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8970_low_32 (Length: 256)

Name: NF8970_low_32
Description: NF8970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8970_low_32
NF8970_low_32
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (23-238)||(28124599-28124814)
chr7 (23-238)||(28126426-28126641)
chr7 (23-238)||(20046507-20046723)
chr7 (23-238)||(4895589-4895803)
chr7 (23-238)||(44963168-44963382)
chr7 (121-238)||(37405559-37405676)
chr7 (23-104)||(28014285-28014366)
chr7 (25-102)||(25471785-25471862)
chr7 (132-194)||(36989570-36989632)
chr7 (28-104)||(8405645-8405721)
chr7 (196-238)||(25471955-25471997)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (34-238)||(6428745-6428949)
chr8 (23-238)||(30224235-30224449)
chr8 (23-238)||(5567431-5567645)
chr8 (23-224)||(25249025-25249225)
chr8 (45-238)||(31032038-31032225)
chr8 (45-238)||(3379149-3379340)
chr8 (23-238)||(3375446-3375649)
chr8 (120-215)||(36535940-36536035)
chr8 (182-238)||(14935582-14935638)
chr8 (45-115)||(19473658-19473728)
chr8 (45-115)||(19544583-19544653)
chr8 (45-115)||(19588043-19588113)
chr8 (23-82)||(36535863-36535922)
chr8 (45-115)||(14939641-14939711)
chr8 (151-214)||(29274786-29274849)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (23-238)||(7040366-7040580)
chr4 (23-238)||(52520606-52520821)
chr4 (23-238)||(23564687-23564901)
chr4 (23-238)||(52518764-52518979)
chr4 (23-238)||(18656113-18656327)
chr4 (53-217)||(54296454-54296617)
chr4 (120-238)||(23566457-23566575)
chr4 (111-234)||(3529247-3529369)
chr4 (111-238)||(23985779-23985905)
chr4 (45-238)||(52545137-52545327)
chr4 (152-238)||(3274580-3274666)
chr4 (45-104)||(56074680-56074739)
chr4 (144-238)||(24807429-24807522)
chr4 (25-90)||(23566383-23566448)
chr4 (57-145)||(18395689-18395776)
chr4 (194-238)||(18395816-18395860)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (23-238)||(29758125-29758339)
chr2 (62-155)||(8759115-8759207)
chr2 (45-145)||(18612074-18612174)
chr2 (121-238)||(20516053-20516176)
chr2 (184-236)||(18739679-18739730)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (23-238)||(16808590-16808805)
chr1 (23-238)||(17449316-17449529)
chr1 (121-238)||(9312034-9312151)
chr1 (121-238)||(3282806-3282923)
chr1 (121-238)||(3284507-3284624)
chr1 (121-238)||(9310417-9310534)
chr1 (30-197)||(48941646-48941816)
chr1 (152-238)||(37664695-37664781)
chr1 (152-238)||(37674417-37674503)
chr1 (152-238)||(37702191-37702277)
chr1 (144-237)||(902083-902175)
chr1 (53-238)||(5924828-5925000)
chr1 (193-238)||(48940681-48940726)
chr1 (45-87)||(9487493-9487535)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (45-238)||(58791-58982)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (23-238)||(5376882-5377097)
chr6 (23-238)||(5378737-5378952)
chr6 (34-238)||(1088676-1088879)
chr6 (23-236)||(19645312-19645524)
chr6 (121-238)||(15868397-15868514)
chr6 (121-238)||(33866104-33866221)
chr6 (31-216)||(9415095-9415279)
chr6 (121-238)||(15866585-15866702)
chr6 (121-238)||(33869251-33869368)
chr6 (81-238)||(15149108-15149271)
chr6 (33-104)||(8915606-8915677)
chr6 (120-238)||(14611089-14611206)
chr6 (173-238)||(32079915-32079980)
chr6 (120-237)||(28884362-28884480)
chr6 (44-98)||(24544763-24544817)
chr6 (184-231)||(14620523-14620570)
chr6 (111-192)||(14618975-14619054)
chr6 (30-104)||(20985827-20985901)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (23-238)||(17402794-17403009)
chr3 (34-236)||(6789627-6789828)
chr3 (23-199)||(1140045-1140220)
chr3 (144-231)||(20302639-20302725)
chr3 (152-231)||(20327181-20327259)
chr3 (144-201)||(41874441-41874497)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (121-238)||(6231-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (121-238)||(39787168-39787285)
chr5 (47-109)||(20012959-20013021)
chr5 (69-238)||(25076173-25076342)
chr5 (69-238)||(25134142-25134311)
chr5 (144-188)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (61-238)||(39150-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (23-115)||(19072-19164)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 28124599 - 28124814
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  28124599 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 28124698  T
Q  123 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28124699 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 28124798  T
Q  223 atcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||    
T  28124799 atcaactaactatagt 28124814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 28126426 - 28126641
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  28126426 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 28126525  T
Q  123 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28126526 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 28126625  T
Q  223 atcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||    
T  28126626 atcaactaactatagt 28126641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 20046507 - 20046723
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  20046507 agggagaaaagtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gataa 20046605  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20046606 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 20046705  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  20046706 ttatcaactaactatagt 20046723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4895803 - 4895589
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||| |  |||  | || |||| | ||| ||||||    
T  4895803 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaatgaatatatt-gattaa 4895705  T
Q  123 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 222  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4895704 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 4895605  T
Q  223 atcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||    
T  4895604 atcaactaactatagt 4895589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 44963382 - 44963168
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  44963382 agggagaaaagtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 44963285  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44963284 aaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttact 44963185  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  44963184 tatcaactaactatagt 44963168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405676
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagt 37405676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 23 - 104
Target Start/End: Original strand, 28014285 - 28014366
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  28014285 agggagaaagatcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtaga 28014366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 25471785 - 25471862
Alignment:
Q  25 ggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattata 102  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| || ||| ||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  25471785 ggagaaagatcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattata 25471862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 132 - 194
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  132 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 194  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 8405721 - 8405645
Alignment:
Q  28 gaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 104  Q
    ||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||||| | |||||| ||  ||||||||||| ||||    
T  8405721 gaaagatcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagataatcgtagaaactcattgtaga 8405645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 238
Target Start/End: Original strand, 25471955 - 25471997
Alignment:
Q  196 aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25471955 aaccaacctactaactctagttaacctatcaactaactatagt 25471997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6428949 - 6428745
Alignment:
Q  34 tcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaa 133  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6428949 tcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagagtgaatagatttgattaaaagatgatgaa 6428850  T
Q  134 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 233  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6428849 tgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaatt 6428750  T
Q  234 atagt 238  Q
    |||||    
T  6428749 atagt 6428745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30224449 - 30224235
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  30224449 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 30224352  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224351 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 30224252  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  30224251 tatcaactaactatagt 30224235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5567645 - 5567431
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  5567645 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 5567548  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  5567547 aaagatgatgaatgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagc 5567448  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  5567447 tatcaactaactatagt 5567431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 25249225 - 25249025
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  25249225 agggagaaaagtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 25249128  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25249127 aaagatcatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 25249028  T
Q  222 tat 224  Q
    |||    
T  25249027 tat 25249025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 238
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032225
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata 144  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||| ||||||||||  | ||    
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaataga-ttga-taaaagatcatgaatgagtgtagta 31032135  T
Q  145 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31032136 atgttcctatatatagagattagtttgagtaactaact----ctaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagt 31032225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 238
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379340
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata 144  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||| || ||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gataaaaa-atgatgaatgagtacaata 3379246  T
Q  145 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    || |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  3379247 gttttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagt 3379340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 3375446 - 3375649
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||          || ||||  |||| ||||| ||  |    
T  3375446 agggagaaaggtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactca----------ttgtagaaatgaatagatt-ga--a 3375532  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3375533 aaagataatgaatgggtacaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttact 3375632  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  3375633 tatcaactaactatagt 3375649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 120 - 215
Target Start/End: Original strand, 36535940 - 36536035
Alignment:
Q  120 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 215  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535940 taaaagatgatgaatgagtacaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 182 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935582
Alignment:
Q  182 tctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagt 14935582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 45 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473658
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 115  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19473658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 45 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544583
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 115  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19544583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 45 - 115
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588113
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 115  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19588113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 82
Target Start/End: Original strand, 36535863 - 36535922
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagat 82  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36535863 agggagaaaggtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagat 36535922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 45 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 14939711 - 14939641
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 115  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||    
T  14939711 agcaagaaagcaagcatatgagtactcatgtagaagatactcgtagaaactcattatagaatgaatagatt 14939641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 151 - 214
Target Start/End: Original strand, 29274786 - 29274849
Alignment:
Q  151 ctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 214  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274786 ctatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7040580 - 7040366
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  7040580 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 7040483  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040482 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 7040383  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  7040382 tatcaactaactatagt 7040366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 52520821 - 52520606
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||  |  | |||||| ||||||||||    
T  52520821 agggagaaagatcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattgaaatgaaaatatttgattaa 52520722  T
Q  123 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52520721 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 52520622  T
Q  223 atcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||    
T  52520621 atcaactaactatagt 52520606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 23564687 - 23564901
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  23564687 agggagaaaagtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 23564784  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564785 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 23564884  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  23564885 tatcaactaactatagt 23564901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 52518979 - 52518764
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  52518979 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 52518880  T
Q  123 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 222  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52518879 aagatgatgattgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 52518780  T
Q  223 atcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||    
T  52518779 atcaactaactatagt 52518764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 18656327 - 18656113
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  18656327 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 18656230  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  18656229 aaagatgatgaatgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagc 18656130  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  18656129 tatcaactaactatagt 18656113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 53 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  53 agcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct 152  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||| | ||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattataaaatgaattgatt-gattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttcct 54296519  T
Q  153 atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296518 atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 120 - 238
Target Start/End: Original strand, 23566457 - 23566575
Alignment:
Q  120 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttta 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566457 taaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagtctagttta 23566556  T
Q  220 cttatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  23566557 cttatcaactaactatagt 23566575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 111 - 234
Target Start/End: Original strand, 3529247 - 3529369
Alignment:
Q  111 agatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaac 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529247 agatttgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaac 3529345  T
Q  211 tctagtttacttatcaactaacta 234  Q
    | |||||||| |||||||||||||    
T  3529346 tttagtttacctatcaactaacta 3529369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 111 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 23985905 - 23985779
Alignment:
Q  111 agatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaac 210  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985905 agatttgat-aaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaac 23985807  T
Q  211 tctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  23985806 tctagtttacctatcaactaactatagt 23985779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 238
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545327
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaa-tgagtacaat 143  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||| || ||| ||||      
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagataataaaatga-tacatg 52545233  T
Q  144 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52545234 agtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagt 52545327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Original strand, 3274580 - 3274666
Alignment:
Q  152 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  3274580 tatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaactcttgtttacctatcaactaattatagt 3274666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 45 - 104
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074739
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 104  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttataga 56074739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807429
Alignment:
Q  144 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagt 24807429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 90
Target Start/End: Original strand, 23566383 - 23566448
Alignment:
Q  25 ggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaag 90  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  23566383 ggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaag 23566448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 57 - 145
Target Start/End: Original strand, 18395689 - 18395776
Alignment:
Q  57 agcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatag 145  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||  || |||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  18395689 agcataagagtattcatgtgggagatactcatatagactcatagtatagtgaatagatatga-taaaagatagtgaatgagtacaatag 18395776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 238
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395860
Alignment:
Q  194 ctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagt 18395860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 29758339 - 29758125
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  29758339 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 29758242  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758241 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 29758142  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  29758141 tatcaactaactatagt 29758125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 155
Target Start/End: Original strand, 8759115 - 8759207
Alignment:
Q  62 aagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctata 155  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8759115 aagagtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagatt-gat-aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 145
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatag-agtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaat 143  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||||||||| | |||| ||| ||||| |||  ||||||| ||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaataga-ttgataaaagtataatgattgagtacaat 18612172  T
Q  144 ag 145  Q
    ||    
T  18612173 ag 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 20516053 - 20516176
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagatta----gtttgagt-----aactacctctaactaacttctaaccaagctactaact 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    ||||||||     ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  20516053 aaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaacc 20516152  T
Q  212 ctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||| | ||||   |||||||||||||    
T  20516153 ctagctaactt---aactaactatagt 20516176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739679
Alignment:
Q  184 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactata 236  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactata 18739679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 16808590 - 16808805
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaa 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |  |||  | || |||||| ||||||||||    
T  16808590 agggagaaagatcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaa 16808689  T
Q  123 aagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttactt 222  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16808690 aagatgatgaatgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttactt 16808789  T
Q  223 atcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||    
T  16808790 atcaactaactatagt 16808805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17449529 - 17449316
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||  |||| ||||| ||  |    
T  17449529 agggagaaaggtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagatt-ga--a 17449433  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  17449432 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttact 17449333  T
Q  222 tatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||||||||||    
T  17449332 tatcaactaactatagt 17449316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312034
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagt 9312034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282806
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagt 3282806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284507
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagt 3284507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310417
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagt 9310417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 48941816 - 48941646
Alignment:
Q  30 aagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag---tgaaaagatttgattaaaaga 126  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||    
T  48941816 aagattatagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaaga 48941717  T
Q  127 taatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 197  Q
    || ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941716 tactgaatgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Original strand, 37664695 - 37664781
Alignment:
Q  152 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37664695 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagt 37664781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Original strand, 37674417 - 37674503
Alignment:
Q  152 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37674417 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagt 37674503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 152 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 37702277 - 37702191
Alignment:
Q  152 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37702277 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagt 37702191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 144 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902083
Alignment:
Q  144 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatag 237  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatag 902083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 53 - 238
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5925000
Alignment:
Q  53 agcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct 152  Q
    |||||||||||||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| |||||  | ||||  ||||||| |    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaaataatacacgagtgttctt 5924925  T
Q  153 atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||||||||| |||         |||   | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5924926 atatatagagttta---------actg--tttaactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagt 5925000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940681
Alignment:
Q  193 tctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagt 48940681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 9487535 - 9487493
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactca 87  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9487535 agcaagaaagcaagcataagattattcatgtgagagatactca 9487493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 45 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58791
Alignment:
Q  45 agcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata 144  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaatgagtacaata 58885  T
Q  145 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  58884 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagt 58791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5377097 - 5376882
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  5377097 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 5377000  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5376999 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 5376900  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5376899 ttatcaactaactatagt 5376882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5378952 - 5378737
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  5378952 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 5378855  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5378854 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 5378755  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5378754 ttatcaactaactatagt 5378737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Original strand, 1088676 - 1088879
Alignment:
Q  34 tcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaa-gaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatga 132  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||    
T  1088676 tcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 1088773  T
Q  133 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1088774 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaac 1088873  T
Q  233 tatagt 238  Q
    ||||||    
T  1088874 tatagt 1088879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 236
Target Start/End: Original strand, 19645312 - 19645524
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaa-agatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||   ||| ||||| ||| |    
T  19645312 agggagaaaagtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagatt-gat-a 19645409  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttact 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19645410 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttact 19645509  T
Q  222 tatcaactaactata 236  Q
    |||||||||||||||    
T  19645510 tatcaactaactata 19645524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868397
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagt 15868397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866104
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagt 33866104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 31 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 9415279 - 9415095
Alignment:
Q  31 agatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataat 130  Q
    |||||||| ||| || ||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||| |     
T  9415279 agatcataaatgtaaacaaaagaacaaacataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgata-gatttgattaaaagatgac 9415181  T
Q  131 gaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 216  Q
     |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415180 tagagagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866585
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagt 15866585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869251
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagt 33869251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 81 - 238
Target Start/End: Original strand, 15149108 - 15149271
Alignment:
Q  81 atactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcctatatatagagattagtttga 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||     ||  ||||||||||||||| |||| |||||    
T  15149108 atactcaaagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttga 15149205  T
Q  173 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  15149206 gtaactaactctaactaacttctaaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagt 15149271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 8915677 - 8915606
Alignment:
Q  33 atcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 104  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  8915677 atcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattataga 8915606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 120 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14611206 - 14611089
Alignment:
Q  120 taaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttt 218  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| ||||||||||||||| |||    
T  14611206 taaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactctaattt 14611109  T
Q  219 acttatcaactaactatagt 238  Q
    || ||||||||||| |||||    
T  14611108 acctatcaactaaccatagt 14611089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 173 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079915
Alignment:
Q  173 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagt 32079915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 237
Target Start/End: Original strand, 28884362 - 28884480
Alignment:
Q  120 taaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||||     
T  28884362 taaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctagtta 28884461  T
Q  219 acttatcaactaactatag 237  Q
    || ||||||||||||||||    
T  28884462 acctatcaactaactatag 28884480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 24544817 - 24544763
Alignment:
Q  44 aagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcat 98  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  24544817 aagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactcat 24544763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620523
Alignment:
Q  184 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 231  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaa 14620523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14619054 - 14618975
Alignment:
Q  111 agatttgattaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 192  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619054 agatttgat-aaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 104
Target Start/End: Original strand, 20985827 - 20985901
Alignment:
Q  30 aagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattataga 104  Q
    ||||||||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||  ||||||| | | ||| ||||||||||    
T  20985827 aagatcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattataga 20985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 238
Target Start/End: Original strand, 17402794 - 17403009
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  17402794 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 17402891  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17402892 aaagatattgaatgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttac 17402991  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17402992 ttatcaactaactatagt 17403009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 6789828 - 6789627
Alignment:
Q  34 tcatagatgcaagcaa-gagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatttgattaaaagataatga 132  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||  |  |||||||| |||    
T  6789828 tcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgaatagattgaa--aaaagatagtga 6789731  T
Q  133 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 232  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6789730 atgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaac 6789631  T
Q  233 tata 236  Q
    ||||    
T  6789630 tata 6789627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 1140220 - 1140045
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgatta 121  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||| ||| |    
T  1140220 agggagaaaagtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-a 1140123  T
Q  122 aaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaacc 199  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1140122 aaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc 1140045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 20302725 - 20302639
Alignment:
Q  144 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 231  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||| || | ||||||||    
T  20302725 agtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctactaagtctagttaacctttcaactaa 20302639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 20327259 - 20327181
Alignment:
Q  152 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||    
T  20327259 tatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaa 20327181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 144 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 41874497 - 41874441
Alignment:
Q  144 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 201  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41874497 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaactcttaaccaa 41874441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 102; Significance: 9e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6231
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||| ||||||||||    
T  6248 ctatcaattaactatagt 6231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787285
Alignment:
Q  121 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 220  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  221 ttatcaactaactatagt 238  Q
     |||||||||||||||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagt 39787285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 109
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013021
Alignment:
Q  47 caagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaa 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaa 20013021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 69 - 238
Target Start/End: Original strand, 25076173 - 25076342
Alignment:
Q  69 ctcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagt-gttcctatatatagagatta 166  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  25076173 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatatt-gat-aaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagatta 25076270  T
Q  167 gtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||| || | |||  ||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  25076271 gttggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagt 25076342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 69 - 238
Target Start/End: Original strand, 25134142 - 25134311
Alignment:
Q  69 ctcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaatgagtacaatagt-gttcctatatatagagatta 166  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  25134142 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatatt-gat-aaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagatta 25134239  T
Q  167 gtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    ||| || | |||  ||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  25134240 gttggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagt 25134311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  144 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaact 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 61 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 39325 - 39150
Alignment:
Q  61 taagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagag-tgaaaagatttgattaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatat 158  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||||    
T  39325 taagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatat 39229  T
Q  159 agagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 238  Q
    |||| |||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39228 agagtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 39150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19164 - 19072
Alignment:
Q  23 agggagaaagatcatagatgcaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattatagagtgaaaagatt 115  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  19164 agggagaaaaatcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatagaatgaatagatt 19072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University